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PM3

索引 PM3

PM3あるいはParameterized Model number 3は、計算化学において分子の電子構造の量子計算のための半経験的手法の一つである。PM3法はNDDO (Neglect of Diatomic Differential Overlap) 積分近似(二原子微分重なりの無視)を基にしている。 PM3法は法と同じ形式化および方程式を使用している。PM3とAM1の差異は: 1) PM3はコア反発関数のために2つのガウス関数を使用しているが、AM1は元素に応じて1から4つのガウス関数を使用している; 2) パラメータの数値が異なる: という2点のみである。その他の差異はパラメータ化の際の哲学と手法にある。AM3は分光測定からパラメータ値の一部を得ているが、PM3は最適値として扱っている。 本手法は、J.

目次

  1. 51 関係: AMPAC半経験的分子軌道法塩素亜鉛マンガンチタンハフニウムバナジウムモリブデンヨウ素リンルテニウムレニウムロジウムパラジウムテクネチウムフッ素ニッケル分子アルミニウムイリジウムオスミウムカルシウムガドリニウムクロムケイ素コバルトジルコニウムタングステンタンタルCP2K硫黄窒素炭素白金計算化学量子力学臭素酸素電子Firefly (プログラム)GAMESS (UK)GAMESS (US)GaussianMNDOMOPACNDDOSpartan... インデックスを展開 (1 もっと) »

  2. 半経験的分子軌道法

AMPAC

AMPACはマイケル・デュワーのグループによって開発された半経験的量子力学計算を行うソフトウェアである。Semichem社によって販売されている。AMPACはSAM1、AM1、MNDO、MNDO/d、PM3、MNDO C MINDO/3、RM1、PM6などの半経験的量子力学計算を搭載している。 AMPAC(2.1)の最初のバージョンはQuantum Chemistry Program Exchangeを通じて1985年に利用できるようになった。

見る PM3とAMPAC

半経験的分子軌道法

半経験的分子軌道法(はんけいけんてきぶんしきどうほう、semi-empirical molecular orbital method)では、ハートリー-フォック方程式を解く際に経験的パラメータを使用して、分子の電子状態を計算する。ab initio分子軌道法に比べ計算量が大幅に減少するため、大きな分子を取り扱うのに有利である。また、経験的パラメータを用いることによって電子相関効果の一部を含むことができる。その近似方法には、省略する分子積分や用いるパラメータによって多くの手法が存在する。

見る PM3と半経験的分子軌道法

塩素

塩素(えんそ、chlorine)は原子番号17の元素。元素記号はCl。原子量は35.45。ハロゲン元素のひとつ。 一般に「塩素」という場合は、塩素の単体である塩素分子(Cl2、二塩素、塩素ガス)を示すことが多い。ここでも合わせて述べる。塩素分子は常温常圧では特有の刺激臭を持つ黄緑色の気体で、腐食性と強い毒を持つ。

見る PM3と塩素

亜鉛

亜鉛(あえん、zinc、zincum)は、原子番号30の金属元素。元素記号は Zn。亜鉛族元素の一つ。安定な結晶構造は、六方最密充填構造 (HCP) の金属。必須ミネラル(無機質)16種の一つ。

