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104 関係: 塩基配列、三次構造、二次構造、代謝マップ、マーガレット・デイホフ、バイオインフォマティクスに関連する機関の一覧、バイオインフォマティクス分野の科学論文雑誌のリスト、メタボローム、モチーフ (生物学)、ライブラリ、リバースエンジニアリング、ワークフロー、トランスクリプトーム、プロテオーム、プログラミング (コンピュータ)、プログラミング言語、パーソナルコンピュータ、ヒトゲノム計画、テキストファイル、データマイニング、データベース、データ構造、デジタル、フリーソフトウェア、アノテーション、アメリカ食品医薬品局、インフォマティクス、ウェブブラウザ、ウェブアプリケーション、オントロジー、オープンソース、オープンソースのバイオインフォマティックスソフトウェアの一覧、クラスタリング、クレイグ・ヴェンター、クローニング、グラフ理論、グライコーム、グリッド・コンピューティング、ケモインフォマティクス、ゲノミクス、ゲノム、コンピュータ、コンピュータ・クラスター、ショットガン・シークエンシング法、シークエンス、シーケンスアラインメント、システム、システム生物学、スーパーコンピュータ、セマンティック・ウェブ、...、ソフトウェア、タンパク質、タンパク質構造予測、国立生物工学情報センター、BLAST、Blue Gene、C++、C言語、立体配座、糖鎖、翻訳 (生物学)、統計学、生命科学、生物学、産業技術総合研究所生命情報工学研究センター、相同、DDBJ、DNAマイクロアレイ、隠れマルコフモデル、Extensible Markup Language、遺伝子、遺伝子オントロジー、遺伝子発現、高水準言語、転写 (生物学)、関係データベース管理システム、配列データベース、配列アセンブリング、英語、蛋白質構造データバンク、FLOPS、GenBank、IBM、Java、KEGG、MEDLINE、OWL、Perl、PubMed、Python、Resource Description Framework、R言語、Ruby、Swiss-Prot、Webサービス、機械学習、欧州分子生物学研究所、正規表現、母語、有向非巡回グラフ、情報、情報科学、日本バイオインフォマティクス学会、日本語。 インデックスを展開 (54 もっと) »
塩基配列
生物学における塩基配列（えんきはいれつ）とは、DNA、RNAなどの核酸において、それを構成しているヌクレオチドの結合順を、ヌクレオチドの一部をなす有機塩基類の種類に注目して記述する方法、あるいは記述したもののこと。 核酸の塩基配列のことを、単にシークエンスと呼ぶことも多い。ある核酸の塩基配列を調べて明らかにする操作・作業のことを、塩基配列決定、あるいはシークエンシングと呼ぶ。.
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三次構造
生化学において三次構造（さんじこうぞう、tertiary structure）は、タンパク質やその他の高分子が取る三次元構造で、その空間配置は原子座標によって定義される。.
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二次構造
二次構造（にじこうぞう、Secondary structure）は、タンパク質や核酸といった生体高分子の主鎖の部分的な立体構造のことである。本項ではタンパク質の二次構造を扱う。 タンパク質の二次構造は、タンパク質の「局所区分」の3次元構造である。最も一般的な2種類の二次構造要素はαヘリックスとβシートであるが、βターンやも見られる。二次構造要素は通常、タンパク質が三次構造へと折り畳まれる前の中間状態として自発的に形成される。 二次構造はペプチド中のアミド水素原子とカルボニル酸素原子との間の水素結合のパターンによって形式的に定義される。二次構造は別法として、正しい水素結合を持っているかどうかにかかわらず、の特定の領域における主鎖の二面角の規則的なパターンに基づいて定義することもできる。 二次構造の概念は1952年にスタンフォード大学のによって初めて発表された。核酸といったその他の生体高分子も特徴的なを有する。.
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代謝マップ
代謝マップ（たいしゃマップ）とは、代謝の中でも特に生物における代謝経路（パスウェイ）あるいはそれらからなるネットワークを図式化したものをいう。 代謝マップは有向グラフであり、ノードが代謝を受ける化合物を、エッジが化学反応あるいはそれを触媒する酵素を示す。 ウェブ上で公開されている代謝マップも幾つかあり、図上の酵素をクリックするとその詳細情報へリンクするようにしたものが多い。また類似の図式としてシグナル伝達などの経路・ネットワークを示したものもある。 中でもバイオインフォマティクス研究用ツールとして注目されるのがKEGG（京都遺伝子・ゲノム百科事典）である。これは遺伝子・ゲノムの情報を中心に据えた総合データベースだが、代謝・シグナル伝達等のマップと、各酵素とその遺伝子および基質・代謝物の情報が互いにリンクしており、関連した経路、遺伝子の類似性と機能との関係、生物種による違いなどを検索することができる。.
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マーガレット・デイホフ
マーガレット・デイホフ（Margaret Belle Oakley Dayhoff、結婚前の姓はオークレー、1925年3月11日 - 1983年2月5日）Laura Lynn Windsor: Women in medicine: an encyclopedia. ABC-CLIO, 2002, ISBN 1-57607-392-0, S. 57.
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バイオインフォマティクスに関連する機関の一覧
これは、主要なバイオインフォマティクスに関連する機関、施設の一覧である。.
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バイオインフォマティクス分野の科学論文雑誌のリスト
バイオインフォマティクス分野の科学論文雑誌のリスト（バイオインフォマティクスぶんやのかがくろんぶんざっしのリスト）では、バイオインフォマティクスと計算生物学に焦点をあてた、査読つき科学誌を一覧にして示す。 Category:バイオインフォマティクス Category:学術雑誌 Category:本の一覧 Category:生物学の一覧.
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メタボローム
メタボロームは生物実験サンプル内で見つかった低分子化学物質の総体を指す呼称である。メタボロミクスは分子生物学の一研究分野で、新陳代謝の実態および細胞、組織、器官、個体、種の各階層でそれぞれ微妙に異なる代謝経路の多様性の総体をバイオインフォマティクス的手法を基に研究する。 生体内には核酸（DNA）やタンパク質のほかに、糖、有機酸、アミノ酸など多くの低分子が存在し、その種類は数千種に及ぶ。これらの物質の多くは、酵素などの代謝活動によって作り出された代謝物質である。 生体内のメタボロームは一次代謝産物と二次代謝産物に分類することができる(特に植物もしくは微生物に言及する場合)。 一次代謝産物は正常な成長、発達、複製に関わる。 二次代謝産物は直接 成長、発達、複製に関わることはないが生態学的に重要な機能を持つことがある(色素、抗生物質など)。 現在では、細胞の働きを包括的に理解しようとするとき、これまでにも盛んに研究が行われてきているDNA 配列の網羅的解析（ゲノム解析）やタンパク質の網羅的解析（プロテオーム解析）に加えて、代謝物質の網羅的解析（メタボローム解析）が重要であると言われている。生命のロバストネスにより、マイクロアレイ解析で変化が観察されても、表現型に最も近いメタボローム解析をしてみると変化が見られないこともあるからだ。 メタボロームはタンパク質、RNA、DNAそして様々な階層の概念を含む。それはまた経路ネットワークを形成する小さな連携（回路）から構成される。広い見地に立てばメタボローム研究の成果は、産業上の価値がある代謝産物を生産する代謝工学技術を確立するとも言える。 受託分析会社として、日本には、米国にはメタボロン、EUには（）がある。ヒューマン・メタボローム・テクノロジーズでは、CE-MSおよびLC-MSを用いている。メタボロンでは、LC-MSおよびGC-MSを用いている。CE-MSでは、解糖系、ペントースリン酸経路、TCA回路、核酸代謝の代謝中間体を検出できる。LC-MSでは、脂質代謝産物を検出できる。ヒューマン・メタボローム・テクノロジーズでは、１検体から注文可能であるが、メタボロンでは、数十検体単位でないと注文を受け付けない。.
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モチーフ (生物学)
モチーフ（仏: motif）とは、動機、理由、主題を意味するフランス語の音訳。生地のモチーフという意味から模様という意味がうまれ、生物学的な模様構造の意味でも用いられる。規則正しく繰り返される幾何学的な装飾模様の単位。またはその組み合わせ。.
