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構造式エディタ

索引 構造式エディタ

構造式エディタ(こうぞうしきえでぃた、molecule editor)は分子構造を作図、編集するコンピュータープログラムである。 作図や化学データベースの検索式を書き表す為に、分子や化学反応の二次元(平面)表現を作成する際に使用される。また、分子構造モデルを構築するために立体構造を編集するエディタも存在し、それは通常、分子構造モデリング・ソフトウエアパッケージの部品として提供される。 多くの構造式エディタはエディタ特有のファイルフォーマットを使用しているが、大抵の場合は他の複数のファイルフォーマットのファイルフォーマットを読み書きできるようになっている。その中には分子をASCII文字列で表現するSMILES記法も含まれる場合がある。 平面あるいは立体構造式エディタが生成するファイルは分子構造ビュワーを使用して表示することも出来、 分子構造ビュワーはWebページ中の短いアプレット言語で実装することで分子構造を表示するものも存在する。.

18 関係: AjaxASCII化学反応化学データベースファイルフォーマット分子分子モデル分子シミュレーション分子構造アプレットChemDrawISIS/DrawLaTeXPythonSMILES記法TeXWeb 2.0XDrawChem

Ajax

一般的なWebアプリケーション(左)とAJAX(右)の動作の違い Ajax(エイジャックス - IT用語辞典 e-Words(インセプト)、アジャックス)は、ウェブブラウザ内で非同期通信を行いながらインターフェイスの構築を行うプログラミング手法である - IT用語辞典バイナリ(Weblio)。XMLHttpRequest(HTTP通信を行うためのJavaScript組み込みクラス)による非同期通信を利用し、通信結果に応じてダイナミックHTML (DHTML) で動的にページの一部を書き換えるというアプローチを取る - @IT(IT Media)。 AjaxはAsynchronous '''Ja'''vaScript + '''X'''ML の略で、2005年2月18日に米国のインフォメーションアーキテクトであるJesse James Garrettにより名付けられた - All About - 日経トレンディネット(日経BP)。.

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ASCII

ASCII(アスキー、American Standard Code for Information Interchange)は、現代英語や西ヨーロッパ言語で使われるラテン文字を中心とした文字コード。これはコンピュータその他の通信機器において最もよく使われているものである。.

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化学反応

化学反応(かがくはんのう、chemical reaction)は、化学変化の事、もしくは化学変化が起こる過程の事をいう。化学変化とは1つ以上の化学物質を別の1つ以上の化学物質へと変化する事で、反応前化学物質を構成する原子同士が結合されたり、逆に結合が切断されたり、あるいは化学物質の分子から電子が放出されたり、逆に電子を取り込んだりする。広義には溶媒が溶質に溶ける変化や原子のある同位体が別の同位体に変わる変化、液体が固体に変わる変化MF2等も化学変化という。 化学変化の前後では、化学物質の分子を構成する原子の結合が変わって別の分子に変化する事はあるが、原子そのものが別の原子番号の原子に変わる事はない(ただし原子間の電子の授受や同位体の変化はある)。この点で原子そのものが別の原子に変化する原子核反応とは大きく異なる。 化学反応では反応前の化学物質を反応物(reactant)、反応後の化学物質を生成物(product)といい、その過程は化学反応式で表記される。例えば反応物である(塩酸)とNaOH(水酸化ナトリウム)が化学反応して生成物であるH2O(水分子)とNaCl(食塩)ができあがる状況を示した化学反応式は と表記される。.

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化学データベース

化学データベース(かがくデータベース、chemical database)は、化学情報を格納する目的で設計されたデータベースの総称である。.

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ファイルフォーマット

ファイルフォーマットはコンピュータなどの情報機器で利用するファイルの保存形式である。コンピュータで扱う文書、音声、画像、動画などのさまざまなメディアのファイルを特定の利用方法やアプリケーションソフトウェアで共通に扱うための形式や規格のこと。.

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分子

分子(ぶんし)とは、2つ以上の原子から構成される電荷的に中性な物質を指すIUPAC.

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分子モデル

分子モデル(ぶんしモデル)とは、化学において分子の構造や立体化学を視覚化して理解する助けのために用いられるモデル、模型のこと。分子模型(ぶんしもけい)とも呼ばれる。.

