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266 関係: 加水分解、ATP合成酵素、培養、原始生命体、原形質流動、原虫、原核生物、原核生物の細胞骨格、単細胞生物、反芻、口、同位体、塩基対、塩化ナトリウム、塩田、塩湖、多細胞生物、多核体、大腸菌、好熱菌、始生代、岡崎フラグメント、中世ラテン語、中国語、下水道、亜硝酸、二酸化炭素、五界説、伝令RNA、強度、微生物、土壌、地球の大気、地球温暖化、化石、ナノ好塩古細菌、ナノアルカエウム・エクウィタンス、ナノアーキオータ門、ペプチドグリカン、ミトコンドリア、マイコプラズマ、マウス、チューブリン、チラコイド、ネオムラ、ハロコックス属、バイオマス、バイオガス、バクテリオロドプシン、ポリメラーゼ連鎖反応、...、ポリヒドロキシ酪酸、メソソーム、メタノミクロビウム綱、メタノバクテリウム綱、メタノブレウィバクテル属、メタノピュルス・カンドレリ、メタノテルムス属、メタノコックス綱、メタノサルキナ属、メタン、メタン生成経路、メタン菌、メタジェノミクス、モネラ界、ユリアーキオータ門、ユビキチン、ラテン語、ライナス・ポーリング、リン・マーギュリス、リボソーム、リボソームRNA、ロキアーキオータ、ヌクレオソーム、ボタ山、ブラックスモーカー、プラスミド、プリブノーボックス、プロモーター、プロテアーゼ、プロテアソーム、プロテオ古細菌界、パルウ古細菌、ヒストン、ピュロコックス・フリオスス、ピクロフィルス属、テルペン、テルモプラズマ属、テルモプラズマ綱、テルモプラズマ目、テルモプロテウス目、テルモコックス綱、デオキシリボ核酸、デスルフロコックス目、フラジェリン、フィルミクテス門、ドメイン (分類学)、ニトロソプミルス・マリティムス、ニトロソスパエラ・ウィエンネンシス、味噌、アメーバ、アルカリフィルス・トランスヴァーレンシス、アルカエオグロブス綱、アンモニア、アントニ・ファン・レーウェンフック、アーキアル・リッチモンド・マイン・アシドフィリック・ナノオーガニズム、アデノシン三リン酸、アフィジコリン、アキディロブス目、アクチン、イリノイ大学、イントロン、インフルエンザ菌、イエローストーン国立公園、イグニコックス属、エンドソーム、エンドサイトーシス、エーテル (化学)、エーテル型脂質、エオサイト説、エステル、カルディアルカエウム・スプテッラーネウム、カール・ウーズ、キラリティー、ギリシア語、クレンアーキオータ門、クローン、クエン酸回路、グリセリン、グリセロール1-リン酸、グリセロール3-リン酸、ケナルカエウム・シュンビオスム、ゲノム、ゲノム配列が決定された古細菌の一覧、コルアーキオータ門、シャイン・ダルガノ配列、シロアリ、シグマ因子、ジフテリア、スルフォロブス属、スルフォロブス目、ストレプトマイシン、スプライソソーム、セルロース、センサ、タンパク質、タウムアーキオータ、タクソン、出芽酵母、共生、共通祖先、先カンブリア時代、光合成、動物、国際細菌命名規約、球菌、硝酸、硫化水素、硫黄、硫黄循環、硫酸、窒素、窒素循環、窒素固定、立体特異的番号付け、立体配座、系統樹、細胞、細胞壁、細胞小器官、細胞分裂、細胞骨格、細胞質、細胞膜、細胞核、群体、翻訳、翻訳 (生物学)、真核生物、真正細菌、病原性、環境、炭化水素、炭素、炭素固定、炭鉱、生命の起源、生物、生物の分類、生物圏、生物地球化学的循環、田、熱水噴出孔、界 (分類学)、DL表記法、DNA-DNA分子交雑法、DNAポリメラーゼ、DNA複製、DPANN群、芽胞、鞭毛、遺伝、菌類、解糖系、高度好塩菌、転写 (生物学)、転写開始前複合体、転移RNA、胞子、間欠泉、門 (分類学)、藍藻、脂質、脂肪酸、醤油、自己スプライシング、酸化還元電位、酸素、酵素、鉱物、電子伝達体、集積培養、FtsZ、N-アセチルムラミン酸、RNAポリメラーゼ、S層、Taqポリメラーゼ、TATAボックス、桿菌、植物、極地、極限環境微生物、歯周病、残基、水素、気体、油田、沼、消化器、温泉、湿原、有機酸、有性生殖、海、海綿動物、浸透圧、放線菌、1674年、16S rRNA系統解析、1868年、1922年、1936年、1937年、1947年、1956年、1962年、1970年、1972年、1974年、1976年、1977年、1989年、1990年、2001年、2005年、2008年、20世紀。 インデックスを展開 (216 もっと) »
加水分解
加水分解（かすいぶんかい、hydrolysis）とは、反応物に水が反応し、分解生成物が得られる反応のことである。このとき水分子 (H2O) は、生成物の上で H（プロトン成分）と OH（水酸化物成分）とに分割して取り込まれる。反応形式に従った分類により、加水分解にはいろいろな種類の反応が含まれる。 化合物ABが極性を持ち、Aが陽性、Bが陰性であるとき、ABが水と反応するとAはOHと結合し、BはHと結合する形式の反応が一般的である。 加水分解の逆反応は脱水縮合である。.
ATP合成酵素
ATP合成酵素（—ごうせいこうそ）とは、呼吸鎖複合体によって形成されたプロトン濃度勾配と膜電位からなるプロトン駆動力を用いて、ADPとリン酸からアデノシン三リン酸 (ATP) の合成を行う酵素である。別名ATPシンターゼ、呼吸鎖複合体V、複合体Vなど。 なお、シンテターゼはATPなどの高エネルギー化合物の分解と共役する反応を触媒する酵素を指すが、ATP合成に他のエネルギー化合物を用いることはないので、「ATPシンテターゼ」という呼称は正しくない。.
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培養
炭疽菌の培養 培養（ばいよう、culture）とは、微生物あるいは多細胞生物の細胞や組織の一部を人工的な環境下で育てることである。多細胞生物を個体単位で育てる場合は飼育や栽培として区別される。本稿では主に微生物の培養を扱う。組織の培養に関しては組織培養を参照。.
原始生命体
原始生命体（げんしせいめいたい、Protobionta、Protobiont）とは化学進化による生命誕生直後の状態を有する生命のことである。現在の研究では共通祖先は古細菌および真正細菌にそれぞれ進化したとされているが、共通祖先が誕生する以前の生命についても論じられており、そのような生命を『原始生命体』と定義する。記事の内容では共通祖先と重複する部分はあるが、時系列的には.
原形質流動
原形質流動（げんけいしつりゅうどう）とは、生きている細胞の内部で、原形質が流れるように動く現象である。 狭義には植物細胞で見られるような細胞の外形が変わらない運動だけを意味するが、広義にはアメーバ運動のような細胞全体の運動も含む。 原形質流動は細胞内小器官に様々な生体分子を細胞内で輸送するための細胞運動である。 ATPをエネルギー源とし、細胞骨格を形成しているマイクロ（アクチン）フィラメントとモータータンパク質（ミオシンなど）との相互作用によって流動力が生じる。 これは動物の筋肉の収縮運動と発生機構的には極めてよく似ている。.
原虫
原虫（げんちゅう）とは、真核単細胞の微生物であって動物的なものを指す語。もともと原生動物と同義であったが、現在では寄生性で特に病原性のあるものについて言うことが多い。これは寄生虫学において単細胞の寄生虫を原虫として区分していることによる。また病理学方向からは、病原体の大部分は細菌類なので、そうでないものをこう呼ぶ。 すなわち、ある病気があって、その病原体を探したときに、発見された生物が単細胞生物的で、真核細胞であり、すなわち細菌類ではなく、菌糸のような構造を持たず、つまり菌類とは思われない場合に、これにこの名を付ける。基本的に運動性があればこの名を与える。 先進諸国では衛生状態が良いため、原虫による病気は過去のものとされているが、近年、日本国内においても水道水中からクリプトスポリジウムが発見されるなど、目に見えていないだけで汚染は深刻であるという意見もある。.
原核生物
原核生物（げんかくせいぶつ、ラテン語: Prokaryota プローカリオータ、英語: Prokaryote プロカリオート）とは真核、つまり明確な境界を示す核膜を持たない細胞からなる生物のことで、すべて単細胞生物。 真核生物と対をなす分類で、性質の異なる真正細菌(バクテリア)と古細菌(アーキア)の2つの生物を含んでいる。.
原核生物の細胞骨格
原核生物の細胞骨格（げんかくせいぶつのさいぼうこっかく）とは、原核生物に存在する、繊維性の生体構造を指す。かつては原核生物には細胞骨格はないと考えられていたが、近年の細胞内微細構造の視覚化技術や構造決定技法の進展によって、存在が明らかになってきた。さらに、真核生物に存在する主要な細胞骨格タンパク質のすべてについて、それらに対応するものが原核生物でも発見されている。細胞骨格は様々な原核生物において、細胞分裂、防御、形態や細胞極性の決定において主要な役割を果たしている。.
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単細胞生物
単細胞生物（たんさいぼうせいぶつ）とは、1個の細胞だけからできている生物のこと。体が複数の細胞からできている多細胞生物に対する言葉である。 原核生物と、原生生物に多く、菌類の一部にもその例がある。 単細胞生物には寿命が無いと思われがちだが、接合による遺伝子交換をさせないよう注意深くゾウリムシを培養するとやはり死に至る。.
反芻
反芻（はんすう、rumination）は、ある種の哺乳類が行う食物の摂取方法。まず食物（通常は植物）を口で咀嚼し、反芻胃に送って部分的に消化した後、再び口に戻して咀嚼する、という過程を繰り返すことで食物を消化する。.
口
口（くち）は、消化管の最前端である。食物を取り入れる部分であり、食物を分断し、把持し、取り込むための構造が備わっていると同時に、鼻腔と並んで呼吸器の末端ともなっている。文脈により口腔（こうこう）ともいう。なお口腔の読みの例外として、日本医学界においては（こうくう）を正式とする。 生物学に限らず、一般に穴等の開口部を指して口と呼び、それを機軸として、慣用句として様々な意味合いを持つ言葉に発展してきた。.
同位体
同位体（どういたい、isotope；アイソトープ）とは、同一原子番号を持つものの中性子数（質量数 A - 原子番号 Z）が異なる核種の関係をいう。この場合、同位元素とも呼ばれる。歴史的な事情により核種の概念そのものとして用いられる場合も多い。 同位体は、放射能を持つ放射性同位体 (radioisotope) とそうではない安定同位体 (stable isotope) の2種類に分類される。.
塩基対
塩基対（えんきつい、base pair、bp）とは、デオキシリボ核酸の2本のポリヌクレオチド分子が、アデニン (A) とチミン (T)（もしくはウラシル (U)）、グアニン (G) とシトシン (C) という決まった組を作り、水素結合で繋がったもの。この組み合わせはジェームズ・ワトソンとフランシス・クリックが発見したもので、「ワトソン・クリック型塩基対」「天然型塩基対」と言う。DNA や RNA の場合、ワトソン・クリック型塩基対が形成しさらに隣り合う塩基対の間に疎水性相互作用がはたらくことが、二重らせん構造が安定化する駆動力となっている。 これに対して、DNAが三重鎖を作るときなどには「フーグスティーン型塩基対」という別のパターンの塩基対も現れる。テロメア配列が持つ四重鎖構造、G-カルテットもフーグスティーン型の構造をとっている。さらに人工的に合成したATGC以外の塩基を使って、特別な塩基対を作り出すことも可能である。 インターカレーションとは、平面状の部位を持つ有機分子（インターカレーター）が、2個の塩基対の間にその平面部位を挿入する現象を指す。臭化エチジウムはインターカレーターの代表例である。.
塩化ナトリウム
塩化ナトリウム（えんかナトリウム、sodium chloride）は化学式 NaCl で表されるナトリウムの塩化物である。単に塩（しお）、あるいは食塩と呼ばれる場合も多いが、本来「食塩」は食用、医療用に調製された塩化ナトリウム製品を指す用語である。式量58.44である。 人（生体）を含めた哺乳類をはじめとする地球上の大半の生物にとっては、必須ミネラルであるナトリウム源として、生命維持になくてはならない重要な物質である。 天然には岩塩として存在する。また、海水の主成分として世界に広く分布するでもある（約2.8%）。この他、塩湖や温泉（食塩泉）などにも含有されていることで知られる。.
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塩田
塩田（えんでん）は、大量の海水から水分を蒸発させ、塩だけを取り出すために用いられる場所および施設。狭義には後述の天日塩田を指すが、この項では海水を用いた製塩技術全般について記述する。.
塩湖
塩湖（えんこ、、）または塩水湖（えんすいこ）とは、塩水をたたえる湖のこと。淡水をたたえる湖である淡水湖と対になる。 陸に閉ざされた湖（内陸湖）の塩分（主成分は塩化ナトリウム）やその他塩類の濃度が通常の淡水湖よりも高くなった湖をいう。1 Lの湖水当たりの塩類の総イオン濃度が 3,000 mg（3 g）が塩湖と定義される基準となっており、狭義では、塩類の中でも塩化ナトリウムが主であるものを指す。塩湖には海水より塩分濃度がはるかに濃い湖もある。 広義では、河川と海水の流入によって水質に塩分を含むようになった汽水湖を含めて、「鹹湖」という名称を用いている。.
多細胞生物
多細胞生物（たさいぼうせいぶつ、、）とは、複数の細胞で体が構成されている生物のこと。一つの細胞のみで体が構成されている生物は単細胞生物と呼ばれる。動物界や植物界に所属するものは、すべて多細胞生物である。菌界のものには多細胞生物と若干の単細胞生物が含まれている。肉眼で確認できる大部分の生物は多細胞生物である。 細かく見れば、原核生物にも簡単な多細胞構造を持つものがあり、真核の単細胞生物が多い原生生物界にも、ある程度発達した多細胞体制を持つものが含まれる。 多細胞体制の進化は、その分類群により様々な形を取る。おおざっぱに見れば、その生物の生活と深く関わりがあるので、動物的なもの・植物的なもの・菌類的なものそれぞれに特徴的な発達が見られる。 最も少ない細胞数で構成されている生物は、シアワセモ (Tetrabaena socialis) の4個である。.
多核体
多核体（たかくたい）とは、その生物の体が一つの細胞に多数の核が含まれている状態になっているときに、その状態を指す言葉である。菌類、藻類などに多くの例がある。.
大腸菌
大腸菌（だいちょうきん、学名: Escherichia coli）は、グラム陰性の桿菌で通性嫌気性菌に属し、環境中に存在するバクテリアの主要な種の一つである。この菌は腸内細菌でもあり、温血動物（鳥類、哺乳類）の消化管内、特にヒトなどの場合大腸に生息する。アルファベットで短縮表記でとすることがある（詳しくは#学名を参照のこと）。大きさは通常短軸0.4-0.7μm、長軸2.0-4.0μmだが、長軸が短くなり球形に近いものもいる。 バクテリアの代表としてモデル生物の一つとなっており、各種の研究で材料とされるほか、遺伝子を組み込んで化学物質の生産にも利用される（下図）。 大腸菌はそれぞれの特徴によって「株」と呼ばれる群に分類することができる（動物でいう品種のような分類）。それぞれ異なる動物の腸内にはそれぞれの株の 大腸菌が生息していることから、環境水を汚染している糞便が人間から出たものか、鳥類から出たものかを判別することも可能である。大腸菌には非常に多数の株があり、その中には病原性を持つものも存在する。.
好熱菌
好熱菌（こうねつきん）は、至適生育温度が45以上、あるいは生育限界温度が55以上の微生物のこと、またはその総称。古細菌の多く、真正細菌の一部、ある種の菌類や藻類が含まれる。特に至適生育温度が80以上のものを超好熱菌と呼ぶ。極限環境微生物の一つ。 生息域は温泉や熱水域、強く発酵した堆肥、熱水噴出孔など。ボイラーなどの人工的熱水からも分離される。この他、地下生物圏という形で地殻内に相当量の好熱菌が存在するという推計がある。 なお、2009年時点で最も好熱性が強い（高温環境を好む）生物は、ユーリ古細菌に含まれる''Methanopyrus kandleri'' Strain 116である。この生物はオートクレーブ温度を上回る122でも増殖することができる。.
始生代
始生代（しせいだい、Archean eon）とは、地質時代の分類のひとつ。40億年前（または38億年前）から25億年前までの間を指す。最初の生命が誕生したと考えられる冥王代の次の時代であり、原核生物から真核単細胞生物が現れるまでで原生代の前の時代である。なお始生代（Archeozoic）という呼び方はzoic（動物）を基準にした用語であり、国際的にはArchean太古代と呼ばれる。.
岡崎フラグメント
岡崎フラグメント（おかざきフラグメント)は、DNA複製におけるラギング鎖の合成時にDNAプライマーゼとDNAポリメラーゼIIIによって形成される比較的短いDNA断片（フラグメント）である。.
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中世ラテン語
中世ラテン語（ちゅうせいラテンご、medieval latin）は、中世にカトリック教会で文語として用いられたラテン語である。 現代におけるラテン語と同様、あくまでも第2言語として使用されたものである。各使用者は必ず別の言語を母語としてもっており、そうした諸言語（民衆ラテン語から発達したロマンス諸語や、ドイツ語などのゲルマン諸語）の特徴が、音韻・文法両面で、中世ラテン語に大きく影響している。 表記はイタリア式の「教会ラテン語」（Lingua Latina Ecclesiastica）の発音が反映されたものに置き換わっているが、部分的に伝統的な表記も維持される場合もあり、あるいは逆に伝統的な綴りに回帰しようと過剰修正（hypercorrection）される場合もあり、かなりの揺れがある。.
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中国語
記載なし。
下水道
明治10年代のレンガ製下水道管（横浜市） 下水道（げすいどう）は、主に都市部の雨水（うすい）および汚水（おすい）を、地下水路などで集めた後に公共用水域へ排出するための施設・設備の集合体。多くは浄化などの水処理を行う。 雨水としては、気象学における降水および、いったん降り積もった雪が気温の上昇などで融けた融雪水も含むが、いずれも路面など地表にあるものが対象で、河川水や地下水となったものは除く。 汚水としては、水洗式便所からの屎尿や、家庭における調理・洗濯で生じる生活排水と、商店やホテル・町工場から大工場にいたる事業場からの産業排水（耕作は除く）などがある。.
亜硝酸
亜硝酸（あしょうさん、nitrous acid）とは、窒素のオキソ酸のひとつで化学式 HNO2 で表される弱酸である。IUPAC命名法系統名はジオキソ硝酸 (dioxonitric(III) acid) である。遊離酸の状態では不安定で分解しやすい為、亜硝酸塩または亜硝酸エステル等の形で保存あるいは使用されることが多い。.
二酸化炭素
二酸化炭素（にさんかたんそ、carbon dioxide）は、化学式が CO2 と表される無機化合物である。化学式から「シーオーツー」と呼ばれる事もある。 地球上で最も代表的な炭素の酸化物であり、炭素単体や有機化合物の燃焼によって容易に生じる。気体は炭酸ガス、固体はドライアイス、液体は液体二酸化炭素、水溶液は炭酸・炭酸水と呼ばれる。 多方面の産業で幅広く使われる（後述）。日本では高圧ガス保安法容器保安規則第十条により、二酸化炭素（液化炭酸ガス）の容器（ボンベ）の色は緑色と定められている。 温室効果ガスの排出量を示すための換算指標でもあり、メタンや亜酸化窒素、フロンガスなどが変換される。日本では2014年度で13.6億トンが総排出量として算出された。.
五界説
五界説（ごかいせつ、Five-Kingdom System）は、生物の分類体系のひとつで、生物全体を五つの界に分けるものである。特にロバート・ホイタッカーのものが有名で、非常に大きな影響を与え、現在でも標準として扱われることもある。ただし、既に古くなった考えであり、分類学の先端では認められることがない。.
伝令RNA
伝令RNA（でんれいRNA、メッセンジャーRNA、英語：messenger RNA）は、蛋白質に翻訳され得る塩基配列情報と構造を持ったRNAのことであり、通常mRNAと表記される。DNAに比べてその長さは短い。DNAからコピーした遺伝情報を担っており、その遺伝情報は、特定のアミノ酸に対応するコドンと呼ばれる3塩基配列という形になっている。 mRNAはDNAから写し取られた遺伝情報に従い、タンパク質を合成する（詳しくは翻訳）。翻訳の役目を終えたmRNAは細胞に不要としてすぐに分解され、寿命が短く、分解しやすくするために1本鎖であるともいわれている。 古細菌、真正細菌では転写されたRNAはほぼそのままでmRNAとして機能する。一方真核生物では転写されたmRNA前駆体はいくつかの切断(スプライシング)、修飾といったプロセシングを受けたのちに成熟mRNAになる。 真核生物のmRNAはRNAポリメラーゼIIによって転写されたRNAに由来する。5'末端にはm7Gキャップがあり、3'末端は一般にポリアデニル化される（poly (A)鎖で終了している）。これらの構造やmRNAの塩基配列は翻訳活性やmRNAの分解を制御する機能も持っている。古細菌、真正細菌も3'末端に短いpoly (A)鎖を持つが、5'末端のキャップ構造は持たない。 poly (A)鎖はrRNAやtRNAには存在しないmRNAの特徴であるとされており、このことを利用してmRNAを特異的に精製することができる。また、mRNAを鋳型にしてDNAを逆転写酵素によって合成することができ、これはcDNAと呼ばれる。cDNAは遺伝子が働いていることの非常に信頼性の高い証拠であり、ゲノムプロジェクトによって得られた大量のシークエンスデータの中から遺伝子を探す作業を補助することができる。.
強度
材料の強度（きょうど）あるいは強さ（つよさ）とは、その材料が持つ、変形や破壊に対する抵抗力を指す。 古くから経験的に把握されていた材料における強度の概念について最初に定量化を試みたのはレオナルド・ダ・ヴィンチであるが、彼の個人的なノートでの記述に限られていた。一般に公開された書物としては1638年に出版されたガリレオ・ガリレイの『新科学対話』における記述が最初である。18世紀に入ると引張試験や曲げ試験など様々な強度試験の方法が確立し、ステファン・ティモシェンコの確立した材料力学の考え方とともに建築分野や機械設計分野の基礎を支えていると一般のエンジニアには思われている。しかしながら、戦場の最前線のごとく、破損した材料の屍を築く領域や、永久には持たないならその寿命を工学的に管理するなど分野においては、破壊力学（靭性）的考え方を採用することも重要で、一般の人々の感覚に還元すると強度と靭性のバランスポイントがありそこが最も強度が高いという認識になる。 強度を表す指標は様々であり、材料の変形挙動の種類によって以下のように用語を使い分ける。; 降伏強さ; 引張強さ; 延性; 破壊エネルギー（靭性）; 曲げ強度（抗折力）; 硬度.