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ライブラリ
ライブラリ（）は、汎用性の高い複数のプログラムを再利用可能な形でひとまとまりにしたものである。ライブラリと呼ぶ時は、それ単体ではプログラムとして作動させることはできない実行ファイルではない場合がある。ライブラリは他のプログラムに何らかの機能を提供するコードの集まりと言うことができる。ソースコードの場合と、オブジェクトコード、あるいは専用の形式を用いる場合とがある。たとえば、UNIXのライブラリはオブジェクトコードをarと呼ばれるアーカイバでひとまとめにして利用する。図書館（）と同様にプログラム（算譜）の書庫であるので、索引方法が重要である。 また、ソフトウェア以外の再利用可能なものの集合について使われることもある。.
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リバースエンジニアリング
リバースエンジニアリング（Reverse engineeringから。直訳すれば逆行工学という意味）とは、機械を分解したり、製品の動作を観察したり、ソフトウェアの動作を解析するなどして、製品の構造を分析し、そこから製造方法や動作原理、設計図などの仕様やソースコードなどを調査することを指す。.
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ワークフロー
ワークフロー（workflow）は、リソース（資源）を体系的に組織化した反復可能な業務活動のパターンである。ワークフローは、物質の加工、サービスの提供、情報の処理など、何らかの具体的意図をもって設計される。ワークフローは、例えば、操作の列、個人またはグループの定まった作業、従業員の組織、複数の機械の機構などで表現しうる。 ワークフローは組織構造に関する各種概念（サイロ、機能、チーム、プロジェクト、階層）と密接な関係がある。ワークフローは組織の基本的構成要素と見ることもできる。これら概念の関係については後述する。.
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トランスクリプトーム
トランスクリプトーム（transcriptome）とは、特定の状況下において細胞中に存在する全てのmRNA（ないしは一次転写産物、 transcripts）の総体を指す呼称である。ゲノムは原則として同一個体内のすべての細胞で同一だが、トランスクリプトームでは状況が異なり、同一の個体にあっても組織ごとに、あるいは細胞外からの影響に呼応して固有の構成をとる。 トランスクリプトミクス（transcriptomics）とはトランスクリプトームを扱う学問である。トランスクリプトームの様態は、例えばDNAマイクロアレイの様に一度に幾万ものmRNAを識別する能力を持つ技術をもって解析される。遺伝子産物であるmRNAの階層の要素が、蛋白質の階層の要素と一対一に対応するとは限らない。蛋白質から構成されるシステムは、トランスクリプトームと同様な枠組みで理解され、プロテオームという概念で認識されている。トランスクリプトームの研究は生命を司る物質流転（メタボローム）を探求する上で残された重要な分野である。.
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プロテオーム
プロテオーム (Proteome) とは、ある生物学的な系において存在しているタンパク質の総体である。生物学的な系とは組織や生物種、細胞の状態などを指す。複数の生物学的な系の間でプロテオームを比較することにより、生命現象を総合的に理解することが可能となる。例えばがん細胞と正常細胞のプロテオームを比較することにより、がん化の原因や治療方法を研究することに用いられる。プロテオームを扱う解析をプロテオミクスと言う。 Proteome という語はタンパク質を意味する Protein と「全体」を意味する -ome から作られ、1995年に初めて登場した。タンパク質とプロテオームの関係は、遺伝子 (gene) に対するゲノム (genome) のそれと対比できる。一般にゲノムは同一生物種内では変化しないが、プロテオームは細胞の状態によって大きく変化する。遺伝子は情報であり、機能するためには発現する必要がある。タンパク質は遺伝子機能の多くを担っている分子であり、プロテオームの解析は生命現象を知る上で重要であると考えられている。 しかしながら、タンパク質を網羅的に解析することは、遺伝子（核酸）よりもはるかに困難なものであった。その理由は大きく分けて二つある。まず一つ目は、核酸はPCRによって目的とするもののみを増幅できるが、タンパク質では増幅できないということである。量を増やすには、試料を増やして精製するしかなく、微量のまま解析する技術の確立も遅れた。もう一つは核酸は基本的に4種類の塩基から成り立つが、タンパク質を構成するアミノ酸は20種類あるため、核酸よりも測定が煩雑になることである。 現在では田中耕一らが実現化したMALDI法などの、質量分析法の発達によって高分子の微量同定が可能になり、2000年以降、さまざまな生物やヒト病態時のプロテオーム研究が行われている。 プロテオームの比較には二次元電気泳動するなどの方法がある。技術の改良が進み、同時に二つのサンプルを泳動し、蛍光色素を用いて比較する方法が開発されている。例えば正常細胞のプロテオームを緑色の色素で、ウイルスが感染した細胞を赤色色素でラベルし、蛍光の位置や強さにより比較できる。.
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プログラミング (コンピュータ)
ンピュータのプログラミング（programming）とは、コンピュータプログラムを作成することにより、人間の意図した処理を行うようにコンピュータに指示を与える行為である。.
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プログラミング言語
プログラミング言語（プログラミングげんご、programming language）とは、コンピュータプログラムを記述するための形式言語である。なお、コンピュータ以外にもプログラマブルなものがあることを考慮するならば、この記事で扱っている内容については、「コンピュータプログラミング言語」（computer programming language）に限定されている。.
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パーソナルコンピュータ
パーソナルコンピュータ（personal computer）とは、個人によって占有されて使用されるコンピュータのことである。 略称はパソコン日本独自の略語である。(著書『インターネットの秘密』より)またはPC（ピーシー）ただし「PC」という略称は、特にPC/AT互換機を指す場合もある。「Mac対PC」のような用法。。.
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ヒトゲノム計画
ヒトゲノム計画（Human Genome Project）は、ヒトのゲノムの全塩基配列を解析するプロジェクト。1953年のDNAの二重らせん構造の発見から50周年となる2003年に完了した。 プロジェクトは、各国のゲノムセンターや大学などによる国際ヒトゲノム配列コンソーシアムによって組織され、これまでにワーキング・ドラフトを発表し、現在もその改良版の発表が継続して行われている。解読されたゲノムは、NCBIやUCSC、及び Sanger Centerなどの研究機関で参照することができる。 解読された全ヒトゲノムの上製本.
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テキストファイル
テキストファイル (Text File) は、文字など文字コードによって表されるデータだけが含まれるファイルのことで、ファイルフォーマットの一種と見なすこともできる。互換性が高く幅広い環境でデータを利用できる利点がある一方、単純な文字だけしか扱えないという制限がある。対義語はバイナリファイル。.
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データマイニング
データマイニング（Data mining）とは、統計学、パターン認識、人工知能等のデータ解析の技法を大量のデータに網羅的に適用することで知識を取り出す技術のことである。DMと略して呼ばれる事もある。通常のデータの扱い方からは想像が及びにくい、ヒューリスティク（heuristic、発見的）な知識獲得が可能であるという期待を含意していることが多い。とくにテキストを対象とするものをテキストマイニング、そのなかでもウェブページを対象にしたものをウェブマイニングと呼ぶ。英語では"Data mining"の語の直接の起源となった研究分野であるknowledge-discovery in databases（データベースからの知識発見）の頭文字をとってKDDとも呼ばれる。.
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データベース
データベース（database, DB）とは、検索や蓄積が容易にできるよう整理された情報の集まり。 通常はコンピュータによって実現されたものを指すが、紙の住所録などをデータベースと呼ぶ場合もある。コンピュータを使用したデータベース・システムでは、データベース管理用のソフトウェアであるデータベース管理システムを使用する場合も多い。.
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データ構造
データ構造（データこうぞう、data structure）は、計算機科学において、データの集まりをコンピュータの中で効果的に扱うため、一定の形式に系統立てて格納するときの形式のことである。 ソフトウェア開発において、データ構造についてどのような設計を行うかは、プログラム（アルゴリズム）の効率に大きく影響する。そのため、さまざまなデータ構造が考え出されている。 多くのプログラムの設計において、データ構造の選択は主要な問題である。これは大規模システムの構築において、実装の困難さや質、最終的なパフォーマンスはベストのデータ構造を選択したかどうかに大きく依存してきたという経験の結果である。多くの場合、データ構造が決まれば、利用するアルゴリズムは比較的自明に決まる。しかし場合によっては、順番が逆になる。つまり、与えられた仕事をこなす最適なアルゴリズムを使うために、そのアルゴリズムが前提としている特定のデータ構造が選択される。いずれにしても適切なデータ構造の選択は極めて重要である。 この洞察は、多くの定式化された設計手法やプログラミング言語において、データ構造がアルゴリズムよりもキーとなる構成要素となっていることに現れている。大半の言語は異なるアプリケーションにおいてデータ構造を安全に再利用できるよう、実装の詳細をインターフェイスの背後に隠蔽するような、モジュール化のしくみを備えている。C++やJavaといったオブジェクト指向プログラミング言語はクラスをこの目的に用いている。 データ構造は専門的なプログラミングにとって非常に重要なので、C++におけるSTLや、Java API、および.NET Frameworkのようなプログラミング言語の標準ライブラリや環境において多くのデータ構造がサポートされている。 データ構造が実装を表すのかインターフェースを表すのかについてはいくらか議論がある。どのように見えるかは相対的な問題なのかもしれない。データ構造は2つの関数の間にあるインターフェイスとして見ることもできるし、データ型に基づいて構成されたストレージにアクセスする方法を実装したものとして見ることもできる。.