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分子シミュレーション

分子シミュレーション(ぶんしシミュレーション)は、何らかの物理現象や物質が持つ物性などを分子の動きを数値計算することにより解析する試みのことである。化学や物性物理の分野で主に用いられ、実験と両輪をなすものである。また、複雑で多量な計算を必要とすることが多いため計算機を用いて計算させることが一般的である。 計算の中で考慮した全分子の位置座標、速度、分子間の相互作用、外場の影響などを全て記録し、その変化を追跡できるため、分子間の相互作用などのミクロな物性の寄与が大きい物理現象や、対象とする物質が持つ物性が分子レベルではどういった起源を持つのかといったことに関心を寄せる化学や物性物理に支持されている。 計算の規模は小さい場合は分子数個、大きい場合でおよそ1万個程度が目安となる。これは水分子で考えた場合、大きな系でせいぜい3グラム分ということになる。現実生活で我々が扱う量からすれば大変小さく感じるが、現実にある現象などを記述するにはこの程度の系で充分であることが多い。.

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分子構造

分子構造(ぶんしこうぞう、molecular structure、molecular geometry)とは、分子の幾何学的構造をいい、例えば原子間距離や配向などをさす。分子構造を調べるには、主に回折法と分光法が用いられる。.

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アプレット

アプレット(applet)とは、他のアプリケーションの中に組み込まれて実行される小さなプログラムとのことである。多くの場合、アプレットを動作させるアプリケーションはWebブラウザである。アプレットという用語はJavaアプレットの略称として用いられることも多い。 他のアプリケーションの上で動くために、同じ機能を実現するのにも、単独のアプリケーションより必要なプログラミング量が減る特徴がある。 アプレット(applet)という言葉は、application (の略称 app ) に縮小辞を付加して造語されたものである。.

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ChemDraw

ChemDrawは、ケモインフォマティクス企業のCambridgeSoftが開発した分子構造式エディタソフトである。ChemDrawは、Chem3D、ChemFinderと共にChemOffice suiteを構成するソフトであり、MacintoshとMicrosoft Windowsプラットフォームで利用可能である。.

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ISIS/Draw

ISIS/Drawは、MDL Information Systemsの開発したWindows対応の分子モデリングソフトである。.

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LaTeX

(ラテック、ラテフ)とは、レスリー・ランポートによって開発されたテキストベースの組版処理システムである。電子組版ソフトウェア TeX にマクロパッケージを組み込むことによって構築されており、単体の に比べて、より手軽に組版を行うことができるようになっている。\LaTeX と表記できない場合は“LaTeX”と表記する。 なお、 を基にアスキーが日本語処理に対応させたものとして日本語 が、さらに縦組み処理にも対応させたものとして pLaTeX がある。 専門分野にもよるが、学術機関においては標準的な論文執筆ツールとして扱われている。.

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Python

Python(パイソン)は、汎用のプログラミング言語である。コードがシンプルで扱いやすく設計されており、C言語などに比べて、さまざまなプログラムを分かりやすく、少ないコード行数で書けるといった特徴がある。.

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SMILES記法

SMILES記法(スマイルスきほう、)とは、分子の化学構造をASCII符号の英数字で文字列化した構造の曖昧性の無い表記方法である。SMILES文字列は多くの種類の分子エディタにおいてインポート可能で、二次元の図表あるいは三次元のモデルとして表示することができる。 SMILES表記は1980年代の終わりにDavid Weiningerにより開発され、その後に多数の人の手で変更あるいは拡張がなされてきた。中でもDaylight Chemical Information Systems社の貢献が大きい。他の線形な同様な表記法としてはWiswesser Line Notation (WLN), ROSDAL そして SLN (Tripos社)が挙げられる。.

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TeX

(TeX; テック、テフ)はアメリカ合衆国の数学者・計算機科学者であるドナルド・クヌース (Donald E. Knuth) により開発されている組版処理システムである。.

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Web 2.0

Web 2.0とは、2000年代中頃以降における、ウェブの新しい利用法を指す流行語である。2005年に発祥し、その後2年間ほど流行した。 ティム・オライリーによって提唱された概念であり、狭義には、旧来は情報の送り手と受け手が固定され送り手から受け手への一方的な流れであった状態が、送り手と受け手が流動化し、誰もがウェブサイトを通して、自由に情報を発信できるように変化したウェブの利用状態のこと。.

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XDrawChem

XDrawChemは、 Windows、Unix、Mac OSで利用可能な分子モデリング用のフリーソフトである。このソフトはGNU GPL下で配布されている。.

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ここにリダイレクトされます:

分子エディタ分子構造ビュワー

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