見る PM3と亜鉛

マンガン

マンガン(満俺、Mangan、manganese、manganum)は原子番号25の元素。元素記号はMn。

見る PM3とマンガン

チタン

チタン(Titan 、titanium 、titanium、鈦)は、原子番号22の元素。元素記号はTi。第4族元素、遷移元素のひとつ。チタニウムとも呼ばれる。

見る PM3とチタン

ハフニウム

ハフニウム(hafnium )は原子番号72の元素。元素記号は Hf。チタン族元素の一つ。

見る PM3とハフニウム

バナジウム

バナジウム(vanadium、、釩)は原子番号23の元素。元素記号はV。バナジウム族元素のひとつ。日本語では古くはバナジン・ヴァナジンの表記も使われた。

見る PM3とバナジウム

モリブデン

モリブデン(molybdenum 、Molybdän )は、原子番号42の元素。元素記号は Mo。クロム族元素の1つ。

見る PM3とモリブデン

ヨウ素

ヨウ素(ヨウそ、沃素、iodine)は、原子番号 53、原子量 126.9 の元素である。元素記号は I。あるいは分子式が I2 と表される二原子分子であるヨウ素の単体の呼称。 ハロゲン元素の一つ。分子量は253.8。融点は113.6 ℃で、常温、常圧では固体であるが、昇華性がある。固体の結晶系は紫黒色の斜方晶系で、反応性(酸化力)はフッ素、塩素、臭素より小さい。水にはあまり溶けないが、エタノールやヨウ化カリウム水溶液にはよく溶ける。これは下式のように、ヨウ化物イオンとの反応が起こることによる。 単体のヨウ素は、日本の毒物及び劇物取締法により医薬用外劇物に指定されている。

見る PM3とヨウ素

リン

リン(燐、phosphorus、phosphorus)は原子番号15番の元素である。元素記号はP。原子量は30.97。窒素族元素(15族)のひとつ。周期は3。

見る PM3とリン

ルテニウム

ルテニウム(ruthenium、)は、原子番号44の元素。元素記号は Ru。白金族元素の1つ。貴金属にも分類される。銀白色の硬くて脆い金属(遷移金属)で、比重は12.43、融点は2334℃、沸点は4150℃。常温、常圧で安定な結晶構造は、六方最密充填構造 (HCP)。酸化や腐食を受けにくく、展性に富み比重が大きい。この性質は白金(Pt)と同じであり、王水には侵されない。

見る PM3とルテニウム

レニウム

レニウム(rhenium)は原子番号75の元素。元素記号は Re。マンガン族元素の一つで、銀白色の金属。遷移金属(第3遷移金属)で、レアメタルの一種。地殻中においても、宇宙空間中においても最も希少な金属である。性質は一つ上のテクネチウムに酷似している。

見る PM3とレニウム

ロジウム

ロジウム(rhodium)は原子番号45の元素。元素記号は Rh。白金族元素の1つ。貴金属にも分類される。銀白色の金属(遷移金属)で、比重は12.5 (12.4)、融点は1966、沸点は3960(融点、沸点とも異なる実験値あり)。常温、常圧で安定な結晶構造は面心立方構造で、1000℃以上に加熱すると単純立方格子になる。加熱下において酸化力のある酸に溶ける。王水には難溶。高温でハロゲン元素と反応。高温で酸化されるが、更に高温になると再び単体へ分離する。酸化数は-1価から+6価までをとり得る。レアメタルの一つである。地殻中の存在量は200pptと、安定同位体がある元素の中ではレニウムとオスミウムの50pptに次いで3番目に少ない量である。

見る PM3とロジウム

パラジウム

パラジウム(palladium)は原子番号46の元素。元素記号は Pd。白金族元素の1つ。貴金属にも分類される。

見る PM3とパラジウム

テクネチウム

テクネチウム(technetium )は、原子番号43の元素。元素記号は Tc。マンガン族元素の一つで、遷移元素である。天然のテクネチウムは地球上では非常にまれな元素で、ウラン鉱などに含まれるウラン238の自発核分裂により生じるが、生成量は少ない。そのため、後述のように自然界からはなかなか発見できず、人工的に合成することで作られた。すなわち発見が自然界に由来しない最初の元素かつ最初の人工放射性元素となった。安定同位体が存在せず、全ての同位体が放射性である。最も半減期の長いテクネチウムはテクネチウム98で、およそ420万年である。