微生物
10,000倍程度に拡大した黄色ブドウ球菌 微生物（びせいぶつ）とは、肉眼でその存在が判別できず、顕微鏡などによって観察できる程度以下の大きさの生物を指す。微生物を研究する学問分野を微生物学と言う。.
土壌
土壌（どじょう）とは、地球上の陸地の表面を覆っている生物活動の影響を受けた物質層のことである。一般には土（つち）とも呼ばれる。.
地球の大気
上空から見た地球の大気の層と雲 国際宇宙ステーション(ISS)から見た日没時の地球の大気。対流圏は夕焼けのため黄色やオレンジ色に見えるが、高度とともに青色に近くなり、さらに上では黒色に近くなっていく。 MODISで可視化した地球と大気の衛星映像 大気の各層の模式図（縮尺は正しくない） 地球の大気（ちきゅうのたいき、）とは、地球の表面を層状に覆っている気体のことYahoo! Japan辞書（大辞泉） 。地球科学の諸分野で「地表を覆う気体」としての大気を扱う場合は「大気」と呼ぶが、一般的に「身近に存在する大気」や「一定量の大気のまとまり」等としての大気を扱う場合は「空気()」と呼ぶ。 大気が存在する範囲を大気圏（たいきけん）Yahoo! Japan辞書（大辞泉） 、その外側を宇宙空間という。大気圏と宇宙空間との境界は、何を基準に考えるかによって幅があるが、便宜的に地表から概ね500km以下が地球大気圏であるとされる。.
地球温暖化
1940年–1980年の平均値に対する1999年から2008年の地表面の平均気温の変化 1990年–2010 年9月22日年の平均値に対する2070年から2100年の地表面の平均気温変化量の予測 地球温暖化（ちきゅうおんだんか、Global warming）とは、気候変動の一部で、地球表面の大気や海洋の平均温度が長期的に上昇する現象である。最近のものは、温室効果ガスなどの人為的要因や、太陽エネルギーの変化などの環境的要因によるものであるといわれている。単に「温暖化」とも言われている。.
化石
化石（かせき、ドイツ語、英語：Fossil）とは、地質時代に生息していた生物が死骸となって永く残っていたもの、もしくはその活動の痕跡を指す。 多くは、古い地層の中の堆積岩において発見される。化石の存在によって知られる生物のことを古生物といい、化石を素材として、過去の生物のことを研究する学問分野を古生物学という。なお、考古学において地層中に埋蔵した生物遺骸は「植物遺体」「動物遺体」など「遺体・遺存体」と呼称される。 資料としての化石は、1.古生物として、2.
ナノ好塩古細菌
ナノ好塩古細菌（Nanohaloarchaea、Nanohaloarchaeota）は、高濃度の塩環境に分布する古細菌の1系統である。独立の門とする説と、ユーリ古細菌門の1綱とする説の二つがある。高度好塩菌と共に世界中の塩湖、塩田などに分布する。 生息環境は高度好塩菌に似るが、この系統には入らず独立した系統を形成する。"Ca. Nanosalina sp." J07AB43、"Ca. Nanosalinarum sp." J07AB56は全ゲノムが解読されている。ゲノムサイズは1.2Mbp程、細胞サイズもおおむね0.6μmほどで、何れも非常に小さい。.
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ナノアルカエウム・エクウィタンス
ナノアルカエウム・エクウィタンス(Nanoarchaeum equitans)は、2002年に発見された未記載の超好熱古細菌である。古細菌Ignicoccus hospitalisの表面に付着して生育する。16S rRNA系統解析から、門レベルで既存の古細菌とは異なると考えられている。 2002年、アイスランド北部コルベインセイ海嶺の水深120mから採取したサンプルを培養していた研究者が、培養された古細菌''Ignicoccus'' sp.（のちIgnicoccus hospitalisとして記載）の表面に付着している小さな生物を見つけた。この生物は、直径400nmと非常に小型で、16S rRNA系統解析から古細菌と考えられたものの、既知の古細菌3界何れにも属していない未知の系統であることがわかった。これがNanoarchaeum equitansの発見である。命名は、属名がギリシャ語で小人を意味するνάνος (nanos)とarchaeum（古細菌）の合成語、種形容語がラテン語で（馬に）乗るを意味するequitoエクゥィトーの分詞形である。ただし、正式な記載はされていない。 性質としては、完全にI.
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ナノアーキオータ門
ナノアーキオータ門（もん、Nanoarchaeota、ナノ古細菌）とは、2002年に提唱された古細菌の門である。同年発見された''Nanoarchaeum equitans''の16S rRNAの遺伝子配列が、ユーリ古細菌、クレン古細菌、コル古細菌いずれとも大きく異なっていたことを受け提唱された。 N. equitansは、古細菌Ignicoccus hospitalisに共生する非常に小さな生物で、アイスランドのコルベインセイ海嶺より発見された。''Ignicoccus''は細胞壁をもたない古細菌であり、巨大なペリプラズマやその内部の小嚢など特殊な構造を持つことから共生が成り立つと考えられたが、一方で、2013年に報告されたイエローストーンのナノ古細菌Nanobsidianus stetteri Nst1は、Acd1と呼ばれるスルフォロブス目古細菌と関連する（イエローストーンからは''Ignicoccus''の配列が検出されていない）。Acd1のゲノムはやや小型なことを除けば、ほぼ典型的なスルフォロブス目古細菌である。細胞壁の遺伝子も保有している。その他にもカムチャツカ半島などからも類似のrRNA配列が検出されている。 これまでに蓄積されたゲノム情報から、ナノ古細菌はARMAN（.
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ペプチドグリカン
ペプチドグリカン(Peptidoglycan)はペプチドと糖からなる高分子のこと。狭義にはムレイン(murein)としても知られ、真正細菌の細胞膜の外側に層を形成する細胞壁の主要物質である。構造上の重要な役割を果たし、細胞質の浸透圧に対する耐久性を与え、細胞の形態、強度を保持させる。また、増殖時の細胞分裂にも関わる。.
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ミトコンドリア
ミトコンドリアの電子顕微鏡写真。マトリックスや膜がみえる。 ミトコンドリア（mitochondrion、複数形: mitochondria）は真核生物の細胞小器官であり、糸粒体（しりゅうたい）とも呼ばれる。二重の生体膜からなり、独自のDNA（ミトコンドリアDNA＝mtDNA）を持ち、分裂、増殖する。mtDNAはATP合成以外の生命現象にも関与する。酸素呼吸（好気呼吸）の場として知られている。また、細胞のアポトーシスにおいても重要な役割を担っている。mtDNAとその遺伝子産物は一部が細胞表面にも局在し突然変異は自然免疫系が特異的に排除 する。ヒトにおいては、肝臓、腎臓、筋肉、脳などの代謝の活発な細胞に数百、数千個のミトコンドリアが存在し、細胞質の約40%を占めている。平均では1細胞中に300-400個のミトコンドリアが存在し、全身で体重の10%を占めている。ヤヌスグリーンによって青緑色に染色される。 9がミトコンドリア典型的な動物細胞の模式図: (1) 核小体（仁）、(2) 細胞核、(3) リボソーム、(4) 小胞、(5) 粗面小胞体、(6) ゴルジ体、(7) 微小管、(8) 滑面小胞体、(9) '''ミトコンドリア'''、(10) 液胞、(11) 細胞質基質、(12) リソソーム、(13) 中心体.
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マイコプラズマ
マイコプラズマ（ミコプラズマ、Mycoplasma）は、真正細菌の一属。真核生物を宿主とする寄生生物で、細胞壁を持たず細胞やゲノムが非常に小さいという特徴を持つ。現在、124種と4亜種が登録されている（2015年4月28日現在）。.
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マウス
マウス mouse（英）/Maus（独）.
チューブリン
GFP標識抗β-チューブリン抗体で染色したもの。 チューブリン（tubulin）は真核生物の細胞内にあるタンパク質であり、微小管や中心体を形成している。微小管（microtubule）にあることから生物学者の毛利秀雄により命名された。tubulin にすべきか tubularin にすべきか迷ったが、後者は日本人にとっては響きが悪いという意見があったためこのように命名されたとのエピソードもある。 チューブリンには分子量約5万のα-チューブリンとβ-チューブリンがあり、これらが1個ずつ結合したチューブリンダイマーが直線上に重合し、微小管のプロトフィラメントを構成する。このプロトフィラメントが管状に 11-16本程度結合したものが微小管である。チューブリンはGTP結合タンパク質であり、GTPの結合・加水分解により微小管の伸長と短縮が調節される。また中心体にはγ-チューブリンがあって微小管形成において重要な役割を演じている。 チューブリンはコルヒチンやタキソールなどのターゲットである。コルヒチンは微小管の解離を促進し、タキソールは逆に微小管を極度に安定化させて正常な細胞分裂を阻害する。 原核生物にはチューブリンと似た分子構造を持つ FtsZ が見いだされており、このタンパク質も繊維状構造をとることが知られている。FtsZ は真核生物にも存在し、一部の細胞小器官の分裂に関与している。.
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チラコイド
チラコイド（緑）は、葉緑体の中にある。 チラコイド(Thylakoid)は、葉緑体やシアノバクテリア中で膜に結合した区画である。光合成の光化学反応が起こる場所である。チラコイドという言葉は、「嚢」を表すギリシャ語の θύλακος （thylakos）に由来する。チラコイドは、ルーメンの周りを取り巻くチラコイド膜から構成される。緑色植物の葉緑体のチラコイドは円盤状で、積み重なってグラナと呼ばれる構造をなしている。グラナはストロマとつながり、単一機能を持つ構造を作っている。.
ネオムラ
ネオムラ（Neomura、単:Neomuran）とは、古細菌と真核生物の系統についての仮説である。 トーマス・キャバリエ＝スミスらが提唱した古細菌と真核生物を含むクレード（単系統群）である。ネオムラの祖先は、3ドメイン説におけるLCAAE（the last common ancestor of Archaea and Eukarya）、エオサイト説におけるLACA（the last common archaeal ancestor）と同じだが、その上位構造が異なっている。LCAAEやエオサイトLACAは真正細菌とは異なる系統と想定されているが、ネオムラの祖先は8億5000万年程前に好熱環境に適応した放線菌の1系統とされ、姉妹群は放線菌目である。 ネオムラに共通する性質として、ペプチドグリカン細胞壁に代わる細胞壁、DNA複製・翻訳・転写の改変、ヒストンH3、H4の獲得など19個の生化学的性質が挙げられている。また、ネオムラ説を述べる根拠として、プロテアソームやステロールなど放線菌と真核生物が関連する15の性質が挙げられている。 この仮説は現在それほど有利な説という訳ではないが、数ある真核生物の起源に関する仮説の中でも、その具体的なシナリオが詳細に述べられていることで知られており、論文は非常に大型である。なお、ネオムラ（Neomura）はギリシャ語で新しい壁（neo+murans）を意味し、英語のnew wallに相当する。ペプチドグリカン細胞壁に代わる新たな細胞壁構造の獲得に因んだものである。.
ハロコックス属
ハロコックス属 (Halococcus) は中性塩湖など高濃度の塩化ナトリウムを含む環境に生息する高度好塩菌の一属である。学名は、高濃度の塩を好むこと、球形をしていることから、ギリシャ語のhalos「塩あるいは海」+ coccus「木の実」に由来して名付けられた。.
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バイオマス
バイオマス（biomass）とは、生態学で、特定の時点においてある空間に存在する生物（bio-）の量を、物質の量（mass）として表現したものである。通常、質量あるいはエネルギー量で数値化する。日本語では生物体量、生物量の語が用いられる。植物生態学などの場合には現存量（standing crop）の語が使われることも多い。転じて生物由来の資源を指すこともある。バイオマスを用いた燃料は、バイオ燃料（biofuel）またはエコ燃料 (ecofuel) と呼ばれている。.
バイオガス
バイオガス（Biogas）は、バイオ燃料の一種で、生物の排泄物、有機質肥料、生分解性物質、汚泥、汚水、ゴミ、エネルギー作物などの発酵、嫌気性消化により発生するガス。例えば、サトウキビや下水処理場の活性汚泥などを利用して、気密性の高い発酵槽（タンク）で生産される。メタン、二酸化炭素が主成分。発生したメタンをそのまま利用したり、燃焼させて電力などのエネルギーを得たりする。バイオガスは非枯渇性の再生可能資源であり、下水処理場などから発生する未利用ガス等も利用が期待されている。 日本ガス協会もバイオガス利用促進センターを設置し、バイオガス利用促進の取り組みを行っている。国や自治体が化石燃料や都市ガス電力に炭素税を課税する議論があるが、バイオガスは、化石燃料とは異なりカーボンニュートラルであるため非課税になる可能性がある。.
バクテリオロドプシン
バクテリオロドプシン（bacteriorhodopsin）とは光駆動プロトンポンプとしてエネルギー変換を行う膜タンパク質である。構造生物学の最後の課題として、膜タンパクの構造決定およびコンフォメーション変化があるが、世界で初めてそれらが明らかになった膜タンパクである。アポタンパクであるバクテリオオプシンと発色団レチナールからなる色素タンパクである。.
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ポリメラーゼ連鎖反応
ポリメラーゼ連鎖反応（ポリメラーゼれんさはんのう、polymerase chain reaction, PCR）は、DNAを増幅するための原理またはそれを用いた手法で、手法を指す場合はPCR法と呼ばれることの方が多い。英語をそのまま片仮名読みにして「ポリメラーゼ・チェーン・リアクション」とも呼ばれる。次の特徴を持つ。.
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ポリヒドロキシ酪酸
ポリヒドロキシ酪酸（polyhydroxybutyrate; PHB）は、3-ヒドロキシ酪酸のポリエステルであり、ポリヒドロキシアルカン酸 の一種である。 フランスの化学者および細菌学者であるモーリス・レモインによって1925年に初めて単離され、性質が調べられた。 PHBはバチルス・メガテリウムやラルストニア・ユートロファ（アルカリゲネス・ユートロファス、ラルストニア属）などの様々な細菌または古細菌が、細胞内封入体として炭素源が豊富な環境において産生する。このポリマーは、炭素同化の一次産物であり、細胞内にエネルギー貯蔵物質として蓄えられ、他に利用可能な炭素源が無ければ代謝される。よく知られたPHBの細菌による生合成反応は、2分子のアセチルCoAが重合してアセトアセチルCoAになる反応で始まり、次にそれが還元され3-ヒドロキシブチリルCoAとなり、これが前駆体となりポリマーが合成される。.
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メソソーム
pmc.
メタノミクロビウム綱
メタノミクロビウム綱(Methanomicrobia)は古細菌ユリアーキオータ門に属すメタン菌の1綱である。 主に水田や湖沼、シロアリ、反芻動物の消化器官などに分布し、海底沈殿物や醗酵槽などにも見られる。広い物質をメタン生成の基質に使用することが可能で、通常の二酸化炭素/水素、ギ酸などの他に、メタノサルキナ目やメタノスピリルム科は酢酸を代謝できる場合が多い。この他にもC1化合物やアルコール類を代謝可能な種がいる。環境中では真正細菌が自身で分解できないこれら嫌気発酵産物の分解を担っている。ただしこれらの基質はエネルギーに乏しく、例えば酢酸の嫌気分解から得られるATPはごく僅かなので、大量に基質を消費しながら増殖速度が遅い場合が少なくない。 形態は通常の球桿菌やらせん菌、連鎖桿菌(Methanospirillum)、小荷物様群体(''Methanosarcina'')など。細胞壁は糖タンパクまたは単純タンパク質性のS層だが、連鎖桿菌はシース（タンパク質性の鞘）を持つ。小荷物様群体では群体維持にポリサッカライド（動物組織のコンドロイチンに似ているためメタノコンドロイチンと呼ばれる）を使用している。 進化的には他のメタン菌、メタノバクテリウム綱やメタノコックス綱などとは比較的離れており、高度好塩菌の姉妹群になる系統解析例が多い。古細菌には硫酸還元菌と共役し、メタン生成経路を逆行させることでメタンを嫌気的に酸化するメタン酸化古細菌の存在も予見されているが、このグループはメタノミクロビウム綱に含まれるか近縁種から進化したとみられている。 古細菌の中では好熱性は低い方で、好熱菌は醗酵槽や油田中から分離された5種のみに限られている。南極海から発見された最も低温で増殖できる古細菌Methanogenium frigidumもメタノミクロビウム綱の仲間である。.
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メタノバクテリウム綱
メタノバクテリウム綱(Methanobacteria)は古細菌ユリアーキオータ門に属す綱の1つであり、動物の消化器官、熱水泉、下水、湖沼、その他広い淡水系に分布するメタン菌である。メタノバクテリアという学名がつけられているが、これは命名上の優先権のあるMethanobacteriumのためであり、本綱は細菌（バクテリア）ではなく古細菌（アーキア）である。 多くはグラム陽性で運動性を持たない桿菌であり、水素と二酸化炭素を資化してメタンを生成することで増殖する。一部の種はギ酸、メタノール、プロパノールなども利用できる。分離源は比較的多様で、メタノバクテリウム科は脊椎動物やシロアリの消化器官、深い地下水、下水、水田、湖沼の沈殿物など。メタノテルムス科は熱水泉より分離された。メタンを生成することで嫌気条件における有機物分解の最終段階を担っている。人間の口腔や結腸から検出される腸内古細菌としてのメタン菌もその殆どがメタノバクテリウム科に属している。 細胞壁はシュードムレインと呼ばれる糖ペプチドより成るが、これはメタノバクテリウム綱と近縁のメタノピュルス綱のみの特徴であり、他の古細菌や真正細菌はこの構造を持たない。このため古細菌の中では例外的にグラム陽性に染色される。メタノピュルス綱も同様のグラム陽性桿菌であるが、メタノピュルス綱に属す生物はいずれも100を大きく超える温度で増殖が可能なのに対し、メタノバクテリウム綱は最高でもMethanothermus sociabilisの97が限界であり、生育温度で区別がつけられる。シュードムレイン自体は真正細菌の細胞壁ムレイン（ペプチドグリカン）に類似しており、ムレインと同じように機械的強度が強く細胞に浸透圧変化に対する抵抗性を持たせるが、その構造と合成系の違いによりβ-ラクタム系抗生物質やリゾチームの作用は受けない。.
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メタノブレウィバクテル属
メタノブレウィバクテル属（メタノブレビバクター属、-ぞく、Methanobrevibacter）は、代表的なメタン菌の一属。哺乳類やシロアリなどの消化器官、水田、湖沼、海洋汚泥、ぬれた土など広範囲の嫌気環境に分布する。人体から最も多く分離される古細菌もこの属で、腸内古細菌として結腸内にも生息している。基準種はM.
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メタノピュルス・カンドレリ
メタノピュルス・カンドレリ（メタノパイラス- メタノピルス- Methanopyrus kandleri）は、深海の熱水噴出孔などに生息するグラム陽性桿菌偏性嫌気性の超好熱メタン菌（メタン生成古細菌）である。複数の培養株が知られるが、何れも100℃を大きく上回る温度での増殖が可能。このうちの一つStrain 116は、2009年現在知られている中では最も高温（122）で増殖が可能な生物であると報告されている。 Methanopyrusに属すのは、Methanopyrus kandleri 1種のみである。また、この属のみでメタノピュルス綱 (Methanopyri) を構成する。 学名の由来は、属名が「methan-um」（羅: メタン）+「ο」（希: 接続母音）+「πῦρ」（希: 炎）+「us」（羅: 男性名詞屈折語尾）。種小名は微生物学者「Otto Kandler」への献名で、そのラテン語名Kandlerusを属格としたkandleriカンドレリーが採用されている。ラテン語として語形成を行うと、Methanopyrus kandleri（古典ラテン語の音写はメタノピュルス・カンドレリー）となり、全体として「カントラーさんの、炎を好むメタン菌」といった意味を帯びる。.
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メタノテルムス属
メタノテルムス属（-ぞく、Methanothermus、メタノサーマス）はグラム陽性、偏性嫌気性、超好熱性のメタン生成古細菌の1属である。メタン菌の中でも好熱性はかなり高い部類に属し、1980年代初頭のごく短期間であるが、最も増殖温度が高い生物として知られていた。 1981年にアイスランドの熱水泉より発見、報告された。形態は3×0.3-4μm程の鞭毛を持たない桿菌で、運動性はない。細胞壁はシュードムレインであり、グラム染色では陽性に染まる。これらの特徴はMethanobacteriumと類似するが、メタノバクテリウム科のMethanothermobacterなどと比べても明らかに生育温度が高く、抗原抗体反応の傾向も異なることから、メタノバクテリウム目にメタノテルムス科が新設された。細胞表面の珍しい構造としては、シュードムレインの外側にさらにS層があること、中央付近で架橋されたH型カルドアーキオール（C80）をコア脂質に持つ点などがある。 熱水中の水素と二酸化炭素からメタンを合成する独立栄養生物であり、それ以外の基質、蟻酸やメタノールなどは利用しない。 至適増殖温度は80-90、生育温度は最高で97にまで達し、メタン菌の仲間でも''Methanopyrus kandleri''（122）に次ぐ好熱性の高さである。発見当時はSulfolobus solfataricus（87）の記録を10℃更新し、同年Pyrodictium occultum（110）が報告されるまでの短期間であるが、最も高温で増殖できる生物であった。 生育温度が高すぎることや、有機物による増殖阻害があることなどから、メタン発酵を含め工業的な利用は殆どされていない。利用例は分子生物学的研究に限られ、特に古細菌型ヒストンやヌクレオソームについての研究論文でよく名前を見かける。 全ゲノムは、2010年にMethanothermus fervidusのものが解読されている。ゲノムサイズは1,243,342bpしかなく、自由生活性生物としては極端に小さい。.
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メタノコックス綱
メタノコックス綱(Methanococci)は主に海洋に分布するメタン生成古細菌の1綱である。 グラム陰性で運動性を持つ球菌であり、水素と二酸化炭素、またはギ酸を資化して増殖する。細胞表面は単純タンパク質性の薄い細胞壁（S層）に包まれているが、機械的強度が弱く純水や界面活性剤に接触すると容易に溶菌する。メタノコックス科は常温性（または弱い好熱性）で海洋沈殿物などの広い嫌気条件、メタノカルドコックス科は超好熱性で深海の熱水噴出孔などに生息する。GC含量が低く（一般に40%以下）、これにより同じグラム陰性のメタン菌メタノミクロビウム綱との区別が可能である。 メタノコックス綱の仲間では''Methanocaldococcus jannaschii''が最も研究が進んでおり、古細菌として初めて全ゲノムの配列が解読された。古細菌はDNA複製、転写、翻訳などに真核生物に似たところがあると言われていたが、これによりゲノムレベルで類似していることが実証された。至適条件での世代時間が26分とメタン菌の仲間では2番目に速いため、この他様々な研究に使用されている。 メタノコックス綱はユリアーキオータ門の綱の1つで、系統解析からはメタノバクテリウム綱やメタノピュルス綱に近縁なことが示されている。下位分類はメタノコックス目以下1目2科4属が設定されている。.
