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リガンド
生化学や薬理学では、リガンド(Ligand; ライガンド)とは生体分子と複合体を形成して生物学的な目的を果たす物質のことを指す。 タンパク質-リガンド結合では、リガンドは通常、標的タンパク質上の結合部位に結合することでシグナルを生成する分子である。 この結合は、通常、標的タンパク質の配座異性体(コンフォメーション)の変化をもたらす。 DNA-リガンド結合研究では、リガンドはDNA二重らせんに結合する低分子、イオン、タンパク質のいずれかである。 リガンドと結合相手の関係は、電荷、疎水性、分子構造の関数である。 結合のインスタンスは、時間と空間の無限の範囲で発生するので、その速度定数は通常、非常に小さな数である。
ドッキング
ドッキング(Docking)は合体や結合、切り詰める、減らすなど意味する英語。
ドッキング (分子)
分子モデリングの分野では、ドッキング(Docking)は、安定なタンパク質複合体を形成するために互いに結合したときに、ある分子の第2の分子に対する好ましい配向を予測する方法である。好ましい配向の知識を使用すれば、例えばスコアリング関数を使用して、2つの分子間の会合の強さや結合親和性を予測することができる。 低分子リガンド(緑)をタンパク質ターゲット(黒)にドッキングさせて安定な複合体を生成する模式図 タンパク質、ペプチド、核酸、炭水化物、脂質などの生物学的に関連する分子間の関連付けは、シグナル伝達において中心的な役割を果たしている。さらに、相互作用する2つのパートナーの相対的な配向は、生成されるシグナルの種類(例えば、アゴニスト対アンタゴニスト)に影響を与える可能性がある。したがって、ドッキングは、生成されるシグナルの強度と種類の両方を予測するのに有用である。
Berkeley Open Infrastructure for Network Computing
Berkeley Open Infrastructure for Network Computing(バークレー・オープン・インフラストラクチャ・フォー・ネットワーク・コンピューティング)、略称 BOINC(ボインク、発音 – "oink"と韻を踏む)は、ボランティア・コンピューティングとグリッド・コンピューティングのためのオープンソースのミドルウェア・システムである。もともとはSETI@homeプロジェクト(2020年3月31日終了)をサポートするために開発されたが、数学、言語学、医学、分子生物学、気候学、環境科学、宇宙物理学などの多様な分野で、他の分散アプリケーションのためのプラットフォームとして一般化された。BOINCは、研究者が世界中の複数のパーソナルコンピュータの膨大なを利用できるようにすることを目的としている。
見る Docking@HomeとBerkeley Open Infrastructure for Network Computing
Rosetta@home
Rosetta@home(ロゼッタ・アット・ホーム、R@h)は、ワシントン大学のデイヴィッド・ベイカー教授の研究室が運営するBOINCプラットフォーム上のタンパク質構造予測を研究するためのボランティア・コンピューティングプロジェクトである。