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デジタル
デジタル（digital, 。ディジタル）量とは、離散量（とびとびの値しかない量）のこと。連続量を表すアナログと反対の概念である。工業的には、状態を示す量を量子化・離散化して処理（取得、蓄積、加工、伝送など）を行う方式のことである。 計数（けいすう）という訳語もある。古い学術文献や通商産業省の文書などで使われている。digitalの語源はラテン語の「指 (digitus)」であり、数を指で数えるところから離散的な数を意味するようになった。.
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フリーソフトウェア
フリーソフトウェア (free software) とは、ソフトウェアのうち、フリーソフトウェア財団が提唱する自由ソフトウェアを指す。大半のフリーソフトウェアは無償（フリー）で配布されているが、定義に従えば、ここでいうフリーソフトウェアについて一次配布が無償である必要は必ずしもない。 フリーソフトウェア財団はフリーソフトウェアの定義を提示している。ソフトウェアライセンスについてはフリーソフトウェアライセンスを参照。 定義に照らして自由ではない、すなわち改造や再配布などに制限が掛かっていたり、ソースコードが開示されていない、無償で利用できるソフトウェアとは異なる概念であり、この場合はフリーウェアもしくは無料ソフトと呼ぶことが望ましいとフリーソフトウェア財団はしている。 逆に定義に従ったソフトウェアであれば、一次的な配布が有償であってもフリーソフトウェアと呼ぶことができる。ただし、前述したように配布が自由であるため、ほとんどのフリーソフトウェアは無償で配布されている。 また、現状強い影響力を持つ定義として、フリーソフトウェア財団の定義の他に、DebianフリーソフトウェアガイドラインとそれをベースにしたOpen Source Initiativeのオープンソースの定義がある。.
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アノテーション
アノテーション（英語：annotation）とは、あるデータに対して関連する情報（メタデータ）を注釈として付与すること。XML等の記述形式を用いてメタデータをタグ付けする場合が多い。付与したメタデータやタグを指してアノテーションという場合もある。.
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アメリカ食品医薬品局
アメリカ食品医薬品局（アメリカしょくひんいやくひんきょく、Food and Drug Administration; FDA）は、アメリカ合衆国保健福祉省（Department of Health and Human Services, HHS）配下の政府機関。連邦食品・医薬品・化粧品法を根拠とし、医療品規制、食の安全を責務とする。 FDAは食品や医薬品、さらに化粧品、医療機器、動物薬、たばこ、玩具など、消費者が通常の生活を行うに当たって接する機会のある製品について、その許可や違反品の取締りなどの行政を専門的に行う。 食品については、所轄行政官庁が厚生労働省以外にも複数の官庁（農林水産省、経済産業省など）に渡る日本と異なり、FDAで一元的に管理しているとされる。しかし、食肉や鶏卵の衛生管理は農務省が所管しているなど、日本では厚生労働省が行っている業務の一部は他の官庁が実施している。日本の食品行政について、マスメディアで識者が指摘することの多い、日本の複数官庁にまたがる縦割り行政の問題を論ずる際の一つの比較例として、このFDAが良く引き合いに出されるが、この指摘は必ずしも正しくない。 2016年現在、FDAでは天然の大麻や、その成分を含む製品を承認していない。理由として、安全性及び有効性が確認されたことがないからとしている。.
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インフォマティクス
インフォマティクス（英語：informatics）は、情報学・情報処理・情報システム・情報科学といった分野の周辺ないし関連分野である。自然物または人工物としての情報の管理、構築、蓄積などを研究対象とし、概念的あるいは理論的な基盤の発達を目的とする。コンピュータの発達により、個人的にも組織的にも情報をコンピュータで扱うようになり、現在では主に社会的認知の側面を対象とした情報技術の影響を研究が行なわれている。またバイオインフォマティクス（bioinformatics）など、インフォマティクスという用語は特殊化された情報の管理やデータ処理、情報知識の統合、概念的または理論的な情報の統合といった事柄を示す。 情報学の記事も参照のこと。 情報の数理的性質を扱う情報理論（information theory）が根底にあり、あるいはその応用と考えられる分野とも言える。社会に存在する情報の集合や分類、操作、蓄積、検索あるいは拡張性を範囲内に収め、さらに人工知能（artificial intelligence）－コンピュータの知能、学習、適応性を研究する分野－やコンピュータ科学－コンピュータを扱った情報処理、コミュニケーション、計算装置の設計を扱う分野（工学部等の場合には情報工学とも）－とも深く関係している。.
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ウェブブラウザ
情報なし ウィキメディア財団のサーバにアクセスしたウェブブラウザの割合(2012年12月) ウェブブラウザ（インターネットブラウザ、web browser）とは、 World Wide Web (WWW) の利用に供するブラウザであり、ユーザエージェント (UA) である。具体的には、ウェブページを画面や印刷機に出力したり、ハイパーリンクをたどったりするなどの機能がある。単にブラウザ（ブラウザー）と呼んだ場合、多くはウェブブラウザのことを指す。 WWW 上の情報リソースを扱うアプリケーションであり、ウェブページ・画像・動画・音声等の情報リソースの識別には Uniform Resource Identifier (URI) を使用する。 ウェブブラウザは WWW への接続を第一の目的としているが、プライベートネットワーク内の Web サーバやファイルシステム内のファイルが提供する情報への接続にも利用できる。主なウェブブラウザとして、Internet Explorer, Microsoft Edge, Mozilla Firefox, Google Chrome, Opera, Safari 等がある。.
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ウェブアプリケーション
ウェブアプリケーション（Web application）は、インターネット（もしくはイントラネット）などのネットワークを介して使用するアプリケーションソフトウェアである。多くの場合、これらのアプリケーションは、Webブラウザ上で動作するプログラミング言語（たとえばJavaScript）によるプログラムとWebサーバ側のプログラムが協調することによって動作し、ユーザはそれをWebブラウザ上で使用する。 ウェブアプリケーションの一例としては、ウィキペディアなどで使われているウィキやブログ、電子掲示板、銀行のインターネットバンキング、証券会社のオンライントレード、電子商店街などネット販売のショッピングカートなどを挙げることができる。 ウェブアプリケーションに対して、ローカルのデスクトップ環境上で動作するアプリケーションは、デスクトップアプリケーションやスタンドアロンアプリケーションと呼ばれる。.
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オントロジー
ントロジー（）は、哲学用語で存在論のこと。ものの存在自身に関する探究、あるいはシステムや理論の背後にある存在に関する仮定という意味である。これから派生して情報科学等でも用いられる。.
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オープンソース
ープンソース (open source) とは、言葉通りのソースコードへのアクセスが開かれている（ソースコードが公開されている）ことを意味するのではなく、ソースコードを商用、非商用の目的を問わず利用、修正、頒布することを許し、それを利用する個人や団体の努力や利益を遮ることがないソフトウェア開発の手法を意味する。オープンソース・イニシアティブ は、「オープンソース」と名乗るための要件として「オープンソースの定義」を掲げている。.
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オープンソースのバイオインフォマティックスソフトウェアの一覧
ープンソース のバイオインフォマティックスのソフトウェア の一覧。.
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クラスタリング
ラスタリン.
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クレイグ・ヴェンター
ョン・クレイグ・ヴェンター（John Craig Venter、1946年10月14日 - ）はアメリカ合衆国の分子生物学者、実業家。ゲノム研究とその産業利用において精力的に活動している。.
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クローニング
ーニング（cloning）は、生物学用語で、クローン（同じ遺伝子型をもつ生物の集団）を作製すること。.
