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Jmol

索引 Jmol

Jmolは化学や生化学分野の教育研究に用いられる、3次元コンピュータグラフィックスの分子シミュレーションソフトウェアである。Javaで組まれておりMicrosoft Windows、macOS、Linux、 UNIXで動作し、GNU Lesser General Public License Ver2.0で公開されたFLOSSである。 スタンドアロン版及びソフトウェア開発キット は、BioclipseやTavernaなど他のJavaアプリケーションと統合できる。 人気の機能として、球棒モデル、空間充填モデル、リボンダイヤグラムなど様々に分子をウェブページに表示できる上、Protein Data Bank (pdb)、Crystallographic Information File (cif)、MDL Molfile (mol)、Chemical Markup Language (CML)など多様な化学ファイルフォーマットに対応している。Java不要でJavaScriptで動作するHTML5版のJSmolも利用できる。.

21 関係: 化学ファイルフォーマット分子シミュレーションウェブブラウザクロスプラットフォームストレプトアビジンソフトウェアソフトウェア開発キット球棒モデル空間充填モデル生化学FLOSSGNU Lesser General Public LicenseHTML5JavaJavaScriptLinuxMacOSMicrosoft WindowsUNIX3次元コンピュータグラフィックス

化学

化学(かがく、英語:chemistry、羅語:chemia ケーミア)とは、さまざまな物質の構造・性質および物質相互の反応を研究する、自然科学の一部門である。言い換えると、物質が、何から、どのような構造で出来ているか、どんな特徴や性質を持っているか、そして相互作用や反応によってどのように別なものに変化するか、を研究する岩波理化学辞典 (1994) 、p207、【化学】。 すべての--> 日本語では同音異義の「科学」(science)との混同を避けるため、化学を湯桶読みして「ばけがく」と呼ぶこともある。.

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ファイルフォーマット

ファイルフォーマットはコンピュータなどの情報機器で利用するファイルの保存形式である。コンピュータで扱う文書、音声、画像、動画などのさまざまなメディアのファイルを特定の利用方法やアプリケーションソフトウェアで共通に扱うための形式や規格のこと。.

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分子シミュレーション

分子シミュレーション(ぶんしシミュレーション)は、何らかの物理現象や物質が持つ物性などを分子の動きを数値計算することにより解析する試みのことである。化学や物性物理の分野で主に用いられ、実験と両輪をなすものである。また、複雑で多量な計算を必要とすることが多いため計算機を用いて計算させることが一般的である。 計算の中で考慮した全分子の位置座標、速度、分子間の相互作用、外場の影響などを全て記録し、その変化を追跡できるため、分子間の相互作用などのミクロな物性の寄与が大きい物理現象や、対象とする物質が持つ物性が分子レベルではどういった起源を持つのかといったことに関心を寄せる化学や物性物理に支持されている。 計算の規模は小さい場合は分子数個、大きい場合でおよそ1万個程度が目安となる。これは水分子で考えた場合、大きな系でせいぜい3グラム分ということになる。現実生活で我々が扱う量からすれば大変小さく感じるが、現実にある現象などを記述するにはこの程度の系で充分であることが多い。.

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ウェブブラウザ

情報なし ウィキメディア財団のサーバにアクセスしたウェブブラウザの割合(2012年12月) ウェブブラウザ(インターネットブラウザ、web browser)とは、 World Wide Web (WWW) の利用に供するブラウザであり、ユーザエージェント (UA) である。具体的には、ウェブページを画面や印刷機に出力したり、ハイパーリンクをたどったりするなどの機能がある。単にブラウザ(ブラウザー)と呼んだ場合、多くはウェブブラウザのことを指す。 WWW 上の情報リソースを扱うアプリケーションであり、ウェブページ・画像・動画・音声等の情報リソースの識別には Uniform Resource Identifier (URI) を使用する。 ウェブブラウザは WWW への接続を第一の目的としているが、プライベートネットワーク内の Web サーバやファイルシステム内のファイルが提供する情報への接続にも利用できる。主なウェブブラウザとして、Internet Explorer, Microsoft Edge, Mozilla Firefox, Google Chrome, Opera, Safari 等がある。.

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クロスプラットフォーム

プラットフォーム(cross-platform)とは、異なるプラットフォーム(例えばPC/AT互換機とMacintosh、あるいはWindows・macOS・FreeBSD・Linuxなどのように、仕様が全く異なる機械(ハードウェア)またはオペレーティングシステム)上で、同じ仕様のものを動かすことが出来るプログラム(ソフトウェア)のことを言う。同様の呼称にマルチプラットフォームがある。 また、家庭用ゲームにおいては「クロスプラットフォーム」と「マルチプラットフォーム」で意味が異なる場合がある。本項ではこのケースについても後述する。.

