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186 関係: 基礎生産、原核生物、健康、南極、口腔細菌学、古細菌、多細胞生物、大腸菌、大気圏、好熱菌、始生代、対立遺伝子、対症療法、二酸化炭素、代謝、微生物、微生物学、微生物生態学、従属栄養生物、地球、ペリプラズム、ナトリウム、ペプチドグリカン、ペニシリン、チラコイド、チーズ、ネンジュモ目、バークホルデリア目、バイオマス、バクテロイデス門、バシラス綱、バシラス目、メチオニン、メソソーム、モネラ界、モリクテス綱、ヨーグルト、ラテン語、ラクトバシラス目、リボソーム、リケッチア目、ルーメン (解剖学)、ルイ・パスツール、レンティスファエラ門、ロベルト・コッホ、プランクトミケス門、プラスミド、プロテオバクテリア、パウル・エールリヒ、ヒストン、...、テルモトガ門、テトラサイクリン、ディクチオグロムス属、デイノコックス・テルムス門、デオキシリボ核酸、フラジェリン、フィルミクテス門、フィブロバクター属、フソバクテリウム門、ドメイン (分類学)、ドイツ、ニトロスピラ門、分子生物学、分類学、分裂、呼吸、アミン、アルマティモナス門、アルコール発酵、アレクサンダー・フレミング、アンモニア、アントニ・ファン・レーウェンフック、アクウィフェクス門、アシドバクテリウム門、ウイルス、ウェルコミクロビウム門、エルンスト・ヘッケル、エルシミクロビウム門、エアロモナス目、カルディセリクム門、カール・ウーズ、ギリシア語、クラミジア科、クラミジア門、クリシオゲネス門、クリスチャン・ゴットフリート・エーレンベルク、クロマチン、クロラムフェニコール、クロロビウム門、クロロフレクサス門、クロストリジウム綱、グラム染色、グリセロール1-リン酸、グリセロール3-リン酸、ゲンマティモナス・アウランティアカ、コレラ菌、シネルギステス門、システイン、ストレプトマイシン、スピロヘータ、タンパク質、サルバルサン、サーモデスルフォバクテリア門、出芽、共生、先カンブリア時代、光合成、光化学反応、国際細菌命名規約、球菌、硝化作用、硝酸、硫化水素、硫黄、硫黄細菌、秦佐八郎、窒素、窒素固定、窒素固定菌、筋肉、粘液細菌、納豆、細菌学、細胞壁、細胞質、細胞膜、細胞性粘菌、紅色硫黄細菌、線毛、真核生物、結核菌、病原性、炭素、炭疽菌、生物の分類、生物学、生物圏、熱水噴出孔、熱水鉱脈、独立栄養生物、発酵、DNA-DNA分子交雑法、DNA複製、芽胞、莢膜、鞭毛、遺伝的組換え、菌糸、菌類、顕微鏡、血液、骨格、高度好塩菌、藍藻、脂肪酸、腸内細菌、酸素、英語、電子伝達系、GC含量、N-アセチルムラミン酸、抗生物質、抗菌薬、接合 (生物)、枯草菌、栄養的分類、桿菌、水素、水素細菌、消化器、有機化合物、海底、放線菌、1676年、16S rRNA系統解析、17世紀、1828年、1859年、1866年、1910年、1929年、1930年、1937年、1956年、1977年、1990年。 インデックスを展開 (136 もっと) »
基礎生産
基礎生産（きそせいさん）とは、光合成や化学合成によって、無機物から有機物が生産されることである。 バイオマスをこのような過程で生成する生物（特に植物）は一次生産者として食物連鎖の基底をなしている。 海洋学や陸水学（湖沼学）で使われる基礎生産という言葉は、植物プランクトンが日光のエネルギーを利用して水中でバイオマスを生産する事を指す。微小藻類の細胞は、繊毛虫やカイアシ類、オキアミ等の動物プランクトンに消費され、有機物とエネルギーを供給する。.
原核生物
原核生物（げんかくせいぶつ、ラテン語: Prokaryota プローカリオータ、英語: Prokaryote プロカリオート）とは真核、つまり明確な境界を示す核膜を持たない細胞からなる生物のことで、すべて単細胞生物。 真核生物と対をなす分類で、性質の異なる真正細菌(バクテリア)と古細菌(アーキア)の2つの生物を含んでいる。.
健康
健康 （けんこう、salus、Gesundheit、health）とは、心身がすこやかな状態であること。.
南極
南極大陸の位置 南極大陸の衛星写真 南極旗 南極（なんきょく、Antarctic）とは、地球上の南極点、もしくは南極点を中心とする南極大陸およびその周辺の島嶼・海域（南極海）などを含む地域を言う。南極点を中心に南緯66度33分までの地域については南極圏と呼ぶ。南緯50度から60度にかけて不規則な形状を描く氷塊の不連続線である南極収斂線があり、これより南を南極地方とも呼ぶ。南極地方には、南極大陸を中心に南極海を含み、太平洋、インド洋、大西洋の一部も属する。 なお、1961年6月に発効した南極条約により、南緯60度以南の領有権主張は凍結（2012年現在、一部の国が現在も領有権を主張している）されており、軍事利用、核実験なども禁止されている。.
口腔細菌学
口腔細菌学（こうくうさいきんがく、英語: oral microbiology）とは、基礎歯学の一分野で、主に口腔内における微生物及び生態防御機構を取り扱う学問である。.
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古細菌
古細菌（こさいきん、アーキア、ラテン語:archaea/アルカエア、単数形:archaeum, archaeon）は、生物の分類の一つで、''sn''-グリセロール1-リン酸のイソプレノイドエーテル（他生物はsn-グリセロール3-リン酸の脂肪酸エステル）より構成される細胞膜に特徴付けられる生物群、またはそこに含まれる生物のことである。古"細菌"と名付けられてはいるが、細菌（バクテリア。本記事では明確化のため真正細菌と称する）とは異なる系統に属している。このため、始原菌（しげんきん）や後生細菌（こうせいさいきん）という呼称が提案されたが、現在では細菌や菌などの意味を含まない を音写してアーキアと呼ぶことが多くなっている。 形態はほとんど細菌と同一、細菌の一系統と考えられていた時期もある。しかしrRNAから得られる進化的な近縁性は細菌と真核生物の間ほども離れており、現在の生物分類上では独立したドメインまたは界が与えられることが多い。一般には、メタン菌・高度好塩菌・好熱好酸菌・超好熱菌など、極限環境に生息する生物として認知されている。.
多細胞生物
多細胞生物（たさいぼうせいぶつ、、）とは、複数の細胞で体が構成されている生物のこと。一つの細胞のみで体が構成されている生物は単細胞生物と呼ばれる。動物界や植物界に所属するものは、すべて多細胞生物である。菌界のものには多細胞生物と若干の単細胞生物が含まれている。肉眼で確認できる大部分の生物は多細胞生物である。 細かく見れば、原核生物にも簡単な多細胞構造を持つものがあり、真核の単細胞生物が多い原生生物界にも、ある程度発達した多細胞体制を持つものが含まれる。 多細胞体制の進化は、その分類群により様々な形を取る。おおざっぱに見れば、その生物の生活と深く関わりがあるので、動物的なもの・植物的なもの・菌類的なものそれぞれに特徴的な発達が見られる。 最も少ない細胞数で構成されている生物は、シアワセモ (Tetrabaena socialis) の4個である。.