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グラフ理論
ラフ理論（グラフりろん、graph theory）は、ノード（節点・頂点）の集合とエッジ（枝・辺）の集合で構成されるグラフに関する数学の理論である。グラフ (データ構造) などの応用がある。.
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グライコーム
ライコーム（Glycome）とは、ある生物の持つ全ての糖を網羅したものである。これには、単独で存在している糖も、他の物質と複合体を形成している糖も含まれる。また、細胞に含まれる全ての炭水化物、と定義することもできる。グライコームは、自然界で最も複雑なカタログの一つである。グライコームは糖生物学で研究され、これはしばしばグライコミクスと言われる。 扱われる炭水化物の多様性が非常に大きく、また炭水化物同士や炭水化物-タンパク質間の結合や相互作用のしかたが多様であるため、グライコームはプロテオームよりも遥かに複雑である。しかし、質量分析器を用いた微量分析とバイオインフォマティクスの技術により、体系的なカタログ作りは可能となりつつある。 カリフォルニア大学医学部教授のAjit Varkiは、「おそらくグライコームはゲノムの数千倍も複雑だろう」と述べている。.
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グリッド・コンピューティング
リッド・コンピューティングは、インターネットなどの広域のネットワーク上にある計算資源（CPUなどの計算能力や、ハードディスクなどの情報格納領域）を結びつけ、ひとつの複合したコンピュータシステムとしてサービスを提供する仕組みである。提供されるサービスは主に計算処理とデータの保存・利用に大別される。一箇所の計算センターや、一組のスーパーコンピュータでは足りないほどの大規模な計算処理や大量のデータを保存・利用するための手段として開発されている。.
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ケモインフォマティクス
モインフォマティクス（英語：cheminformatics, chemoinformatics）はコンピュータと情報化技術を用いて、化学領域の問題に適用する方法論である。ケモインフォマティクスおよび化学情報の技術は医薬品化学の創薬研究過程でも利用されている。.
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ゲノミクス
ノミクス（英語：genomics、ジェノミクス、ゲノム学、ゲノム科学）とは、ゲノムと遺伝子について研究する生命科学の一分野。 ゲノミクスは1980年代に現れ、1990年代のゲノムプロジェクトの開始とともに発展した。初めて完全長のゲノムが解読されたのはバクテリオファージFX174 (5,368 kb) で1980年のことである。自由生活生物としてはインフルエンザ菌で1995年。以来、猛烈な速さでゲノム解読が進行している。ヒトゲノムのおおまかな配列はヒトゲノムプロジェクトによって2001年前半に解読されている。 ポストゲノムプロジェクトのゲノミクスとして、さまざまな生物種のゲノムを比較することで、進化の解明を試みる比較ゲノミクスや、RNAiなどによる遺伝子阻害から、全体論的な機構解明を行う機能ゲノミクスなどがある。ゲノミクスではバイオインフォマティクスや遺伝学、分子生物学をツールとして用いるとともに、システム生物学のツールとしても用いられる。またゲノミクスは医療の分野に新たな治療法を提供してきている（ファーマコゲノミクス）。食品（ニュートリゲノミクス）や農業の分野へも応用される。.
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ゲノム
ノム（Genom、genome, ジーノーム）とは、「遺伝情報の全体・総体」を意味するドイツ語由来の語彙であり、より具体的・限定的な意味・用法としては、現在、大きく分けて以下の2つがある。 古典的遺伝学の立場からは、二倍体生物におけるゲノムは生殖細胞に含まれる染色体もしくは遺伝子全体を指し、このため体細胞には2組のゲノムが存在すると考える。原核生物、細胞内小器官、ウイルス等の一倍体生物においては、DNA（一部のウイルスやウイロイドではRNA）上の全遺伝情報を指す。 分子生物学の立場からは、すべての生物を一元的に扱いたいという考えに基づき、ゲノムはある生物のもつ全ての核酸上の遺伝情報としている。ただし、真核生物の場合は細胞小器官（ミトコンドリア、葉緑体など）が持つゲノムは独立に扱われる（ヒトゲノムにヒトミトコンドリアのゲノムは含まれない）。 ゲノムは、タンパク質をコードするコーディング領域と、それ以外のノンコーディング領域に大別される。 ゲノム解読当初、ノンコーディング領域はその一部が遺伝子発現調節等に関与することが知られていたが、大部分は意味をもたないものと考えられ、ジャンクDNAとも呼ばれていた。現在では遺伝子発現調節のほか、RNA遺伝子など、生体機能に必須の情報がこの領域に多く含まれることが明らかにされている。.
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コンピュータ
ンピュータ（Computer）とは、自動計算機、とくに計算開始後は人手を介さずに計算終了まで動作する電子式汎用計算機。実際の対象は文字の置き換えなど数値計算に限らず、情報処理やコンピューティングと呼ばれる幅広い分野で応用される。現代ではプログラム内蔵方式のディジタルコンピュータを指す場合が多く、特にパーソナルコンピュータやメインフレーム、スーパーコンピュータなどを含めた汎用的なシステムを指すことが多いが、ディジタルコンピュータは特定の機能を実現するために機械や装置等に組み込まれる組み込みシステムとしても広く用いられる。電卓・機械式計算機・アナログ計算機については各項を参照。.
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コンピュータ・クラスター
ンピュータ・クラスターとは、複数のコンピュータを結合し、クラスター（葡萄の房）のようにひとまとまりとしたシステムのこと。単に「クラスター」または「クラスタリング」とも呼ばれる。1台のコンピュータでは得られないような、強力な計算性能や可用性を得ることができる。コンピュータ・クラスターは、クラスタリングを実現するためのハードウェアやソフトウェアなどにより構成される。但し、ネットワークを介してデータを入力して処理を開始するため、処理開始までの遅延が大きくなる欠点がある。.
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ショットガン・シークエンシング法
ョットガン・シークエンシング法 は長いDNAの塩基配列の決定に対して適用される配列決定手法。 まず長い配列を短いランダムな断片としてクローニングし、最初にそれらの配列を決定する。 このとき一本の長いDNA鎖から沢山のコピーを取り、断片同士がオーバーラップするようにしておく。 最終的に、これらのオーバーラップ部分についてコンピュータ上でアライメントを行い、元の長い塩基配列を決定する。 簡略化した例として2本の断片の場合を以下に示す。 実際に適用する際は数千から数百万件の配列を扱うことになり、またデータ中には転写やシークエンシングなどのエラーも入ってくる。 このため実際のプロジェクトでこれらのアライメントの計算を行うには膨大な計算機資源が要求される。 2000年にはショットガン・シークエンシング法は、セレラ・ジェノミクス社によって ヒトのゲノム（ヒトゲノム計画）にも適用されており、そこではヒトのDNAを正確に アライメントするために幾つものスーパーコンピュータが数ヶ月にも亘ってフル稼働したとされる。.
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シークエンス
ークエンス（sequence）、シークエンシング（sequencing）は、一般には「連続」「順序」という意味を持つ。シークェンス、シーケンスとも。.
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シーケンスアラインメント
バイオインフォマティクスにおいて、シーケンスアラインメントとは、DNAやRNA、タンパク質の配列（一次構造）の類似した領域を特定できるように並べたもので、機能的、構造的、あるいは進化的な配列の関係性を知る手がかりを与える。 アラインメントされたヌクレオチド残基やアミノ酸残基の配列は、典型的には行列の行として表現され、同一あるいは類似性質の配列が同じ列に並ぶようギャップが挿入される。 アラインメントの二配列が祖先を共有する場合、分岐後の一方または両方の系統において、不一致部分は点変異が、ギャップ部分はインデル（indel.
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システム
テム（system）は、相互に影響を及ぼしあう要素から構成される、まとまりや仕組みの全体。一般性の高い概念であるため、文脈に応じて系、体系、制度、方式、機構、組織といった多種の言葉に該当する。系 (自然科学) の記事も参照。 それ自身がシステムでありながら同時に他のシステムの一部でもあるようなものをサブシステムという。.
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システム生物学
テム生物学（システムせいぶつがく、システムバイオロジー、システムズバイオロジー、）は、システム工学の考え方や解析手法を生物学に導入し、生命現象をシステムとして理解することを目的とする学問分野。.