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ストレプトアビジン

トレプトアビジン(Streptavidin)はストレプトマイセスの一種Streptomyces avidinii により作られるタンパク質であり、性質はアビジンとよく似ている。研究・検査用に利用されている。 アビジンと同様に、ビオチンを非常に強く結合する特性がある。解離定数(Kd)は約10-15 mol/Lで、非共有結合の中では最も強い部類に属す。分子量53,000ダルトン(アビジンより少し小さい)の4量体を形成し、各モノマーがビオチン1分子を結合する。 一方、アビジンとは次のような違いがある。変性により解離するが、ストレプトアビジンの方が変性に強い。アビジンにはついている糖鎖がなく、水溶性が低い。また等電点は弱酸性または中性(アビジンは塩基性)である。これらにより非特異的結合が少ないという利点があり、アビジンよりも多く利用されている。 なお以上の欠点を改良する目的で、糖鎖を除去したアビジン(NeutrAvidin)も使われている。.

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ソフトウェア

フトウェア(software)は、コンピューター分野でハードウェア(物理的な機械)と対比される用語で、何らかの処理を行うコンピュータ・プログラムや、更には関連する文書などを指す。ソフトウェアは、一般的にはワープロソフトなど特定の作業や業務を目的としたアプリケーションソフトウェア(応用ソフトウェア、アプリ)と、ハードウェアの管理や基本的な処理をアプリケーションソフトウェアやユーザーに提供するオペレーティングシステム (OS) などのシステムソフトウェアに分類される。.

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ソフトウェア開発キット

フトウェア開発キット(ソフトウェアかいはつキット、Software Development Kit、SDK)は一般に、特定のソフトウェアパッケージ、ソフトウェアフレームワーク、ハードウェアプラットフォーム、コンピュータシステム、ゲーム機、オペレーティングシステムなどのためのアプリケーションを作成するためにソフトウェア技術者が使用する開発ツールのセットを意味する。.

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球棒モデル

ATPの球棒モデル 球棒モデル(きゅうぼうモデル、英:Ball-and-stick model)は、化学物質や生体物質の化学構造を立体的・空間的に表した分子モデルである。空間充填モデルに比べて分子構造を考察しやすいという利点がある。このモデルは1865年にアウグスト・ヴィルヘルム・フォン・ホフマンが初めて作成した。 球棒モデルでは、原子は球、共有結合は直線で表現される。結合角と結合長は実際の値を相対的に表すが、原子の球の大きさは実際値は反映されない。.

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空間充填モデル

間充填モデル(くうかんじゅうてんモデル、Space-filling model, calotte models, CPK models)は、物質の化学構造を視覚的に取り扱う際に用いられる空間的分子モデルのひとつである。空間充填モデルは球棒モデルとともに、化合物や生体物質の立体化学を表現するのに役立つ。 空間充填モデルは球棒モデルを発展させたもので、原子の相対的な位置と大きさが球体断片の配置で表される。また、原子の大きさ、分子構造、結合長は実際の値に対応している。.

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生化学

生化学(せいかがく、英語:biochemistry)は生命現象を化学的に研究する生化学辞典第2版、p.713 【生化学】生物学または化学の一分野である。生物化学(せいぶつかがく、biological chemistry)とも言う(若干生化学と生物化学で指す意味や範囲が違うことがある。生物化学は化学の一分野として生体物質を扱う学問を指すことが多い)。生物を成り立たせている物質と、それが合成や分解を起こすしくみ、そしてそれぞれが生体システムの中で持つ役割の究明を目的とする。.

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FLOSS

FLOSS(フロス)は、Free/Libre and Open Source Softwareの頭字語でありはフランス語で「自由な」の意。、フリーソフトウェアとオープンソースをまとめて表現する語である。Free/Open Source Software の頭字語を取ってFOSSとも呼ばれる。.

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GNU Lesser General Public License

GNU Lesser General Public License(以前は、GNU Library General Public Licenseだった)または GNU LGPL、単にLGPLは、フリーソフトウェア財団(Free Software Foundation、以下FSFと略称)が公開しているコピーレフト型のフリーソフトウェアライセンスである。八田真行による日本語訳ではGNU 劣等一般公衆利用許諾書と呼称している。.

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HTML5

HTML5(エイチティーエムエル・ファイブ)は、HyperText Markup Languageの5回目に当たる大幅な改定版である。 HTML5はWeb Hypertext Application Technology Working Groupによって2004年に定められたWeb Applications 1.0にWeb Forms 2.0を取り入れたものがWorld Wide Web Consortiumの専門委員会に採用され、World Wide Web Consortiumより2008年1月22日にドラフト(草案)が発表され、2014年10月28日に HTML5 が勧告され、2016年11月1日に HTML 5.1 が勧告され、2017年12月14日に HTML 5.2 が勧告された。 改訂の主要目的のひとつとして、人間にも読解可能で、尚且つ、コンピュータやデバイス(ウェブブラウザ、構文解析器など)にも矛盾せず読解されるとともに最新のマルチメディアをサポートする言語に向上することである。HTML5ではHTMLだけでなくXHTML、DOMのHTML関係の部分、ECMAScriptのAPIも追加になっている。 表記は、「HTML 5.1」のようにバージョン表記で小数点以下を含める場合はHTMLと5.1の間にスペースを入れ、「HTML5」のように小数点以下を含めない場合はHTMLと5の間にスペースを含めない表記法が採用されている。過去のバージョンについても、「HTML4」や「HTML 4.0」という表記法が使われている。Extensible Markup Languageの文法で記述する場合は、「XHTML5」と表記する。.