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メタノサルキナ属
メタノサルキナ属（Methanosarcina、メタノサルシナ）は、多様な淡水域・哺乳類の消化器官に分布するメタン生成古細菌である。水素のほか有機酸やアルコールなどもメタン生成の基質として用いることができる。メタノサルキナの発見は1930年代にまで遡り、メタン菌の中でも最も古い部類に入る。 形態は球菌が基本で、それらが多数集まったサルキナ様の群体を形成する種も多い。個々の細胞を包むS層の外側に、動物組織に存在するコンドロイチンに似たメタノコンドロイチンを持ち群体を形成する。属名はこの形態に由来しており、ラテン語でメタン+Sarcina（サルキナ、包み）を意味している。 栄養的には通性独立栄養または従属栄養的に増殖する。メタノサルキナはメタン菌の中でも特に多様な物質をメタン生成の基質に利用することが可能であり、水素-二酸化炭素系のほかに、ギ酸、酢酸、メタノール、メチルチオール、メチルアミン、一酸化炭素などを利用することができる。酢酸を基質に反芻動物の胃やメタン発酵装置でしばしば優占する。人間の大腸からも分離されている。 ゲノムサイズは記載されている古細菌の中では最大である。Methanosarcina acetivorans C2Aのゲノムサイズは575万1492bp、ORFは4540箇所であり、解析時は全原核生物の中でも4番目に大きいものであった。他にM.
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メタン
メタン（Methan （メターン）、methaneアメリカ英語発音: （メセイン）、イギリス英語発音: （ミーセイン）。）は最も単純な構造の炭化水素で、1個の炭素原子に4個の水素原子が結合した分子である。分子式は CH4。和名は沼気（しょうき）。CAS登録番号は 。カルバン (carbane) という組織名が提唱されたことがあるが、IUPAC命名法では非推奨である。.
メタン生成経路
メタン発酵（-はっこう）とは、メタン菌の有する代謝系のひとつであり、水素、ギ酸、酢酸などの電子を用いて二酸化炭素をメタンまで還元する系である。メタン菌以外の生物はこの代謝系を持っていない。嫌気環境における有機物分解の最終段階の代謝系であり、特異な酵素および補酵素群を有する。 別名、メタン生成系、炭酸塩呼吸など。.
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メタン菌
''Methanosarcina barkeri'' メタン菌（メタンきん、Methanogen）とは嫌気条件でメタンを合成する古細菌の総称である。動物の消化器官や沼地、海底堆積物、地殻内に広く存在し、地球上で放出されるメタンの大半を合成している。分類上は全ての種が古細菌ユリアーキオータ門に属しているが、ユリアーキオータ門の中では様々な位置にメタン菌が現れており、起源は古いと推測される。35億年前の地層（石英中）から、生物由来と思われるメタンが発見されている。 メタン菌の特徴は嫌気環境における有機物分解の最終段階を担っており、偏性嫌気性菌とはいえ、他の古細菌（高度好塩菌や好熱菌など）とは異なり、他の菌と共生あるいは基質の競合の中に生育している。ウシの腸内（ルーメン）や、数は少ないものの人の結腸などにも存在し、比較的身近な場所に生息する生物として認知されている。また、汚泥や水質浄化における応用等も試みられている。 別名、メタン生成菌、メタン生成古細菌など。かつてはメタン生成細菌と呼ばれていたこともあったが、古細菌に分類されるに伴い現在はあまり使われない。.
メタジェノミクス
メタジェノミクス（メタゲノミクス）は、環境サンプルから直接回収されたゲノムDNAを扱う研究分野である。広義には環境ゲノミクスや群集ゲノミクスにも言及する。従来の微生物のゲノム解析では単一菌種の分離・培養過程を経てゲノムDNAを調製していたが、メタゲノム解析はその過程を経ずに微生物の集団から直接そのゲノムDNAを調製し、そのヘテロなゲノムDNAをそのままシークエンシングする。そのため、メタゲノム解析により従来の方法では困難であった難培養菌のゲノム情報が入手可能となった。地球上に棲息する細菌の99％以上は単独では培養できない菌種であると推察されており、メタゲノム解析は環境中に埋没する膨大な数の未知の細菌、未知の遺伝子を解明する手法として期待されている。DNAシークエンシングのコストが年々安価になっていることから、メタゲノミクスは微生物学において、より大規模で詳細な研究が行われることも見込まれる。 2008年時点においてヒトの腸内細菌叢、海中の微生物群、海底の鯨骨細菌群、農場土壌の細菌群、鉱山廃水中のバイオフィルム、メタン酸化古細菌群などを対象としたメタゲノム解析が論文として報告されている。.
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モネラ界
モネラ界(モネラかい、Monera)は、五界説における生物の最上位分類の一つで、細胞核を持たない原核生物全てを含む生物界である。この中には、いわゆる細菌と、かつて植物として分類されていた藍藻類（シアノバクテリア）などが属している。1956年に原生生物界から分離する形で提唱された。この後モネラ界は1969年に提唱された五界説のもとで標準化され、原核生物全てを含む分類群として定着した。 しかしながら、現在この分類が使用されるのは教育分野程度である。1970年代後半以降、DNAおよびRNAの解析により、原核生物が系統的に極めて大きく異なる2群（細菌と古細菌）より構成されることが示され、モネラ界は解体に向かった。現在、学術分野においてモネラ界の使用は殆ど見られない。.
ユリアーキオータ門
ユリアーキオータ門（Euryarchaeota、ユーリ古細菌、エウリ古細菌、ユリアーキア/Euryarchaea）は、メタン菌や高度好塩菌を中心とした古細菌の分類群である。この他にも超好熱菌や好熱好酸菌、硫酸還元菌、嫌気的メタン酸化菌など多様な生物が含まれており、既知の古細菌の8割以上が分類される。下位分類としては7綱が記載され、原核生物の門としては最大の多様性を持つ。 1984年にレイクが古細菌界として定義したものである。1990年にカール・ウーズが16SrRNA配列に従いユーリ古細菌界として再定義した。他の古細菌グループとは基本的に16S rRNA系統解析によって区別されており、形態・細胞表層構造、代謝系は非常に多様である。幅広い極限環境に適応していることから、ギリシャ語のευρυς（ラテン文字:eurys;エウリュス、意味:広い）にちなんで命名された。.
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ユビキチン
ユビキチンの構造のリボン図 ユビキチン (ubiquitin) は76個のアミノ酸からなるタンパク質で、他のタンパク質の修飾に用いられ、タンパク質分解、DNA修復、翻訳調節、シグナル伝達などさまざまな生命現象に関わる。至る所にある (ubiquitous) ことからこの名前が付いた。進化的な保存性が高く、すべての真核生物でほとんど同じアミノ酸配列をもっているが、古細菌は全種がプロテアソームを持つもののユビキチンを持つのはごく一部の系統に限られる（"Caldiarchaeum"、"Lokiarchaeum"等）。真正細菌には存在しない。.
ラテン語
ラテン語（ラテンご、lingua latina リングア・ラティーナ）は、インド・ヨーロッパ語族のイタリック語派の言語の一つ。ラテン・ファリスク語群。漢字表記は拉丁語・羅甸語で、拉語・羅語と略される。.
ライナス・ポーリング
ライナス・カール・ポーリング（Linus Carl Pauling、1901年2月28日 - 1994年8月19日）は、アメリカ合衆国の量子化学者、生化学者。彼自身は結晶学者、分子生物学者、医療研究者とも自称していた。 ポーリングは20世紀における最も重要な化学者の一人として広く認められている。量子力学を化学に応用した先駆者であり、化学結合の本性を記述した業績により1954年にノーベル化学賞を受賞した。また、結晶構造決定やタンパク質構造決定に重要な業績を残し、分子生物学の草分けの一人とも考えられている。ワトソンとクリックが1953年にDNAの生体内構造である「二重らせん構造」を発表する前に、ポーリングはほぼそれに近い「三重らせん構造」を提唱していた。多方面に渡る研究者としても有名で、無機化学、有機化学、金属学、免疫学、麻酔学、心理学、弁論術、放射性崩壊、核戦争のもたらす影響などの分野でも多大な貢献があった。 1962年、地上核実験に対する反対運動の業績によりノーベル平和賞を受賞した。ポーリングは単独でノーベル賞を複数回受賞した数少ない人物の一人である。後年、大量のビタミンCや他の栄養素を摂取する健康法を提唱し、更にこの着想を一般化させて分子矯正医学を提唱、それを中心とした数冊の本を著してこれらの概念、分析、研究、及び洞察を一般社会に紹介した。.
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リン・マーギュリス
リン・マーギュリス（Lynn Margulis, 1938年3月5日 - 2011年11月22日）は、アメリカの生物学者。マサチューセッツ大学アマースト校地球科学部教授。日本では不正確ではあるがマーグリス及びマルグリスの表記も見られる。.
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リボソーム
典型的な動物細胞の模式図: (1) 核小体（仁）、(2) 細胞核、(3) '''リボソーム'''、(4) 小胞、(5) 粗面小胞体、(6) ゴルジ体、(7) 微小管、(8) 滑面小胞体、(9) ミトコンドリア、(10) 液胞、(11) 細胞質基質、(12) リソソーム、(13) 中心体 リボソームまたはリボゾーム（; ライボソーム）は、あらゆる生物の細胞内に存在する構造であり、粗面小胞体 (rER) に付着している膜結合リボソームと細胞質中に存在する遊離リボソームがある。mRNAの遺伝情報を読み取ってタンパク質へと変換する機構である翻訳が行われる場である。大小2つのサブユニットから成り、これらはタンパク質（リボソームタンパク、ribosomal protein）とRNA（リボソームRNA、rRNA; ribosomal RNA）の複合体である。細胞小器官に分類される場合もある。2000年、X線構造解析により立体構造が決定された。.
リボソームRNA
リボソームRNAはリボソームを構成するRNAであり、RNAとしては生体内でもっとも大量に存在する(7~8割程度)。通常rRNAと省略して表記される。 原核生物では沈降係数に由来する命名で23Sと5Sがリボソーム大サブユニット（50Sサブユニット）に含まれる。また小サブユニット（30Sサブユニット）には16SrRNAが含まれる。クレンアーキオータ（5Sが独立している）を除き16S, 23S, 5Sの順に並んだオペロン構造を持っている。 真核生物の大サブユニット（60Sサブユニット）には一般に28Sと5.8S、5S rRNA、小サブユニット（40Sサブユニット）には18S rRNAが含まれるが、種によってその数字には若干の違いがある。 ヒトにおいてはこのうち28S、5.8S、18S RNAは一つの転写単位に由来する。これはrRNA前駆体と呼ばれる約2 kbのRNAであり、RNAポリメラーゼIによって核小体で転写される。転写されたrRNA前駆体は、snoRNAなどの様々なRNAやタンパク質の働きをうけて、不要な部分が取り除かれ、また修飾を受けてrRNAになる。一方、5S RNAはRNAポリメラーゼIIIにより転写される。 rRNAはタンパク質合成の触媒反応の活性中心を形成していると考えられている。.
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ロキアーキオータ
アーキオータ門（ロキ古細菌門、Lokiarchaeota）は、2015年に提唱された古細菌の候補門である。系統解析では真核生物と単系統を形成し、膜の複雑化を支える遺伝子を多数持つ。おおよそ20億年前に、この系統から真核生物が派生したとする説がある。 2010年に北極海のガッケル海嶺にあるロキの丘と呼ばれる熱水噴出口の付近から採取された。培養には成功していないものの、メタゲノム解析により5,381の遺伝子を含む5.1Mbp（全体の92%）のゲノムが再構築された。この中には真核生物様の遺伝子が175程度含まれており、他のエオサイトにも含まれるアクチン様タンパクに加え、低分子量GTPアーゼやESCRTシリーズ（ESCRT I, II, III）、ゲルソリン、BAR/IMDスーパーファミリーを始めとした細胞骨格や細胞変形、小胞体制御に必要な遺伝子が多数含まれる。また、ユビキチン-プロテアソーム系遺伝子も持つ。 生態は不明だが、"Lokiarchaeum" sp.
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ヌクレオソーム
H4のコアヒストンからなるヌクレオソームコアの粒子の結晶構造とDNA。らせん軸の上部方向から見たもの。 ヌクレオソーム（ぬくれおそーむ；nucleosome）は、すべての真核生物に共通するクロマチンの基本的構成単位である。 ヌクレオソームは、4種のコアヒストン（H2A、H2B、H3、H4）から構成されるヒストン8量体に146 bpの2重鎖DNAが巻き付いた構造をとる。2つのヌクレオソームをつなぐ部分のDNAはリンカーDNAと呼ばれる。この構造を電子顕微鏡で観察すると、DNA鎖上にビーズが並んでいるように見える。 アダ・オリンズ、ドナルド・オリンズ夫妻、ロジャー・コーンバーグらによって1974年に提唱されたヌクレオソーム説は、その後の遺伝子発現研究の基盤をつくった。古細菌もヒストン様のタンパク質をもち、ヌクレオソーム様の構造が観察されているが、その解析は進んでいない。.
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ボタ山
1950年代に撮影された飯塚市忠隈のボタ山 前掲写真反対側の飯塚駅から飯塚市忠隈のボタ山を望む ステレオ空中写真（1974年）。国土航空写真 ボタ山（ボタやま）とは石炭や亜炭の採掘に伴い発生する捨石（ボタ）の集積場である。ぼた山と平仮名表記をすることもある。漢字では硬山と書く。ズリ山の一種で、主に石炭産業が栄えた北海道、常磐、九州北部等で見ることができる。過去の産業遺産ともいえる。 なお、日本の地すべり等防止法では「ぼた山」と表記され、「石炭又は亜炭に係る捨石が集積されてできた山であって、この法律の施行の際現に存するものをいい、鉱山保安法 及び経済産業省設置法の一部を改正する法律（平成十六年法律第九十四号）第一条の規定による改正前の鉱山保安法（昭和二十四年法律第七十号）第四条又は第二十六条の規定により鉱業権者又は鉱業権者とみなされる者がこの法律の施行の際必要な措置を講ずべきであったものを除く」と定義されている（地すべり等防止法2条2項）。.
ブラックスモーカー
大西洋にあるブラックスモーカー ブラックスモーカーとは、海底でほぼ300℃以上の高温の熱水が噴き出す煙突状の噴出口（チムニー）で、熱水に鉛・亜鉛・銅・鉄などの硫化物が多く含まれ、海水と反応して黒色を呈するものをいう。熱水の温度がこれより低く、含まれる金属硫化物が少ない場合は、白・黄色の硫黄・硫酸塩鉱物などが多く沈殿し、白色を呈するためホワイトスモーカーと呼ぶ。多くの硫化物が含まれるため人間にとっては猛毒である。.
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プラスミド
プラスミド (plasmid) は細胞内で複製され、娘細胞に分配される染色体以外のDNA分子の総称。1952年にジョシュア・レーダーバーグによって提案された。 細菌や酵母の細胞質内に存在し、核様体のDNAとは独立して自律的に複製を行う。一般に環状2本鎖構造をとる。 細菌の接合を起こすもの(Fプラスミドなど)、抗生物質に対する耐性を宿主にもたらすものなどがある。 遺伝子工学分野においては、遺伝子組み換えの際に多く用いられる。様々な人工的な改変がなされた数 kbpのプラスミドが多く作られており、研究用キットとして市販されている(詳細はベクターを参照。) 細菌のみではなく酵母や哺乳類の細胞内で複製・維持されるものもある。 大腸菌を用いた遺伝子クローニングでは、まずプラスミドを取り出し、次いで制限酵素で切断し、切断部位に増幅しようとするDNA断片(プラスミドと同じ制限酵素で切り出したもの)をDNAリガーゼで結合させる。この組み換えプラスミドを大腸菌に導入し、大腸菌の大量培養により組み換えDNAを増幅する。 土壌菌の一種であるアグロバクテリウムがもつTiプラスミドは植物の遺伝子導入において頻繁に利用される。 複製機構が類似しているプラスミド同士は同一宿主菌内では共存できない（不和合性, incompatibility）。.
プリブノーボックス
プリブノーボックス (Pribnow box) とは、真正細菌の遺伝子において、RNAポリメラーゼによる転写開始位置の上流10塩基対の位置にみとめられる共通塩基配列のこと。-10領域あるいは-10ボックスとも呼ばれ、また、真核生物同様TATAボックスと呼ばれることもある。遺伝子の転写において、プロモーターとして機能し、RNAポリメラーゼの結合位置を規定する配列といわれている。 具体的な配列としては、 の6塩基対から成る配列となっている。 なお、大腸菌の各種遺伝子における塩基配列の共通の程度は次の通り。 真核生物（及び古細菌）における、TATAボックスに相当する。.
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プロモーター
プロモーター（Promoter）とは転写（DNA からRNA を合成する段階）の開始に関与する遺伝子の上流領域を指す。プロモーターに基本転写因子が結合して転写が始まる。.
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プロテアーゼ
プロテアーゼ（Protease、EC 3.4群）とはペプチド結合加水分解酵素の総称で、プロテイナーゼ（proteinase）とも呼ばれる。広義のペプチダーゼ（Peptidase）のこと。タンパク質やポリペプチドの加水分解酵素で、それらを加水分解して異化する。収斂進化により、全く異なる触媒機能を持つプロテアーゼが似たような働きを持つ。プロテアーゼは動物、植物、バクテリア、古細菌、ウイルスなどにある。ヒトでは小腸上皮細胞から分泌する。.
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プロテアソーム
プロテアソーム (proteasome) はタンパク質の分解を行う巨大な酵素複合体である。プロテアソームは真核生物の細胞において細胞質および核内のいずれにも分布している。ユビキチンにより標識されたタンパク質をプロテアソームで分解する系はユビキチン-プロテアソームシステムと呼ばれ、細胞周期制御、免疫応答、シグナル伝達といった細胞中の様々な働きに関わる機構である。この「ユビキチンを介したタンパク質分解の発見」の功績によりアーロン・チカノーバー、アブラム・ハーシュコ、アーウィン・ローズの3人が2004年ノーベル化学賞を受賞した。 プロテアソームは全ての真核生物と古細菌が有しているが、古細菌のものは真核生物に比べはるかに単純である。本稿では主に真核生物のプロテアソームについて解説する。.
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プロテオ古細菌界
プロテオ古細菌界（プロテオアーキオータ界、Proteoarchaeota）は2014年に提案された古細菌の候補界である。古細菌ドメインの中ではユーリ古細菌界と全古細菌を2分する。記載種を含む系統としてはクレン古細菌、タウム古細菌が所属し、他にコル古細菌等が含まれる。 従来古細菌はユーリ古細菌界とクレン古細菌界に2分されてきたが、その後この2系統に属さない古細菌が複数発見されてきたこと、ユーリ古細菌の多様性に比べてクレン古細菌の多様性が小さいことなどを根拠にクレン古細菌界が格下げされ、近縁のタウム古細菌等を含める形で提唱された。複雑な細胞骨格や遺伝システムが特徴であり、エオサイト説など真核生物と関係づけられることも多い。例えば、このグループに所属する古細菌は、真正細菌やその他の古細菌が使用するZリングではなく、真核生物が細胞分裂の最終段階に使用するESCRTに似たタンパク質を細胞分裂に使用する。.
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パルウ古細菌
パルウ古細菌（-こさいきん、Parvarchaeota）とは、ARMAN及び近縁系統に対して2013年に提唱された古細菌の門であるRinke, C., Schwientek, P., Sczyrba, A., et al. (2013)“Insights into the phylogeny and coding potential of microbial dark matter,”Nature, 499(7459):431-7.
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ヒストン
ヒストン（histone）は、真核生物のクロマチン（染色体）を構成する主要なタンパク質である。.
ピュロコックス・フリオスス
Pyrococcus furiosus（ピュロコックス・フリオスス、パイロコッカス・フリオサス、ピロコックス・フリオスス）は''Pyrococcus''に属する偏性嫌気性超好熱古細菌。Pyrococcus 属の基準種である。古細菌のモデル生物の一つ。 1980年代にイタリア、ヴルカーノ島の浅い海底にある硫黄熱水噴出孔から分離された。増殖は70〜103℃の範囲で起こり、その至適温度は100℃と高い。発見された当時は''Pyrodictium''に次ぐ増殖温度の高さであった。 この古細菌は現在広く知られた超好熱菌の一つになっており、様々な研究に使用される。高耐久性酵素の分離源としても使われることがあり、例えばこの菌から分離されたDNAポリメラーゼは、熱安定性が高いことに加え、広く使われているTaqポリメラーゼよりも複製正確性が高い（約10倍）ためポリメラーゼ連鎖反応にしばし使用される。 培養は単体硫黄を添加した海水に酵母エキスやペプトンなどのタンパク源、あるいはデンプンなどを加えて90℃後半中性嫌気条件下で行う。この時硫黄が還元され硫化水素を生成する（硫黄がなくても培養はできるが、発生する水素によって増殖阻害が起こる）。至適条件での世代時間は37分であり、超好熱菌の中では最も早いものの一つである。種形容語はこれに由来しており、ラテン語でfuriosusフリオースス、狂乱した・狂暴なといった意味がある。 全ゲノムは2001年に解読された。ゲノムサイズ1908kbp、タンパク質をコードする遺伝子は2,065個と推定された。.
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ピクロフィルス属
Picrophilus（ピクロフィルス属）は、テルモプラズマ目ピクロフィルス科に属す古細菌の一属。既知のものとしては最も好酸性の強い生物である。学名はギリシア語で酸/苦い（πικρό）+愛する（φιλος）のラテン語形。 1995年に北海道の噴気孔で発見された。生育が可能なpHはマイナス0.06（培養培地に1.2 M相当の硫酸を添加）に達し、近縁の古細菌Thermoplasma acidophilum（限界生育pH0.5）や真核藻類のイデユコゴメ（pH0.24）などを上回り、既知のものとしては全生物中最も好酸性が強い生物である。生育至適pHも0.7という極端な数値を示している。pH4以上では細胞膜を維持できないほど強酸下の環境に適応している。 形状は1-1.5μほどの球菌、細胞表面にはS層（細胞壁）が存在し、他のテルモプラズマ綱（細胞壁を持たない）とは異なっている。鞭毛は持たない。栄養的には完全な偏性好気性偏性従属栄養生物であり、好気条件下でアミノ酸などを酸化して増殖する。 ゲノムは2004年に解読が終了（P.
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テルペン
テルペン (terpene) はイソプレンを構成単位とする炭化水素で、植物や昆虫、菌類などによって作り出される生体物質である。もともと精油の中から大量に見つかった一群の炭素10個の化合物に与えられた名称であり、そのため炭素10個を基準として体系化されている。分類によってはテルペン類のうち、カルボニル基やヒドロキシ基などの官能基を持つ誘導体はテルペノイド (terpenoid) と呼ばれる。それらの総称としてイソプレノイド (isoprenoid) という呼称も使われる。テルペノイドは生体内でメバロン酸から生合成される。.