見る PM3とテクネチウム

フッ素

原子の手を含めたフッ素原子の3次元図 隣り合ったフッ素原子の距離を示した2次元図で、距離は143ピコメートルである フッ素(フッそ、弗素、fluorine、fluorum、Fluor)は、原子番号9の元素である。元素記号はF。原子量は18.9984。ハロゲンのひとつ。 また、同元素の単体であるフッ素分子(F2、二弗素)も、一般的にフッ素と呼ばれる。

見る PM3とフッ素

ニッケル

ニッケル(nikkel, nickel, niccolum, 鎳)は、原子番号28の金属元素である。元素記号はNi。

見る PM3とニッケル

分子

分子(ぶんし、英: molecule)とは、2つ以上の原子から構成される電荷的に中性な物質を指す。厳密には、分子は少なくとも1つ以上の振動エネルギー準位を持つほどに充分に深いエネルギーポテンシャル表面のくぼみを共有する原子の集まりを指すIUPAC.

見る PM3と分子

アルミニウム

アルミニウム(aluminium, aluminum, )は、記号Al、原子番号13の化学元素である。アルミニウムは他の一般的な金属よりも密度が低く、鋼鉄の約3分の1である。酸素との親和性が高く、空気に触れると表面に酸化物の保護膜が形成される。外観は銀に似ており、色も光を反射する性質も強い。軟らかく、非磁性で延性がある。アルミニウムの同位体組成はほぼ100%が安定同位体であり、この同位体は宇宙で12番目に多い核種である。の放射能は放射年代測定に利用される。 化学的には、アルミニウムはホウ素族の後遷移金属であり、他のホウ素族元素同様、主に酸化数+3の化合物を形成する。アルミニウム陽イオンはイオン半径が小さく、強く正に帯電しているため分極性が高く、アルミニウムが形成する結合は共有結合になる傾向がある。酸素との親和性が高いため、天然には酸化物の形でみられることが多い。このため、地球上ではアルミニウムはマントルよりも地殻を構成する岩石中に主に存在し、地殻中における存在度は酸素とケイ素に次ぐ第3位を占める。

見る PM3とアルミニウム

イリジウム

イリジウム(iridium )は、原子番号77の元素で、元素記号は Irである。遷移元素かつ白金族元素に分類される元素の1つで、単体では白金(プラチナ)に似た金属光沢を有する。

見る PM3とイリジウム

オスミウム

オスミウム(osmium )は原子番号76の元素。元素記号は Os。硬く、もろく、非常に希少な青白い白金族の遷移元素であり、合金、主に白金鉱石に微量な元素として見られる。最も密度の高い天然元素であり、実験的に測定された(X線結晶学を用いて)密度は22.587 g/cm3である。メーカーは白金、イリジウムおよびその他の白金族金属との合金を使用して万年筆のペン先の先端、電気接触、および極めて大きい耐久性と硬度を必要とする用途に使用されている。オスミウムは非常に希少な金属で、地球の地殻における元素の豊富さはレニウムと同様に最も少なく、しか含まれていない。

見る PM3とオスミウム

カルシウム

カルシウム(calcium、calcium )は、原子番号20番の元素である。元素記号はCa。原子量は40.08。第2族元素、アルカリ土類金属、金属元素のひとつ。

見る PM3とカルシウム

ガドリニウム

ガドリニウム (gadolinium) は原子番号64の元素。元素記号は Gd。希土類元素の一つ。ランタノイドに属す。

見る PM3とガドリニウム

クロム

クロム(chromium 、Chrom 、chromium、鉻)は、原子番号24の元素。元素記号はCr。クロム族元素のひとつ。

見る PM3とクロム

ケイ素

ケイ素(けいそ、珪素、硅素、silicon、silicium)は、原子番号14の元素である。元素記号はSi。原子量は28.1。「シリコン」とも呼ばれる。

見る PM3とケイ素

コバルト

コバルト(cobalt 、cobaltum)は、原子番号27の元素である。元素記号はCo。純粋なものは銀白色の金属である。常温で安定な結晶構造は六方最密充填構造 (hcp) で、420 °C以上で面心立方構造 (fcc) に転移する。鉄族元素のひとつであり、強磁性体である。鉄より酸化されにくく、酸や塩基にも強い。キュリー点は1150 °C。 コバルトを用いた核爆弾の1種であるコバルト爆弾についても、本記事で記述する。

