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7 関係: シーケンスアラインメント、BLAST、Clustal、生物学に関する記事の一覧、相同、Fastq、SIMAP。
シーケンスアラインメント
バイオインフォマティクスにおいて、シーケンスアラインメントとは、DNAやRNA、タンパク質の配列（一次構造）の類似した領域を特定できるように並べたもので、機能的、構造的、あるいは進化的な配列の関係性を知る手がかりを与える。 アラインメントされたヌクレオチド残基やアミノ酸残基の配列は、典型的には行列の行として表現され、同一あるいは類似性質の配列が同じ列に並ぶようギャップが挿入される。 アラインメントの二配列が祖先を共有する場合、分岐後の一方または両方の系統において、不一致部分は点変異が、ギャップ部分はインデル（indel.
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BLAST
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) は、バイオインフォマティクスでDNAの塩基配列あるいはタンパク質のアミノ酸配列のシーケンスアライメントを行うためのアルゴリズムをいい、またそのアルゴリズムを実装したプログラムをいう。 BLAST を使って、手元にあるシーケンスで、シーケンスデータベースもしくはライブラリに対して検索することにより、ある閾値以上のスコアで類似するシーケンス群を発見することができる。 BLAST は、バイオインフォマティクスで最も広く使われているプログラムの一つである。.
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Clustal
Clustalは広く用いられている多重整列プログラムである。現在はコマンドライン版のClustal WとGUI版のClustal Xとがある。欧州バイオインフォマティクス研究所のから入手できる。.
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生物学に関する記事の一覧
---- 生物学に関する記事の一覧は、生物学と関係のある記事のリストである。ただし生物学者は生物学者の一覧で扱う。また生物の名前は生物学の研究材料としてある程度有名なもののみ加える。 このリストは必ずしも完全ではなく、本来ここにあるべきなのに載せられていないものや、ふさわしくないのに載せられているものがあれば、適時変更してほしい。また、Portal:生物学の新着項目で取り上げたものはいずれこのリストに追加される。 「⇒」はリダイレクトを、(aimai) は曖昧さ回避のページを示す。並べ方は例えば「バージェス動物群」なら「はしえすとうふつくん」となっている。 リンク先の更新を参照することで、このページからリンクしている記事に加えられた最近の変更を見ることが出来る。Portal:生物学、:Category:生物学も参照のこと。.
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相同
同性（そうどうせい）あるいはホモロジー (homology) とは、ある形態や遺伝子が共通の祖先に由来することである。 外見や機能は似ているが共通の祖先に由来しない相似の対義語である。.
Fastq
FASTQ形式はテキストベースの形式で、DNAなどの塩基配列とそのクオリティスコアを1つのファイルに一緒に保存する際に用いられる。 塩基配列とクオリティスコアは各1文字のASCII文字で表され、これにより塩基とクオリティの対応関係が分かりやすくなっている。この形式はWellcome Trust Sanger Instituteで開発されたもので、FASTA形式のデータにクオリティ情報を追加するためのものであった。しかし今日ではIllumina Genome Analyzerのような次世代シーケンサー等から出力された塩基配列のデータを保存する際のフォーマットとしてデファクトスタンダードとなっている。.
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SIMAP
SIMAP (Similarity Matrix of Proteins) は分散コンピューティングを用いて運用されているタンパク質類似性のデータベースであり、ミュンヘン工科大学と:en:Helmholtz Zentrum Münchenによる合同プロジェクトとして管理されている。利用者は科学的目的のために自由にアクセスすることができる。同様の他のアプリケーションではタンパク質ドメインを探すために隠れマルコフモデルが用いられているのに対し、SIMAPはタンパク質類似性を事前計算するために FASTAアルゴリズムを用いている。 なお2014/5/30に2014年をもってboincプロジェクトの終了が発表された。.
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