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スーパーコンピュータ
ーパーコンピュータ（supercomputer）は、科学技術計算を主要目的とする大規模コンピュータである。日本国内での略称はスパコン。また、計算科学に必要となる数理からコンピュータシステム技術までの総合的な学問分野を高性能計算と呼ぶ。スーパーコンピュータでは計算性能を最重要視し、最先端の技術が積極的に採用されて作られる。.
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セマンティック・ウェブ
マンティック・ウェブ（semantic web）は W3C のティム・バーナーズ＝リーによって提唱された、ウェブページの意味を扱うことを可能とする標準やツール群の開発によってワールド・ワイド・ウェブの利便性を向上させるプロジェクト。セマンティック・ウェブの目的はウェブページの閲覧という行為に、データの交換の側面に加えて意味の疎通を付け加えることにある。 現在のワールド・ワイド・ウェブ上のコンテンツは主にHTMLで記述されている。HTMLでは文書構造を伝えることは可能だが、個々の単語の意味をはじめとする詳細な意味を伝えることはできない。これに対し、セマンティック・ウェブはXMLによって記述した文書にRDFやOWLを用いてタグを付け加える。この、データの意味を記述したタグが文書の含む意味を形式化し、コンピュータによる自動的な情報の収集や分析へのアプローチが可能となると期待されている。オントロジーを扱う階層まではW3Cにより標準化されているが、それ以上の階層の開発は難しいため、実現と標準化には長期間掛かると予想されている。また、既存のWebサイトに対するメタデータ付与の作業が必要であるため、Web全域への普及に関しても長期間掛かると予想されている。 セマンティックウェブはXML、XML Schema、RDF、RDF Schema、OWLなどの標準およびツール群から構成されている。 「OWL ウェブ・オントロジー言語概要」はセマンティックウェブにおけるこれら標準およびツール群の機能・関連について述べている。 近年では、Google検索のリッチスニペットなどの応用例が存在する。 <meta> tags used in today's Web pages to supply information for Web search engines using web crawlers). This could be machine-readable information about the human-readable content of the document (such as the creator, title, description, etc of the document) or it could be purely metadata representing a set of facts (such as resources and services elsewhere in the site). (Note that anything that can be identified with a Uniform Resource Identifier (URI) can be described, so the semantic web can reason about people, places, ideas, cats etc.).
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ソフトウェア
フトウェア（software）は、コンピューター分野でハードウェア（物理的な機械）と対比される用語で、何らかの処理を行うコンピュータ・プログラムや、更には関連する文書などを指す。ソフトウェアは、一般的にはワープロソフトなど特定の作業や業務を目的としたアプリケーションソフトウェア（応用ソフトウェア、アプリ）と、ハードウェアの管理や基本的な処理をアプリケーションソフトウェアやユーザーに提供するオペレーティングシステム (OS) などのシステムソフトウェアに分類される。.
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タンパク質
ミオグロビンの3D構造。αヘリックスをカラー化している。このタンパク質はX線回折によって初めてその構造が解明された。 タンパク質（タンパクしつ、蛋白質、 、 ）とは、20種類存在するL-アミノ酸が鎖状に多数連結（重合）してできた高分子化合物であり、生物の重要な構成成分のひとつである生化学辞典第2版、p.810 【タンパク質】。 構成するアミノ酸の数や種類、また結合の順序によって種類が異なり、分子量約4000前後のものから、数千万から億単位になるウイルスタンパク質まで多種類が存在する。連結したアミノ酸の個数が少ない場合にはペプチドと言い、これが直線状に連なったものはポリペプチドと呼ばれる武村(2011)、p.24-33、第一章 たんぱく質の性質、第二節 肉を食べることの意味ことが多いが、名称の使い分けを決める明確なアミノ酸の個数が決まっているわけではないようである。 タンパク質は、炭水化物、脂質とともに三大栄養素と呼ばれ、英語の各々の頭文字を取って「PFC」とも呼ばれる。タンパク質は身体をつくる役割も果たしている『見てわかる！栄養の図解事典』。.
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タンパク質構造予測
タンパク質構造予測 （たんぱくしつこうぞうよそく） は、タンパク質についてそのアミノ酸配列をもとに3次元構造（立体配座）を予測することをいい、バイオインフォマティクスおよび計算化学における研究分野の一つである。専門的な言葉では「タンパク質の一次構造をもとに三次構造を予測すること」と表現できる。タンパク質のアミノ酸配列は一次構造と呼ばれる。タンパク質のアミノ酸配列は、その遺伝子が記録されたDNAの塩基配列から、遺伝コード（コドン）の対応表に基づいて、導出することができる。生体内において、ほとんどのタンパク質の一次構造は一意的に3次元構造（三次構造、コンフォメーション）をとる（タンパク質が折りたたまれる）。タンパク質の3次元構造を知ることは、そのタンパク質の機能を理解する上で有力な手がかりとなる。 創薬などのように公益性が高いさまざまな分野において応用されている。 タンパク質の3次元構造を解明する手段としては、実験による方法と予測による方法がある。この項目では予測による方法を説明する。 タンパク質構造予測においては多くの手法が考案されている。それぞれの手法の有効性は、2年ごとにCASP（Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction）により、評価されている。.
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国立生物工学情報センター
国立生物工学情報センター（こくりつせいぶつこうがくじょうほうセンター、、NCBI）は、アメリカ合衆国の国立衛生研究所 (NIH) の下の国立医学図書館 (National Library of Medicine; NLM) の一部門として 1988年11月4日に設立された機関。本部はワシントンD.C.近郊のメリーランド州ベセスダ。.
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BLAST
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) は、バイオインフォマティクスでDNAの塩基配列あるいはタンパク質のアミノ酸配列のシーケンスアライメントを行うためのアルゴリズムをいい、またそのアルゴリズムを実装したプログラムをいう。 BLAST を使って、手元にあるシーケンスで、シーケンスデータベースもしくはライブラリに対して検索することにより、ある閾値以上のスコアで類似するシーケンス群を発見することができる。 BLAST は、バイオインフォマティクスで最も広く使われているプログラムの一つである。.
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Blue Gene
Blue Gene/Lの1ラック Blue Gene/Lの構成図。この図のCabinetが1ラックに相当する。 Blue Gene（ブルージーン）はIBMのスーパーコンピュータプロジェクトである。 Blue Geneプロジェクトは1999年に発表され、第1世代はBlue Gene/L、第2世代はBlue Gene/P、第3世代はBlue Gene/Qである。Blue GeneはPowerPC系のプロセッサを多数使用したHPCクラスタで、TOP500やGreen500、HPCCアワードなどのスーパーコンピュータ性能ランキングの上位を占めている。 IBMでは1997年にチェスの世界王者ガルリ・カスパロフに勝利した「Deep Blueの子孫」と称している.
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C++
C++（シープラスプラス）は、汎用プログラミング言語の一つである。日本語では略してシープラプラ、シープラなどとも呼ばれる。.
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C言語
C言語（シーげんご）は、1972年にAT&Tベル研究所のデニス・リッチーが主体となって開発したプログラミング言語である。英語圏では単に C と呼んでおり、日本でも文書や文脈によっては同様に C と呼ぶことがある。.
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立体配座
立体配座（りったいはいざ、Conformation）とは、単結合についての回転や孤立電子対を持つ原子についての立体反転によって相互に変換可能な空間的な原子の配置のことである。 二重結合についての回転や不斉炭素についての立体反転のように通常の条件では相互に変換不可能な空間的な原子の配置は立体配置という。.
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糖鎖
糖脂質の一種であるガングリオシドGQ1ｂ 糖鎖（とうさ、glycan）とは、各種の糖がグリコシド結合によってつながりあった一群の化合物を指す。結合した糖の数は2つから数万まで様々であり、10個程度までのものをオリゴ糖とも呼ぶ。多数のα-グルコース分子が直線上に結合したアミロースやセルロースは最も単純な糖鎖といえる。 糖鎖は糖同士だけでなく、タンパク質や脂質その他の低分子とも結合して多様な分子を作り出す。これら糖タンパク質、糖脂質は生体内で重要な生理作用を担う。.
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翻訳 (生物学)
分子生物学などにおいては、翻訳（ほんやく、Translation）とは、mRNAの情報に基づいて、タンパク質を合成する反応を指す。本来は細胞内での反応を指すが、細胞によらずに同様の反応を引き起こす系（無細胞翻訳系）も開発されている。.