見る PM3とコバルト

ジルコニウム

ジルコニウム(zirconium ズィルコーニウム、)は、原子番号40の元素。元素記号は Zr。チタン族元素の1つ、遷移金属でもある。常温で安定な結晶構造は、六方最密充填構造 (HCP) のα型。862 ℃以上で体心立方構造 (BCC) のβ型へ転移する。比重は6.5、融点は1852 ℃。銀白色の金属で、常温で酸、アルカリに対して安定。耐食性があり、空気中では酸化被膜ができ内部が侵されにくくなる。高温では、酸素、窒素、水素、ハロゲンなどと反応して、多様な化合物を形成する。

見る PM3とジルコニウム

タングステン

タングステンまたはウォルフラム(Wolfram 、wolframium、tungsten )は、原子番号74の金属元素であり、クロム族元素に分類される。元素記号は Wである。

見る PM3とタングステン

タンタル

タンタル(Tantal 、tantalum )は、原子番号73の第6周期に属する第5族元素である。元素記号は Ta。タンタルの単体は比較的密度が高くて硬く、銀白色を呈し、光沢があって腐食耐性の高い遷移金属である。レアメタルの1つに数えられており合金の微量成分などとして広く用いられる他、比較的化学的に安定で融点も高く、耐火金属としても知られる。化学的に不活性な特性から、実験用設備の材料や白金の代替品として有用である。今日におけるタンタルの主な用途は、携帯電話、DVDプレーヤー、ゲーム機、パーソナルコンピュータといった電子機器に用いられるタンタル電解コンデンサである。タンタルは、タンタル石、コルンブ石あるいはコルタン(タンタル石とコルンブ石の混合物であるとされ独立した鉱物とみなされていない)といった鉱物に含まれ、化学的に類似するニオブと共に産出するhttp://www.mindat.org。

見る PM3とタンタル

CP2K

CP2Kは、固体状態、液体、分子系、および生体系の原子論的シミュレーションを実行するための自由に入手可能(GPL)なプログラムである。Fortran 2008で書かれている。CP2Kは種々の手法のための一般的フレームワークを提供する: 混合ガウシアンおよび平面波手法(GPW)を用いる密度汎関数理論(DFT)(LDA、GGA、MP2、あるいはRPAレベルの理論)、古典的対および多体ポテンシャル、半経験的(AM1、PM3、MNDO、MNDOd、PM6)ハミルトニアン、ならびに静電ポテンシャルのガウス関数展開(GEEP)に依存した量子力学/分子力学(QM/MM)ハイブリッドスキーム。 CP2KはVimおよびEmacs構文強調のためのエディタプラグイン提供すると共に、入力ファイル生成および出力ファイル処理のためのその他のツールも提供する。

見る PM3とCP2K

硫黄

硫黄(いおう、sulfur)は原子番号16番の元素である。元素記号はS。原子量は32.1。酸素族元素のひとつ。固形時は淡黄色で無味無臭。点火すると青色の炎を出し、二酸化硫黄の特異臭を発する。

見る PM3と硫黄

窒素

窒素(ちっそ、nitrogen、azote、Stickstoff)は、原子番号7の元素である。元素記号はN。原子量は14.007。第15族元素、第2周期元素。 地球の大気中に安定した気体として存在するほか、生物に欠かせないアミノ酸、アンモニアなど様々な化合物を構成する【直談 専門家に聞く】窒素排出、環境汚染の原因に/安く回収・再利用目指す『日経産業新聞』2021年11月8日イノベーション面。ハーバー・ボッシュ法によりアンモニアの量産が可能になって以降、人間により工業的に産生された窒素肥料や窒素酸化物が大量に投入・排出され、自然環境にも大きな影響を与えている。 一般に「窒素」という場合は、窒素の単体である窒素分子(N2)を指すことが多く、本項でもそのように用いられる場合がある。本項では窒素分子についても記載する。