テルモプラズマ属
Thermoplasma（テルモプラズマ属、サーモプラズマ属）は、陸上の温泉などに生息する好熱、好酸、通性嫌気性の古細菌の一属。古細菌のモデル生物の一つで、細胞壁を欠くなどの特徴で知られる。学名はギリシア語で「熱(θέρμη)」+「形作られたもの(Πλάσμα)」という意味である。 単離は好熱古細菌の中では最も早く、1960年代後半にインディアナ州の炭鉱のボタ山から発見された。1980年代になると各地の温泉などからも単離され始め、日本でも温泉からの報告例がある。.
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テルモプラズマ綱
テルモプラズマ綱（Thermoplasmata）は、古細菌ユリアーキオータ門に属す綱の一つ。典型的な例では好気好酸性のテルモプラズマなどが知られるが、メタン菌など様々な生物を含むと考えられており、ユリアーキオータ門としては非常に多様な栄養形態を示す綱である。 幾つかの未培養系統が知られており、海洋の有光層に存在するMarine Group IIは光合成型ロドプシンを持っている。メタン菌のメタノマッシリイコックスも以前はRice Claster IIIやメタノプラズマと呼ばれていた。 細胞壁を欠損する種が多く、容易に形態を変化させ細胞融合する。大規模な遺伝子水平伝播の形跡があり、古細菌型ヒストンやアクチンを持たず、代わりに真正細菌型のHUやMreBを持つ。.
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テルモプラズマ目
テルモプラズマ目（Thermoplasmatales）は、エウリ古細菌 テルモプラズマ綱に属す目の一つ。好気性、好酸性で、多くは細胞壁を持たない。非常に低いpH環境に生息し、全生物中最も好酸性が強いことから超好酸菌と呼ばれることもある。.
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テルモプロテウス目
テルモプロテウス目（-もく、Thermoproteales、サーモプロテアス目）は、クレンアーキオータ門テルモプロテウス綱に属す古細菌の目である。多くが長径2-10μ程の棒状の外観を持つ桿菌で、高温を好み、硫黄が豊富な陸性熱水系を中心に生息する。 増殖温度はおおむね70-104、中性か弱い酸性環境を好む。主な分離源は硫黄泉や熱水噴出孔であり、この他地熱発電所、鉱山からも単離されたことがある。大半が嫌気条件で硫黄を還元して水素や有機物を代謝することで増殖するが、一部の種、例えばPyrobaculum aerophilumの様に硝酸塩や酸素を利用する種も知られている。 一般的に好熱クレンアーキオータはヒストンを持たないが、テルモプロテウス目については全ゲノムが解読されている4属のうち、3属からヒストンと相同性のある遺伝子が見つかっている。この他、一般的なクレンアーキオータとの違いでは、細胞分裂時に単純な二分裂ではなく、出芽を起こす点が独特である。細胞分裂に関与する遺伝子は今のところ特定されておらず、殆どの原核生物の分裂に必須であるFtsZやMin、テルモプロテウス目以外のクレンアーキオータやタウムアーキオータが細胞分裂に使用するESCRT何れの遺伝子も発見されていない。一方でアクチン様たんぱく質の存在が確認されており、細胞分裂に関与すると予想されている。.
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テルモコックス綱
テルモコックス綱（Thermococci、サーモコッカス綱）は、ユーリ古細菌に属す綱の1つで、海洋熱水域に広く生育する超好熱菌のグループである。 深海の熱水噴出孔から良く単離される生物の一つ。油田鉱床、浅瀬の熱水域からの単離例もある。一方で陸上の熱泉からの分離例はない。海底火山が噴火した際に周囲の海水から高濃度で検出されたことがあり、分布の中心は熱水噴出孔周辺の地下とみられている。 全種が超好熱性、偏性嫌気性の従属栄養生物であり、熱水域でペプチドや多糖類を分解して生活している。水素により強い増殖阻害を受けることから、代謝の結果生じる水素を硫黄と反応させ、硫化水素として除去している。このため単体硫黄や硫化金属が多量に存在する環境をよく好む。一般にサイズ1-2μmのあまり特徴のない不定型の球菌として観察される。殆どの種が多極の鞭毛を有している。細胞壁はS層から構成される（細胞壁を欠損する種もあり）。その他の性質は典型的な古細菌と同じである。 進化的にはユーリ古細菌の基部付近から分岐したと考えられている。ユーリ古細菌における系統関係の一例を示す。.
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デオキシリボ核酸
DNAの立体構造 デオキシリボ核酸（デオキシリボかくさん、deoxyribonucleic acid、DNA）は、核酸の一種。地球上の多くの生物において遺伝情報の継承と発現を担う高分子生体物質である。.
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デスルフロコックス目
デスルフロコックス目（-もく、Desulfurococcales、デスルフロコッカス目）は、クレンアーキオータ門テルモプロテウス綱に属す古細菌の目である。極めて好熱性が強いことが特徴で、105を越える温度で増殖する種を多数含む。.
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フラジェリン
ピロリ菌の電子顕微鏡写真。菌体の後端から伸びた数本の鞭毛は、主にフラジェリンによって構成されている フラジェリン（英：flagellin）とは、細菌の鞭毛を構成するタンパク質の1種である。大きさはおおよそ3万～6万Da。鞭毛の主成分であり、有鞭毛型細菌の菌体には多量に含まれている。.
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フィルミクテス門
フィルミクテス門（Firmicutes、ファーミキューテス、グラム陽性細菌門）とは、低GC含量とグラム陽性に特徴付けられる真正細菌の門である。グラム陽性低GC含量細菌とも呼ばれる。200近くの属を含み、真正細菌の中ではプロテオバクテリア門に次ぐ多様性を持つ。 腸内細菌や皮膚常在菌、病原菌あるいはヨーグルトなどの発酵食品を通じて人間にも比較的なじみの深いグループである。.
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ドメイン (分類学)
生物分類学におけるドメイン（domainドメイン、regioレギオー）とは、界よりも上の、最も高いランクの階級である。この階級における分類は、基礎的なゲノムの進化の違いを反映して行われる。3ドメイン説においては、真核生物ドメイン、真正細菌ドメイン、古細菌ドメインの3つのタクソンがこの階級に位置づけられる。日本語では、中国語に由来する「域」あるいはregio/domainを直訳した「領域」と呼ばれることもある。 この項目では、ドメインと同程度、あるいは代替となる階級についても扱う。empire（エンパイアー）、superkingdom（スーパーキングダム）と呼ばれるものがそれで、それぞれ日本語では帝国、上界、ラテン語ではimperium（インペリウム）、superregnum（スペッレグヌム）が充てられる。 この階級の新設は、これまでの分類の最も高い階層である界が本来は植物と動物を分けるために設定されたものであったことに由来する。様々な生物の発見により界は徐々に増加したが、原核生物についての研究が進むにつれ、植物と動物の差よりも原核生物内部の多様性の方が遥かに大きいことが分かってきため、界より上のランクを設定した方がよい、との判断が生まれてきたことによる。古細菌の発見がこれを後押しした。.
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ニトロソプミルス・マリティムス
ニトロソプミルス・マリティムス（Nitrosopumilus maritimus）は、2005年に水族館から分離されたタウムアーキオータ門（海洋性クレンアーキオータ）に属するアンモニア酸化古細菌。タウムアーキオータとしては最も早く培養に成功した。 従来古細菌は極限環境にのみに分布すると考えられてきたが、1992年に海洋からクレンアーキオータに属すと考えられる16S rRNA配列が検出され、marine archaeal group 1などと呼ばれた。しかしこのグループは分離が困難で、1996年に海綿に共生する"Cenarchaeum symbiosum"が発見されたものの、あまり研究は進まず、その生態は謎に包まれていた。 その中で、Nitrosopumilus maritimusは2005年にシアトル水族館の海洋性熱帯魚の水槽から単離された。形態や16S rRNA配列から前述のmarine archaeal group 1に属すと考えられている。少なくともアンモニアを酸化して独立栄養的に生育することができると見られている。近縁の古細菌のDNAは土壌からも検出される上、検出量はアンモニアを酸化する細菌の10-100倍にも達すことがあり、窒素循環で重要な地位を占めている可能性がある。同様の亜硝酸古細菌（ただし好熱菌）が、2007年("Nitrososphaera gargensis")と、2008年("Nitrosocaldus yellowstonii")に発見されている。 形態は0.5×0.2×0.2 μm程の大きさを持つ桿菌。学名のNitrosopumilus maritimus（ニトロソプーミルス・マリティムス）は、「海の、亜硝酸を作る小人」といった意味を帯びる。 ゲノムは2007年に解読が終了。ゲノムサイズは、164万5259塩基対、ORFは1795箇所。2017年に記載された。.
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ニトロソスパエラ・ウィエンネンシス
ニトロソスパエラ・ウィエンネンシス（Nitrososphaera viennensis）は、2011年にウィーンの土壌中から分離されたタウムアーキオータ門に属するアンモニア酸化古細菌である。このグループとしては、"''Nitrosopumilus maritimus''"に次いで2例目の純粋培養例となった。学名は、「ウィーンから発見された、アンモニアを酸化する球菌」といった意味がある。タウム古細菌としては初の記載種である。 常温性のアンモニア酸化古細菌である。形状は0.6-0.9μm程の不定形の球菌。先行する"Nitrosopumilus maritimus"とは異なり、土壌性である。土壌から高頻度で検出されるSoil group I.1bという系統に属するとみられている。比較的アンモニア濃度の高い環境でも良く成長する。.
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味噌
（左から）麹味噌・赤味噌・合せ味噌 味噌（みそ）は、大豆や米、麦等の穀物に、塩と麹を加えて発酵させて作る発酵食品で、日本の伝統的な食品の一つである。日本料理（和食）の代表的な材料として日本国外にも知られている。.
アメーバ
アメーバ（amoeba, ameba, amœba）は、単細胞で基本的に鞭毛や繊毛を持たず、仮足で運動する原生生物の総称である。また仮足を持つ生物一般や細胞を指してこの言葉を使う場合もある。ギリシャ語で「変化」を意味する αμοιβη（amoibē） に由来する。 アメーバという語は意味が広いため、この項ではまず分類学的にもまとまっている典型的なアメーバについて説明し、その後で様々な「アメーバ」と呼ばれる生物について概要を述べ、最後に「アメーバ」と呼ばれる細胞について述べる。アメーバという語の一般社会での用法については最後にまとめる。.
アルカリフィルス・トランスヴァーレンシス
アルカリフィルス・トランスヴァーレンシス (Alkaliphilus transvaalensis) は、グラム陽性、嫌気性の真正細菌で、2008年現在知られている中では、最もpHの高い環境を好む生物である。 系統的に''Clostridium''に近縁なため、深い地下から発見されたこと、強いアルカリ環境を好むことを除けばClostridiumによく似ている。まっすぐ、または僅かに湾曲した3-6μmほどの桿菌であり、しばしば菌体の片側に、芽胞を伴う膨らみを持ったマッチ棒形を示す。鞭毛をもち運動性がある。嫌気条件下で酵母エキスやペプトンなどを主体とした培地上で増殖する。 発見されたのは南アフリカトランスヴァールにある金鉱の地下3200mという特殊な場所である。アルカリに強い耐性があり、pH12.5という強いアルカリ環境でも増殖できる。属名のAlkaliphilusはこの性質に由来している（Alkali-: アルカリ性、-philus: 好む）。.
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アルカエオグロブス綱
アルカエオグロブス綱（-こう、Archaeoglobi。アーケオグロバス綱）は、古細菌ユリアーキオータ門に属す超好熱菌の1綱である。 2009年現在、''Archaeoglobus''、''Ferroglobus''、''Geoglobus''の1目1科3属が知られている。典型的な古細菌と同じように、いずれも形態は1μm前後の不定型の球菌で、多数の鞭毛を備えており運動能力を持つ。表層はS層と呼ばれる糖たんぱく複合体の細胞壁によって覆われている。3属とも属名に-globusが付いているが、これはラテン語で球を意味しており、その丸い形態に因んだものである。 分布は地上では限られている。至適増殖温度は85前後、生育温度は最低でも60と高いため、深海の熱水噴出口など嫌気性の熱水環境に分布している。深い油田中からも分離されるため、地下生物圏の一部を構成している可能性もある。これらの環境でアルカエオグロブス綱に属す生物は、有機物や水素、硫化水素、第一鉄などを硫酸塩、硝酸塩、第二鉄などで嫌気的に酸化することによって増殖する。系統的にメタン菌に近く、一部の種は非常に微弱ながらもメタンを生成する。.
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アンモニア
アンモニア (ammonia) は分子式が NH_3 で表される無機化合物。常温常圧では無色の気体で、特有の強い刺激臭を持つ。 水に良く溶けるため、水溶液（アンモニア水）として使用されることも多く、化学工業では基礎的な窒素源として重要である。また生体において有毒であるため、重要視される物質である。塩基の程度は水酸化ナトリウムより弱い。 窒素原子上の孤立電子対のはたらきにより、金属錯体の配位子となり、その場合はアンミンと呼ばれる。 名称の由来は、古代エジプトのアモン神殿の近くからアンモニウム塩が産出した事による。ラテン語の sol ammoniacum（アモンの塩）を語源とする。「アモンの塩」が意味する化合物は食塩と尿から合成されていた塩化アンモニウムである。アンモニアを初めて合成したのはジョゼフ・プリーストリー（1774年）である。 共役酸 (NH4+) はアンモニウムイオン、共役塩基 (NH2-) はアミドイオンである。.
アントニ・ファン・レーウェンフック
アントーニ・ファン・レーウェンフック（レーベンフック、Antonie van Leeuwenhoek 、1632年10月24日 - 1723年8月26日）はオランダの商人、科学者。歴史上はじめて顕微鏡を使って微生物を観察し、「微生物学の父」とも称せられる。.
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アーキアル・リッチモンド・マイン・アシドフィリック・ナノオーガニズム
アーキアル・リッチモンド・マイン・アシドフィリック・ナノオーガニズム (Archaeal Richmond Mine acidophilic nanoorganisms) とは、古細菌の1つである。既知の古細菌と似ている所が少なく、未だ未知の部分も多い。身体の大きさは200×60nmしかなく、最も小さな生物である。名称が長いためしばしばARMANと表記される。.
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アデノシン三リン酸
アデノシン三リン酸（アデノシンさんリンさん、adenosine triphosphate）とは、アデノシンのリボース（＝糖）に3分子のリン酸が付き、2個の高エネルギーリン酸結合を持つヌクレオチドのこと。IUPAC名としては「アデノシン 5'-三リン酸」。一般的には、「adenosine triphosphate」の下線部のアルファベットをとり、短縮形で「ATP（エー・ティー・ピー）」と呼ばれている。.
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アフィジコリン
アフィジコリンまたはアフィディコリン（英語:Aphidicolin）は、セファロスポラム・アフィジコラ（Cephalosporum aphidicola）という菌類から単離された、抗ウイルス性と抗有糸分裂を持つ四環系ジテルペンである。アフィジコリンは真核生物のDNA複製を可逆的に阻害する働きがある。アフィジコリンは、細胞周期をS期初期で止め、また真核細胞や、やヘルペスウイルスなどのウイルスにあるDNAポリメラーゼA,Dに対して特異的に働き、HeLa細胞においてはアポトーシス誘導剤として働く。自然界ではの二次代謝産物として知られている。.
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アキディロブス目
アキディロブス目（-もく、アシディロバス目、Acidilobales) は、クレンアーキオータ門テルモプロテウス綱に属す古細菌の目である。タイプ指定はAcidilobus（Acidus（アキドゥス/酸っぱい）+lobus（ロブス/丸、葉よう（希））。Acidilobusの記載以前は、"Caldisphaerales"とも呼称された。 形態は1-2μmほどのやや不規則な球菌。主に陸上にある弱酸性の熱水系に分布する。増殖範囲は50-90、pH2-6程度で、これまでに単離された主な場所は、カムチャツカ半島やフィリピン、日本の温泉などが中心となっている。デンプンなどの炭化水素、タンパク質を嫌気的に醗酵して増殖する。 系統的にはデスルフロコックス目に近縁である。.
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アクチン
アクチン（赤）・プロフィリン（青）複合体 thumb thumb アクチン（Actin）は螺旋状の多量体を形成してマイクロフィラメントの1種であるアクチンフィラメントを形作る球形のタンパク質である。 この繊維は真核生物の細胞内部で3次元の繊維状構造を作る3つの細胞骨格（アクチンフィラメント、微小管、中間径フィラメント）の中では最も細いものである。アクチンフィラメントは細胞の形を決定している。細胞質流動と、細胞分裂での収縮に関与している。筋細胞ではミオシンと共に筋収縮を担う。また、仮足を介して移動を可能にする。細胞質基質内では、アクチンは種の間での差異が少なく非常に保存されたタンパク質の1つで、藻類とヒトの間で5%しか違わない。恒温脊椎動物では、アクチンには6種類のアイソフォームが存在する。.
イリノイ大学
イリノイ大学（University of Illinois）は、イリノイ州の州立大学システムの名称。本部はアーバナ市とシャンペーン市にまたがるアーバナ・シャンペーン校（1867年創立、略称UIUC）である。このほか、シカゴ市と州都スプリングフィールドにもキャンパスを有する。本部であるアーバナ・シャンペーン校は、研究機関型総合大学としてイリノイ大学システムの旗艦校(Flagship)となっており、英国Times誌が毎年発表する世界大学ランキングで31位に位置する難関(2011年）。いわゆるパブリック・アイビーと称される名門公立大学の一つで、特に工学・自然科学分野における研究実績は国際的にも評価が高い。これまでに送り出したノーベル賞受賞者の数は11名(2014年現在）。アメリカ大学協会会員。.
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イントロン
イントロン（intron）は、転写はされるが最終的に機能する転写産物からスプライシング反応によって除去される塩基配列。つまり、アミノ酸配列には翻訳されない。スプライシングによって除去されず、最終的にアミノ酸配列に翻訳される部位をエキソンと呼ぶ。 イントロンは一見無駄に見えるが、選択的スプライシングや、エキソンシャッフリングを可能にし、また、mRNAを核から運び出す過程や、翻訳効率などに関わっていることがわかってきた。.
インフルエンザ菌
インフルエンザ菌（インフルエンザきん、Haemophilus influenzae）とは、パスツレラ科ヘモフィルス属のグラム陰性短桿菌で、主に呼吸器や中耳に感染する細菌の1種である。b型菌のことをHib（ヒブ）と呼ぶ。歴史的な理由によりインフルエンザという名称が付けられてはいるが、インフルエンザの病原体ではない。.
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イエローストーン国立公園
イエローストーン国立公園（イエローストーンこくりつこうえん、Yellowstone National Park）はアイダホ州、モンタナ州、及びワイオミング州に位置するアメリカ合衆国の国立公園である。1872年に世界初の国立公園に指定されており 、ワイオミング州北西部を中心として3,470平方マイル（8,980平方km）にわたる。この国立公園には様々な間欠泉や温泉、地熱による観光スポットが散在していることで有名であるが、グリズリーやオオカミ、アメリカバイソン（バッファロー）やワピチ（エルク）の群れが生息していることでも知られる。ここは地上に残された数少ない手付かずの巨大温帯生態系の一つであるイエローストーン圏生態系 (Greater Yellowstone Ecosystem) の中心になっている。アメリカで最も人気のある国立公園で、2015年には410万人の観光客が訪れた。.
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イグニコックス属
イグニコックス（Ignicoccus、イグニコッカス、イグニカカス）は、偏性嫌気性グラム陰性不定形球菌の超好熱古細菌である。学名Ignicoccusは、ラテン語で「炎」を意味するイグニス(ignis)と、球菌を意味するコックス(Coccus)（ギリシャ語で「木の実」を意味するκόκκοςより派生）に由来する。 2000年にアイスランド北部のコルベインセイ海嶺（大西洋中央海嶺）からI.
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エンドソーム
ンドソーム (endosome) はピノサイトーシスによって形成された一重の生体膜からなる小胞。ほぼ全ての真核細胞が持ち、細胞外の分子の取り込みや、細胞表面の分子のソーティングに関わる。その結果エンドソームに取り込まれた一部の分子は再利用され、小胞輸送によって細胞膜へと輸送される。また不要な分子はエンドソームがリソソームと融合することで分解される。エンドサイトーシスの一種であるファゴサイトーシスによって形成された（ヘテロ）ファゴソームはエンドソームに含めないと思われる。 エンドソームの形成は、細胞膜の内側にクラスリンが集まった窪みが陥入して、被覆小胞となることで始まる。細胞膜から離れた被覆小胞はすぐにクラスリンを脱離させ、初期エンドソームに融合する。初期エンドソーム内部もリソソーム同様にプロトンポンプの作用によって酸性に保たれている。ここで膜に結合している受容体蛋白質の多くは再利用されるために細胞膜へと回帰する経路に乗る。一方受容体に結合してエンドソーム内腔に取り込まれたリガンドは、酸性条件下で受容体のコンフォメーションが変化するに伴い乖離する。初期エンドソーム内部には、細胞質に取り込まれた所とは別の細胞膜領域に運ばれる分子もあり、こういった分子はトランスサイトーシスと呼ばれる経路で初期エンドソームから運ばれる。初期エンドソームはゴルジ体近傍へ移動していくに従って、多数の小胞を内部に含んだ後期エンドソームへと成熟する。そこで加水分解酵素を含むリソソームと融合して内容物が分解され、エンドソームはリソソームと呼ばれるようになる。このままでは細胞表面の膜は取り込まれて減る一方なので、当然逆の経路もあり、それはエキソサイトーシスと呼ばれる。.
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エンドサイトーシス
ンドサイトーシス (endocytosis) とは細胞が細胞外の物質を取り込む過程の1つ。細胞に必要な物質のあるものは極性を持ちかつ大きな分子であるため、疎水性の物質から成る細胞膜を通り抜ける事ができない、このためエンドサイトーシスにより細胞内に輸送される。エキソサイトーシスとは反対の現象であり、これとは逆に細胞膜の一部から小胞を形成する。エンドサイトーシスは、取り込む物質の種類やその機構の違いから、食作用（しょくさよう、phagocytosis）と、飲作用（いんさよう、pinocytosis）とに大別される。.
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エーテル (化学)
ーテルの一般構造式 エーテル（ether）は有機化合物の分類のひとつで、構造式を R−O−R'（R, R' はアルキル基、アリール基などの有機基、O は酸素原子）の形で表される化合物を指す。また、エーテルに含まれる −O− の部分をエーテル結合という。また、溶媒としてのジエチルエーテルを単にエーテルということも多い。ジエチルエーテルが発見された際に、その高い揮発性を「地上にあるべきではない物質が天に帰ろうとしている」と解釈されたことから、古来天界の物質として考えられていたエーテルの名を援用して名付けられた。 なお、高揮発性の低沸点石油留分が名称の由来と同一発想で「石油エーテル」と命名され、実務分野ではそのまま定着しているが、石油エーテルは炭化水素のみで構成され化学種のエーテルを含んでいない。.
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エーテル型脂質
ーテル型脂質（エーテルがたししつ）とは、グリセロール骨格に炭化水素がエーテル結合した極性脂質である。 エーテル型脂質を極性脂質として有する生物はアーキアと一部の好熱性細菌のみである。他の生物の有する極性脂質は二分子の脂肪酸がグリセロールにエステル結合した構造をとる。ただし、血小板活性化因子やプラズマローゲンのように一分子の脂肪酸がエーテル結合である構造をとる極性脂質は存在する。.