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大腸菌
大腸菌（だいちょうきん、学名: Escherichia coli）は、グラム陰性の桿菌で通性嫌気性菌に属し、環境中に存在するバクテリアの主要な種の一つである。この菌は腸内細菌でもあり、温血動物（鳥類、哺乳類）の消化管内、特にヒトなどの場合大腸に生息する。アルファベットで短縮表記でとすることがある（詳しくは#学名を参照のこと）。大きさは通常短軸0.4-0.7μm、長軸2.0-4.0μmだが、長軸が短くなり球形に近いものもいる。 バクテリアの代表としてモデル生物の一つとなっており、各種の研究で材料とされるほか、遺伝子を組み込んで化学物質の生産にも利用される（下図）。 大腸菌はそれぞれの特徴によって「株」と呼ばれる群に分類することができる（動物でいう品種のような分類）。それぞれ異なる動物の腸内にはそれぞれの株の 大腸菌が生息していることから、環境水を汚染している糞便が人間から出たものか、鳥類から出たものかを判別することも可能である。大腸菌には非常に多数の株があり、その中には病原性を持つものも存在する。.
大気圏
木星の大気圏の外観。大赤斑が確認できる 大気圏（たいきけん、）とは、大気の球状層（圏）。大気（たいき、、）とは、惑星、衛星などの（大質量の）天体を取り囲む気体を言う。大気は天体の重力によって引きつけられ、保持（宇宙空間への拡散が妨げられること）されている。天体の重力が強く、大気の温度が低いほど大気は保持される。.
好熱菌
好熱菌（こうねつきん）は、至適生育温度が45以上、あるいは生育限界温度が55以上の微生物のこと、またはその総称。古細菌の多く、真正細菌の一部、ある種の菌類や藻類が含まれる。特に至適生育温度が80以上のものを超好熱菌と呼ぶ。極限環境微生物の一つ。 生息域は温泉や熱水域、強く発酵した堆肥、熱水噴出孔など。ボイラーなどの人工的熱水からも分離される。この他、地下生物圏という形で地殻内に相当量の好熱菌が存在するという推計がある。 なお、2009年時点で最も好熱性が強い（高温環境を好む）生物は、ユーリ古細菌に含まれる''Methanopyrus kandleri'' Strain 116である。この生物はオートクレーブ温度を上回る122でも増殖することができる。.
始生代
始生代（しせいだい、Archean eon）とは、地質時代の分類のひとつ。40億年前（または38億年前）から25億年前までの間を指す。最初の生命が誕生したと考えられる冥王代の次の時代であり、原核生物から真核単細胞生物が現れるまでで原生代の前の時代である。なお始生代（Archeozoic）という呼び方はzoic（動物）を基準にした用語であり、国際的にはArchean太古代と呼ばれる。.
対立遺伝子
対立遺伝子（たいりついでんし、）とは、対立形質を規定する個々の遺伝子を指す。アレルと呼ばれることもある。.
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対症療法
対症療法（たいしょうりょうほう、symptomatic therapy）とは、疾病の原因に対してではなく、主要な症状を軽減するための治療を行い、自然治癒能力を高め、かつ治癒を促進する療法である。姑息的療法とも呼ばれる。転じて、医学以外の分野において「根本的な対策とは離れて、表面に表れた状況に対応して物事を処理すること」という意味で用いられることがある。「対処療法」と表記するのは間違いである。対症療法に対して、症状の原因そのものを制御する治療法を原因療法という。 病気そのものを治療するには、原因療法や自然治癒力の助けが必要である。また、疾患の多くは直接の原因と複数の遠因が重なりあって起こるため、原因療法と対症療法の区別は相対的なものである。.
二酸化炭素
二酸化炭素（にさんかたんそ、carbon dioxide）は、化学式が CO2 と表される無機化合物である。化学式から「シーオーツー」と呼ばれる事もある。 地球上で最も代表的な炭素の酸化物であり、炭素単体や有機化合物の燃焼によって容易に生じる。気体は炭酸ガス、固体はドライアイス、液体は液体二酸化炭素、水溶液は炭酸・炭酸水と呼ばれる。 多方面の産業で幅広く使われる（後述）。日本では高圧ガス保安法容器保安規則第十条により、二酸化炭素（液化炭酸ガス）の容器（ボンベ）の色は緑色と定められている。 温室効果ガスの排出量を示すための換算指標でもあり、メタンや亜酸化窒素、フロンガスなどが変換される。日本では2014年度で13.6億トンが総排出量として算出された。.
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代謝
代謝（たいしゃ、metabolism）とは、生命の維持のために有機体が行う、外界から取り入れた無機物や有機化合物を素材として行う一連の合成や化学反応のことであり、新陳代謝の略称である生化学辞典第2版、p.776-777 【代謝】。これらの経路によって有機体はその成長と生殖を可能にし、その体系を維持している。代謝は大きく異化 (catabolism) と同化 (anabolism) の2つに区分される。異化は物質を分解することによってエネルギーを得る過程であり、例えば細胞呼吸がある。同化はエネルギーを使って物質を合成する過程であり、例えばタンパク質・核酸・多糖・脂質の合成がある。 代謝の化学反応は代謝経路によって体系づけられ、1つの化学物質は他の化学物質から酵素によって変換される。酵素は触媒として、熱力学的に不利な反応を有利に進めるため極めて重要な存在である。また、酵素は、細胞の環境もしくは他の細胞からの信号（シグナル伝達）の変化に反応することにより代謝経路の調節も行う。 有機体の代謝はその物質の栄養価の高さがどれだけか、また、毒性の高さがどれだけかを決定する。例えば、いくつかの原核生物は硫化水素を使って栄養を得ているが、この気体は動物にとっては毒であることが知られている。また、代謝速度はその有機体がどれだけの食物を必要としているかに影響を与える。.
微生物
10,000倍程度に拡大した黄色ブドウ球菌 微生物（びせいぶつ）とは、肉眼でその存在が判別できず、顕微鏡などによって観察できる程度以下の大きさの生物を指す。微生物を研究する学問分野を微生物学と言う。.
微生物学
微生物学（びせいぶつがく、microbiology）は、微生物を対象とする生物学の一分野。 微生物とは（真正）細菌、古細菌、原生生物、真菌類など、顕微鏡的大きさ以下の生物を指す。しかし、微生物学という用語を用いられる場合、主として原核生物（細菌、古細菌）をその対象とする場合が多い。また、ウイルスをその対象に含める場合もある。 生化学的な解析（化学療法）を行う。現在は地球科学的因子の一つとして微生物を含めた微生物生態学のようなラージスケールでの解析も行っている。.
微生物生態学
微生物生態学（びせいぶつせいたいがく、英：Microbial Ecology)とは微生物間ならびに微生物とその環境の間の相互作用を扱う学問分野である。.
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従属栄養生物
従属栄養生物（じゅうぞくえいようせいぶつ、heterotroph）とは、生育に必要な炭素を得るために有機化合物を利用する生物をいう。食物連鎖における消費者または分解者である。独立栄養生物（autotroph）の逆。 動物・菌類のすべて、また細菌の多くが従属栄養生物である。植物は一般には独立栄養生物であるが、寄生植物および腐生植物は完全または部分的に従属栄養に変化したものである。食虫植物は生育に必要な窒素を虫から得ているが、炭素は二酸化炭素から得ているので、独立栄養といえる。従属栄養生物は無機化合物から炭素を得ることができないので、他の生物から有機化合物を得なければならない。 従属栄養生物は、次の2つのタイプに分けられる：.
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地球
地球（ちきゅう、Terra、Earth）とは、人類など多くの生命体が生存する天体である広辞苑 第五版 p. 1706.。太陽系にある惑星の1つ。太陽から3番目に近く、表面に水、空気中に酸素を大量に蓄え、多様な生物が生存することを特徴とする惑星である。.