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統計学
統計学（とうけいがく、statistics、Statistik）とは、統計に関する研究を行う学問である。 統計学は、経験的に得られたバラツキのあるデータから、応用数学の手法を用いて数値上の性質や規則性あるいは不規則性を見いだす。統計的手法は、実験計画、データの要約や解釈を行う上での根拠を提供する学問であり、幅広い分野で応用されている。 現在では、医学（疫学、EBM）、薬学、経済学、社会学、心理学、言語学など、自然科学・社会科学・人文科学の実証分析を伴う分野について、必須の学問となっている。また、統計学は哲学の一分科である科学哲学においても重要な一つのトピックになっている。.
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生命科学
生命科学（せいめいかがく、）は、 生命を研究対象とする学問のことである。自然科学（natural science）の中で、物理科学（physical science）と対をなす。広義には、応用分野も含む。.
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生物学
生物学（せいぶつがく、、biologia）とは、生命現象を研究する、自然科学の一分野である。 広義には医学や農学など応用科学・総合科学も含み、狭義には基礎科学（理学）の部分を指す。一般的には後者の意味で用いられることが多い。 類義語として生命科学や生物科学がある（後述の#「生物学」と「生命科学」参照）。.
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産業技術総合研究所生命情報工学研究センター
産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター（さんぎょうぎじゅつそうごうけんきゅうしょ せいめいじょうほうこうがくけんきゅう - ）は、産業技術総合研究所の研究ユニットの一つでバイオインフォマティクス（生命情報科学）研究を推進している。英語表記CBRC(Computational Biology Research Center)。生命情報科学研究センターを継承・発展される形で2007年4月1日に設立された。センター長は浅井潔（東京大学教授）。 ゲノム情報解析、分子情報解析、細胞情報解析の3カテゴリの6チームに数理科学やコンピュータサイエンス、分子生物学など幅広い研究者を擁している。国際連携にも力を入れており、インド・シンガポール・韓国・中国などのバイオインフォマティクス研究所と提携し、年に一度研究発表会をこれらの地域持ち回りで開催している。また、社会人へのバイオインフォマティクス教育を初めてとして企業との共同研究、開発なども積極的に行われている。東京大学、早稲田大学の教員を併任し、これらの大学で学生に対しバイオインフォマティクス教育を行っている研究員も多い。 MAGIクラスタ、ASC、Blue Geneなどの大規模計算機を用いたバイオインフォマティクス研究も積極的に行っている。.
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相同
同性（そうどうせい）あるいはホモロジー (homology) とは、ある形態や遺伝子が共通の祖先に由来することである。 外見や機能は似ているが共通の祖先に由来しない相似の対義語である。.
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DDBJ
DDBJ（日本DNAデータバンク、DNA Data Bank of Japan）は、日本の国立遺伝学研究所（静岡県三島市）が作成しているDNAの塩基配列の配列データベースである。.
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DNAマイクロアレイ
DNAマイクロアレイはDNAチップとも呼ばれ、細胞内の遺伝子発現量を測定するために、多数のDNA断片をプラスチックやガラス等の基板上に高密度に配置した分析器具のこと。 あらかじめ塩基配列の明らかな1本鎖のDNAを多種、基板上に配置しておき、これに検体を反応させれば、検体のDNA配列と相補的な塩基配列の部分にのみ検体のDNA鎖が結合する。結合位置を蛍光や電流によって検出し、最初の配置から検体に含まれるDNA配列を知る事が出来る。検体の塩基配列が予測できる場合には、効率的にその配列が特定できる。.
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隠れマルコフモデル
れマルコフモデル（かくれマルコフモデル、Hidden Markov Model）は確率モデルのひとつであり、観測されない（隠れた）状態をもつマルコフ過程である。.
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Extensible Markup Language
Extensible Markup Language（エクステンシブル マークアップ ランゲージ）は、基本的な構文規則を共通とすることで、任意の用途向けの言語に拡張することを容易としたことが特徴のマークアップ言語の総称である。一般的にXML（エックスエムエル）と略称で呼ばれる。JISによる訳語は「拡張可能なマーク付け言語」。 SGMLからの移行を目的として開発された。文法はSGMLの構文解析器と互換性を保つようにSGMLのサブセットに定められシンプルになり、機能はSGMLに無いものが追加されている。 XML の仕様は、World Wide Web Consortium (W3C) により策定・勧告されている。1998年2月に XML 1.0 が勧告された。2010年4月現在、XML 1.0 と XML 1.1 の2つのバージョンが勧告されている（#バージョン）。 ちなみに、「eXtensible Markup Language の略である」と書かれることがあるが、これは間違いであり、XはExの発音を表している。.
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遺伝子
遺伝子（いでんし）は、ほとんどの生物においてDNAを担体とし、その塩基配列にコードされる遺伝情報である。ただし、RNAウイルスではRNA配列にコードされている。.
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遺伝子オントロジー
遺伝子オントロジー（いでんしオントロジー、gene ontology、GO）とは、生物学的概念を記述するための、共通の語彙を策定しようとするプロジェクトである。 1990年代後半から、生物学における実験手法の革新（DNAシーケンサーやDNAマイクロアレイなど）や、バイオインフォマティクス的手法の発達により、様々な種の遺伝子関連情報がデータベース化されている。これらに蓄積された情報を有効に活用するためには、統一された語彙を用いて、機能情報などを記述する必要がある。統一された語彙を用いることで、異なった機関によって作成されたデータベース、更に異なった生物種のデータベース間で、データの結合や、横断比較を行うことが可能になる。データベースは無料で公開されている。.
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遺伝子発現
遺伝子発現（いでんしはつげん）とは、単に発現ともいい、遺伝子の情報が細胞における構造および機能に変換される過程をいう。具体的には、普通は遺伝情報に基づいてタンパク質が合成されることを指すが、RNAとして機能する遺伝子（ノンコーディングRNA）に関してはRNAの合成が発現ということになる。また発現される量（発現量）のことを発現ということもある。.
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高水準言語
水準言語（high-level programming language: こうすいじゅんげんご、高級言語とも）とは、記述の抽象度が高いプログラミング言語のことである。対義語は機械語やアセンブリ言語を指す「低水準言語」である。「高級言語」の対は「低級言語」である。.
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転写 (生物学)
転写中のDNAとRNAの電子顕微鏡写真。DNAの周りに薄く広がるのが合成途中のRNA（多数のRNAが同時に転写されているため帯状に見える）。RNAポリメラーゼはDNA上をBeginからEndにかけて移動しながらDNAの情報をRNAに写し取っていく。Beginではまだ転写が開始された直後なため個々のRNA鎖が短く、帯の幅が狭く見えるが、End付近では転写がかなり進行しているため個々のRNA鎖が長く（帯の幅が広く）なっている 転写（てんしゃ、Transcription）とは、一般に染色体またはオルガネラのDNAの塩基配列(遺伝子)を元に、RNA(転写産物transcription product)が合成されることをいう。遺伝子が機能するための過程（遺伝子発現）の一つであり、セントラルドグマの最初の段階にあたる。.
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関係データベース管理システム
関係データベース管理システム（かんけいデータベースかんりシステム）、リレーショナルデータベースマネジメントシステム（relational database management system、略称：RDBMS）は、関係データベースの管理システムである。2007年の時点では、広く知られていてまた広く使われているデータベースのほとんどは関係データベースであったが、その後NoSQLが発展したため必ずしもそうとは言えなくなっている。 一定の人々は、関係モデルを煩雑であるなどとみなしているためか、RDBMSの簡単な定義として、「データを表の形式で永続化し、かつデータ間の関連もまた表の形式で永続化できるDBMS」と考えているようである。 関係データベースをオブジェクトデータベースと融合させたオブジェクト関係データベースなどといったものもある。その管理システムはオブジェクト関係データベース管理システムなどと呼ばれる (ORDBMS) 。 関係データベースの、標準の問い合わせ言語として SQL がある。 商用の RDBMS としては Oracle Database や IBM DB2 などが、オープンソースの RDBMS としては MySQL や PostgreSQL などが、広く知られている。ただし、これらの DBMS を 真のRDBMS と呼んで良いのかどうかについては、後述のとおり、議論の対象となっている。.
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配列データベース
配列データベース（はいれつデータベース、 シーケンスデータベース 、英: sequence database）は、生物科学系の幅広い分野の研究に資するためにDNAの塩基配列やタンパク質のアミノ酸配列など（シーケンス）の情報を格納したデータベースである。バイオインフォマティクスにおける主要な研究開発領域の一つである。.