見る PM3と窒素

炭素

炭素(たんそ、carbon、カーボン、carbone、Kohlenstoff)は、原子番号6の元素である。元素記号はC。原子量は12.01。非金属元素、第14族元素、第2周期元素の一つ。

見る PM3と炭素

白金

白金(はっきん、platinum 、platinum)は原子番号78の元素。元素記号は Pt。白金族元素の一つ。プラチナと呼ばれることもある。 単体では、白い光沢(銀色)を持つ金属として存在する。化学的に非常に安定であるため、装飾品に多く利用される一方、触媒としても自動車の排気ガスの浄化をはじめ多方面で使用されている。酸に対して強い耐食性を示し、金と同じく王水以外には溶けないことで知られている。 なお、同じく装飾品として使われるホワイトゴールド(白色金)は、金をベースとした合金であり、単体である白金(プラチナ)とは異なる。

見る PM3と白金

銅(どう、copper、cuprum)は、原子番号29の元素。元素記号は Cu。周期表では金、銀と同じく11族に属する遷移金属である。金属資源として人類に古くから利用され、生産量・消費量がともに多いことからコモンメタル、ベースメタルの一つに位置づけられる。歴史的にも硬貨や表彰メダルなどで金銀に次ぐ存在とされてきた。

見る PM3と銅

計算化学

計算化学(けいさんかがく、computational chemistry)とは、計算によって理論化学の問題を取り扱う、化学の一分野である。複雑系である化学の問題は計算機の力を利用しなければ解けない問題が多いため、計算機化学と呼ばれることもあるが、両者はその言葉の適用範囲が異なっている。 近年のコンピュータの処理能力の発達に伴い、実験、理論と並ぶ第三の研究手段と考えられるまでに発展した。主に以下の手法を用いて化学の問題を取り扱う。

見る PM3と計算化学

量子力学

は、一般相対性理論と共に現代物理学の根幹を成す理論・分野である。主として、分子や原子あるいはそれを構成する電子などを対象とし、その微視的な物理現象を記述する力学である。 量子力学自身は前述のミクロな系における力学を記述する理論だが、取り扱う系をミクロな系の無数の集まりとして解析することによって、巨視的な系を扱うこともできる。従来のニュートン力学などの古典論では説明が困難であった巨視的現象について、量子力学は明快な理解を与えるなどの成果を示してきた。例えば、量子統計力学は、そのような応用例の一つである。生物や宇宙のようなあらゆる自然現象も、その記述の対象となり得る。 代表的な量子力学の理論として、次の二つの形式が挙げられる。ひとつは、エルヴィン・シュレーディンガーによって創始されたシュレーディンガー方程式を基礎に置く波動力学である。もうひとつはヴェルナー・ハイゼンベルク、マックス・ボルン、パスクアル・ヨルダンらによって構成された、ハイゼンベルクの運動方程式を基礎に置く行列力学である。これらの二つの形式は、異なる表式を採用しているが、数学的には等価であり、どちらも自然に対する正しい理解を与える(考察する対象にとって利便なものが適宜使い分けられる)。

見る PM3と量子力学

臭素

臭素(しゅうそ、bromine)は、原子番号 35、原子量 79.9 の元素である。元素記号は Br。ハロゲン元素の一つ。 単体(Br2、二臭素)は常温、常圧で液体(赤褐色)である。分子量は 159.8。融点 摂氏-7.3度、沸点摂氏 58.8 度。反応性は塩素より弱い。刺激臭を持ち、劇物に分類されている。海水中にも微量存在する。