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エオサイト説
イト説（Eocyte hypothesis）とは、真核生物の起源に関する説の一つで、古細菌の1系統であるエオサイト（.
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エステル
ルボン酸エステルの基本構造。RおよびR'は任意のアルキル基またはアリール基。 エステル (ester) は、有機酸または無機酸のオキソ酸とアルコールまたはフェノールのようなヒドロキシ基を含む化合物との縮合反応で得られる化合物である。単にエステルと呼ぶときはカルボン酸とアルコールから成るカルボン酸エステル (carboxylate ester) を指すことが多く、カルボン酸エステルの特性基 (R−COO−R') をエステル結合 (ester bond) と呼ぶ事が多い。エステル結合による重合体はポリエステル (polyester) と呼ばれる。また、低分子量のカルボン酸エステルは果実臭をもち、バナナやマンゴーなどに含まれている。 エステルとして、カルボン酸エステルのほかに以下のような種の例が挙げられる。.
カルディアルカエウム・スプテッラーネウム
ルディアルカエウム・スプテッラーネウム（Candidatus ‘Caldiarchaeum subterraneum’）は、2010年に報告された未記載の好熱古細菌である。メタゲノム解析のみがなされており、形態等の詳細は不明。地下320mの金鉱より発見された。 メタゲノム解析から判明した特徴が既知の古細菌門と異なることから、新門Aigarchaeotaが提唱されている。系統解析、遺伝子構成などは比較的タウムアーキオータに近く、タウムアーキオータに含むとする見解もある。168万0938塩基対の環状ゲノムを有し、計1777箇所のORFが見出されている。水素または一酸化炭素を、酸素あるいは硝酸,亜硝酸塩で酸化して独立栄養的に増殖していると予想されている。 特筆すべきこととして、ユビキチン-プロテアソームシステムに必要な遺伝子が発見されたことが挙げられる。ユビキチンシステムはこれまで真核生物特有と考えられていたが、この発見は真核生物型蛋白質修飾系の起源の通説を覆す可能性がある。2015年にはロキアーキオータと呼ばれる別の古細菌からもユビキチンが発見されている。 未培養のため未記載だが、二名法による名称として暫定的に‘Caldiarchaeum subterraneum’と呼ばれている。属名は「暖+古細菌」でcaldiarchaeumカルディアルカエウム、種形容語は「地下の」を意味するラテン語subterraneusスプテッラーネウスの中性形である。.
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カール・ウーズ
ール・リチャード・ウーズ（Carl Richard Woese, 1928年7月15日 - 2012年12月30日）はアメリカ合衆国（ニューヨーク州シラキューズ出身）の微生物学者。1977年に六界説、1990年に三ドメイン説という生物の分類体系を提唱したことで有名である。イリノイ大学アーバナ・シャンペーン校の教授を務めた。 アマースト大学で数学と物理学を学んだ後、エール大学で微生物学に転向する。 リボソームRNA（rRNA）による生物分類学の先駆者であり、1977年にRNAワールド仮説を考案している(RNAワールドという呼び方はギルバートによる)。彼は、遺伝子の類似点から生物を23の門に分け分岐図を描き、真正細菌、古細菌、真核生物の3つを比べ、古細菌は真正細菌でも真核生物でもないと考えた。それまでは生物の分類には、形態などの物理的分類、代謝などの化学的分類が主であり、遺伝子による分類は生物学・細菌学では用いられておらず、旧来の方法とは全く異なる新しい手法であった。この理論はサルバドール・エドワード・ルリア、エルンスト・マイヤーらに代表される生物学者たちから激しい反発を招き、受容に時間を要した。 1992年に微生物学の最高栄誉であるレーウェンフック・メダルを受賞。2000年にはアメリカ学界の栄誉であるアメリカ国家科学賞を授与された。2003年にクラフォード賞を受賞し、2006年にはロンドン王立協会の国外メンバーに選出された。 Pyrococcus woesei、Methanobrevibacterium woesei、Conexibacter woeseiなどの微生物は、彼に献名されたものである。 2012年12月30日、イリノイ州アーバナの自宅で死去。。.
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キラリティー
ラリティー (chirality) は、3次元の図形や物体や現象が、その鏡像と重ね合わすことができない性質。掌性。 キラリティがあることをキラル (chiral) という。英語風の発音でカイラリティ、カイラルともいう。これらの語はギリシャ語で「手」を意味するχειρ (cheir) が語源である。手はキラルなものの一例で、右手とその鏡像である左手は互いに重ね合わせられない（右手の掌と左手の甲を向かい合わせたときに重なり合わないということである）。一方でキラリティがない、つまり鏡像と重ね合わせられることをアキラル (achiral) という。キラルな図形とその鏡像を互いに（たとえば右手に対する左手を）enantiomorphsと言い、ギリシャ語で「反対」を意味するεναντιος (enantios) が語源である。 対掌性（たいしょうせい）ともいう。対掌とは右と左の手のひらの対を意味している。対称性と紛らわしいが、キラリティとは鏡像対称性の欠如であり、むしろ逆の意味になる。 幾何学的な図形のほか、分子、結晶、スピン構造などについて使われる。以下では分子のキラリティを中心に述べる。.
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ギリシア語
リシア語（ギリシアご、現代ギリシア語: Ελληνικά, または Ελληνική γλώσσα ）はインド・ヨーロッパ語族ヘレニック語派（ギリシア語派）に属する言語。単独でヘレニック語派（ギリシア語派）を形成する。ギリシア共和国やキプロス共和国、イスタンブールのギリシア人居住区などで使用されており、話者は約1200万人。また、ラテン語とともに学名や専門用語にも使用されている。省略形は希語。.
クレンアーキオータ門
レンアーキオータ（Crenarchaeota、エオサイト/Eocyte、クレンアーキア/Crenarchaea）は、好熱菌を中心とした古細菌の分類群である。27属57種の菌が含まれ、正式に発表されている古細菌のおおよそ2割弱を占める。 他の古細菌グループとは、基本的に16S rRNA系統解析によって区別される。進化速度が遅く、古細菌の祖先的な形質を残していると考えられたことから、ギリシャ語のκρηνη（ラテン文字:Crene、意味:泉・源泉）に因んで命名された。.
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クローン
ーンは、同一の起源を持ち、尚かつ均一な遺伝情報を持つ核酸、細胞、個体の集団。もとはギリシア語で植物の小枝の集まりを意味するκλών klōn から。1903年、が、栄養生殖によって増殖した個体集団を指す生物学用語として“” という語を考案した。本来の意味は挿し木である。.
クエン酸回路
ン酸回路。クリックで拡大 クエン酸回路（クエンさんかいろ）とは好気的代謝に関する最も重要な生化学反応回路であり、酸素呼吸を行う生物全般に見られる。1937年にドイツの化学者ハンス・クレブスが発見し、この功績により1953年にノーベル生理学・医学賞を受賞している。 解糖や脂肪酸のβ酸化によって生成するアセチルCoAがこの回路に組み込まれ、酸化されることによって、電子伝達系で用いられるNADHなどが生じ、効率の良いエネルギー生産を可能にしている。またアミノ酸などの生合成の前駆体も供給する。 クエン酸回路の呼称は高等学校の生物学でよく用いられるが、大学以降ではTCA回路、TCAサイクル (tricarboxylic acid cycle) と呼ばれる場合が多い。その他に、トリカルボン酸回路、クレブス回路 (Krebs cycle) などと呼ばれる場合もある。.
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グリセリン
リセリン (glycerine, glycerin) は、3価のアルコールである。学術分野では20世紀以降グリセロール (glycerol) と呼ぶようになったが、医薬品としての名称を含め日常的にはいまだにグリセリンと呼ぶことが多い。食品添加物として、甘味料、保存料、保湿剤、増粘安定剤などの用途がある。虫歯の原因となりにくい。医薬品や化粧品には、保湿剤・潤滑剤として使われている。.
グリセロール1-リン酸
''sn''-グリセロール1-リン酸（グリセロール1-りんさん、sn-glycerol 1-phosphate）は、リン酸とグリセロールから誘導されたリン酸エステルで、アーキア特異的エーテル型脂質の構成要素の一つである。同等に適切な名前として、グリセロ-1-リン酸(glycero-1-phosphate)、1-O-ホスホノグリセロール(1-O-phosphonoglycerol)、1-ホスホグリセロール(1-phosphoglycerol)がある。また歴史的経緯により-グリセロール1-リン酸(L-glycerol 1-phosphate)、-グリセロール3-リン酸(D-glycerol 3-phosphate)、-α-グリセロリン酸(D-α-glycerophosphoric acid)とも呼ばれる。.
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グリセロール3-リン酸
''sn''-グリセロール3-リン酸（グリセロール3-りんさん、sn-glycerol 3-phosphate, G3P）は、リン酸とグリセロールから誘導されたリン酸エステルで、グリセロリン脂質の構成要素の一つである。同等に適切な名前として、グリセロ-3-リン酸(glycero-3-phosphate)、3-O-ホスホノグリセロール(3-O-phosphonoglycerol)、3-ホスホグリセロール(3-phosphoglycerol)がある。また歴史的経緯により-グリセロール3-リン酸(L-glycerol 3-phosphate)、-グリセロール1-リン酸(D-glycerol 1-phosphate)、-α-グリセロリン酸(L-α-glycerophosphoric acid)とも呼ばれる。.
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ケナルカエウム・シュンビオスム
ナルカエウム・シュンビオスム（センアーケウム・シンビオサム、Cenarchaeum symbiosum）は、Axinella属海綿に共生する古細菌の未記載種である。1996年にAxinella mexicanaから発見された。 A. mexicanaを始めとしたAxinella属の海綿に共生している。A.
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ゲノム
ノム（Genom、genome, ジーノーム）とは、「遺伝情報の全体・総体」を意味するドイツ語由来の語彙であり、より具体的・限定的な意味・用法としては、現在、大きく分けて以下の2つがある。 古典的遺伝学の立場からは、二倍体生物におけるゲノムは生殖細胞に含まれる染色体もしくは遺伝子全体を指し、このため体細胞には2組のゲノムが存在すると考える。原核生物、細胞内小器官、ウイルス等の一倍体生物においては、DNA（一部のウイルスやウイロイドではRNA）上の全遺伝情報を指す。 分子生物学の立場からは、すべての生物を一元的に扱いたいという考えに基づき、ゲノムはある生物のもつ全ての核酸上の遺伝情報としている。ただし、真核生物の場合は細胞小器官（ミトコンドリア、葉緑体など）が持つゲノムは独立に扱われる（ヒトゲノムにヒトミトコンドリアのゲノムは含まれない）。 ゲノムは、タンパク質をコードするコーディング領域と、それ以外のノンコーディング領域に大別される。 ゲノム解読当初、ノンコーディング領域はその一部が遺伝子発現調節等に関与することが知られていたが、大部分は意味をもたないものと考えられ、ジャンクDNAとも呼ばれていた。現在では遺伝子発現調節のほか、RNA遺伝子など、生体機能に必須の情報がこの領域に多く含まれることが明らかにされている。.
ゲノム配列が決定された古細菌の一覧
ノム配列が決定された古細菌の一覧。 本項目はゲノムの全塩基配列の解読が終了している古細菌の一覧である。正式発表されていない種を含む。 2010年4月現在、80株以上の古細菌の配列が決定されている。ゲノムサイズが小さいことや発見された種自体が少ないことなどもあって真核生物や真正細菌に比べ進んでいる。2009年新たに発表されたアキディロブス目（2010年にロシアの研究グループからゲノム解析の報告が出された。）も含めて、全ての目に配列が決定された種が存在する。.
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コルアーキオータ門
ルアーキオータ門（界）（Korarchaeota、Korarchaea、コル古細菌）とは1996年にBarnsらによって指摘された古細菌、第三番目の門（界）。 アメリカアイダホ州のイエローストーン国立公園の74-93の熱水底泥にPCR法を用いて、16S rRNA系統解析を試みたところ、クレンアーキオータ、ユリアーキオータ界のどちらにも入らない配列を発見した。この結果より、Barnsらは、従来のWoeseによる『古細菌は二界である』という説を覆し『古細菌は三界よりなる』という主張を打ち立てた。 発見から十年以上が経過しているがいまだ実態は不明な点が多い。1997年にFISH法を用いて増殖していることが確認されているが、これまでに純粋培養は成功していない。しかしながら2008年に“Candidatus Korarchaeum cryptofilum”と呼ばれる株について、全ゲノムの解読が報告された。生命の起源に最も近い生物とも、クレンアーキオータにやや近縁とも言われている。.
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シャイン・ダルガノ配列
ャイン・ダルガノ配列 (Shine-Dalgarno sequence) とは、原核生物のmRNAにおいて、開始コドンの上流に見られる共通配列で、シャイン・ダルガノボックス、SD配列とも言う。コードとしては-AGGAGG-のようにプリン塩基（アデニン・グアニン）に富んだ3ないし9塩基（平均4.8塩基）の長さの配列となっている。 原核生物の16SrRNAには3'末端に‐CCUCCUAの配列（アンチ・シャイン・ダルガノ配列）があり、これがシャイン・ダルガノ配列と相補的対合を行う。このため、リボゾーム結合部位となっている。 オーストラリアの科学者、John ShineとLynn Dalgarnoによって提唱された。SD配列はmRNAにリボソームを動員するのを助け、リボソームを開始コドンに配置することによってタンパク質合成を開始させる。真核生物にあるSD配列に類似した配列はコザック配列と呼ばれている。SD配列の例を挙げると大腸菌はAGGAGGAである。 SD配列に突然変異が起こると翻訳効率が低下することがある。この低下はmRNA-リボソーム対合効率の低下に原因がある。このことは、リボソームのほうのアンチSD配列に、この突然変異に相補的な突然変異を起こしてやると翻訳効率が回復したことから証明された。 SD配列とアンチSD配列が対合すると翻訳開始因子IF2-GTP、IF1、IF3および開始tRNAであるfMet-tRNA(fMET)がリボソームに動員される。.
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シロアリ
アリ（白蟻）は、昆虫綱ゴキブリ目シロアリ科 (Termitidae) 、あるいはシロアリ目の昆虫の総称（詳細は分類の項を参照）。 主に植物遺体を食べる社会性昆虫である。熱帯から亜寒帯まで、陸上のほとんどの地域に分布するが、熱帯に種数が多い。いわゆる蟻塚のほとんどは、シロアリによって作られる。 シロアリにはヤマトシロアリ、イエシロアリのような下等シロアリとキノコシロアリのような沖縄以南に分布する高等シロアリがある。家屋に被害を与えるのは下等シロアリである。 木造家屋などに棲みつき木材(場合によってはコンクリートやプラスチック、動物の死骸なども食い荒らすこともある)を食い荒らす害虫として忌み嫌われるが、自然界においてはセルロースの分解に携わる重要な働きを持つ。近年ではシロアリの消化器官内の共生菌によるセルロース分解プロセスがバイオマスエタノールやバイオガスの製造に役立つ事が期待され、研究が進められる。.
シグマ因子
マ因子（σいんし）とは、真正細菌のDNA上で転写を開始する場所を決定するタンパク質。RNAポリメラーゼと結合し、プロモーター領域の特異的な配列を認識することで、どの遺伝子を読むかを決定する。通常生物はシグマ因子を多数持っており、環境に応じてその存在比率を変えることでその環境に適した遺伝子群の転写を保障している。大腸菌ではシグマ70,N,F,S,H,E,FecIの7種類が報告されている。.
ジフテリア
フテリア (diphtheria) は、ジフテリア菌 (Corynebacterium diphtheriae) を病原体とするジフテリア毒素によって起こる上気道の粘膜感染症。 感染部位によって咽頭・扁桃ジフテリア、喉頭ジフテリア、鼻ジフテリア、 皮膚ジフテリア、 眼結膜ジフテリア、生殖器ジフテリアなどに分類できる。腎臓、脳、眼の結膜・中耳などがおかされることもあり、保菌者の咳などによって飛沫感染する。発症するのは10%程度で、他の90%には症状の出ない不顕性感染であるが、ワクチンにより予防可能で予防接種を受けていれば不顕性感染を起こさない。すべてのジフテリア菌が毒素を産生するわけではなく、ジフテリア毒素遺伝子を保有するバクテリオファージが感染した菌のみが、ジフテリア毒素を産生する。 ジフテリア菌の発見は1883年。エミール・フォン・ベーリングと北里柴三郎が血清療法を開発。その功績でベーリングは第1回ノーベル生理学・医学賞を受賞した。.
スルフォロブス属
Sulfolobus（スルフォロブス属、サルフォロバス属）は、陸上の火山や温泉などに広く生息する好気・好酸・好熱性の古細菌の一属である。 属名は、硫黄を好むこと、細胞表面に頻繁に突出部を形成することから、ラテン語で、硫黄（Sulfur;スルフル）+ 丸・耳たぶ、葉よう（希:lobus;ロブス）という意味になっている。.
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スルフォロブス目
ルフォロブス目（-もく、Sulfolobales。サルフォロバス目）は、クレンアーキオータ門テルモプロテウス綱に属す古細菌の目である。 温泉や熱水泉、鉱山などの陸上熱水系から分離される好熱好酸菌の一つ。強酸高熱の環境に特に適応しており、生育に適するのはpH1-5、50-90の極限的な環境である。中にはpH0.35(A. sulfidivorans)や96(A. infernus)で増殖できるものもいる。分布が広く大抵の陸上酸性熱水泉に存在しているが、海洋から分離されることはほとんどない。ほとんどの種が偏性/通性好気性菌である。 好熱好酸性に加え、すべての種が硫黄を何らかの形で利用する。代表的な属である''Sulfolobus''は硫黄がなくても従属栄養的に増殖できるが、自然界では無機硫黄を酸化してCO2を固定する硫黄酸化菌としてふるまっていると思われる。''Acidianus''も同様の代謝を行うが、こちらは水素と硫黄の存在下嫌気性菌としても生育することができる。 形態は1-3μm程度の不定型の球菌で、頻繁に丸い突出部を形成する。グラム陰性でS層と呼ばれる細胞壁を持ち、細胞膜はテトラエーテル脂質一重膜から成る。鞭毛を有し運動性を持つ場合が多い。系統的にはデスルフロコックス目とアキディロブス目を合わせたクレードの姉妹群になると考えられている。.
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ストレプトマイシン
トレプトマイシン（Streptomycin）は抗生物質のひとつである。最初に発見されたアミノグリコシド類であり、結核の治療に用いられた最初の抗生物質である。略してストマイともいう。放線菌の一種 Streptomyces griseus に由来する。 真正細菌（バクテリア）型リボソームのみに選択的で、それ以外の生物、例えば古細菌には効果がない。古細菌に近い祖先をもつと考えられる真核生物本体のリボソームも阻害を受けず、真正細菌のみを選択的に殺すことができる。ただし、ミトコンドリアリボソームは進化的に真正細菌に起源があり、ある程度影響を受ける。これが副作用の原因の一つになると考えられている。 なお、ストレプトマイシンは消化管からの吸収がよくないため経口では投与できず、筋肉注射を行わなければならない。 現在では、硫酸塩および誘導体のジヒドロストレプトマイシンが農薬の一種である殺菌剤として発売されている。.
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スプライソソーム
プライソソーム（Spliceosome）はタンパク質とRNAの複合体で、転写されたmRNA前駆体からイントロンを取り除いて成熟RNAにする機能を持つ。この過程はPre-mRNA スプライシングと呼ばれる。 それぞれのスプライソソームは、5つの核内低分子リボ核タンパク質（snRNP）といくつかのタンパク質因子から構成されている。 スプライソソームを構成するsnRNPはU1、U2、U4、U5、U6と名づけられ、RNA-RNA間相互作用やRNA-タンパク質間相互作用に関係している。snRNPのRNA部分はウリジンに富んでいる。 mRNA前駆体はスプライソソームに認識され、再配列を起こさせる特異的な配列を持っている。これは、5'末端スプライス部位、分岐点配列（BPS）、ポリピリミジン領域、3'末端スプライス部位からなっている。スプライソソームはイントロンの除去を触媒し、エクソン同士を連結させる。 イントロンは、5'末端側にGTの配列、3'末端側にAGの配列を持つ場合が多い。3'末端側には他に様々な長さのポリピリミジンもあり、3'末端やBPSに補因子を引き寄せる働きをしている。BPSには、スプライシングの初期段階に必要になる保存されたアデノシン残基がある。.
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セルロース
ルロース (cellulose) とは、分子式 (C6H10O5)n で表される炭水化物（多糖類）である。植物細胞の細胞壁および植物繊維の主成分で、天然の植物質の1/3を占め、地球上で最も多く存在する炭水化物である。繊維素とも呼ばれる。自然状態においてはヘミセルロースやリグニンと結合して存在するが、綿はそのほとんどがセルロースである。 セルロースは多数のβ-グルコース分子がグリコシド結合により直鎖状に重合した天然高分子である。構成単位であるグルコースとは異なる性質を示す。いわゆるベータグルカンの一種。.
センサ
ンサまたはセンサー（sensor）は、自然現象や人工物の機械的・電磁気的・熱的・音響的・化学的性質あるいはそれらで示される空間情報・時間情報を、何らかの科学的原理を応用して、人間や機械が扱い易い別媒体の信号に置き換える装置のことをいい、センサを利用した計測・判別を行うことを「センシング」という。検知器（detector）とも呼ばれる。.
タンパク質
ミオグロビンの3D構造。αヘリックスをカラー化している。このタンパク質はX線回折によって初めてその構造が解明された。 タンパク質（タンパクしつ、蛋白質、 、 ）とは、20種類存在するL-アミノ酸が鎖状に多数連結（重合）してできた高分子化合物であり、生物の重要な構成成分のひとつである生化学辞典第2版、p.810 【タンパク質】。 構成するアミノ酸の数や種類、また結合の順序によって種類が異なり、分子量約4000前後のものから、数千万から億単位になるウイルスタンパク質まで多種類が存在する。連結したアミノ酸の個数が少ない場合にはペプチドと言い、これが直線状に連なったものはポリペプチドと呼ばれる武村(2011)、p.24-33、第一章 たんぱく質の性質、第二節 肉を食べることの意味ことが多いが、名称の使い分けを決める明確なアミノ酸の個数が決まっているわけではないようである。 タンパク質は、炭水化物、脂質とともに三大栄養素と呼ばれ、英語の各々の頭文字を取って「PFC」とも呼ばれる。タンパク質は身体をつくる役割も果たしている『見てわかる！栄養の図解事典』。.
タウムアーキオータ
タウムアーキオータ門（タウム古細菌、タウマルカエオタ門、Thaumarchaeota、Thaumarchaea/タウムアーキア）は2008年に新しく提案された古細菌の門である。古細菌ではあるが極限環境微生物としての性格は薄く、16S rRNAクローンによる分布は海洋、土壌が中心である。 門名はギリシア語のΘαύμας（不思議な / ラテン語形:thaumas, タウマース）に由来する。しばらくは論文での使用数も限られていたが、2010年ごろから使用例が増加している。系統的にはエウリ古細菌よりもクレン古細菌に近縁とされており、以前はクレン古細菌に含められていた。 また、クレン古細菌に近いことからエオサイト説に基づく研究もされている。真核生物がこの系統から派生したという仮説があり、タウム古細菌や、近縁な''Caldiarchaeum subterraneum''（"Aigarchaeota門"またはタウム古細菌に含む）などからはユビキチンやチューブリンなどの報告がある。.