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Java

Java(ジャバ)は、狭義ではプログラミング言語Javaを指す。広義では言語仕様以外にも、仕様が与えられているJavaクラスライブラリやJava仮想マシン、さらにはJDKやJREなどの公式のものをはじめとする、場合によってはサードパーティのものなどを含め曖昧にJavaプラットフォームと総称されるようなものなどのエコシステムなどを指すこともある。構文についてはJavaの文法の記事を参照。.

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JavaScript

JavaScript(ジャバスクリプト)とは、プログラミング言語のひとつである。Javaと名前が似ているが、全く異なるプログラミング言語である(後述の#歴史を参照)。 JavaScriptはプロトタイプベースのオブジェクト指向スクリプト言語であるが、クラスなどのクラスベースに見られる機能も取り込んでいる。 ウェブブラウザ上で動作し動的なウェブサイト構築やリッチインターネットアプリケーションの開発に用いられる。また、2010年以降はnode.jsなどのサーバサイドJavaScript実行環境や各種ライブラリの充実により、MEANに代表されるように、Web開発の全ての領域で活用されるようになってきている。.

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Linux

Linux(リナックス、他の読みは後述)とは、Unix系オペレーティングシステムカーネルであるLinuxカーネル、およびそれをカーネルとして周辺を整備したシステム(GNU/Linuxシステムも参照)である。.

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MacOS

macOS(マックオーエス)は、アップルが開発・販売する、Macのオペレーティングシステムである。かつての名称はOS X、Mac OS Xであった(後述)。 技術的に直系ではないが、Classic Mac OS (Mac OS、System) の後継として、新たにBSD系UNIXをベースに開発された。.

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Microsoft Windows

Microsoft Windows(マイクロソフト ウィンドウズ)は、マイクロソフトが開発・販売するオペレーティングシステム (OS) の製品群。グラフィカルユーザインタフェース (GUI)を採用している。.

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UNIX

UNIX (ユニックス、Unix、)は、コンピュータ用のマルチタスク・マルチユーザーのオペレーティングシステムの一種である。公式な商標は「UNIX」だが、商標以外の意味として「Unix」、またはスモールキャピタルを使用して「Unix」などとも書かれる。Unixは1969年、AT&Tのベル研究所にて、ケン・トンプソン、デニス・リッチーらが開発を開始した。 当初はアセンブリ言語のみで開発されたが、1973年にほぼ全体をC言語で書き直した。このため、Unixは歴史上、初めて高水準言語で書かれたOSであると言われる。 1973年の段階ではPDP-11に依存したコードが多く、移植性は低かったが、その後徐々にPDP-11に依存したコードを減少させ、1978年にInterdata 8/32への移植に成功して以降、徐々に他のプラットフォームにも移植されていった。 現在では「Unix」という語は、Unix標準に準拠するあらゆるオペレーティングシステムの総称でもある。現在ではUnixシステムは多数の系統に分かれており、AT&Tの開発停止後も、多数の商用ベンダーや非営利組織などによって開発が続けられている。 1970年代から1980年代の初期にかけて、Unixは大学や研究所などの教育機関で広範囲に採用され、特にカリフォルニア大学バークレー校をオリジナルとするBSD系統が誕生した。また Version 7 Unix や UNIX System V の特徴を持つオペレーティングシステムは「伝統的なUNIX」(traditional Unix)とも呼ばれる。 2007年に、「UNIX」の商標の所有者である標準化団体のThe Open Groupは、Single UNIX Specificationを完全に満たすと認証を受けたシステムのみが「UNIX」の商標を得られるとした。このためそれ以外のシステムは(ずっと以前から、AT&T版およびBSD以外を指して使われていた用語だが)「Unixシステムライク」または「Unixライク(Unix系)」と呼ばれるようになった。ただし The Open Groupはその呼称を気に入っていない。 現在では多く使われているUnixとしてはmacOS、AIX、HP-UX、Solarisなどがある(いずれも商用)。また認証を受けていないUnix系としてはLinux(派生OSにAndroid他)やMINIX、BSDの派生OS(FreeBSD、NetBSD、OpenBSD、DragonFly BSDなど)がある。.

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3次元コンピュータグラフィックス

3次元コンピュータグラフィックス(さんじげんコンピュータグラフィックス、Three-dimensional computer graphics, 3DCG)は、コンピュータの演算によって3次元空間内の仮想的な立体物を2次元である平面上の情報に変換することで奥行き感(立体感)のある画像を作る手法である。20世紀末からのコンピュータ技術の急速な発達と性能向上によって、従来は大企業や大きな研究所でしか得られなかった精細で高品質の3次元画像が、21世紀初頭現在ではPCやゲーム機で得られるようになっている。 毎年夏にアメリカ合衆国で開催されるCGの祭典「SIGGRAPH」(シーグラフ)にて、世界中の多くの研究者により最新のCGの論文が発表され、技術更新がなされている。.

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