見る PM3と臭素

酸素

酸素(さんそ、oxygen、oxygenium、oxygène、Sauerstoff)は、原子番号8の元素である。元素記号はO。原子量は16.00。第16族元素、第2周期元素のひとつ。

見る PM3と酸素

鉄(てつ、、iron、ferrum)は、原子番号26の元素である。元素記号はFe。金属元素のひとつで、遷移元素である。太陽や、ほかの天体にも豊富に存在し、地球の地殻の約5 %を占め、大部分は外核・内核にある。

見る PM3と鉄

電子

電子(でんし、、記号: または )は、電気素量に等しい大きさの負電荷を持つ亜原子粒子である。電子はレプトン粒子族の第一世代に属し 、知られている限り構成要素や内部構造を持たないことから、一般に素粒子であると考えられている。電子の質量は陽子のおよそである。電子の量子力学的な性質には、換算プランク定数 の半整数倍の値の固有角運動量(スピン)を持つことがある。電子はフェルミ粒子であり、2つの電子が同じ量子状態を占めることはパウリの排他原理によって禁じられる。すべての素粒子と同様に、電子は粒子と波の両方の性質を示す。すなわち、電子は他の粒子と衝突することも、光のように回折することもできる。電子の波動性は、中性子や陽子などの他の粒子よりも実験的に観測しやすい。それは、電子は質量が小さいので、同じエネルギーにおけるド・ブロイ波長が長いためである。

見る PM3と電子

Firefly (プログラム)

Firefly(旧名称: PC GAMESS)は、GAMESS (US)のソースに基づくインテル互換x86、x86-64プロセッサのための非経験的計算化学プログラムである。しかしながら、Fireflyのソースコードの約60-70%、特にプラットフォーム特異的な部分(メモリ割り当て、ディスク入出力、ネットワーク)や数学関数(例えば行列演算)、量子化学的手法(ハートリー=フォック法、メラー=プレセット法、密度汎関数理論)は大幅に書き換えられている。ゆえに、Fireflyの計算速度はオリジナルのGAMESSよりも著しく速い。Fireflyの中心的な管理者はAlex Granovskyである。2008年10月から、このプロジェクトはGAMESS (US)とはもはや関係がなく、Fireflyという名称が作られた。2009年10月17日まで、どちらの名称も使うことができたが、それ以後はFireflyという単独の名称で呼ばれなければならない。

見る PM3とFirefly (プログラム)

GAMESS (UK)

General Atomic and Molecular Electronic Structure System (GAMESS-UK) は、計算化学のための計算プログラムである。オリジナルコードは1981年にGAMESS-UKとGAMESS (US)に分かれ、現在はかなり異なっている。UKバージョンの初期の開発の多くはそれ以前のATMOLプログラムから来ている。ATMOLはGAMESSとは異なり、幾何構造最適化のための解析的勾配を欠いていた。 GAMESS-UKはハートリー=フォック法、メラー=プレセット法(MP2およびMP3)、結合クラスター法(CCSDおよびCCSD(T))、密度汎関数法(DFT)、配置間相互作用法(CI)、その他の進んだ電子構造手法を含む多くの一般的な計算化学計算を実行することができる。

見る PM3とGAMESS (UK)

GAMESS (US)

General Atomic and Molecular Electronic Structure System (GAMESS (US)) は、量子化学計算のためのコンピュータソフトウェアである。オリジナルコードは1977年10月1日に「National Resources for Computations in Chemistry project」として開始された。1981年に、コードはGAMESS (US) とGAMESS (UK) に分かれ、現在はかなり差異がある。GAMESS (US) はアイオワ州立大学のゴードン研究グループのメンバーによってメンテナンスされている。GAMESS (US) は無償で入手可能であるが、ライセンス制限のためオープンソースではない。

見る PM3とGAMESS (US)

