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ゲルシフトアッセイ

索引 ゲルシフトアッセイ

ゲルシフトアッセイとは特定の塩基配列をもつ核酸断片とタンパク質の結合を調べる実験系。転写因子の結合配列の解析に広く用いられる。EMSA (Electrophoresis Mobility Shift Assay) とも呼ばれる。 原理は核酸断片にタンパク質が結合すると核酸断片のみの場合よりも総体として分子量が大きくなるということで、この結果電気泳動で遅く流れること(移動度 mobility の違い)を利用して可視化する。 具体的な例としては、リンの放射性同位体でDNA断片を標識し、タンパク質と混合したのち、ポリアクリルアミドゲルで展開し、オートラジオグラフィーによって分析する。遊離しているDNA断片は早く流れるため下部にくるが、タンパク質が結合した断片はゆっくり流れるために上部にバンドとしてあらわれる。

目次

  1. 9 関係: 塩基配列ポリアクリルアミドゲル電気泳動リンオートラジオグラフィータンパク質転写因子電気泳動核酸放射性同位体

  2. プロテオミクス
  3. 生物学的技法と器具
  4. 電気泳動

塩基配列

生物学におけるとは、DNA、RNAなどの核酸において、それを構成しているヌクレオチドの結合順を、ヌクレオチドの一部をなす有機塩基類の種類に注目して記述する方法、あるいは記述したもののこと。 核酸の塩基配列のことを、単にシークエンスと呼ぶことも多い。ある核酸の塩基配列を調べて明らかにする操作・作業のことを、塩基配列決定、あるいはシークエンシングと呼ぶ。

見る ゲルシフトアッセイと塩基配列

ポリアクリルアミドゲル電気泳動

ポリアクリルアミドゲル電気泳動(ポリアクリルアミドゲルでんきえいどう、Poly-Acrylamide Gel Electrophoresis)は、アクリルアミドの重合体であるポリアクリルアミドのゲルを使用した電気泳動により、タンパク質や核酸を分離する方法。略してPAGE(ペイジ)ともいう。 1964年にデイビスとオーンスタインにより、導入された。初期にはガラス管内にゲルを作製して用いる方法(ディスク電気泳動)であったが、現在は2枚のガラス板の間にゲルを作製する方法が主流となっており、様々な応用が派生した重要な手法である。

見る ゲルシフトアッセイとポリアクリルアミドゲル電気泳動

リン

リン(燐、phosphorus、phosphorus)は原子番号15番の元素である。元素記号はP。原子量は30.97。窒素族元素(15族)のひとつ。周期は3。

見る ゲルシフトアッセイとリン

オートラジオグラフィー

オートラジオグラフィー(autoradiography)は、放射線写真法やオートラジオグラムとも呼ばれ、分布している放射性物質から放出されるベータ線粒子やガンマ線から画像(オートラジオグラフ)を作成する手法である。生物学においては、放射性物質が特定の組織に滞留することを確認する手法として用いられる。放射性物質は、代謝系経路に導入されたり、レセプターや酵素に結合したり、核酸に組み込まれたりする。オートラジオグラフの撮影のために、放射性アイソトープでラベルされた組織部にフィルムや乾板をあてる。 組織内にレセプターがどのように分布しているかを特定するため、放射性アイソトープでラベルされたリガンドが用いられる。

見る ゲルシフトアッセイとオートラジオグラフィー

タンパク質

ミオグロビンの3D構造。αヘリックスをカラー化している。このタンパク質はX線回折によって初めてその構造が解明された。 タンパク質(タンパクしつ、蛋白質、 、 )とはアミノ酸が鎖状に多数連結(重合)してできた高分子化合物。生物の重要な構成成分のひとつである生化学辞典第2版、p.810 【タンパク質】。 構成するアミノ酸の数や種類、また結合の順序によって種類が異なり、分子量約4000前後のものから、数千万から数億単位になるウイルスタンパク質まで多くの種類が存在する。 タンパク質のうち、連結したアミノ酸の個数が少ないものをペプチド、ペプチドが直線状に連なったものをポリペプチドと呼びわける武村(2011)、p.24-33、第一章 たんぱく質の性質、第二節 肉を食べることの意味ことも多いが、明確な基準は無い。

見る ゲルシフトアッセイとタンパク質

転写因子

転写因子(てんしゃいんし、、TF)はDNAに特異的に結合するタンパク質の一群である。DNA上のプロモーター領域に、基本転写因子と呼ばれるものと、RNAポリメラーゼ(RNA合成酵素)が結合し、転写が開始する。DNAの遺伝情報をRNAに転写する過程を促進、あるいは逆に抑制する。転写因子はこの機能を単独で、または他のタンパク質と複合体を形成することによって実行する。ヒトのゲノム上には、転写因子をコードする遺伝子がおよそ1,800前後存在するとの推定がなされている。

見る ゲルシフトアッセイと転写因子

電気泳動

電気泳動装置 電気泳動(でんきえいどう、electrophoresis)は、荷電粒子あるいは分子が電場(電界)中を移動する現象。あるいは、その現象を利用した解析手法。特に分子生物学や生化学ではDNAやタンパク質を分離する手法としてなくてはならないものである。

見る ゲルシフトアッセイと電気泳動

核酸

RNAとDNA、それぞれの核酸塩基 核酸(かくさん、nucleic acid)は、リボ核酸 (RNA)とデオキシリボ核酸 (DNA)の総称で、塩基と糖、リン酸からなるヌクレオチドがホスホジエステル結合で連なった生体高分子である。糖の部分がリボースであるものがRNA、リボースの2'位の水酸基が水素基に置換された2-デオキシリボースであるものがDNAである。RNAは2'位が水酸基であるため、加水分解を受けることにより、DNAよりも反応性が高く、熱力学的に不安定である。糖の 1'位には塩基(核酸塩基)が結合している。さらに糖の 3'位と隣の糖の 5'位はリン酸エステル構造で結合しており、その結合が繰り返されて長い鎖状になる。

見る ゲルシフトアッセイと核酸

放射性同位体

放射性同位体(ほうしゃせいどういたい、radioisotope、RI)とは、ある元素が持つ同位体のうち、原子核が不安定であるために原子核が崩壊して何らかの放射線を放出する同位体のことを言う。したがって、全ての放射性同位体は放射能を持っている。ラジオアイソトープ(radioisotope、またはradioactive isotope)や放射性核種(ほうしゃせいかくしゅ、radionuclide)、放射性同位元素とも呼ばれる。

見る ゲルシフトアッセイと放射性同位体

参考情報

プロテオミクス

生物学的技法と器具

電気泳動

電気泳動移動度シフトアッセイ 別名。