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タクソン
タクソン（taxon、複：タクサ、taxa）とは、生物の分類において、ある分類階級に位置づけられる生物の集合のこと。訳語としては分類群（ぶんるいぐん）という用語が一般的である。taxonomic unit、taxonomical groupと同義。.
出芽酵母
出芽酵母（しゅつがこうぼ, 英語: budding yeast）は出芽によって増える酵母の総称であるが、普通は Saccharomyces cerevisiae をさす。.
共生
共生（きょうせい、SymbiosisあるいはCommensal）とは、複数種の生物が相互関係を持ちながら同所的に生活する現象。共に生きること。 元の用字は共棲であるとする説もあるが、最新の研究では、共生は明治21年に三好学の論文で用いられていることが確認されており、共棲の用例より早い。確認されている範囲では、日本に初めてSymbiosisという概念を紹介した最初の研究者は三好学であるので、彼がこの訳を当てた可能性が高いともされる。日本では1922年に椎尾弁匡が仏教運動として共生運動を始め、共生が単なる生物学的な意味だけでなく、哲学的な意味を含む言葉になっていった。.
共通祖先
共通祖先（きょうつうそせん、Common descent）とは生物進化をさかのぼることで生まれた『全生物の祖先型生命』の概念を表す語である。共通祖先の存在は概念的には古くから提唱されていたものの科学的にその存在が提唱されたのは1987年以降であり、そこにはカール・ウーズによる古細菌の発見が重要な役割を演じている。本記事は『生命の起源』と重複するが、生命の起源では論じられない生命誕生後の進化やそのあり方について解説する。なお、化学進化後の原始生命体については当該記事を参照。 別名としては様々な名前が多くの学者によって提唱されており、その全てのニュアンスが微妙に異なっているために後述する。.
先カンブリア時代
先カンブリア時代（せんカンブリアじだい、Precambrian (age)）とは、地球が誕生した約46億年前以降、肉眼で見える大きさで硬い殻を持った生物の化石が初めて産出する5億4,200万年前以前の期間（約40億年）を指す地質時代であり、冥王代(Hadean)、始生代(Archeozoic)、原生代(Proterozoic)の三つに分け、これらの時代区分は生物の進化史を元にしている。 先カンブリア時代に関しては詳しいことがあまり分かっておらず、現在知られていることもほとんどはここ数十年で解明されてきたことである。 先カンブリア代 (Precambrian eon(s)) とも呼ばれる。また、古生代、中生代、新生代を表す顕生代に対して、隠生代 化石に乏しいことから陰生代と呼ぶ（池谷仙之・北里洋著『地球生物学 ー地球と生命の進化ー』）東京大学出版会 2004年 82ページ）(Cryptozoic eon(s)) と呼ぶ。まれに先カンブリア紀 (Precambrian period)と呼ばれることがあるが、紀は累代および代より小さい時代区分なので、これは正しくない。.
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光合成
光合成では水を分解して酸素を放出し、二酸化炭素から糖を合成する。 光合成の主な舞台は植物の葉である。 光合成（こうごうせい、Photosynthese、photosynthèse、拉、英: photosynthesis）は、主に植物や植物プランクトン、藻類など光合成色素をもつ生物が行う、光エネルギーを化学エネルギーに変換する生化学反応のことである。光合成生物は光エネルギーを使って水と空気中の二酸化炭素から炭水化物（糖類：例えばショ糖やデンプン）を合成している。また、光合成は水を分解する過程で生じた酸素を大気中に供給している。年間に地球上で固定される二酸化炭素は約1014kg、貯蔵されるエネルギーは1018kJと見積もられている『ヴォート生化学 第3版』 DONALDO VOET・JUDITH G.VOET 田宮信雄他訳 東京化学同人 2005.2.28。 「光合成」という名称を初めて使ったのはアメリカの植物学者チャールズ・バーネス（1893年）である『Newton 2008年4月号』 水谷仁 ニュートンプレス 2008.4.7。 ひかりごうせいとも呼ばれることが多い。かつては炭酸同化作用（たんさんどうかさよう）とも言ったが現在はあまり使われない。.
動物
動物（どうぶつ、羅: Animalia、単数: Animal）とは、.
国際細菌命名規約
国際細菌命名規約（こくさいさいきんめいめいきやく International Code of Nomenclature of Bacteria）とは、国際原核生物分類命名委員会（International Committee on Systematics of Prokaryotes, ICSP、旧 国際細菌分類命名委員会）による、原核生物の学名を決める際の唯一の国際的な規範である。同様の任にある国際藻類・菌類・植物命名規約、国際動物命名規約とあわせて、生物の学名の基準となっている。現在の最新版は1990年改訂版。本規約が定めるのはあくまで学名の適切な用法であり、分類学的判断には一切関与しない。 この規約はすべての細菌と古細菌の種から綱までの学名に適用される。門以上の命名については規定しない。その他の微生物の命名について、菌類と藻類には国際藻類・菌類・植物命名規約が、原生動物には国際動物命名規約が適用される。ウイルスについては、将来ウイルス命名規約が制定されればそれに従う。 この規約では、種の名は属名+単一の種形容語の2語組合せである。すべてのタクソンの学名はラテン語として扱われる。属名は主格名詞、種形容語は属格名詞、形容詞、分詞などの属名を形容できるラテン語（あるいはラテン語化した外来語）でなければならず、動物や植物のように主格名詞を種形容語に使う事はできない。学名の表示は、本文の他の部分と区別できるように異なった字体（例えばイタリック体）にすることが望ましい。.
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球菌
球菌の顕微鏡像（黄色ブドウ球菌） 球菌（きゅうきん）とは、個々の細胞の形状が球形を示す原核生物（真正細菌および古細菌）のこと。桿菌、らせん菌と併せて、原核生物を形態によって分類するときに用いられる用語である。 ラテン語の「coccus（複数形はcocci）」は「（穀物などの）粒」あるいは「木の実」を表すギリシャ語「κόκκος」に由来している。.
硝酸
硝酸（しょうさん、nitric acid）は窒素のオキソ酸で、化学式 HNO3 で表される。代表的な強酸の1つで、様々な金属と反応して塩を形成する。有機化合物のニトロ化に用いられる。硝酸は消防法第2条第7項及び別表第一第6類3号により危険物第6類に指定され、硝酸を 10 % 以上含有する溶液は医薬用外劇物にも指定されている。 濃硝酸に二酸化窒素、四酸化二窒素を溶かしたものは発煙硝酸、赤煙硝酸と呼ばれ、さらに強力な酸化力を持つ。その強力な酸化力を利用してロケットの酸化剤や推進剤として用いられる。.
硫化水素
硫化水素や二酸化硫黄を主成分とする火山性ガスを噴出する噴気孔（黒部立山・地獄谷） 硫化水素（りゅうかすいそ、hydrogen sulfide）は化学式 H2S をもつ硫黄と水素の無機化合物。無色の気体で、腐卵臭を持つ。空気に対する比重は1.1905である。.
硫黄
硫黄（いおう、sulfur, sulphur）は原子番号 16、原子量 32.1 の元素である。元素記号は S。酸素族元素の一つ。多くの同素体や結晶多形が存在し、融点、密度はそれぞれ異なる。沸点 444.674 ℃。大昔から自然界において存在が知られており、発見者は不明になっている。硫黄の英名 sulfur は、ラテン語で「燃える石」を意味する言葉に語源を持っている。.
硫黄循環
硫黄循環 硫黄循環（いおうじゅんかん）とは生物地球化学的循環の一種であり、元素としての硫黄が様々な化合物の一部となることで化学種を変えながら、生態系内を循環することである。硫黄は大気、土壌、水域に存在するので、硫黄は空間的にも地球全体を循環している。.
硫酸
硫酸（りゅうさん、sulfuric acid）は、化学式 H2SO4 で示される無色、酸性の液体で硫黄のオキソ酸の一種である。古くは緑礬油（りょくばんゆ）とも呼ばれた。化学薬品として最も大量に生産されている。.
窒素
素（ちっそ、nitrogen、nitrogenium）は原子番号 7 の元素。元素記号は N。原子量は 14.007。空気の約78.08 %を占めるほか、アミノ酸をはじめとする多くの生体物質中に含まれており、地球のほぼすべての生物にとって必須の元素である。 一般に「窒素」という場合は、窒素の単体である窒素分子（窒素ガス、N2）を指すことが多い。窒素分子は常温では無味無臭の気体として安定した形で存在する。また、液化した窒素分子（液体窒素）は冷却剤としてよく使用されるが、液体窒素温度 (-195.8 ℃, 77 K) から液化する。.
窒素循環
素循環のモデル図 窒素循環（ちっそじゅんかん）は、窒素とこれを含む構成要素の間の変換について記述するもので、生物地球化学的循環の一部をなす。気体の要素も含んだ循環である。 窒素はタンパク質を構成する要素であり、さらに言えばタンパク質を構成するアミノ酸の要素である。さらにはDNAやRNAのような核酸にも含まれている。つまり窒素は生物にとって不可欠の存在であり、比較的多量に存在することが生物群集の成立には必要とされる。.
窒素固定
素固定（ちっそこてい）とは、空気中に多量に存在する安定な（不活性）窒素分子を、反応性の高い他の窒素化合物（アンモニア、硝酸塩、二酸化窒素など）に変換するプロセスをいう。 自然界での窒素固定は、いくつかの真正細菌（細菌、放線菌、藍藻、ある種の嫌気性細菌など）と一部の古細菌（メタン菌など）によって行われる。これらの微生物には、種特異的に他の植物や、動物（シロアリなど）と共生関係を形成しているものもある。また、雷の放電や紫外線や内燃機関での燃焼により、窒素ガスの酸化によって窒素酸化物が生成され、これらが雨水に溶けることで、土壌に固定される。 また、アンモニア合成を代表として人工的に窒素分子を他の窒素化合物に変換する手法も幾つか開発されており、工業的に非常に重要な位置を占めている。.
立体特異的番号付け
立体特異的番号付け（りったいとくいてきばんごうづけ、stereospecific numbering)とは、主に生化学において脂質を含むグリセロール誘導体の立体配置を記述するための方法。グリセロール骨格に由来する立体異性体に限られるが、それらを統一的に記述することができる。.
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立体配座
立体配座（りったいはいざ、Conformation）とは、単結合についての回転や孤立電子対を持つ原子についての立体反転によって相互に変換可能な空間的な原子の配置のことである。 二重結合についての回転や不斉炭素についての立体反転のように通常の条件では相互に変換不可能な空間的な原子の配置は立体配置という。.
系統樹
全生物を対象にした系統樹。青が真正細菌、赤が真核生物、緑が古細菌、真ん中付近が共通祖先 ヘッケルの系統樹 系統樹（けいとうじゅ）とは、生物の進化やその分かれた道筋を枝分かれした図として示したものである。樹木の枝分かれのように描かれることがあるので、こう呼ばれる。.
細胞
動物の真核細胞のスケッチ 細胞（さいぼう）とは、全ての生物が持つ、微小な部屋状の下部構造のこと。生物体の構造上・機能上の基本単位。そして同時にそれ自体を生命体と言うこともできる生化学辞典第2版、p.531-532 【単細胞生物】。 細胞を意味する英語の「cell」の語源はギリシャ語で「小さな部屋」を意味する語である。1665年にこの構造を発見したロバート・フックが自著においてcellと命名した。.
細胞壁
細胞壁（さいぼうへき）は、植物や菌類、細菌類の細胞にみられる構造。動物細胞には存在しない。細胞膜の外側に位置するために細胞外マトリクスの1つである。 細胞壁を形成する物質は、植物ではセルロースで、これはグルコース（ブドウ糖）がいくつもつながって出来ている糖鎖である。他にも、リグニンやペクチンのようなものもある。細胞壁は、二重構造（一次壁・二次壁）になっていて、たえず成長を繰り返している。細胞壁の主な役割は、防御（細胞膜から内側を守る）、改築・補強、物質補給、細胞間連絡、影響感知細胞である。また、細胞壁の分子間は微細ではない為、水・ナトリウムイオン・カリウムイオンなどを容易に通す。通常、植物細胞は緑色をしているが、木などは茶色をしている。これは、細胞壁がリグニンによって木化したためで、通常の細胞壁よりも硬い。.
細胞小器官
細胞小器官（さいぼうしょうきかん、）とは、細胞の内部で特に分化した形態や機能を持つ構造の総称である。細胞内器官、あるいはラテン語名であるオルガネラとも呼ばれる。細胞小器官が高度に発達していることが、真核細胞を原核細胞から区別している特徴の一つである。 細胞小器官の呼称は、顕微鏡技術の発達に従い、それぞれの器官の同定が進むとともに産まれた概念である。したがってどこまでを細胞小器官に含めるかについては同定した経過によって下記のように混乱が見られる。細胞小器官を除いた細胞質基質についても、新たな構造や機能が認められ、細胞小器官を分類して論じることは今日ではあまり重要な意味をなさなくなってきつつある。 第一には、最も早い時期に同定された核、小胞体、ゴルジ体、エンドソーム、リソソーム、ミトコンドリア、葉緑体、ペルオキシソーム等の生体膜で囲まれた構造体だけを細胞小器官と呼ぶ立場があり、またこれらはどの場合でも細胞小器官に含められている。これらを膜系細胞小器官と呼ぶ場合もある。膜系細胞小器官が内を区画することにより、色々な化学環境下での生反応を並行することを可能にしている。また膜の内外で様々な物資の濃度差を作ることができ、このことを利用してエネルギー生産（電子伝達系）や、物質の貯蔵などを行っている。さらに小胞体、ゴルジ体、エンドソーム、リソソームは、小胞を介して細胞膜と連絡しあっており、このEndomembrane systemと呼ばれるネットワークを通じて物質の取込み（エンドサイトーシス）や放出（分泌）を行うことで、他の細胞や細胞外とのコミュニケーションを達成している。 なおこれらのうちミトコンドリアは、独自の遺伝構造を持つことから、生物進化の過程や種の拡散において注目される場合があり、例えばヒトではミトコンドリア・イブのような共通祖先も想定される。ミトコンドリアに関しては、元来別の細胞が細胞内共生したものに由来するとの説（細胞内共生説）が有力視されている。葉緑体に関しても共生に由来するのではないかという見方もあるが、その起源は依然不明である。 第二には、細胞骨格や、中心小体、鞭毛、繊毛といった非膜系のタンパク質の超複合体からなる構造体までを細胞小器官に含める場合もある。 さらには、核小体、リボソームまで細胞小器官と呼んでいる例も見いだされる。.
細胞分裂
細胞分裂（さいぼうぶんれつ）とは、1つの細胞が2個以上の娘細胞に分かれる生命現象。核分裂とそれに引き続く細胞質分裂に分けてそれぞれ研究が進む。単細胞生物では細胞分裂が個体の増殖となる。多細胞生物では、受精卵以後の発生に伴う細胞分裂によって細胞数が増える。それらは厳密な制御機構に裏打ちされており、その異常はたとえばガン化を引き起こす。ウィルヒョウは「細胞は細胞から生ず」と言ったと伝えられているが、これこそが細胞分裂を示している。.
細胞骨格
細胞骨格（さいぼうこっかく、cytoskeleton, CSK）は、細胞質内に存在し、細胞の形態を維持し、また細胞内外の運動に必要な物理的力を発生させる細胞内の繊維状構造。細胞内での各種膜系の変形・移動と細胞小器官の配置、また、細胞分裂、筋収縮、繊毛運動などの際に起こる細胞自身の変形を行う重要な細胞小器官。 細胞骨格はすべての細胞に存在する。かつては真核生物に特有の構造だと考えられていたが、最近の研究により原核生物の細胞骨格の存在が確かめられた。 細胞骨格という概念と用語（フランス語で ）は、1931年、フランスの発生生物学者 Paul Wintrebert によって導入された。.
細胞質
滑面小胞体 （9）ミトコンドリア （10）液胞 （11）'''細胞質''' （12）リソソーム （13）中心小体 細胞質（さいぼうしつ、cytoplasm）は、細胞の細胞膜で囲まれた部分である原形質のうち、細胞核以外の領域のことを指す。細胞質は細胞質基質の他、特に真核生物の細胞では様々な細胞小器官を含む。細胞小器官の多くは生体膜によって他の部分と隔てられている。細胞質は生体内の様々な代謝や、細胞分裂などの細胞活動のほとんどが起こる場所である。細胞質基質を意図して誤用される場合も多い。 細胞質のうち、細胞小器官以外の部分を細胞質基質または細胞質ゲルという。細胞質基質は複雑な混合物であり、細胞骨格、溶解した分子、水分などからなり、細胞の体積の大きな部分を占めている。細胞質基質はゲルであり、繊維のネットワークが溶液中に散らばっている。この細孔状のネットワークと、タンパク質などの高分子の濃度の高さのため、細胞質基質の中では分子クラウディングと呼ばれる現象が起こり、理想溶液にはならない。このクラウディングの効果はまた細胞質基質内部の反応も変化させる。.
細胞膜
動物細胞の模式図図中の皮のように見えるものが'''細胞膜'''、(1) 核小体（仁）、(2) 細胞核、(3) リボソーム、(4) 小胞、(5) 粗面小胞体、(6) ゴルジ体、(7) 微小管、(8) 滑面小胞体、(9) ミトコンドリア、(10) 液胞、(11) 細胞質基質、(12) リソソーム、(13) 中心体 細胞膜（さいぼうまく、cell membrane）は、細胞の内外を隔てる生体膜。形質膜や、その英訳であるプラズマメンブレン(plasma membrane)とも呼ばれる。 細胞膜は細胞内外を単に隔てている静的な構造体ではなく、特異的なチャンネルによってイオンなどの低分子を透過させたり、受容体を介して細胞外からのシグナルを受け取る機能、細胞膜の一部を取り込んで細胞内に輸送する機能など、細胞にとって重要な機能を担っている。.
細胞核
細胞核（さいぼうかく、cell nucleus）とは、真核生物の細胞を構成する細胞小器官のひとつ。細胞の遺伝情報の保存と伝達を行い、ほぼすべての細胞に存在する。通常は単に核ということが多い。.
群体
群体というのは、無性生殖によって増殖した多数の個体がくっついたままで、一つの個体のような状態になっているもののことである。主として動物および藻類に対して使われる。 動物の場合と藻類の場合では使われ方が若干異なっている。また、藻類には定数群体というものもある。.
翻訳
翻訳（ほんやく）とは、Aの形で記録・表現されているものから、その意味するところに対応するBの形に翻案することである。一般に自然言語のそれを指し、起点言語 (source language、原言語) による文章を、別の目標言語 (target language、目的言語) による文章に変換する。例えば、英文から日本文へ翻訳された場合は、起点言語が英語であり、目標言語が日本語である。起点言語による文を原文といい、目標言語による文を訳文・翻訳文と言う。一方文章ではなく、自然言語の発話を別言語に置き換える行為は通訳とも呼ばれる。.
翻訳 (生物学)
分子生物学などにおいては、翻訳（ほんやく、Translation）とは、mRNAの情報に基づいて、タンパク質を合成する反応を指す。本来は細胞内での反応を指すが、細胞によらずに同様の反応を引き起こす系（無細胞翻訳系）も開発されている。.
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真核生物
真核生物（しんかくせいぶつ、学名: 、英: Eukaryote）は、動物、植物、菌類、原生生物など、身体を構成する細胞の中に細胞核と呼ばれる細胞小器官を有する生物である。真核生物以外の生物は原核生物と呼ばれる。 生物を基本的な遺伝の仕組みや生化学的性質を元に分類する3ドメイン説では、古細菌（アーキア）ドメイン、真正細菌（バクテリア）ドメインと共に生物界を3分する。他の2つのドメインに比べ、非常に大型で形態的に多様性に富むという特徴を持つ。かつての5界説では、動物界、植物界、菌界、原生生物界の4界が真核生物に含まれる。.
真正細菌
真正細菌（しんせいさいきん、bacterium、複数形 bacteria バクテリア）あるいは単に細菌（さいきん）とは、分類学上のドメインの一つ、あるいはそこに含まれる生物のことである。sn-グリセロール3-リン酸の脂肪酸エステルより構成される細胞膜を持つ原核生物と定義される。古細菌ドメイン、真核生物ドメインとともに、全生物界を三分する。 真核生物と比較した場合、構造は非常に単純である。しかしながら、はるかに多様な代謝系や栄養要求性を示し、生息環境も生物圏と考えられる全ての環境に広がっている。その生物量は膨大である。腸内細菌や発酵細菌、あるいは病原細菌として人との関わりも深い。語源はギリシャ語の「小さな杖」（βακτήριον）に由来している。.
病原性
病原性（びょうげんせい, pathogenicity）とは、真正細菌やウイルスなどの病原体が、他の生物に感染して宿主に感染症を起こす性質・能力のこと。 伝統的な医学微生物学では「病原性がある」あるいは「病原性がない」という用法で用いられる二値的な概念で、「病原性が高い」「病原性が低い」という用法は誤りとされていた（この場合はビルレンスを用いる）。しかし現代では、一般社会のみならず微生物学の専門分野においても「高病原性」などの表現が用いられることがあり、ビルレンスとの使い分けは曖昧になりつつある。.
環境
境（かんきょう）は、広義においては人、生物を取り巻く家庭・社会・自然などの外的な事の総体であり、狭義ではその中で人や生物に何らかの影響を与えるものだけを指す場合もある。特に限定しない場合、人間を中心とする生物を取り巻くおおざっぱな環境のことである場合が多い。 環境は我々を取り巻き、我々に対して存在するだけでなく、我々やその生活と係わって、安息や仕事の条件として成り立つ。また狭義の環境については、人間が生産と消費の活動によって汚染し、破壊するという関係性の中で大きな環境問題になってきた。.
炭化水素
炭化水素（たんかすいそ、hydrocarbon）は炭素原子と水素原子だけでできた化合物の総称である。その分子構造により鎖式炭化水素と環式炭化水素に大別され、更に飽和炭化水素、不飽和炭化水素、脂環式炭化水素、芳香族炭化水素などと細分化される 金沢大学教育学部附属高等学校 化学 Ib 学習テキスト。炭化水素で最も構造の簡単なものはメタンである。 また、石油や天然ガスの主成分は炭化水素やその混合物であり、石油化学工業の原料として今日の社会基盤を支える資源として欠くべからざる物である。.