Gaussian

Gaussianは、ジョン・ポープルが1970年に設計した計算化学用のソフトウェアである。名前は、計算速度を上げるためにスレーター軌道の代わりに導入したガウス軌道に由来する。ハートリー-フォック方程式などの''ab initio''計算を用いた方法の研究を進める原動力となった。最初はQuantum Chemistry Program Exchangeから入手可能であったが、後にカーネギーメロン大学がライセンス供与され、さらにその後Gaussian社に著作権が移され、1987年からは同社が開発している。 Gaussianは電子構造の研究を行うプログラムとして急速に広まった。GaussianでGaussViewを併用することにより、さらに簡単に豊富な構築機能と視覚化機能を利用できる。ポープルらのグループも、このプログラムを使って量子化学の研究を進めた。

見る PM3とGaussian

MNDO

計算化学において、MNDO法もしくはModified Neglect of Diatomic Overlap法とは、分子の電子構造を量子力学的に計算するための半経験的分子軌道法のひとつである。NDDO(Neglect of Diatomic Differential Overlap; 二原子微分重なりの無視)積分近似に基づく。類似する先行物として 法が挙げられる。らにより、MOPACプログラムパッケージの一部として開発された。AMPAC、GAMESS (US)、PC GAMESS、GAMESS (UK)、Gaussian、ORCA、CP2Kなどのプログラムにも組込まれている。 その後、MNDO法は新手法のおよびPM3により置き換えられた。これらはMNDOと類似した手法であるが、パラメータ化の方法が異なっている。

見る PM3とMNDO

MOPAC

MOPAC (Molecular Orbital PACkage) は、MINDO、MNDO、AM1、PM3、PM5、Sparkle/PM3などの半経験的量子力学計算を行うための計算化学ソフトウェアである。Michael Dewarらにより開発された。 古いバージョンであるMOPAC6やMOPAC7はパブリックドメインソフトウェアであったが、MOPAC2016などのバージョンは商用販売されている時期があった。MOPAC7についてはオープンソースとして維持しようという活動があり、Linux向けのオープンソース版が利用可能である。 2006年にJames Stewartにより、Fortran 90で記述されたパブリックドメインバージョンのMOPAC7.1がリリースされた。Stewartは続いて2007年に教育関係者に無償提供されるMOPAC2007をリリースした。

見る PM3とMOPAC

NDDO

計算化学において、NDDO(neglect of diatomic differential overlap、二原子微分重なりの無視)は、ジョン・ポープルによって初めて導入された形式であり、現在最も成功した半経験的手法の1つである。が全ての1中心2電子積分をCNDO/2に追加したのに対して、NDDOは1つの中心上の電荷分布と別の中心上の電荷分布との間の反発についての全ての2中心積分を加えている。その他の点では、ゼロ微分重なり近似が使われる。 MOPACが一般的なソフトウェアプログラムである 二原子微分重なりの無視(NDDO)法において、重なり行列 S は単位行列によって置き換えられる。これによって、ローターン方程式 |H–ES|。

見る PM3とNDDO

Spartan

Spartan(スパルタン)は分子モデリング、および計算化学のためのアプリケーションソフトウェアで、米国法人Wavefunction, Inc. が開発元である。計算手法として、分子力学法、半経験的分子軌道法、非経験的分子軌道法、密度汎関数法、post Hartree-Fockモデル、T1を含む熱化学的レシピを装備している。

見る PM3とSpartan

水素

水素(すいそ、hydrogen、hydrogenium、hydrogène、Wasserstoff)は、原子番号1の元素である。元素記号はH。原子量は1.00794。非金属元素のひとつである。 ただし、一般的に「水素」と言う場合、元素としての水素の他にも水素の単体である水素分子(水素ガス)H、1個の陽子を含む原子核と1個の電子からなる水素原子、水素の原子核(ふつう1個の陽子、プロトン)などに言及している可能性があるため、文脈に基づいて判断する必要がある。

見る PM3と水素

参考情報

半経験的分子軌道法

水素