ペリプラズム
ラム陰性菌の細胞壁 ペリプラズム (Periplasmic space) はグラム陰性菌において、細胞膜と細胞外膜の2枚の生体膜に囲まれた空間である。グラム陽性菌には細胞外膜が存在しないが、細胞膜と細胞壁の間は”inner wall zone”(IWZ) と呼ばれ、厳密な意味でのペリプラズムとしてみなされる, Matias, V. R., and T. J. Beveridge.
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ナトリウム
ナトリウム（Natrium 、Natrium）は原子番号 11、原子量 22.99 の元素、またその単体金属である。元素記号は Na。アルカリ金属元素の一つで、典型元素である。医薬学や栄養学などの分野ではソジウム（ソディウム、sodium ）とも言い、日本の工業分野では（特に化合物中において）曹達（ソーダ）と呼ばれる炭酸水素ナトリウムを重炭酸ソーダ（重曹）と呼んだり、水酸化ナトリウムを苛性ソーダと呼ぶ。また、ナトリウム化合物を作ることから日本曹達や東洋曹達（現東ソー）などの名前の由来となっている。。毒物及び劇物取締法により劇物に指定されている。.
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ペプチドグリカン
ペプチドグリカン(Peptidoglycan)はペプチドと糖からなる高分子のこと。狭義にはムレイン(murein)としても知られ、真正細菌の細胞膜の外側に層を形成する細胞壁の主要物質である。構造上の重要な役割を果たし、細胞質の浸透圧に対する耐久性を与え、細胞の形態、強度を保持させる。また、増殖時の細胞分裂にも関わる。.
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ペニシリン
ペニシリン（penicillin、）とは、1928年にイギリスのアレクサンダー・フレミング博士によって発見された、世界初の抗生物質である。抗菌剤の分類上ではβ-ラクタム系抗生物質に分類される。博士はこの功績によりノーベル生理学・医学賞を受賞した。 発見後、医療用として実用化されるまでには10年以上の歳月を要したが、1942年にベンジルペニシリン（ペニシリンG、PCG）が単離されて実用化され、第二次世界大戦中に多くの負傷兵や戦傷者を感染症から救った。以降、種々の誘導体（ペニシリン系抗生物質）が開発され、医療現場に提供されてきた。 1980年代以降、日本国内においては主力抗菌剤の座をセファロスポリン系抗生物質やニューキノロンに明け渡した感があるが、ペニシリンの発見はこれらの抗菌剤が開発される礎を築いたものであり、しばしば「20世紀における偉大な発見」の中でも特筆すべき1つとして数え上げられる。.
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チラコイド
チラコイド（緑）は、葉緑体の中にある。 チラコイド(Thylakoid)は、葉緑体やシアノバクテリア中で膜に結合した区画である。光合成の光化学反応が起こる場所である。チラコイドという言葉は、「嚢」を表すギリシャ語の θύλακος （thylakos）に由来する。チラコイドは、ルーメンの周りを取り巻くチラコイド膜から構成される。緑色植物の葉緑体のチラコイドは円盤状で、積み重なってグラナと呼ばれる構造をなしている。グラナはストロマとつながり、単一機能を持つ構造を作っている。.
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チーズ
チーズ（）とは、牛・水牛・羊・山羊・ヤクなど鯨偶蹄目の反芻をする家畜から得られる乳を原料とし、乳酸発酵や柑橘果汁の添加で酸乳化した後に加熱や酵素（レンネット）添加によりカゼインを主成分とする固形成分（カード）と液体成分（ホエー）に分離して脱水した食品（乳製品）の一種。伝統的に乳脂肪を分離したバターと並んで家畜の乳の保存食として牧畜文化圏で重要な位置を占めてきた。日本語や中国語での漢語表記は、北魏時代に編纂された斉民要術に記されているモンゴル高原型の乳製品加工の記述を出典とする乾酪（かんらく）である。.
ネンジュモ目
ネンジュモ目（学名: Nostocales）は藍藻に属する分類群。.
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バークホルデリア目
バークホルデリア目（Burkholderiales）はβプロテオバクテリア綱に属する目の1つ。George M. Garrity: Bergey's Manual of Systematic Bacteriology.
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バイオマス
バイオマス（biomass）とは、生態学で、特定の時点においてある空間に存在する生物（bio-）の量を、物質の量（mass）として表現したものである。通常、質量あるいはエネルギー量で数値化する。日本語では生物体量、生物量の語が用いられる。植物生態学などの場合には現存量（standing crop）の語が使われることも多い。転じて生物由来の資源を指すこともある。バイオマスを用いた燃料は、バイオ燃料（biofuel）またはエコ燃料 (ecofuel) と呼ばれている。.
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バクテロイデス門
バクテロイデス門（-もん、Bacteroidetes）は、グラム陰性の細菌グループで、真正細菌の門の1つ。Cytophaga-Flavobacterium-Bacteroidetes (CFB) グループとも呼ばれる。腸内細菌叢の主要な構成菌であり、海洋を中心とした水系、土壌などにも広く分布する。系統的に近縁なクロロビウム門と合わせ、Bacteroidetes/Chlorobi グループ（FCB群）と呼ばれることがある。 バクテロイデス門は、真正細菌としてはやや大きめの門であり、プロテオバクテリア門に次いで一般的なグラム陰性菌になる。バクテロイデス綱、フラボバクテリア綱、スフィンゴバクテリア綱の3綱に分類される場合が多い。2008年現在、3つの綱の合計で約60の属が含まれている。 多くは桿菌またはらせん菌の形をとり、タンパク質や糖類を基質にして従属栄養的に増殖する。細胞膜にスフィンゴ脂質を含むという特徴がある。バクテロイデス綱は嫌気性で、多くの動物の消化器官に分布し、ヒトの腸内細菌の中でも最も大きなグループを占めている。人に対して病原性を持つ種は少ないが、日和見感染症を引き起こすことがある。一方、フラボバクテリア綱、スフィンゴバクテリア綱は好気性菌が多く、水系、土壌から分離されることが多い。多くの種が黄色色素を産生する。.
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バシラス綱
バシラス綱 （Bacilli）は、分類学上の真正細菌の綱を指す。バシラス綱は、これには、炭疽菌（炭疽の原因菌）のようないくつかのよく知られた病原体を含む2つの目であるバシラス目及びラクトバシラス目が含まれる。すべてのバシラス綱はグラム陽性菌である。.
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バシラス目
バシラス目（Bacillales）は、フィルミクテス門 バシラス綱に属するグラム陽性菌の目である。代表的な属には、 バシラス属、リステリア属及びブドウ球菌属が含まれる。.
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メチオニン
メチオニン（methionine）は、側鎖に硫黄を含んだ疎水性のアミノ酸である。 対応するコドンが単一なアミノ酸は2つだけであり、1つはAUGでコードされるメチオニン、もう1つはUGGでコードされるトリプトファンである。コドンAUGはリボソームにmRNAからのタンパク質翻訳を「開始」させるメッセージを送る開始コドンとしても重要である。結果として真核生物および古細菌では全てのタンパク質のN末端はメチオニンになる。しかしながら、これは翻訳中のタンパク質に限るものであり、普通は翻訳完了後に修飾を受けて取り除かれる。メチオニンはN末端以外の位置にも出現する。なお、ヒトにとってメチオニンは必須アミノ酸の1つである。.
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メソソーム
pmc.