炭素
炭素（たんそ、、carbon）は、原子番号 6、原子量 12.01 の元素で、元素記号は C である。 非金属元素であり、周期表では第14族元素（炭素族元素）および第2周期元素に属する。単体・化合物両方において極めて多様な形状をとることができる。 炭素-炭素結合で有機物の基本骨格をつくり、全ての生物の構成材料となる。人体の乾燥重量の2/3は炭素である。これは蛋白質、脂質、炭水化物に含まれる原子の過半数が炭素であることによる。光合成や呼吸など生命活動全般で重要な役割を担う。また、石油・石炭・天然ガスなどのエネルギー・原料として、あるいは二酸化炭素やメタンによる地球温暖化問題など、人間の活動と密接に関わる元素である。 英語の carbon は、1787年にフランスの化学者ギトン・ド・モルボーが「木炭」を指すラテン語 carbo から名づけたフランス語の carbone が転じた。ドイツ語の Kohlenstoff も「炭の物質」を意味する。日本語の「炭素」という語は宇田川榕菴が著作『舎密開宗』にて用いたのがはじめとされる。.
炭素固定
炭素固定（たんそこてい、）とは、植物や一部の微生物が空気中から取り込んだ二酸化炭素（）を炭素化合物として留めておく機能のこと。この機能を利用して、大気中の二酸化炭素を削減することが考えられている。同化反応のひとつ。別名、炭酸固定、二酸化炭素固定、炭素同化、炭酸同化など。.
炭鉱
石炭を運び出す場面 インドにある炭鉱（露天掘り） 炭鉱（たんこう、coal mine）は、石炭または亜炭を掘り出すための鉱山のこと。 なお、しばしば上記意味に対し、炭鉱と同じ読みの炭礦の表記が当てられる。その理由として石炭が金属ではなく、その採掘地を金属鉱山とも呼べないため、漢字の偏が「金偏」ではなく「石偏」となるのが正しいためとも主張される。また、石炭採掘の坑道という意味で通常用いられる炭坑もしばしば炭鉱を指すために使われる。本項目では上記定義が示す用語を「炭鉱」に統一し記述する。.
生命の起源
生命の起源（せいめいのきげん、Origin of life）は、地球上の生命の最初の誕生・生物が無生物質から発生した過程『岩波生物学事典』 第四版 p.766「生命の起源」のことである。それをテーマとした論や説は生命起源論（Abiogenesis）という。.
生物
生物（せいぶつ）または生き物（いきもの）とは、動物・菌類・植物・古細菌・真正細菌などを総称した呼び方である。 地球上の全ての生物の共通の祖先があり（原始生命体・共通祖先）、その子孫達が増殖し複製するにつれ遺伝子に様々な変異が生じることで進化がおきたとされている。結果、バクテリアからヒトにいたる生物多様性が生まれ、お互いの存在(他者)や地球環境に依存しながら、相互に複雑な関係で結ばれる生物圏を形成するにいたっている。そのことをガイアとも呼ぶものもある。 これまで記録された数だけでも百数十万種に上ると言われており、そのうち動物は100万種以上、植物（菌類や藻類も含む）は50万種ほどである。 生物（なまもの）と読むと、加熱調理などをしていない食品のことを指す。具体的な例を挙げれば“刺身”などが代表的な例としてよく用いられる。.
生物の分類
生物の分類（せいぶつのぶんるい）では、生物を統一的に階級分類する方法を説明する。分類学、学名、:Category:分類学、ウィキスピーシーズも参照のこと。.
生物圏
アクアマリン：高）＞（茶色：低） 生物圏（せいぶつけん、）とは生物が存在する領域のこと。一般的には、生物が存在するその領域全体および含まれる構成要素（生物・非生物）の相互作用の総体を指す。より狭義の意味に用いて、その空間に含まれる生物（生物相・生物量・生物群集）のみを指すこともある。.
生物地球化学的循環
生物地球化学的循環（せいぶつちきゅうかがくてきじゅんかん、Biogeochemical cycle）は、生態学や地球科学において、生態系の生物や無生物を循環する元素や分子の循環経路を指す用語。全体として元素は再利用されるが、循環経路の中には元素が長時間に渡って蓄積される部分も含まれる。 生命体内のあらゆる元素は、生物地球化学的循環の一部である。生命体の一部としてだけでなく、水（水圏）や陸（岩圏）や大気（大気圏）といった無生物的なものも循環経路に含まれる。地球上の生物的要因は生物圏として集合的に参照される。炭素、水素、酸素、窒素といった元素やそれらで構成される分子などは、生態系内の各生命体が構成する閉鎖系で使われる。すなわち、それらの物質は開放系として、失われたり、補給されたりしているのではなく、再利用されている。太陽は光の形で地球上に常にエネルギーを与え、それが食物連鎖において使われたり、熱という形で失われたりする。 地球上の物質は、太陽光のように常に補給されているわけではない。ごく稀な隕石以外に物質を外から補給されることはなく、現に地球上にある物質が存在しているだけである。そのため、地球上の物質はあらゆる場面で再利用されている。そのような物質の循環には生物圏も、水圏/岩圏/大気圏も関わっている。「生物地球化学的」という言葉の、「生物」は生物圏を意味し、「地球」は水圏/岩圏/大気圏を意味する。「化学的」はもちろん、その循環する化学物質を指している。 化学物質は、時には長い間同じ場所に保持されることもある。このような場所を貯蔵所（reservoir）と呼び、例えば石炭の鉱床は炭素を長い間貯蔵している。短期間しか同じ所に留まらない化学物質は、交換プール（exchange pools）にあると言える。一般に、貯蔵所は非生物的要因であり、交換プールは生物的要因である。交換プールの例として動物や植物があり、それらは炭素を一時的に利用し、空気中などの周辺の媒体にそれを放出する。炭素が植物や動物の体内に留まっている期間は、石炭鉱床と比較すると短い。ある化学物質が1つの場所に保持される期間を、滞留時間（residence time）と呼ぶ。 生物地球化学的循環は、常に平衡状態、すなわち部分間の元素循環におけるバランスのとれた状態にある。.
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田
植え前の田 田植え後の田 夏の水田 スズメなどによる食害を防ぐため反射テープを張った田 秋の稲穂 刈田と稲木に架けた稲の天日干し 刈田完了後の田 鑑賞を前提に作られた田 イラン マーザンダラーン州の田 タイ王国 チェンマイ県の田 イタリア ロンバルディア州の田 田（た）は、穀物を栽培するために区画された農地をいう。田圃（たんぼ）、水田（すいでん）ともいう。.
熱水噴出孔
熱水噴出孔（ねっすいふんしゅつこう、）は地熱で熱せられた水が噴出する割れ目である。数百度の熱水は、重金属や硫化水素を豊富に含む。熱水噴出孔がよく見られる場所は、火山活動が活発なところ、発散的プレート境界、海盆、ホットスポットである。 熱水噴出孔は地球上ではふんだんにみられるが、その理由は地質学的活動が活発であることと、表面に水が大量にあることである。陸上にある熱水噴出孔には温泉・噴気孔・間欠泉があるが、これらについては各項目を参照するとして、ここではおもに深海熱水噴出孔について述べる。 深海によく見られる熱水噴出孔周辺は、生物活動が活発であり、噴出する液体中に溶解した各種の化学物質を目当てにした複雑な生態系が成立している。有機物合成をする細菌や古細菌が食物連鎖の最底辺を支え、そのほかに化学合成細菌と共生したり環境中の化学合成細菌のバイオフィルムなどを摂食するジャイアントチューブワーム・二枚貝・エビなどがみられる。 地球外では木星の衛星エウロパでも熱水噴出孔の活動が活発であるとみられているほか、過去には火星面にも存在したと考えられている。.
界 (分類学)
（かい、kingdom、regnum）は、生物分類のリンネ式階級分類における階級の1つである。界の上に上界、下に亜界・下界を置くことがある。界は基本的階級（必ず置かなければならない階級）の1つで、基本的階級のうち最上位に位置するが、近年では界の上のドメインを基本的階級とみなすことがある。 界は長らく、（基本的階級以外を含めても）最上位の階級で、動物界と植物界の2つのみが認められてきた（二界説）。この考えは現在でも一般社会では広く通用している。しかし、19世紀末からさまざまな界が新設され、特に20世紀末以降は、界分類の再編が日常的に唱えられている。は10前後の界を置くことが多いが、分類の前提となる系統の段階で諸説あり、一致には遠い。.
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DL表記法
D/L表記法（ディーエルひょうきほう）とは、主にIUPAC命名法に基づいて、化合物の立体配置の絶対配置を示す際に使用される表記法である。 立体異性体の立体配置を明示する方法には、CIP順位則によるRS表示法が広く用いられている。 しかし、生体由来の糖やアミノ酸のようなキラルな分子については、光学異性体の表示法であるd-,l-（それぞれ dextro-rotatory.
DNA-DNA分子交雑法
DNA-DNA分子交雑法（DNA-DNAぶんしこうざつほう）とはDNA配列間の類似性を評価する分子生物学的手法である。この手法は2つのDNA鎖の塩基配列の相同性を定量的に評価することに使用される。主に生物の種 (分類学)間の遺伝的な隔たりを用いることに使用され、特に細菌と古細菌の分類で重要視される。 また、このように種間の遺伝的な距離を定量的に評価することは生物の分類における系統樹を作り上げるために有効なアプローチの一つとして挙げられ、鳥類の分類における、シブリー・アールキスト鳥類分類に用いられた。 別名DNA - DNAハイブリダイゼーション、DNA-DNAハイブリ、DNA-DNA交雑法など。.
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DNAポリメラーゼ
DNA ポリメラーゼ (DNA polymerase; -ポリメレース) は1本鎖の核酸を鋳型として、それに相補的な塩基配列を持つ DNA 鎖を合成する酵素の総称。一部のウイルスを除くすべての生物に幅広く存在する。DNA を鋳型としてDNA を合成する DNA 依存性 DNA ポリメラーゼ(EC 2.7.7.7)と、RNA を鋳型として DNA を合成する RNA 依存性 DNA ポリメラーゼ(EC 2.7.7.49)の、2つのタイプに分けられる。前者はDNA複製やDNA修復において中核的な役割を担う酵素である。一方後者はセントラルドグマの範疇から逸脱する位置にある酵素で、逆転写酵素やテロメラーゼを含む。.
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DNA複製
'''図1 DNA複製の模式図'''.青色の二本の帯が鋳型鎖(Template Strands)。2本が平行に並んでいる上部は二重らせん、斜めになって非平行になっている下部は二重らせんが解けて一本鎖となった領域である。上部と下部の境目が複製フォーク (Replication Fork) であり、二重らせん領域は時間とともに解けられていくので複製フォークは図の上側へと進行していく。下部の2本の一本鎖はそれぞれ異なる様式でDNAポリメラーゼ（DNA Polymerase、緑色）により複製され、上から見て5'から3'の左の鋳型鎖ではDNAポリメラーゼが複製フォークと同じ方向に進行し、一本のリーディング鎖 (Leading Strand) が合成される。上から見て3'から5'の右の鋳型鎖ではDNAポリメラーゼが複製フォークと逆の方向に進み、途切れ途切れにいくつもの岡崎フラグメント (Okazaki Fragments) が合成されていく。伸長が終わった岡崎フラグメントはDNAリガーゼ（DNA Ligase、ピンク）によりつなぎ合わせられ、ラギング鎖 (Lagging Strand) となる。 DNA複製（ディーエヌエイふくせい、DNA replication）は、細胞分裂における核分裂の前に、DNAが複製されてその数が2倍となる過程である。生物学ではしばしば複製 (replication) と略される。セントラルドグマの一員とされる。複製される一本鎖DNAを親鎖 (parent strand)、DNA複製によって新しく合成された一本鎖DNAを娘鎖 (daughter strand) という。また、DNA複製により生じた染色体の個々を姉妹染色分体 (sister chromatid) という。.
DPANN群
DPANN群（-ぐん、DPANN group）とは、2013年にリンケらによって提唱された古細菌の系統及び分類に関する仮説である。ナノ古細菌を中核としたグループで、上門相当とされる。エウリ古細菌の内部に入る解析も存在するが、DPANN自体の単系統性はやや高い。DPANNというのはDiapherotrites、Parvarchaeota、Aenigmarchaeota、Nanohaloarchaeota、Nanoarchaeotaの頭文字をとったもので、ラテン語による命名は行われていない。 これら5系統は何れも未培養系統であり、名称も暫定的なものである。しかし、パルウ古細菌、ナノ好塩古細菌、ナノ古細菌門については集積培養系が存在しており、電子顕微鏡により形状が観察されていたり、全ゲノムが解析された株が存在する。非常に小さな細胞サイズと、コンパクトにまとまったゲノムが特徴である。パルウ古細菌とナノ古細菌門については、他の古細菌に付着して増殖する寄生性生物である。.
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芽胞
枯草菌の芽胞（芽胞染色法により染色されたもの。菌体緑色の部分が芽胞） 芽胞（がほう、spore）とは、一部の細菌が形づくる、極めて耐久性の高い細胞構造。胞子膜、皮層、芯部からなり、胞子膜の外側に外皮を持つものもある。芯部には、DNA、リボソーム、酵素、低分子化合物などが含まれており、半結晶状態になっている。以前は、（細菌の）胞子（ほうし、spore）、内生胞子（ないせいほうし、endospore）とも呼ばれていたが、真菌やシダ植物の胞子とは役割が異なるため、それらと区別するために、芽胞という名称で呼ばれるようになった。 芽胞を作る細菌は限られており、有芽胞菌あるいは芽胞形成菌として、細菌を分類する上での指標の一つにされている。有芽胞菌の中にはアンフィバシラス属、バシラス属、クロストリジウム属、スポロサルシナ属などが存在する。このうち、バシラス属とクロストリジウム属が、病原性や微生物の有効利用などの面から、ヒトに対する関わりが深く、代表的な有芽胞菌として取り上げられることが多い。 芽胞を作る能力を持った細菌が、栄養や温度などの環境が悪い状態に置かれたり、その細菌に対して毒性を示す化合物と接触したりすると、細菌細胞内部に芽胞が形成される。このとき、細菌の遺伝子が複製されてその片方は芽胞の中に分配される。芽胞は極めて高い耐久性を持っており、さらに環境が悪化して通常の細菌が死滅する状況に陥っても生き残ることが可能である。しかし、芽胞の状態では細菌は新たに分裂することはできず、その代謝も限られている。このため芽胞は耐久型、休眠型と呼ばれることがある。 生き残った芽胞が、再びその細菌の増殖に適した環境に置かれると、芽胞は発芽して、通常の増殖・代謝能を有する菌体が作られる。この通常の菌体を芽胞と対比して、栄養型、増殖型と呼ぶことがある。.
鞭毛
鞭毛（べんもう、英:flagellum）は毛状の細胞小器官で、遊泳に必要な推進力を生み出す事が主な役目である。構造的に真核生物鞭毛と真正細菌鞭毛、古細菌鞭毛とに分けられる。.
遺伝
遺伝（いでん、）は、生殖によって、親から子へと形質が伝わるという現象のことであり、生物の基本的な性質の一つである。素朴な意味では、親子に似通った点があれば、「遺伝によるものだ」、という言い方をする。しかし、生命現象としての遺伝は、後天的な母子感染による疾患や、非物質的情報伝達（学習など）による行動の類似化などを含まない。.
菌類
菌類（きんるい）とは、一般にキノコ・カビ・酵母と呼ばれる生物の総称であり、菌界（学名：Regnum Fungi ）に属する生物を指す。外部の有機物を利用する従属栄養生物であり、分解酵素を分泌して細胞外で養分を消化し、細胞表面から摂取する。 元来、「菌」とは本項で示す生物群を表す語であったが、微生物学の発展に伴い「細菌」などにも派生的に流用されるようになったため、区別の観点から真菌類（しんきんるい）、真菌（しんきん）とも呼ばれる。.
解糖系
解糖系 解糖系（かいとうけい、Glycolysis）とは、生体内に存在する生化学反応経路の名称であり、グルコースをピルビン酸などの有機酸に分解（異化）し、グルコースに含まれる高い結合エネルギーを生物が使いやすい形に変換していくための代謝過程である。ほとんど全ての生物が解糖系を持っており、もっとも原始的な代謝系とされている。嫌気状態（けんきじょうたい、無酸素状態のこと）でも起こりうる代謝系の代表的なものである一方で、得られる還元力やピルビン酸が電子伝達系やクエン酸回路に受け渡されることで好気呼吸の一部としても機能する。.
高度好塩菌
度好塩菌（こうどこうえんきん、ハロバクテリア）とは、ユリアーキオータ門ハロバクテリウム綱に属す古細菌の総称。いずれも増殖に高い塩化ナトリウム (NaCl) 濃度を要求する。高度好塩性古細菌、好塩性アーキアやハロアーキア (Haloarchaea) と呼ぶこともある。 しかしながら、近年属種の増加により、NaCl濃度が0.9 Mでも増殖可能な種の報告や、最適増殖NaCl濃度が2.0 M以下であるHaloferax volcanii、Halorubrum sodomense、Halorussus ruberなどが報告されている。 広義の高度好塩菌には、上記に加え、至適増殖NaCl濃度が2.5–5.2M（高度好塩性）の古細菌・真正細菌全てを含む。しかし、これらはいずれもメタン菌や光合成細菌（真正細菌）であり、系統関係上高度好塩菌には含まれず、発見種もわずかである。また近年、新たな系統群としてナノ好塩古細菌（Nanohaloarchaea）が報告された。詳細は好塩菌を参照。.
転写 (生物学)
転写中のDNAとRNAの電子顕微鏡写真。DNAの周りに薄く広がるのが合成途中のRNA（多数のRNAが同時に転写されているため帯状に見える）。RNAポリメラーゼはDNA上をBeginからEndにかけて移動しながらDNAの情報をRNAに写し取っていく。Beginではまだ転写が開始された直後なため個々のRNA鎖が短く、帯の幅が狭く見えるが、End付近では転写がかなり進行しているため個々のRNA鎖が長く（帯の幅が広く）なっている 転写（てんしゃ、Transcription）とは、一般に染色体またはオルガネラのDNAの塩基配列(遺伝子)を元に、RNA(転写産物transcription product)が合成されることをいう。遺伝子が機能するための過程（遺伝子発現）の一つであり、セントラルドグマの最初の段階にあたる。.
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転写開始前複合体
転写開始前複合体（てんしゃかいしまえふくごうたい、Preinitiation complex）は真核生物（と古細菌）で遺伝子の転写に必要な、タンパク質の巨大な複合体である。転写開始前複合体はDNAの立体構造を変え、RNAポリメラーゼIIが転写開始位置にくるのを助ける。 真核生物ではTFIIA、TFIIB、TFIID、TFIIE、TFIIF、TFIIHという6つの転写因子から構成されていることが多い。一方、古細菌はTFIIA、TFIIF、TFIIHを欠く。真核生物よりも単純、あるいは先祖型の転写開始機構を持つと考えられる。 2007年、ロジャー・コーンバーグはTATAボックスのプロモーターと協調する次のような転写開始因子複合体の作用機構を提唱した。.
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転移RNA
転移RNA（てんい-、transfer RNA）は73〜93塩基の長さの小さなRNAである。リボソームのタンパク質合成部位でmRNA上の塩基配列（コドン）を認識し、対応するアミノ酸を合成中のポリペプチド鎖に転移させるためのアダプター分子である。運搬RNA、トランスファーRNAなどとも呼ぶが、通常tRNAと略記される。.
胞子
胞子（ほうし）は、シダ植物・コケ植物および藻類、菌類（キノコ・カビ・酵母など）、あるいは原生生物のうちの変形菌などが形成する生殖細胞を指す。胞子による生殖を胞子生殖と呼ぶ場合がある。 また、鞭毛を持って運動する胞子を、遊走子と呼ぶ。.
間欠泉
間欠泉、間歇泉（かんけつせん、）とは、一定周期で水蒸気や熱湯を噴出する温泉のこと。 アイスランド、アメリカ合衆国のイエローストーンの間欠泉が世界的に有名。.
門 (分類学)
（もん、phylum, division、phylum, divisio）は、生物分類のリンネ式階層分類における基本的分類階級のひとつであり、またその階級に属するタクソンのことである。生物全体はおよそ100の門に分類されているが、この数字は分類学者によって大きく異なる。界の下・綱の上に位置しており、門の下に亜門（あもん、subphylum, subdivision）を置く場合もある。.
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藍藻
藍藻（らんそう、blue-green algae）は、藍色細菌（らんしょくさいきん、cyanobacteria）の旧名である。藍色細菌は、シアノバクテリア、ラン色細菌とも呼ばれる細菌の1群であり、光合成によって酸素を生み出す酸素発生型光合成細菌である。単細胞で浮遊するもの、少数細胞の集団を作るもの、糸状に細胞が並んだ構造を持つものなどがある。また、ネンジュモなどの一部のものは寒天質に包まれて肉眼的な集団を形成する。.
脂質
代表的な脂質であるトリアシルグリセロールの構造。脂肪酸とグリセリンがエステル結合した構造をもつ。 脂質（ししつ、lipid, lipide）は、生物から単離される水に溶けない物質を総称したものである。特定の化学的、構造的性質ではなく、溶解度によって定義される。 ただし、この定義では現在では数多くの例外が存在し、十分な条件とは言えない。現在の生化学的定義では「長鎖脂肪酸あるいは炭化水素鎖を持つ生物体内に存在あるいは生物由来の分子」となる。.
脂肪酸
脂肪酸（しぼうさん、Fatty acid）とは、長鎖炭化水素の1価のカルボン酸である。一般的に、炭素数2-4個のものを短鎖脂肪酸（低級脂肪酸）、5-12個のものを中鎖脂肪酸、12個以上のものを長鎖脂肪酸（高級脂肪酸）と呼ぶ。炭素数の区切りは諸説がある。脂肪酸は、一般式 CnHmCOOH で表せる。脂肪酸はグリセリンをエステル化して油脂を構成する。脂質の構成成分として利用される。 広義には油脂や蝋、脂質などの構成成分である有機酸を指すが、狭義には単に鎖状のモノカルボン酸を示す場合が多い。炭素数や二重結合数によって様々な呼称があり、鎖状のみならず分枝鎖を含む脂肪酸も見つかっている。また環状構造を持つ脂肪酸も見つかってきている。.
醤油
醤油（しょうゆ、醬油）は、主に穀物を原料とし、醸造技術により発酵させて製造する液体調味料であり、日本料理における基本的な調味料の一つとなっている。現代日本における呼び名であるが、同様の調味料は別の呼び名で東アジアの民族料理にも広く使用されている。例えば現代の中国では酱油と書く。 以下、特記なき記述は日本について記したものとする。.
自己スプライシング
自己スプライシング（じこスプライシング）とは、蛋白質因子の非存在下で、イントロン RNA 自身が自己の配列のスプライシングを行う反応。2種類の自己スプライシングイントロンが知られる。実際には生体内では蛋白質の作用も大きな影響を与えると考えられる。.