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配列アセンブリング
配列アセンブリングとは、バイオインフォマティクスにおいて短いDNAの断片から元の長い塩基配列を再構築することを指す。DNAシーケンシングでは用いる手法にもよるが一度に読める長さは20から1000残基にとどまるため、この技術はそれより長い塩基配列の決定には不可欠の技術である。 また、このようなアセンブリングを行うプログラムのことをアセンブラと呼ぶ。.
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英語
アメリカ英語とイギリス英語は特徴がある 英語（えいご、）は、イ・ヨーロッパ語族のゲルマン語派に属し、イギリス・イングランド地方を発祥とする言語である。.
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蛋白質構造データバンク
蛋白質構造データバンク（たんぱくしつこうぞうデータバンク、PDB; Protein Data Bank）は、蛋白質（タンパク質）と核酸の3次元構造の構造座標（立体配座）を蓄積している国際的な公共のデータベースである。PDBに蓄積されている構造データは、X線結晶解析法、NMR法（核磁気共鳴法）などによって実験的に決定されたデータである。なお、理論的な予測（蛋白質構造予測）で推定されたデータは蓄積していない。 世界中の生物学者や生化学者たちが、PDBに構造データを登録する。PDBに登録されたデータはパブリックドメインのもとで公開され、誰もが無償でアクセスすることができる。日本では大阪大学蛋白質研究所にその支所がある。 PDBは、生物学的構造データの中心的なデータベースである。構造生物学の研究で欠かせない情報源であり、また近年では構造ゲノミクスの研究でも重要なデータベースである。バイオインフォマティクスの研究でも、PDBに代表される3次元分子構造データベースは重要な研究対象である。PDBから派生したデータベースとプロジェクトは非常に多く、蛋白質の構造、機能、進化のそれぞれの側面から、PDBの構造データの統合や分類を行っている。.
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FLOPS
FLOPS（フロップス、Floating-point Operations Per Second）はコンピュータの性能指標の一つ。.
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GenBank
GenBank（ジェンバンク）は、米国生物工学情報センター（NCBI; National Center for Biotechnology Information）が提供している、塩基配列データを蓄積・提供している世界的な公共の塩基配列データベースである。.
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IBM
IBM（アイビーエム、正式社名: International Business Machines Corporation）は、民間法人や公的機関を対象とするコンピュータ関連製品およびサービスを提供する企業である。本社はアメリカ合衆国ニューヨーク州アーモンクに所在する。世界170カ国以上で事業を展開している。.
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Java
Java（ジャバ）は、狭義ではプログラミング言語Javaを指す。広義では言語仕様以外にも、仕様が与えられているJavaクラスライブラリやJava仮想マシン、さらにはJDKやJREなどの公式のものをはじめとする、場合によってはサードパーティのものなどを含め曖昧にJavaプラットフォームと総称されるようなものなどのエコシステムなどを指すこともある。構文についてはJavaの文法の記事を参照。.
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KEGG
KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes："京都遺伝子ゲノム百科事典"の意味）はバイオインフォマティクス研究用のデータベース。遺伝子、タンパク質、また代謝やシグナル伝達などの分子間ネットワークに関する情報を統合したデータベースである。1995年に京都大学化学研究所の金久實教授らによるプロジェクトとして発足して整備が続けられ、ウェブ上で公開されている。 KEGGは、細胞レベルでの生命システムの機能に関する知識を、分子間相互作用ネットワーク（代謝、シグナル伝達、遺伝情報等）の二項関係に基づいた情報としてデータベース化し（PATHWAY）、これを中心に据えているのが特徴である。 さらに遺伝子カタログ情報（GENES）、既知のタンパク質間の配列相同性情報（SSDB）、機能的類似性情報（KO）、生体関連化学物質に関する情報（LIGAND）などに関する各データベースを統合し、単なるカタログ的データベースではなく、生命の設計図を構築するための知識ベースを目指している。 生物種としては、ヒトのほか動物・微生物を中心とした各種モデル生物が対象とされており、種による異同を調べたり、ネットワークの2要素の間で可能な経路を計算するなどが可能となっている。.
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MEDLINE
MEDLINE（メドライン）またはMEDLARS Online (MEDical Literature Analysis and Retrieval System Online) は、医学を中心とする生命科学の文献情報を収集したオンラインデータベースである。1964年に米国国立医学図書館 (National Library of Medicine; NLM) が作成したコンピューター化医学文献データベース「MEDLARS」は、1971年10月27日にオンライン検索サービスが開始され、1997年にはPubMedの名でインターネットに無料公開された後、改良が重ねられて成長を続け、2007年現在、月に7000万回程度のアクセスがある世界で最もよく使用される生物医学系データベースである。.
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OWL
Web Ontology Language（OWL）はインターネット上に存在するオントロジーを用いてデータ交換を行うためのデータ記述言語。OWLはRDFの語彙拡張であり、DAML+OILに由来している。OWLはRDFなどの他の構成要素とともにセマンティック・ウェブのツール群として位置づけられる。 現在、OWLはOWL Lite、OWL DL、OWL Fullの3つの記法がある。この3つはそれぞれ特徴があり、OWL Lite、OWL DL、OWL Fullの順で平易になっている。 OWL DLは記述論理\mathcal (D)に基づいている。その部分集合であるOWL Liteはより表現力の小さい論理\mathcal (D)に基づいている。.
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Perl
Perl（パール）とは、ラリー・ウォールによって開発されたプログラミング言語である。実用性と多様性を重視しており、C言語やsed、awk、シェルスクリプトなど他のプログラミング言語の優れた機能を取り入れている。ウェブ・アプリケーション、システム管理、テキスト処理などのプログラムを書くのに広く用いられている。 言語処理系としてのperlはフリーソフトウェアである。Artistic LicenseおよびGPLのもとで配布されており、誰でもどちらかのライセンスを選択して利用することができる。UNIXやWindowsなど多くのプラットフォーム上で動作する。.
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PubMed
PubMed（パブメド）は生命科学や生物医学に関する参考文献や要約を掲載するMEDLINEなどへの無料検索エンジンである。 アメリカ国立衛生研究所のアメリカ国立医学図書館（NLM）が情報検索Entrezシステムの一部としてデータベースを運用している。 1971年から1997年にかけてMEDLINEの利用は主に大学図書館などの機関施設に限定されていたが、 1996年1月に初公開されたPubMedは個人や法人の一般利用への先駆けであった。一般公開は1997年6月に式典にてアル・ゴア副大統領により実演された。 多くのPubMedの文書には全文記事へのリンクが含まれており、PMC (アーカイブ)など掲載元の一部は自由に利用できる。 2017年1月5日時点で、最古の1966年からの2680万件以上の記事があり、毎年約500000件が追加されている。 同時点で1310万件が抄録とともに掲載されており、1420万件が全文へのリンクがある（そのうち380万件の記事が全文無料利用可能である）。 2016年に、NLMは出版社が索引付けされた記事の誤植を直接修正できるように、索引付けシステムを変更した。.
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Python
Python（パイソン）は、汎用のプログラミング言語である。コードがシンプルで扱いやすく設計されており、C言語などに比べて、さまざまなプログラムを分かりやすく、少ないコード行数で書けるといった特徴がある。.
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Resource Description Framework
Resource Description Framework (リソース・ディスクリプション・フレームワーク、RDF) は、ウェブ上にあるリソースのメタデータを記述するための枠組みであり、W3Cにより1999年2月に規格化されている(W3C:REC-rdf-syntax-19990222)、邦訳：電子ネットワーク協議会)。RDFは、セマンティック・ウェブを実現するための技術的な構成要素の1つとなっており、代表例としてLinked Open Dataがある。 RDFは、RSS（RDF site summary）やFOAF（Friend of a Friend）などに用いられている。また、RDFをXHTMLに埋め込む規格としてがある。.
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R言語
R言語（あーるげんご）はオープンソース・フリーソフトウェアの統計解析向けのプログラミング言語及びその開発実行環境である。 R言語はニュージーランドのオークランド大学のRoss IhakaとRobert Clifford Gentlemanにより作られた。現在ではR Development Core Team によりメンテナンスと拡張がなされている。 R言語のソースコードは主にC言語、FORTRAN、そしてRによって開発された。 なお、R言語の仕様を実装した処理系の呼称名はプロジェクトを支援するフリーソフトウェア財団によれば『GNU R』である が、他の実装形態が存在しないために日本語での慣用的呼称に倣って、当記事では、仕様・実装を纏めて適宜にR言語や単にR等と呼ぶ。.