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モネラ界
モネラ界(モネラかい、Monera)は、五界説における生物の最上位分類の一つで、細胞核を持たない原核生物全てを含む生物界である。この中には、いわゆる細菌と、かつて植物として分類されていた藍藻類（シアノバクテリア）などが属している。1956年に原生生物界から分離する形で提唱された。この後モネラ界は1969年に提唱された五界説のもとで標準化され、原核生物全てを含む分類群として定着した。 しかしながら、現在この分類が使用されるのは教育分野程度である。1970年代後半以降、DNAおよびRNAの解析により、原核生物が系統的に極めて大きく異なる2群（細菌と古細菌）より構成されることが示され、モネラ界は解体に向かった。現在、学術分野においてモネラ界の使用は殆ど見られない。.
モリクテス綱
モリクテス綱（Mollicutes、モリキューテス綱、モリカテス綱）は、細菌の綱の一つ。最大の特徴は細胞壁を欠損することである。動植物の寄生体として特殊化しており、一般に細胞やゲノムのサイズが非常に小さい。かつてはウイルスと混同されることもあったが、現在ではフィルミクテス門に近縁な独立の細菌門（テネリクテス門）とする説が一般的である。フィルミクテスに含まれる場合もある。 広く知られている生物として、''Mycoplasma''や"''Phytoplasma''"がこの綱に属している。.
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ヨーグルト
ヨーグルト（薔薇を浮かべたもの。2005年愛知万博のブルガリア館のヨーグルト） 2005年愛知万博のコーカサス共同館のヨーグルト ヨーグルト（yoğurt）は、乳に乳酸菌や酵母を混ぜて発酵させて作る発酵食品のひとつ。ヨーグルトにたまる上澄み液は乳清（英語では whey ホエイ）という。 乳原料を搾乳し利用する動物は専用のウシ（乳牛）だけでなく、水牛、山羊、羊、馬、ラクダなどの乳分泌量が比較的多く、搾乳が行いやすい温和な草食動物が利用される。.
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ラテン語
ラテン語（ラテンご、lingua latina リングア・ラティーナ）は、インド・ヨーロッパ語族のイタリック語派の言語の一つ。ラテン・ファリスク語群。漢字表記は拉丁語・羅甸語で、拉語・羅語と略される。.
ラクトバシラス目
ラクトバシラス目(Lactobacillales)とは、乳酸菌を主とした菌を含むフィルミクテス門の細菌の目の一つである。自然界で生成され、土や水、動植物にも存在する。ヨーグルトやチーズ、バター、バターミルクのような乳酸菌を含む醗酵食品にも広く使用されている。.
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リボソーム
典型的な動物細胞の模式図: (1) 核小体（仁）、(2) 細胞核、(3) '''リボソーム'''、(4) 小胞、(5) 粗面小胞体、(6) ゴルジ体、(7) 微小管、(8) 滑面小胞体、(9) ミトコンドリア、(10) 液胞、(11) 細胞質基質、(12) リソソーム、(13) 中心体 リボソームまたはリボゾーム（; ライボソーム）は、あらゆる生物の細胞内に存在する構造であり、粗面小胞体 (rER) に付着している膜結合リボソームと細胞質中に存在する遊離リボソームがある。mRNAの遺伝情報を読み取ってタンパク質へと変換する機構である翻訳が行われる場である。大小2つのサブユニットから成り、これらはタンパク質（リボソームタンパク、ribosomal protein）とRNA（リボソームRNA、rRNA; ribosomal RNA）の複合体である。細胞小器官に分類される場合もある。2000年、X線構造解析により立体構造が決定された。.
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リケッチア目
リケッチア目(Rickettsiales)はαプロテオバクテリアに属する細菌からなる分類群であり、その多くは他の細胞の内部でのみ生存可能である。ヒトに各種疾病を引き起こすリケッチアのような病原体が含まれているが、その一方で細胞内共生説においてミトコンドリアの起源となった細菌もここに由来すると考えられている。ウイルスがリケッチアやそれに類似の生物から生じたと考える者もいる。培養が困難であることもあり、プロテオバクテリアの中でも最も謎につつまれたグループといえる。.
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ルーメン (解剖学)
生物学におけるルーメン（英:lumen、（複数）lumina）とは、動脈や腸などの管の内側の空間のことを言う。広義のルーメンは、小胞体のような細胞構造の内部空間も意味する。.
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ルイ・パスツール
ルイ・パスツール（Louis Pasteur, 1822年12月27日 - 1895年9月28日、パストゥールとも）は、フランスの生化学者、細菌学者。「科学には国境はないが、科学者には祖国がある」という言葉でも知られる。王立協会外国人会員。 ロベルト・コッホとともに、「近代細菌学の開祖」とされる。 分子の光学異性体を発見。牛乳、ワイン、ビールの腐敗を防ぐ低温での殺菌法（パスチャライゼーション・低温殺菌法とも）を開発。またワクチンの予防接種という方法を開発し、狂犬病ワクチン、ニワトリコレラワクチンを発明している。.
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レンティスファエラ門
レンティスファエラ門（ラテン語:Lentisphaerae）はグラム陰性の真正細菌の門である。2綱3目に分けられているが、これまでに記載されている種は3属4種のみと少ない。16S rRNA系統解析により設定された門であり、共通する性質は乏しい。分離源は糞便、海洋、廃水処理装置など多岐に及ぶ。クロロビウム門、ウェルコミクロビウム門に近縁と考えられている。.
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ロベルト・コッホ
ベルト・コッホ、またはハインリヒ・ヘルマン・ロベルト・コッホ（Heinrich Hermann Robert Koch、1843年12月11日 - 1910年5月27日）は、ドイツの医師、細菌学者。ルイ・パスツールとともに、「近代細菌学の開祖」とされる。 炭疽菌、結核菌、コレラ菌の発見者である。純粋培養や染色の方法を改善し、細菌培養法の基礎を確立した。寒天培地やペトリ皿（シャーレ）は彼の研究室で発明され、その後今日に至るまで使い続けられている。 また感染症の病原体を証明するための基本指針となるコッホの原則を提唱し、感染症研究の開祖として医学の発展に貢献した。.
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プランクトミケス門
プランクトミケス門 (Planctomycetes、プランクトマイセス門) は、グラム陰性細菌の小型の門で、幾つかの水生従属栄養細菌を含む。この門には2綱2門2科12属17種が属している。系統的にはウェルコミクロビウムやクラミジア（他にレンティスパエラ）に比較的近縁だが、他の細菌群とは離れている。分類体系によっては、この3系統を合わせPVC群（あるいはプランクトバクテリア）を設置する場合がある。 タイプ属のPlanctomycesは、ギリシャ語のπλαγκτός（プランクトス/漂う）+μύκες（ミュケス/菌）をラテン語化したもので、「（水中で）浮遊する菌」との意を持つ。 原核生物の中では最も複雑な構造と生活環を持つグループの1つである。形状は大まかに卵形であるが、柄を持つなど変わったところがあり、出芽によって増殖する点でも特異である。細胞壁は通常の細菌と異なりペプチドグリカンを含まないと考えられてきたが、最近になってプランクトミケス門細菌の細胞壁にもペプチドグリカンが存在することが確認された。また、細胞内に核膜のような構造を形成することでも知られる。原核生物においてこの構造は、プランクトミケスを含むPVC系統と、古細菌である''Ignicoccus''にしか発見されていない。Gemmata obscuriglobusなどでは特に顕著で、細胞壁。 これまでに知られている種は殆どが好気性の従属栄養生物であるが、嫌気的アンモニア酸化反応（Anammox）を行う系統も存在する。この細菌類は亜硝酸を電子受容体としてアンモニアを窒素に酸化する特異な代謝系を備えている。これらは何れも未記載であるが、暫定的な系統分類としてBrocadia, Kuenenia, Anammoxoglobus, Scalindua, Jetteniaの5属約20種が提案されている。Anammox細菌は出芽ではなく分裂により増殖する点、細胞質内にエネルギー代謝を行う細胞内小器官アナモキソソームを有する点でも他のプランクトミケス門細菌と異なっている。 近年では水系だけでなく、土壌などからもプランクトミケス門の16S rRNA配列が見つかっている。.