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酸化還元電位
酸化還元電位（さんかかんげんでんい、Redox potentialもしくはOxidation-reduction Potential; ORP）とは、ある酸化還元反応系における電子のやり取りの際に発生する電位（正しくは電極電位）のことである。物質の電子の放出しやすさ、あるいは受け取りやすさを定量的に評価する尺度でもある。単位はボルト(V)を用い、電極電位の基準には以下の半反応式で表される酸化還元反応を用いる。 つまり水素ガス分圧が1気圧、水素イオンの活量が1のとき（これを標準水素電極と呼ぶ）の電極電位を0 Vと定義する。この半反応を基準とし、任意の酸化還元反応の電極電位が決定される。すなわち、標準水素電極（SHE; standard hydrogen electrodeもしくはNHE; normal hydrogen electrode）を陰極反応、電極電位を求めたい酸化還元反応を陽極反応にそれぞれ使い、電池を組み立てたときの電池の起電力が、求めたい電極電位となる。このとき、電極電位を求めたい酸化還元反応に関与する物質の活量（あるいは分圧）がすべて1の場合の電極電位を特に、標準酸化還元電位（ひょうじゅん-）あるいは標準電極電位と呼んでいる。 なお基準として用いた標準水素電極(SHE)は水素イオンの活量が1すなわち水素イオン指数がゼロ(pH 0)の環境であり生化学ではこうした極限状態の値では参考にならないためにpH 7での電位を求める中間酸化還元電位（ちゅうかん-、中点とも表記することがある）を基準に用いることがあるが、特に断ることなしにこれを単に酸化還元電位と書くことが多い。いずれにせよ、実際の研究では標準水素電極の代わりに、銀−塩化銀電極やカロメル電極など実用的な基準電極を基準にして酸化還元電位を測定することが頻繁に行なわれる。したがって、酸化還元電位を表記する際（特に標準水素電極以外の基準電極を用いた場合）には、その旨を必ず明記せねばならない。.
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酸素
酸素（さんそ、oxygen）は原子番号8、原子量16.00の非金属元素である。元素記号は O。周期表では第16族元素（カルコゲン）および第2周期元素に属し、電気陰性度が大きいため反応性に富み、他のほとんどの元素と化合物（特に酸化物）を作る。標準状態では2個の酸素原子が二重結合した無味無臭無色透明の二原子分子である酸素分子 O として存在する。宇宙では水素、ヘリウムに次いで3番目に多くの質量を占めEmsley (2001).
酵素
核酸塩基代謝に関与するプリンヌクレオシドフォスフォリラーゼの構造（リボン図）研究者は基質特異性を考察するときに酵素構造を抽象化したリボン図を利用する。 酵素（こうそ、enzyme）とは、生体で起こる化学反応に対して触媒として機能する分子である。酵素によって触媒される反応を“酵素的”反応という。このことについて酵素の構造や反応機構を研究する古典的な学問領域が、酵素学 （こうそがく、enzymology）である。.
鉱物
いろいろな鉱物 鉱物（こうぶつ、mineral、ミネラル）とは、一般的には、地質学的作用により形成される、天然に産する一定の化学組成を有した無機質結晶質物質のことを指す。一部例外があるが（炭化水素であるカルパチア石など）、鉱物として記載されるためには、人工結晶や活動中の生物に含まれるものは厳密に排除される。また鉱物は、固体でなければならない（）。.
電子伝達体
電子伝達体（でんしでんたつたい）とは生体内における電子伝達反応を担う化合物の総称である。電子伝達体の多くには、補酵素、補欠分子族あるいはそれに含まれない多くの物質が含まれているが、その全てが電子を受け取る「酸化型」および電子を与える「還元型」の2つの状態を取る。また二電子還元を受けるものでは中間型（一電子還元型）も取り得る。別名水素伝達体、電子伝達物質など。.
集積培養
集積培養（enrichment culture）とは、特定の微生物が好む生育条件や培地によって行う培養である。これにより、目的の微生物を増殖させて選抜する一方、他の微生物の生育を抑える。オランダの植物学者にして微生物学者であった Lourens Bass Becking は、集積培養に関してこう述べている。"everything is everywhere; but the environment selects."（「あらゆる微生物は至るところに存在する。それを環境が選ぶのだ」）。 同じくオランダの植物学者・微生物学であったマルティヌス・ベイエリンクは、最初に集積培養の手法を開発した人物として知られている。ロシアの微生物学者であった Sergei Winogradsky も、様々な培地を用いて細菌の培養実験を行った。.
FtsZ
FtsZは、真正細菌やユーリ古細菌などに存在する、ftsZ 遺伝子から翻訳されるタンパク質。細胞膜下に集合して環構造を形成し、その箇所が分裂時に隔壁となる。これは原核生物において、真核生物のチューブリンとホモログ（相同）である。FtsZの名称は、"Filamenting temperature-sensitive mutant Z" （フィラメント状温度感受性変異株Z）による。E. coliの分裂異常株でフィラメント状に成長するものの場合、娘細胞を分離する能力を欠くために細長く成長すると考えられている。.
N-アセチルムラミン酸
N-アセチルムラミン酸（N-Acetylmuramic acid、MurNAc、NAM）は、''N''-アセチルグルコサミンから誘導された単糖である。.
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RNAポリメラーゼ
RNAポリメラーゼ (RNA polymerase) とは、リボヌクレオチドを重合させてRNAを合成する酵素。DNAの鋳型鎖（一本鎖）の塩基配列を読み取って相補的なRNAを合成する反応(転写)を触媒する中心となる酵素をDNA依存性RNAポリメラーゼという（単に「RNAポリメラーゼ」とも呼ぶ）。「ポリメラーゼ」は、より英語発音に近い「ポリメレース」と呼ばれることも多い。 真核生物では、DNAを鋳型にしてmRNAやsnRNA遺伝子の多くを転写するRNAポリメラーゼIIがよく知られる。このほかに35S rRNA前駆体を転写するRNAポリメラーゼI、tRNAとU6 snRNA、5S rRNA前駆体等を転写するRNA ポリメラーゼIIIなどがあり、上記三種は DNA依存性RNAポリメラーゼと呼ばれる。また、RNAを鋳型にRNA を合成するRNA依存性RNAポリメラーゼもあり、多くのRNAウイルスで重要な機能を果たす以外に、microRNAの増幅過程にも利用される。 鋳型を必要としない物もあり、初めて発見されたRNA ポリメラーゼであるポリヌクレオチドホスホリラーゼ（ポリヌクレオチドフォスフォリレース、ポリニュークリオタイドフォスフォリレース）もそのひとつとしてあげられる。この酵素は実際には細菌の細胞内でヌクレアーゼとして働くが、試験管内ではRNA を合成することができる。これを利用して一種類のヌクレオチドからなるRNAを合成し、それから翻訳されるタンパク質を調べることで初めて遺伝暗号の決定が行われた。真核生物のもつpoly(A)ポリメラーゼも同様に鋳型を必要とせず、Pol II転写産物の3'末端にpoly(A)鎖を付加することで転写後の遺伝子発現制御機構の一端を担っている。 真核生物の転写装置（RNAポリメラーゼ）は、Pol I、Pol II、Pol IIIの3種がある。それぞれ10種類以上ものサブユニットから構成される（基本的には12種）。また、古細菌のRNAポリメラーゼもサブユニット数が多く、9-14種のサブユニットから構成されている。ユリアーキオータではいくつかのサブユニットが省かれているが、一部のクレンアーキオータには真核生物の12種類のサブユニットが全て保存されており、真核生物の持つ3種のRNAポリメラーゼの祖先型と考えられている。古細菌のRNAポリメラーゼは、Aサブユニットが2つに分かれている特徴がある。 一方で、真正細菌のRNAポリメラーゼは全体的に真核生物や古細菌のものより単純な構成である。ααββ'ωの4種5サブユニットからなるコアエンザイムに、σが会合したホロエンザイムと呼ばれる形態で正常なプロモーターを認識する。シグマ因子は遺伝子上流のプロモーター配列を認識して転写を開始する役割を担っている。.
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S層
S層（）とは、一般に真正細菌や古細菌に認められる細胞外皮（cell envelope）の一部位。S層はタンパク質あるいは糖タンパク質から構成される単分子層である。S層の二次元構造は自己組織化を経て形成され、細胞表面を囲む。S層のタンパク質は細胞のタンパク質量の10-15%を占める 。 S層のタンパク質はほとんど保存されておらず、種差が大きい。S層の厚さは種により5-25nmの厚さであり、直径2-8nmの均一な微細孔がある 。S層は斜交格子（p1, p2）、正方格子（p4）もしくは六方格子（p3, p6）の格子対称性を示す。格子対称性により、S層はそれぞれ1個（P1）、2個（P2）、3個（P3）、4個（P4）もしくは6個（P6）の同一サブユニットタンパク質を形成する。それらのサブユニットの中心間の距離（または格子定数）は2.5ナノメートルから35ナノメートルの間である。.
Taqポリメラーゼ
Taqポリメラーゼの構造 Taqポリメラーゼ (Taq polymerase) とは、好熱菌 Thermus aquaticus が産生するDNAポリメラーゼ（EC.2.7.7.7）である。90℃以上の高温でも比較的安定である（DNAポリメラーゼ活性は低下する）ため、PCRに利用されている。ちなみに、この酵素の名前は、産生菌の属名の頭文字と種小名の頭二文字 に由来する。 Taqポリメラーゼは熱水噴出孔に生息している から同定されたポリメラーゼである。このポリメラーゼはPCRのような熱を加える実験系に置いても構造が安定であり、変性状態になりにくい。.
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TATAボックス
TATA ボックスとは、真核生物及び古細菌の遺伝子において、RNAポリメラーゼIIによる転写開始位置の上流25塩基対の位置、あるいはさらに上流に存在する共通した塩基配列のこと。ターター（またはタタ）ボックスと発音する。チミン (T) と アデニン (A) が繰り返すことから命名された。ゴールドバーグ・ホグネスボックス (Goldberg-Hogness box) あるいはホグネスボックスとも呼ばれる。.
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桿菌
桿菌（かんきん、杆菌）とは、個々の細胞の形状が細長い棒状または円筒状を示す原核生物（（真正）細菌および古細菌）のこと。球菌、らせん菌と併せて、微生物を形態によって分類するときに用いられる慣用的な分類群である。.
植物
植物（しょくぶつ、plantae）とは、生物区分のひとつ。以下に見るように多義的である。.
極地
極地（きょくち）.
極限環境微生物
極限環境微生物（きょくげんかんきょうびせいぶつ）は、極限環境条件でのみ増殖できる微生物の総称。なお、ここで定義される極限環境とは、ヒトあるいは人間のよく知る一般的な動植物、微生物の生育環境から逸脱するものを指す。ヒトが極限環境と定義しても、極限環境微生物にとってはむしろヒトの成育環境が「極限環境」である可能性もある。 放射線耐性菌や有機溶媒耐性菌は、これらの環境でのみ増殖できるわけではなく、むしろ通常条件の方が適しているが、極限環境微生物に含める場合が多い。.
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歯周病
歯周病（ししゅうびょう）とは、歯肉、セメント質、歯根膜および歯槽骨より構成される歯周組織に発生する慢性疾患の総称である。歯周疾患（ししゅうしっかん）、ペリオ (perio) ともいい、ペリオは治療のことを指すこともある。ただし、歯髄疾患に起因する根尖性歯周炎、口内炎などの粘膜疾患、歯周組織に波及する悪性腫瘍は含まない。.
残基
残基（ざんき、英語：residue）とは、合成物質の化学構造において生成する化学結合の構造以外の部分構造を指し示す化学概念や化学用語である。一般には残基という用語は単独で使用されることは少なく、高分子化合物のように一定の化学結合により単量体が連結している場合に、置換基の呼称の後に「～残基」と組み合わせることで部分構造を指し示すために使用される。また概念を示す明確なルールに基づいて区部されるわけではないため、残基部分の境界は曖昧であり、使用される文脈に強く依存する。 残基に相対する化学結合は単結合など（bond）ではなく、化学反応で生成する官能基による結合、たとえばエステル結合、ペプチド結合、グリコシド結合などである。したがって高分子の構造は化学結合部分と残基部分とから構成されることになる。 鎖状分子においては化学構造の部分を示すために、主鎖（primary chain, main chain）と側鎖（side chain, branched chain）という区分をするが、これはトポロジー的な関係に着目した部分構造の分類になる。さもなくばある程度明瞭な中心構造を持つ場合は、母核（scaffold）と「-部分」（moiety）というように分類する場合もある。 具体的には糖鎖、ポリペプチド、ポリヌクレオチドなど生体高分子化合物の特性はその残基部分の配列によりその高分子の特性がさまざまに変化することから残基の概念が頻繁に使用される。 ポリペプチドやたんぱく質の場合は、それらがアミノ酸から合成されることから、通常、残基はポリペプチドのアミド結合（ペプチド結合）以外のアミノ酸構造を意味する。また、ペプチド鎖ではC末端とN末端のアミノ酸はN端残基（N-terminal residue）、C端残基（C-terminal residue）と呼ばれる。.
水素
水素（すいそ、hydrogenium、hydrogène、hydrogen）は、原子番号 1 、原子量 1.00794の非金属元素である。元素記号は H。ただし、一般的には「水素」と言っても、水素の単体である水素分子（水素ガス） H を指していることが多い。 質量数が2（原子核が陽子1つと中性子1つ）の重水素（H）、質量数が3（原子核が陽子1つと中性子2つ）の三重水素（H）と区別して、質量数が1（原子核が陽子1つのみ）の普通の水素（H）を軽水素とも呼ぶ。.
気体
気体（きたい、gas）とは、物質の状態のひとつであり岩波書店『広辞苑』 第6版 「気体」、一定の形と体積を持たず、自由に流動し圧力の増減で体積が容易に変化する状態のこと。 「ガス体」とも。.
油田
ルーマニアのモレニ油田（1920年代） と油田（ゆでん、）とは、地下に採掘可能な石油を埋蔵している地域のことである。石油を含む地層は油層と呼ばれ広範囲に分布することが多いため、陸上あるいは海上に設置した複数の油井により石油を採取する。地球全体では、陸上・海上を問わず4万か所を超える油田が点在している。世界最大の油田は、サウジアラビアのガワール油田とクウェートのブルガン油田で、ともに埋蔵推定量600億バーレル以上である。油田の位置とその埋蔵量は近代以降、各国の紛争の原因の一つとなっている。.
沼
沼（ぬま、英語：marsh）とは湿地の一種。池や湖との区別は明確ではないが、一般に水深 5 m 以内の水域であり、イネ科やシダ、ヨシ、ガマ、スゲなどの草に占められ、透明度が低く、規模があまり大きくないものを指す。湖沼学上では、水深が浅く水底中央部にも沈水植物（水草）の生育する水域と定義される。池とあわせて池沼（ちしょう）、湖とあわせて湖沼（こしょう）と呼ぶことがある。 湿っぽく泥の深い地の事を沼地と呼ぶ。沼地の植物は草より木の方が多い。 沼の水が塩水の場合、その沼は塩沼（えんしょう）と呼ばれる。河口部において満潮になると水に浸かり、干潮では土がむき出しになる場所は塩沼湿地と呼ばれ、独自の植物が見られる。 沼には野生生物が生息し、しばしば多種多様な動物の繁殖地となる。.
消化器
消化器（しょうかき、digestive organ, digestive apparatus）とは、多細胞生物、特に動物において、食物を体内に摂取し、貯蔵と消化、消化された食物からの栄養素の吸収、不消化物の排泄、およびそれらを行うための運搬、といった働きを担う器官群の事生化学辞典第2版、p.649 【消化器官】。主要な器官は消化管（しょうかかん、alimentary canal, digestive tract）であり、これらの働きをコントロールする消化腺（しょうかせん）また付属腺（ふぞくせん）、歯や肝臓などの付属器（ふぞくき）も含まれる。これらの器官をまとめたシステムを消化器系（しょうかきけい、digestive system）という器官系として扱う。.
温泉
岩石を湯船とした露天風呂。由布院温泉 血の池地獄名勝・別府の地獄 海地獄名勝・別府の地獄 湯畑草津温泉 露天風呂南紀勝浦温泉 共同浴場湯の峰温泉 外湯城崎温泉「御所の湯」 温泉街銀山温泉 展望温泉浴場浅虫温泉 温泉を利用した風呂大深温泉 入浴中のニホンザル地獄谷野猿公苑 温泉（おんせん）は、地中から湯が湧き出す現象や湯となっている状態、またはその場所を示す用語である。その熱水泉を用いた入浴施設も一般に温泉と呼ばれる。人工温泉と対比して「天然温泉」と呼ぶ場合もある。 熱源で分類すると、火山の地下のマグマを熱源とする火山性温泉と、火山とは無関係の非火山性温泉に分けられる。含まれる成分により、さまざまな色、匂い、効能の温泉がある。 広義の温泉（法的に定義される温泉）：日本の温泉法の定義では、必ずしも水の温度が高くなくても、普通の水とは異なる天然の特殊な水（鉱水）やガスが湧出する場合に温泉とされる（後節の「温泉の定義」を参照）。温泉が本物か否かといわれるのは、温泉法の定義にあてはまる「法的な温泉」であるのかどうかを議論する場合が一般的である（イメージに合う合わないの議論でも用いられる場合がある）。アメリカでは21.1度（華氏70度）、ドイツでは20度以上と定められている。.
湿原
沼湿原の池塘と木道 湿原（しつげん）とは、湿地 (wetland) の一種で、淡水によって湿った草原を指す。英語では または と訳される。.
有機酸
有機酸（ゆうきさん、Organic acid）は、有機化合物の酸の総称である。ほとんどの有機酸はカルボン酸であり、カルボキシル基 (-COOH) を持つ。スルホン酸は比較的強い有機酸でスルホ基 (-SO3H) を持つ。また他にも、ヒドロキシ基、チオール基、エノールを特性基として持つ弱酸性化合物が知られるが、一般に生化学ではこれらだけを含む化合物は有機酸とは呼ばない。.
有性生殖
有性生殖（ゆうせいせいしょく:Sexual reproduction）とは、2つの個体間あるいは細胞間で全ゲノムに及ぶDNAの交換を行うことにより、両親とは異なる遺伝子型個体を生産することである。.
海
海（うみ）は、地球の地殻表面のうち陸地以外の部分で、海水に満たされた、一つながりの水域である。海洋とも言う。 海 海は地表の70.8%を占め、面積は約3億6106万km2で、陸地（約1億4889万km2）の2.42倍である。平均的な深さは3729m。海水の総量は約13億4993万立方キロメートルにのぼる理科年表地学部。ほとんどの海面は大気に露出しているが、極地の一部では海水は氷（海氷や棚氷）の下にある。 陸地の一部にも、川や湖沼、人工の貯水施設といった水面がある。これらは河口や砂州の切れ目、水路で海とつながっていたり、淡水でなく塩水を湛えた塩湖であったりしても、海には含めない。 海は微生物から大型の魚類やクジラ、海獣まで膨大な種類・数の生物が棲息する。水循環や漁業により、人類を含めた陸上の生き物を支える役割も果たしている。 天体の表面を覆う液体の層のことを「海」と呼ぶこともある。以下では主に、地球の海について述べる。.
海綿動物
海綿動物（かいめんどうぶつ、sponge）は、海綿動物門（Porifera）に属する動物の総称である。海綿、カイメンなどとも表記される。 熱帯の海を中心に世界中のあらゆる海に生息する。淡水に生息する種も存在する。壺状、扇状、杯状など様々な形態をもつ種が存在し、同種であっても生息環境によって形状が異なる場合もある。大きさは数mmから1mを越すもの（南極海に生息する樽状の海綿 ）まで多様である。多細胞生物であるが、細胞間の結合はゆるく、はっきりとした器官等の分化は見られない。細かい網目状の海綿質繊維からなる骨格はスポンジとして化粧用や沐浴用に用いられる。.
浸透圧
浸透圧（しんとうあつ、英語：osmotic pressure）は物理化学の用語である。半透膜を挟んで液面の高さが同じ、溶媒のみの純溶媒と溶液がある時、純溶媒から溶液へ溶媒が浸透するが、溶液側に圧を加えると浸透が阻止される。この圧を溶液の浸透圧という（岩波理化学辞典・同生物学辞典等）。浸透圧は希薄溶液中において、物質の種類に依存しない法則が成立するという束一的性質の一種である。.
放線菌
放線菌（ほうせんきん、羅・英: Actinomycetes）は一般に、グラム陽性の真正細菌のうち、細胞が菌糸を形成して細長く増殖する形態的特徴を示すものを指していた。元来、菌糸が放射状に伸びるためこの名があるが、現在の放線菌の定義は16S rRNA遺伝子の塩基配列による分子系統学に基づいているため、桿菌や球菌も放線菌に含められるようになり、もはやこのグループを菌糸形成という形態で特徴づけることは困難である。 学名のActinobacteria（放線菌門）は、ギリシア語で光線、放射を意味するακτίς（アクティース）とバクテリアを合成したもの。また、放線菌類を意味する一般名詞Actinomyceteは、ακτίςに、菌類を意味する接尾語-mycetes（ミュケーテース、語源はギリシア語で菌を意味するμύκες（ミュケース））を合わせたものである。 ''Streptomyces''属など典型的な放線菌では空気中に気菌糸を伸ばし胞子を形成するので、肉眼的には糸状菌のように見える。多くは絶対好気性で土壌中に棲息するが、土壌以外にも様々な自然環境や動植物の病原菌としても棲息している。また病原放線菌として知られる''Actinomyces''属とその関連菌群などのように嫌気性を示す放線菌も一部存在する。放線菌のDNAはそのGC含量が高く（多くは70%前後）、それがこの菌群の大きな特徴である。 分類学的には下記に示す多くの属が放線菌綱に分類されるが、マイクロコッカス目（Order Micrococcales）の各属のように菌糸形態を示さないものは便宜的に放線菌として扱われないこともある。.
1674年
記載なし。
16S rRNA系統解析
16S rRNA系統解析（16S rRNAけいとうかいせき）は、リボソームの小サブユニットのRNA塩基配列を基にした微生物の進化系統を明らかにする方法の一つである。真核生物の場合は18S rRNAなのでリボソーム小サブユニットRNA系統解析 ('S'mall 'S'ub 'U'nit-rRNA、SSU-rRNA) と呼ばれることもある。.
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1868年
記載なし。
1922年
記載なし。
1936年
記載なし。
1937年
記載なし。
1947年
記載なし。
1956年
記載なし。
1962年
記載なし。
1970年
記載なし。
1972年
協定世界時による計測では、この年は（閏年で）閏秒による秒の追加が年内に2度あり、過去最も長かった年である。.
1974年
記載なし。
1976年
記載なし。
1977年
記載なし。
1989年
この項目では、国際的な視点に基づいた1989年について記載する。.
1990年
この項目では、国際的な視点に基づいた1990年について記載する。.
2001年
また、21世紀および3千年紀における最初の年でもある。この項目では、国際的な視点に基づいた2001年について記載する。.
2005年
この項目では、国際的な視点に基づいた2005年について記載する。.
2008年
この項目では、国際的な視点に基づいた2008年について記載する。.
20世紀
摩天楼群） 20世紀（にじっせいき、にじゅっせいき）とは、西暦1901年から西暦2000年までの100年間を指す世紀。2千年紀における最後の世紀である。漢字で二十世紀の他に、廿世紀と表記される場合もある。.
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メタバクテリア、アルケア、アーキア、アーケア、始原菌、後生細菌。