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Ruby
Ruby（ルビー）は、まつもとゆきひろ（通称 Matz）により開発されたオブジェクト指向スクリプト言語であり、スクリプト言語が用いられてきた領域でのオブジェクト指向プログラミングを実現する。 また日本で開発されたプログラミング言語としては初めて国際電気標準会議で国際規格に認証された事例となった。.
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Swiss-Prot
Swiss-Prot は、タンパク質のアミノ酸配列の知識ベースである。 Swiss-Prot は、1986年に Amos Bairoch が大学院博士課程に在籍しているときに開発がはじまり、現在では、スイスバイオインフォマティクス研究所 (SIB, Swiss Institute of Bioinformatics) と欧州バイオインフォマティクス研究所 (EBI, European Bioinformatics Institute) が共同で開発し運営している — a historical account by Bairoch.
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Webサービス
アーキテクチャ Webサービス（ウェブサービス）とは、HTTPなどのインターネット関連技術を応用して、SOAPと呼ばれるXML形式のプロトコルを用いメッセージの送受信を行う技術、またはそれを適用したサービス。W3Cにおいては、Webサービスとは、さまざまなプラットフォーム上で動作する異なるソフトウェア同士が相互運用するための標準的な手段を提供するものと説明されている。 類似の用語としてWeb API（ウェブエーピーアイ）があるが、ほぼ同義語である。.
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機械学習
機械学習（きかいがくしゅう、machine learning）とは、人工知能における研究課題の一つで、人間が自然に行っている学習能力と同様の機能をコンピュータで実現しようとする技術・手法のことである。.
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欧州分子生物学研究所
欧州分子生物学研究所（European Molecular Biology Laboratory: EMBL）は、欧州19か国の出資により1974年に創設された分子生物学の研究所である。研究所の本部はドイツのハイデルベルクにあり、他にイギリスのケンブリッジ近郊のヒンクストン（欧州バイオインフォマティクス研究所（EBI））、フランスのグルノーブル、ドイツのハンブルク等に研究施設を有する。 欧州分子生物学研究所の下部組織である欧州バイオインフォマティクス研究所（EBI）は、EMBL Nucleotide Sequence DatabaseというDNAデータベースを提供しているが、これも一般には単にEMBLと呼ばれることが多い。EMBLデータベースは、米国のGenBank、日本のDDBJと並び、「DDBJ/EMBL/GenBank国際塩基配列データベース」を構成する三大国際DNAデータバンクのひとつである。.
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正規表現
正規表現（せいきひょうげん、regular expression）とは、文字列の集合を一つの文字列で表現する方法の一つである。正則表現（せいそくひょうげん）とも呼ばれ、形式言語理論の分野では比較的こちらの訳語の方が使われる。まれに正規式と呼ばれることもある。 もともと正規表現は形式言語理論において正規言語を表すための手段として導入された。形式言語理論では、形式言語が正規言語であることと正規表現によって表せることは同値である。 その後正規表現はテキストエディタ、ワードプロセッサなどのアプリケーションで（ないし、そもそもそれ以前に単機能の文字列探索ツールの）、マッチさせるべき対象を表すために使用されるようになり、表せるパターンの種類を増やすために本来の正規表現にはないさまざまな記法が新たに付け加えられた。このような拡張された正規表現には正規言語ではない文字列も表せるものも多く、ゆえに正規表現という名前は実態に即していない面もあるが、伝統的に正規表現と呼ばれ続けている。 この記事では主にこのような正規表現を用いたパターンマッチングについて説明している。以下、誤解のない限り、アプリケーションやプログラミングにおいて正規表現を用いた文字列のパターンマッチングを行う機能のことを、単に正規表現という。 ほとんどのプログラミング言語では、ライブラリによって正規表現を使うことができる他、一部の言語では正規表現のリテラルもある。「正規表現によるマッチ」を意味する（専用の）演算子がある言語なども一部ある。具体例として、grep、AWK、sed、Perl、Tcl、lexなどがある。 それぞれの言語やアプリケーションで細部の仕様が異なっている、といったように思われることも多いが（また、古い実装では実際にそういうことも多いが）、近年は同じライブラリを使っていれば同じということも多い。またPOSIXなど標準もある。.
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母語
母語（ぼご）とは、人間が幼少期から自然に習得する言語。最も得意な言語という意味で第一言語（だいいちげんご）ともいうが、厳密には両者の間にはずれがある。母語を話す人は母語話者という。母国語（ぼこくご）と混同される場合も少なくないが、別の概念である(後述)。.
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有向非巡回グラフ
有向非巡回グラフ、有向非循環グラフ、有向無閉路グラフ（ゆうこうひじゅんかいグラフ、Directed acyclic graph, DAG）とは、グラフ理論における閉路のない有向グラフの事。有向グラフは頂点と有向辺（方向を示す矢印付きの辺）からなり、辺は頂点同士をつなぐが、ある頂点 v から出発し、辺をたどり、頂点 v に戻ってこないのが有向非巡回グラフである。 有向非巡回グラフは様々な情報をモデル化するのに使われる。有向非巡回グラフにおける到達可能性は半順序を構成し、全ての有限半順序は到達可能性を利用し有向非巡回グラフで表現可能である。順序づけする必要があるタスクの集合は、あるタスクが他のタスクよりも前に行う必要があるという制約により、頂点をタスク、辺を制約条件で表現すると有向非巡回グラフで表現できる。トポロジカルソートを使うと、妥当な順序を手に入れることが出来る。加えて、有向非巡回グラフは一部が重なるシーケンスの集合を表現する際の空間効率の良い表現として利用できる。また、有向非巡回グラフはイベント間の因果関係を表現することにも使える。さらに、有向非巡回グラフはデータの流れが一定方向のネットワークを表現することにも使える。 無向グラフにおける対応する概念は森で、森は閉路のない無向グラフである。森から方向を選ぶと polytree と呼ばれる特殊な有向非巡回グラフを作ることが出来る。しかしながら、無向非巡回グラフ（森）に方向付けする方法では作れない有向非巡回グラフがあり、全ての無向グラフは acyclic orientation があるため、辺に方向付けると有向非巡回グラフになる。この理由から、directed acyclic graph と呼ぶよりも acyclic directed graph と呼ぶ方が正確である。 なお、有向非巡回グラフをプロトコルとした仮想通貨に、BYTEBALL、IOTAがある。.
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情報
情報（じょうほう、英語: information、ラテン語: informatio インフォルマーティオー）とは、.
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情報科学
情報科学という語は日本語では多義的に用いられている。.
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日本バイオインフォマティクス学会
特定非営利活動法人日本バイオインフォマティクス学会（にほんバイオインフォマティクスがっかい、）は、バイオインフォマティクスの研究・教育の推進を目的とする日本の学会 - 学会公式サイト。.
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日本語
日本語（にほんご、にっぽんご「にっぽんご」を見出し語に立てている国語辞典は日本国語大辞典など少数にとどまる。）は、主に日本国内や日本人同士の間で使用されている言語である。 日本は法令によって公用語を規定していないが、法令その他の公用文は全て日本語で記述され、各種法令において日本語を用いることが規定され、学校教育においては「国語」として学習を課されるなど、事実上、唯一の公用語となっている。 使用人口について正確な統計はないが、日本国内の人口、および日本国外に住む日本人や日系人、日本がかつて統治した地域の一部住民など、約1億3千万人以上と考えられている。統計によって前後する場合もあるが、この数は世界の母語話者数で上位10位以内に入る人数である。 日本で生まれ育ったほとんどの人は、日本語を母語とする多くの場合、外国籍であっても日本で生まれ育てば日本語が一番話しやすい。しかし日本語以外を母語として育つ場合もあり、また琉球語を日本語と別の言語とする立場を採る考え方などもあるため、一概に「全て」と言い切れるわけではない。。日本語の文法体系や音韻体系を反映する手話として日本語対応手話がある。 2017年4月現在、インターネット上の言語使用者数は、英語、中国語、スペイン語、アラビア語、ポルトガル語、マレー語に次いで7番目に多い。.
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