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プラスミド
プラスミド (plasmid) は細胞内で複製され、娘細胞に分配される染色体以外のDNA分子の総称。1952年にジョシュア・レーダーバーグによって提案された。 細菌や酵母の細胞質内に存在し、核様体のDNAとは独立して自律的に複製を行う。一般に環状2本鎖構造をとる。 細菌の接合を起こすもの(Fプラスミドなど)、抗生物質に対する耐性を宿主にもたらすものなどがある。 遺伝子工学分野においては、遺伝子組み換えの際に多く用いられる。様々な人工的な改変がなされた数 kbpのプラスミドが多く作られており、研究用キットとして市販されている(詳細はベクターを参照。) 細菌のみではなく酵母や哺乳類の細胞内で複製・維持されるものもある。 大腸菌を用いた遺伝子クローニングでは、まずプラスミドを取り出し、次いで制限酵素で切断し、切断部位に増幅しようとするDNA断片(プラスミドと同じ制限酵素で切り出したもの)をDNAリガーゼで結合させる。この組み換えプラスミドを大腸菌に導入し、大腸菌の大量培養により組み換えDNAを増幅する。 土壌菌の一種であるアグロバクテリウムがもつTiプラスミドは植物の遺伝子導入において頻繁に利用される。 複製機構が類似しているプラスミド同士は同一宿主菌内では共存できない（不和合性, incompatibility）。.
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プロテオバクテリア
プロテオバクテリア門（Proteobacteria）は真正細菌の門の一つである。大腸菌、サルモネラ、ビブリオ、ヘリコバクターなど多種多様な病原体が含まれている。また、窒素固定に関わる細菌など、自由生活性のものも多く含まれている。この分類群は、他の真性細菌の分類群と同様に基本的にはrRNA配列によって定義されている。その多様性から、ギリシャ神話で姿を変幻自在に変える神プロテウスにちなんで名付けられた。.
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パウル・エールリヒ
パウル・エールリヒ（Paul Ehrlich, 1854年3月14日 - 1915年8月20日）はドイツの細菌学者・生化学者。 「化学療法 (chemotherapy)」という用語と「特効薬 (magic bullet)」という概念をはじめて用いた。.
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ヒストン
ヒストン（histone）は、真核生物のクロマチン（染色体）を構成する主要なタンパク質である。.
テルモトガ門
テルモトガ門（-もん、Thermotogae、サーモトーガ門）は、グラム陰性桿菌、好熱性の細菌群を含む門である。熱水噴出孔や油田近傍に生息し、有機物を発酵する。系統的に他の細菌門とはかなり離れている。テルモトガの名称は、ギリシア語で「熱い」を意味するテルモ-と、桿菌の両端ないしは片側に持つ鞘状の構造が古代ローマのトガに例えられたことに由来する。 2012年6月現在、この門には10属40種が属す。ほぼ全てが嫌気条件下40-80程度で有機物を発酵する好熱性の偏性嫌気性従属栄養生物である。多くの場合硫黄を最終電子受容体に使用する。細胞表層構造は独特で、トガと呼ばれる鞘状の構造を持つ。このトガは、一般的なグラム陰性菌の外膜と相同の構造とみなされるが、それとは異なるという見解もある。細胞壁がリゾチームにより分解を受けるという点でも通常のグラム陰性菌とは異なっている。大抵は鞭毛を有している。 この門の中ではThermotoga maritimaが最も広く知られる。T.
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テトラサイクリン
記載なし。
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ディクチオグロムス属
ディクチオグロムス属（-ぞく、Dictyoglomus)は、グラム陰性の真正細菌の属である。真正細菌としては極端な好熱菌で、80℃近くの高温でも生きられる。化学有機栄養であり、有機物を代謝してエネルギーを得る。またキシロースのヘテロポリマーであるキシランを分解するキシラナーゼを合成することで興味を持たれている。この酵素で木材パルプを処理すると、塩素漂白に匹敵する白さになる。 タイプ種のD. thermophilumは、複数の細胞が共通の細胞壁に囲まれた特徴的な集団を作る。3層の細胞外皮（細胞膜、中間層、外膜）をもつことがある。.
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デイノコックス・テルムス門
デイノコックス・テルムス門(Deinococcus-Thermus、デイノコッカス-サーマス)は、強い放射線耐性菌と好熱性細菌を含む真正細菌の小型の門である。デイノコックス門(Deinococci)とされることもある。 一般に好気、従属栄養性。最終電子受容体に酸素以外の物質を利用できる種もいるが、酵母エキスやペプトン、グルコースを主体とした培地で好気的に培養が可能な場合が多い。細胞形状は一般的な球菌又は桿菌で、しばしばコロニーはカロテノイドによる着色が見られる。 基本的にはグラム陰性であるが、一部の属は細胞壁に厚いペプチドグリカン層を持つためグラム陽性に染色される。しかしグラム陽性のものであっても細胞壁の構造自体はグラム陰性菌に類似しており、タイコ酸を欠きペプチドグリカン層の外側に外膜を持っている。 小型の門であるが特異な性質を持つこともあり、現在20種の全ゲノムが解析されている。.
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デオキシリボ核酸
DNAの立体構造 デオキシリボ核酸（デオキシリボかくさん、deoxyribonucleic acid、DNA）は、核酸の一種。地球上の多くの生物において遺伝情報の継承と発現を担う高分子生体物質である。.
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フラジェリン
ピロリ菌の電子顕微鏡写真。菌体の後端から伸びた数本の鞭毛は、主にフラジェリンによって構成されている フラジェリン（英：flagellin）とは、細菌の鞭毛を構成するタンパク質の1種である。大きさはおおよそ3万～6万Da。鞭毛の主成分であり、有鞭毛型細菌の菌体には多量に含まれている。.
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フィルミクテス門
フィルミクテス門（Firmicutes、ファーミキューテス、グラム陽性細菌門）とは、低GC含量とグラム陽性に特徴付けられる真正細菌の門である。グラム陽性低GC含量細菌とも呼ばれる。200近くの属を含み、真正細菌の中ではプロテオバクテリア門に次ぐ多様性を持つ。 腸内細菌や皮膚常在菌、病原菌あるいはヨーグルトなどの発酵食品を通じて人間にも比較的なじみの深いグループである。.
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フィブロバクター属
フィブロバクター属 (Fibrobacter) はグラム陰性嫌気性桿菌で、スフィンゴバクテリアである。1950年にロバート・ハンゲートにより、反芻動物の第一胃（ルーメン）からF.
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フソバクテリウム門
フソバクテリウム門（Fusobacteria）は、真正細菌の門である。 代謝や形態はそれほど多様ではなく、ほぼ全種が桿菌、全種が偏性嫌気性の従属栄養生物である。大半が動物の消化器官に寄生する。一部は人の腸管や口腔に存在し、さらにこの中の一部は病原性を示す。感染性のもの以外としては、嫌気性の海底泥中などから分離された種も存在する。2013年現在、2科9属33種が属している。.
