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SSCP

索引 SSCP

SSCP(Single Strand Conformation Polymorphismの略語、一本鎖高次構造多型)とは、 熱変性させたDNAが分子内で水素結合を起こして高次構造を形成する際に、 僅かな塩基配列の違いによりその高次構造に変化が生ずる(多型を示す)ことを指す。 また、その高次構造の変化を指標として遺伝子の変異や多型を検出する手法を指している。 遺伝子の変異や多型を調べるために現在多く用いられる手法として、 特定の遺伝子領域をPCR法により増幅して得られた増幅産物を試料DNAとして 検出操作を実施する場合が多いことから、PCR-SSCP法と呼ばれる場合もある。

目次

  1. 14 関係: 塩基配列多型変性一塩基多型ポリメラーゼ連鎖反応ポリアクリルアミドゲル電気泳動プライマーデオキシリボ核酸キャピラリー電気泳動サザンブロッティング立体配座銀染色電気泳動水素結合

塩基配列

生物学におけるとは、DNA、RNAなどの核酸において、それを構成しているヌクレオチドの結合順を、ヌクレオチドの一部をなす有機塩基類の種類に注目して記述する方法、あるいは記述したもののこと。 核酸の塩基配列のことを、単にシークエンスと呼ぶことも多い。ある核酸の塩基配列を調べて明らかにする操作・作業のことを、塩基配列決定、あるいはシークエンシングと呼ぶ。

見る SSCPと塩基配列

多型

多型(たけい、また多形、あるいは多形性:英語 polymorphism)とは、生物において、本来同一であるはずのものが不連続的に異なった形態を示すことを指す。たとえば同一種の個体間で形態が異なる場合や、個体の中に複数の同一の器官があって、それらの間に差異がある場合などがある。 特に、2通りに分かれる場合が多く、その場合二形(性)という。 多型は表現型多型と遺伝的多型に分けられる。表現型多型とは二つ以上の異なる表現型が同じ種の集団の中に存在する状態を指す。遺伝的多型とは同じ生物種の集団のうちに遺伝子型の異なる個体が存在すること、またはその異なる遺伝子・DNA配列のことをいう。

見る SSCPと多型

変性

変性(へんせい、denaturation)とは、性質が変化すること。特に異常に変化する場合を指すことがある。また、その変化した性質そのものを指す。

見る SSCPと変性

一塩基多型

ある生物種集団のゲノム塩基配列中に一塩基が変異した多様性が見られ、その変異が集団内で1%以上の頻度で見られる時、これを一塩基多型(いちえんきたけい、Single Nucleotide Polymorphism、SNP)と呼ぶ。従って、対立遺伝子頻度がこれより低いときに使用するのは基本的に誤りで、そのような物は突然変異と呼ばれる(参照:多型、遺伝子多型)。ある一つの塩基が別の塩基に置換されて起きるため、一つのSNPには置換前と置換後の二種類の対立遺伝子しか見つからないことが多い。が、まれに3から4個の対立遺伝子があるSNPもある。複数形でSNPs(スニップスと発音)と呼ばれることもある。SNPの起源は中立進化説がいうように、種の分化後にランダムに発生したものだと考えられている。

見る SSCPと一塩基多型

ポリメラーゼ連鎖反応

100μLの反応混合物が入っている8連PCRチューブ ポリメラーゼ連鎖反応(ポリメラーゼれんさはんのう、)とは、DNAサンプルの特定領域を増幅させる反応。 一般的には数百万〜数十億倍に増幅する。英語読みもされるが、その頭文字を取ってPCR法、あるいは単純にPCRと呼ばれることが多い。

見る SSCPとポリメラーゼ連鎖反応

ポリアクリルアミドゲル電気泳動

ポリアクリルアミドゲル電気泳動(ポリアクリルアミドゲルでんきえいどう、Poly-Acrylamide Gel Electrophoresis)は、アクリルアミドの重合体であるポリアクリルアミドのゲルを使用した電気泳動により、タンパク質や核酸を分離する方法。略してPAGE(ペイジ)ともいう。 1964年にデイビスとオーンスタインにより、導入された。初期にはガラス管内にゲルを作製して用いる方法(ディスク電気泳動)であったが、現在は2枚のガラス板の間にゲルを作製する方法が主流となっており、様々な応用が派生した重要な手法である。