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ドメイン (分類学)
生物分類学におけるドメイン（domainドメイン、regioレギオー）とは、界よりも上の、最も高いランクの階級である。この階級における分類は、基礎的なゲノムの進化の違いを反映して行われる。3ドメイン説においては、真核生物ドメイン、真正細菌ドメイン、古細菌ドメインの3つのタクソンがこの階級に位置づけられる。日本語では、中国語に由来する「域」あるいはregio/domainを直訳した「領域」と呼ばれることもある。 この項目では、ドメインと同程度、あるいは代替となる階級についても扱う。empire（エンパイアー）、superkingdom（スーパーキングダム）と呼ばれるものがそれで、それぞれ日本語では帝国、上界、ラテン語ではimperium（インペリウム）、superregnum（スペッレグヌム）が充てられる。 この階級の新設は、これまでの分類の最も高い階層である界が本来は植物と動物を分けるために設定されたものであったことに由来する。様々な生物の発見により界は徐々に増加したが、原核生物についての研究が進むにつれ、植物と動物の差よりも原核生物内部の多様性の方が遥かに大きいことが分かってきため、界より上のランクを設定した方がよい、との判断が生まれてきたことによる。古細菌の発見がこれを後押しした。.
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ドイツ
ドイツ連邦共和国（ドイツれんぽうきょうわこく、Bundesrepublik Deutschland）、通称ドイツ（Deutschland）は、ヨーロッパ中西部に位置する連邦制共和国である。もともと「ドイツ連邦共和国」という国は西欧に分類されているが、東ドイツ（ドイツ民主共和国）の民主化と東西ドイツの統一により、「中欧」または「中西欧」として再び分類されるようになっている。.
ニトロスピラ門
ニトロスピラ門(Nitrospirae)は、真正細菌の門である。1つの綱、1つの目、1つの科を含む。科の中にはいくつかの属があり、最大のものはニトロスピラ属である。この門の最初の種であるNitrospira marinaは、1985年に発見された。2つ目の種であるThermodesulfovibrio yellowstoniiは、1994年に発見された。3つ目の種であるNitrospira moscoviensisは、1995年に発見されたSee the NCBI Data extracted from the 。.
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分子生物学
分子生物学（ぶんしせいぶつがく、：molecular biology）は、生命現象を分子を使って説明（理解）することを目的とする学問である。.
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分類学
分類学（ぶんるいがく、taxonomy）とは、生物を分類することを目的とした生物学の一分野。生物を種々の特徴によって分類し、体系的にまとめ、生物多様性を理解する。 なお、広義の分類学では無生物も含めた事物（観念も含めて）を対象とする。歴史的には博物学にその起源があり、古くは、鉱物などもその対象としたが、それらの分野は分類学という形で発展することがなかった。以下の叙述では狭義の分類学（生物の分類学）についておこなう。 分類学は、この世に存在する、あるいは存在したすべての生物をその対象とする。現在存在しない生物については古生物学が分担するが、現在の生物の分類にも深く関わりがあるため、それらはまとめて考える必要がある。実際には、個々の分類学者はその中の特定の分類群を研究対象とし、全体を見渡した分類体系をその対象にすることのできる人はあまりいない。 分類学は本来は進化論とは無関係であったが、現在では近いどうしを集め分類群を作成することで系統樹が作成され、分類学は進化を理解する上で重要な役割をもっている。.
分裂
分裂（ぶんれつ）というのは、生物学では、生物の体が大きく分かれて数を増やす、無性生殖の方法の一つをさす言葉である。場合によっては、細胞分裂のことを省略して分裂と呼ぶ場合もある。 かつて細菌類は分裂菌植物と呼ばれていた。.
呼吸
生物における呼吸（こきゅう）は、以下の二種類に分けられる。.
アミン
アミン(amine)とは、アンモニアの水素原子を炭化水素基または芳香族原子団で置換した化合物の総称である。 置換した数が1つであれば第一級アミン、2つであれば第二級アミン、3つであれば第三級アミンという。また、アルキル基が第三級アミンに結合して第四級アンモニウムカチオンとなる。一方アンモニアもアミンに属する。 塩基、配位子として広く利用される。.
アルマティモナス門
アルマティモナス門（-もん、Armatimonadetes）は、2011年に提唱された真正細菌の門である。 ヨシの根圏から発見されたArmatimonas rosea（アルマティモナス・ロセア）が、既知の細菌門とは系統的に大きく異なることから2011年7月に提唱された。難未培養細菌とされていたOP10系統に属すとみられるが、A.
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アルコール発酵
アルコール発酵 (アルコールはっこう、) は、グルコース、フルクトース、ショ糖などの糖を分解して、エタノールと二酸化炭素を生成し、エネルギーを得る代謝プロセスであり、酸素を必要としない嫌気的反応である。酵母は酸素がないところで、糖を用いてアルコール発酵する代表的な生物である。その応用範囲は、燃料としてのエタノール（バイオエタノール）の大量生産やアルコール飲料、パンなど食品の生産など多岐に渡る。 酵母によらない発酵は、「カーボニック・マセレーション」と呼ばれる反応であり、高濃度の二酸化炭素または窒素ガス中（低酸素雰囲気）に置かれたブドウの果実中で起こる嫌気的反応で、酵素の作用により糖がアルコールに変化する。この手法はボジョレー・ヌーヴォーの醸造の際に用いられている。.
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アレクサンダー・フレミング
記念切手 サー・アレクサンダー・フレミング（Sir Alexander Fleming, 1881年8月6日 - 1955年3月11日）はイギリスの細菌学者である。抗菌物質リゾチーム（lysozyme）と、アオカビ（Penicillium notatum）から見出した世界初の抗生物質、ペニシリンの発見者として知られている。 クライズデール銀行が発行する5ポンド紙幣に肖像が使用されている。.
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アンモニア
アンモニア (ammonia) は分子式が NH_3 で表される無機化合物。常温常圧では無色の気体で、特有の強い刺激臭を持つ。 水に良く溶けるため、水溶液（アンモニア水）として使用されることも多く、化学工業では基礎的な窒素源として重要である。また生体において有毒であるため、重要視される物質である。塩基の程度は水酸化ナトリウムより弱い。 窒素原子上の孤立電子対のはたらきにより、金属錯体の配位子となり、その場合はアンミンと呼ばれる。 名称の由来は、古代エジプトのアモン神殿の近くからアンモニウム塩が産出した事による。ラテン語の sol ammoniacum（アモンの塩）を語源とする。「アモンの塩」が意味する化合物は食塩と尿から合成されていた塩化アンモニウムである。アンモニアを初めて合成したのはジョゼフ・プリーストリー（1774年）である。 共役酸 (NH4+) はアンモニウムイオン、共役塩基 (NH2-) はアミドイオンである。.
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アントニ・ファン・レーウェンフック
アントーニ・ファン・レーウェンフック（レーベンフック、Antonie van Leeuwenhoek 、1632年10月24日 - 1723年8月26日）はオランダの商人、科学者。歴史上はじめて顕微鏡を使って微生物を観察し、「微生物学の父」とも称せられる。.
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アクウィフェクス門
アクウィフェクス門（Aquificae）は、グラム陰性、好熱性の真正細菌の門である。温泉や海底火山近傍に生息し、水素を酸化して増殖することを特徴とする。16S rRNA系統解析からは真正細菌の中でも最も初期に分岐したことが示されている。.
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アシドバクテリウム門
アシドバクテリウム門（Acidobacteria、アキドバクテリウム門）は、グラム陰性菌の真正細菌の一門。培養が難しいため2009年時点では2綱11属17種が知られているのみだが、環境中の16S rRNAクローンから推定される多様性はかなり大きく、真正細菌の中でも大型の門になると推定されている。特に土壌中からよくアシドバクテリアの配列が見出される。 門名はラテン語で酸っぱいを意味するAcidus（アキドゥス）に由来するが、現在記載されている6属のうち、強い好酸性を示すのはAcidobacteriumだけであり、必ずしも酸性環境を好むわけではない。残りは淡水、土壌、ヒザラガイから分離された。未培養系統の中には“Ca.
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ウイルス
ウイルス（）は、他の生物の細胞を利用して、自己を複製させることのできる微小な構造体で、タンパク質の殻とその内部に入っている核酸からなる。生命の最小単位である細胞をもたないので、非生物とされることもある。 ヒト免疫不全ウイルスの模式図.
ウェルコミクロビウム門
ウェルコミクロビウム門（Verrucomicrobia、ベルコミクロビウム門）はグラム陰性の真正細菌の門である。真正細菌の門としては中程度の規模を持ち、2綱3目5科15属を含む。この中には、海洋、淡水、土壌から発見されたものに加え、動物や原生生物の共生体、好酸性メタン資化菌まで多様な種が含まれている。培養が比較的難しく、全貌はまだよくわかっていない。 タイプであるVerrucomicrobiumは、ラテン語で「イボを持つ微生物」を意味し、細胞表面に多数の突起を持つことにちなんで命名されたものである。ただし、突起を持つのはこの門全体の性質ではない。 系統的にはクラミジア門やレンティスファエラ門に近縁とみられている。また、プランクトミケス門とも近縁とみられ、これらの系統を合わせてPVC群という。Verrucomicrobium、Prosthecobacter dejongeii、"Chthoniobacter flavus"、Ellin514株にはプランクトミケス門と似た細胞内構造が認められている。.
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エルンスト・ヘッケル
ルンスト・ハインリッヒ・フィリップ・アウグスト・ヘッケル（, 1834年2月16日 - 1919年8月8日）は、ドイツの生物学者、哲学者である。ドイツでチャールズ・ダーウィンの進化論を広めるのに貢献した。 ヘッケルは医者であり、後に比較解剖学の教授となった。彼は心理学を生理学の一分野であると見なした最初期の人々の一人である。彼はまた、現在ではごく身近な「門」や「生態学」などの用語を提唱した。.
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エルシミクロビウム門
ルシミクロビウム門（-もん、Elusimicrobia）は、2008年に提唱された真正細菌の門である。 この分類群は、2008年にPachnoda ephippiata（ハナムグリの1種)の幼虫の腸から報告されたElusimicrobium minutum （エルシミクロビウム・ミヌトゥム; ラテン語で「小さく、捕まえにくい微生物」の意）に対して提唱されたものである。E. minutumは、従来シロアリ後腸に存在し、TG1系統と呼ばれていたグループの最初の培養株と考えられている。 タイプ種であるE. minutum以外の生態ははっきりとしないが、この種は嫌気グラム陰性の従属栄養細菌で、糖類などを発酵して生育する。2011年現在、これ以外は記載されておらず、Ca. "Endomicrobium"を初めとしたいくつかの系統が、シロアリやゴキブリ後腸に生息する原生生物の細胞内共生菌として知られている。.
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エアロモナス目
アロモナス目(Aeromonadales)は、プロテオバクテリア門ガンマプロテオバクテリア綱に属する細菌の分類群である。2科10属からなる。好気性のOceanimonas、Oceanisphaera、通性嫌気性のAeromonasを除き、嫌気性George M. Garrity: Bergey's Manual of Systematic Bacteriology.
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カルディセリクム門
ルディセリクム門（-もん、Caldiserica）は、2009年に提唱された真正細菌の門である。 この分類群は、長野県の小谷村温泉から発見された、Caldisericum exile（カルディセリクム・エクシーレ; ラテン語で「細い、熱いところにある絹」の意）に対して提唱されたものである。2011年現在、この種以外に正式に記載されている種は無い。C.
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カール・ウーズ
ール・リチャード・ウーズ（Carl Richard Woese, 1928年7月15日 - 2012年12月30日）はアメリカ合衆国（ニューヨーク州シラキューズ出身）の微生物学者。1977年に六界説、1990年に三ドメイン説という生物の分類体系を提唱したことで有名である。イリノイ大学アーバナ・シャンペーン校の教授を務めた。 アマースト大学で数学と物理学を学んだ後、エール大学で微生物学に転向する。 リボソームRNA（rRNA）による生物分類学の先駆者であり、1977年にRNAワールド仮説を考案している(RNAワールドという呼び方はギルバートによる)。彼は、遺伝子の類似点から生物を23の門に分け分岐図を描き、真正細菌、古細菌、真核生物の3つを比べ、古細菌は真正細菌でも真核生物でもないと考えた。それまでは生物の分類には、形態などの物理的分類、代謝などの化学的分類が主であり、遺伝子による分類は生物学・細菌学では用いられておらず、旧来の方法とは全く異なる新しい手法であった。この理論はサルバドール・エドワード・ルリア、エルンスト・マイヤーらに代表される生物学者たちから激しい反発を招き、受容に時間を要した。 1992年に微生物学の最高栄誉であるレーウェンフック・メダルを受賞。2000年にはアメリカ学界の栄誉であるアメリカ国家科学賞を授与された。2003年にクラフォード賞を受賞し、2006年にはロンドン王立協会の国外メンバーに選出された。 Pyrococcus woesei、Methanobrevibacterium woesei、Conexibacter woeseiなどの微生物は、彼に献名されたものである。 2012年12月30日、イリノイ州アーバナの自宅で死去。。.
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ギリシア語
リシア語（ギリシアご、現代ギリシア語: Ελληνικά, または Ελληνική γλώσσα ）はインド・ヨーロッパ語族ヘレニック語派（ギリシア語派）に属する言語。単独でヘレニック語派（ギリシア語派）を形成する。ギリシア共和国やキプロス共和国、イスタンブールのギリシア人居住区などで使用されており、話者は約1200万人。また、ラテン語とともに学名や専門用語にも使用されている。省略形は希語。.
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クラミジア科
ラミジア科 (Chlamydiaceae) とは、グラム陰性偏性細胞内寄生性の真正細菌の1科である。2属9種を含む。 代表的なクラミジアとしては、以下の4種類がある。いずれもかつてはクラミジア属に含まれたが、1999年に分類の大幅な変更がなされ、Chlamydia trachomatisを除いて1999年にChlamydophila psittaciをタイプ種とする近縁のクラミドフィラ属 (Chlamydophila) に移された。一般的にはこれらもクラミジアと呼ばれる。.
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クラミジア門
ラミジア門（Chlamydiae）とは、グラム陰性細菌の門である。狭義では脊椎動物を主に宿主とするクラミジア科などの「病原性クラミジア」をクラミジアと呼ぶが（最狭義ではクラミジア属のみ）、広義ではパラクラミジア科などのアメーバを主な宿主とする「環境クラミジア」を含めたクラミジア門全体をクラミジアと呼ぶことがある。 主に脊椎動物とアメーバなどの原生生物を宿主とする細胞内寄生生物である。ATP/ADPトランスロカーゼなどの各種輸送体を持っており、宿主からエネルギーや栄養を取得して生育している。このため細胞外では全く増殖できず、環境中では感染性のある基本小体の形をとる。医学的に重要な細菌群であるが、人工培地で培養できないため培養は培養細胞や鶏卵を使用する必要があり、研究が難しいグループである。 プランクトミケス門などに近縁で、同様にペプチドグリカンを欠損し、FtsZを持っていない。PVC群に入るとみられている。.
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クリシオゲネス門
リシオゲネス門(Chrysiogenetes)は、グラム陰性の細菌門である。クリシオゲネス1綱1目1科より構成される。 2010年2月現在、記載されているのは以下の2種である。.