見る SSCPとポリアクリルアミドゲル電気泳動

プライマー

プライマー。

見る SSCPとプライマー

デオキシリボ核酸

デオキシリボ核酸(デオキシリボかくさん、、DNA)は、2本のポリヌクレオチド鎖が互いに巻きついて二重らせんを形成しているポリマーである。このポリマーは、すべての既知の生物と多くのウイルスの発生、機能、成長、および生殖のための遺伝的命令を伝達する。DNAはリボ核酸(、RNA)とともに核酸と総称される。核酸はタンパク質、脂質、複合多糖と並んで、すべての既知の生命体にとって不可欠な4大生体高分子のひとつである。 DNAの二本鎖は、ヌクレオチドと呼ばれるより単純な単量体単位から構成されていることから、ポリヌクレオチドと呼ばれる。各ヌクレオチドは、4つの窒素含有核酸塩基(シトシン: C、グアニン: G、アデニン: A、チミン: T)のうちの1つ、デオキシリボースと呼ばれる糖、およびリン酸基で構成されている。あるヌクレオチドの糖と、次のヌクレオチドのリン酸が共有結合(ホスホジエステル結合と呼ばれる)によって鎖状に結合し、糖-リン酸が交互に繰り返される主鎖が形成される。二本のポリヌクレオチド鎖の窒素塩基は、塩基対合則(AとT、CとG)に従って水素結合で結合し、二本鎖DNAを形成する。窒素塩基は、単環のピリミジンと二重環のプリンという2つのグループに分類される。DNAでは、チミンとシトシンがピリミジン、アデニンとグアニンがプリンである。

見る SSCPとデオキシリボ核酸

キャピラリー電気泳動

キャピラリー電気泳動(キャピラリーでんきえいどう)は毛細管(キャピラリー)内で電気泳動を行う方法である。 無担体電気泳動(ゲルなどの担体を用いず溶液状態で行う電気泳動)ではジュール熱によって対流が起こりやすく、物質の安定した分離を行う上で不都合である。しかし十分に細い毛細管を使えば対流を防ぐことができ、発生するジュール熱の放熱も容易なことから、物質の分離に用いることができる。 この方法を応用した例として、自動塩基配列解析装置(DNAシーケンサー)がある。この装置では特殊な高分子の水溶液を充填した毛細管内で分子ふるい効果を作り、試料中のDNAをその塩基数の順に分離することができる。 また、光学異性体の分離にも有利な手法であることから、薬学や食品分野への応用が進んでいる。

見る SSCPとキャピラリー電気泳動

サザンブロッティング

サザンブロッティング (Southern blotting) とは、エドウィン・サザンが考案した、DNAを同定するための手法である。この手法により、異なる塩基配列を持つさまざまな二重らせんのDNAの混合溶液から、ある特定の塩基配列を持つ分子が存在するかどうかを確かめることが可能である。 名前の由来は、開発者であるエドウィン・サザンの名によるが、この技術を応用して考案された他の方法は、氏の名にあやかりノーザンブロッティングやウェスタンブロッティングと名づけられた。サザンブロッティングは人名由来のため、英文中においてもSouthern-と大文字で書き始められるが、ノーザンブロッティングやウェスタンブロッティングは人名ではないため、northern-、western-と小文字で書き始める慣例がある。

見る SSCPとサザンブロッティング

立体配座

立体配座(りったいはいざ、Conformation)とは、単結合についての回転や孤立電子対を持つ原子についての立体反転によって相互に変換可能な空間的な原子の配置のことである。 二重結合についての回転や不斉炭素についての立体反転のように通常の条件では相互に変換不可能な理論的な原子の配置は立体配置という。

見る SSCPと立体配座

銀染色

銀染色(ぎんせんしょく、)とは、組織切片の顕微鏡解析やポリアクリルアミドゲル電気泳動、DGGEにおいて、研究対象の外観を選択的に変化させて可視化するために銀を用いる手法のことである。

見る SSCPと銀染色

電気泳動

電気泳動装置 電気泳動(でんきえいどう、electrophoresis)は、荷電粒子あるいは分子が電場(電界)中を移動する現象。あるいは、その現象を利用した解析手法。特に分子生物学や生化学ではDNAやタンパク質を分離する手法としてなくてはならないものである。

見る SSCPと電気泳動

水素結合

doi。

見る SSCPと水素結合

一本鎖高次構造多型 別名。