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クリスチャン・ゴットフリート・エーレンベルク
リスチャン・ゴットフリート・エーレンベルク（Christian Gottfried Ehrenberg、1795年4月19日-1876年6月27日）はドイツの博物学者・動物学者・比較解剖学者・地質学者、そして優れた顕微鏡の使い手であり、当時最も有名で活動的な研究者の一人であった。.
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クロマチン
DNAが折り畳まれてクロマチンをつくり、分裂期にはさらに染色体へ変換される。 クロマチン（chromatin）とは、真核細胞内に存在するDNAとタンパク質の複合体のことを表す。.
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クロラムフェニコール
ラムフェニコール (Chloramphenicol) は、バクテリア Streptomyces venezuelae 由来の抗生物質であり、現在は化学合成によって作られている。化合物名は 2,2-ジクロロ-N-［(1R,2R)-2-ヒドロキシ-1-ヒドロキシメチル-2-（4-ニトロフェニル）エチル］アセトアミドである。製品名はクロロマイセチン錠・軟膏(第一三共製造販売)である。 類似化合物にフロルフェニコールがあるが、こちらは動物のみでヒトには用いられていない。.
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クロロビウム門
ビウム門（Chlorobi）は、緑色硫黄細菌を中心としたグラム陰性細菌の門である。 長く偏性嫌気性の光合成細菌である緑色硫黄細菌として知られていたグループである。2010年に長野県の湯俣温泉から通性嫌気性の従属栄養細菌であるが報告され、イグナウィバクテリウム綱が設置されている。2013年現在、記載種は緑色硫黄細菌が1科5属13種、イグナウィバクテリウム綱が1属1種である。.
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クロロフレクサス門
フレクサス門（Chloroflexi、クロロフレクスス門）は真正細菌の門である。カール・ウーズが光合成性の緑色非硫黄細菌を含む系統群として定義したのが始まりだが、光合成細菌は1目のみであり、非光合成の好熱菌や放線菌様の細菌も含んでいる。形態や特徴で定義するのは困難であるため、16S rRNA系統解析などに基づいて定義されている。綱の数としては6を含み、プロテオバクテリア門やフィルミクテス門など大型の門と並ぶ。 タイプであるChloroflexusは、Χλωρός（クローロス/希: 緑色） + flexus（フレクスス/羅: 曲がった）を語源とする。ラテン語読みでクロロフレクスス門とも呼ばれる。.
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クロストリジウム綱
トリジウム綱（Clostridia）は、クロストリジウム属（Clostridium）および他の同様の属を含み、高度な多系統群であるフィルミクテス門の綱である。クロストリジウム綱は好気性呼吸がないことによってバシラス綱と区別される。クロストリジウム綱は、偏性嫌気性菌であり、酸素はクロストリジウム綱に有毒である。 クロストリジウム属の種は、しばしばグラム陽性ではないが（Halanaerobium hydrogenoformans参照）、芽胞形成する能力を有する。研究によると、クロストリジウム属は単系統群ではなく、その関係は完全には分かっていない。現在のところ、ほとんどがクロストリジウム目（Clostridiales）と呼ばれる単一の目に置かれているが、これには不確定な要素があり、将来再定義される可能性がある。 クロストリジウム属のほとんどの種は、環境中の多くの場所、特に土壌中に見いだされる腐生生物である。しかし、その属にはいくつかのヒト病原体（以下に概説）が含まれている。クロストリジウム属（Clostridium）の特定の種によって産生される毒素は、最も危険なものとして知られている。破傷風菌によって産生される破傷風毒素（テタノスパスミンとして知られている）およびボツリヌス菌によって産生されるボツリヌス毒素（ボツリヌストキシン）が例として挙げられる。いくつかの種は、細菌性膣炎を有する女性から単離されている。 この綱に属する注目すべき種は次のとおりである：.
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グラム染色
ラム染色（グラムせんしょく、英：Gram staining）とは、主として細菌類を色素によって染色する方法の一つで、細菌を分類する基準の一つ。デンマークの学者ハンス・グラムによって発明された。.
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グリセロール1-リン酸
''sn''-グリセロール1-リン酸（グリセロール1-りんさん、sn-glycerol 1-phosphate）は、リン酸とグリセロールから誘導されたリン酸エステルで、アーキア特異的エーテル型脂質の構成要素の一つである。同等に適切な名前として、グリセロ-1-リン酸(glycero-1-phosphate)、1-O-ホスホノグリセロール(1-O-phosphonoglycerol)、1-ホスホグリセロール(1-phosphoglycerol)がある。また歴史的経緯により-グリセロール1-リン酸(L-glycerol 1-phosphate)、-グリセロール3-リン酸(D-glycerol 3-phosphate)、-α-グリセロリン酸(D-α-glycerophosphoric acid)とも呼ばれる。.
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グリセロール3-リン酸
''sn''-グリセロール3-リン酸（グリセロール3-りんさん、sn-glycerol 3-phosphate, G3P）は、リン酸とグリセロールから誘導されたリン酸エステルで、グリセロリン脂質の構成要素の一つである。同等に適切な名前として、グリセロ-3-リン酸(glycero-3-phosphate)、3-O-ホスホノグリセロール(3-O-phosphonoglycerol)、3-ホスホグリセロール(3-phosphoglycerol)がある。また歴史的経緯により-グリセロール3-リン酸(L-glycerol 3-phosphate)、-グリセロール1-リン酸(D-glycerol 1-phosphate)、-α-グリセロリン酸(L-α-glycerophosphoric acid)とも呼ばれる。.
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ゲンマティモナス・アウランティアカ
ンマティモナス・アウランティアカ（Gemmatimonas aurantiaca）は、好気性・グラム陰性の真正細菌である。ポリリン酸の蓄積、出芽により増殖する性質がある。2003年に下水処理場の活性汚泥中から発見された。この種のみでゲンマティモナス門を構成する。 属名は出芽することからgemmatus（ラテン語:芽生えた/宝石をちりばめた）+monas（ラテン語:個体）、種形容語はコロニーの色からaurantiaca（中ラテン語:オレンジ色の）を意味するものである。タイプ株はT-27T (.
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コレラ菌
レラ菌(コレラきん、学名 Vibrio cholerae)は、ビブリオ属に属するグラム陰性のコンマ型をした桿菌の一種水之江義充、吉田眞一「コレラ菌とビブリオ科の細菌」：『戸田新細菌学』（吉田眞一、柳雄介編）改訂33版、南山堂、2007年 pp.563-577 ISBN 978-4-525-16013-5J.J. Farmer III and J. Michael Janda "Vibrionaceae" in Bergey's manual of systematic bacteriology (George M. Garrity et al. eds.) 2nd ed.
シネルギステス門
ネルギステス門（Synergistetes）は、真正細菌の一門である。この門に属す細菌の多くはグラム陰性の桿菌で、ペプチドや脂質を嫌気環境で代謝する。いくつかの種は動物の消化器官に存在しており、歯周病、胃腸や軟組織への感染症に関係する。この他嫌気性の廃水処理設備や油田からも見出されている。.
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システイン
テイン (cysteine、2-アミノ-3-スルファニルプロピオン酸) はアミノ酸の1つ。チオセリンとも言う。天然にはL-システインとして、食品中タンパク質に含まれるが、ヒトでは必須アミノ酸ではなくメチオニンから生合成される。食品添加剤として利用され、また俗に肌のシミを改善するといったサプリメントが販売されている。日本国外で商品名Acetiumの除放剤は、胃の保護また、飲酒時などのアセトアルデヒドするために開発され販売されている。 側鎖にメルカプト基を持つ。酸性条件下では安定だが、中・アルカリ性条件では、微量の重金属イオンにより容易に空気酸化され、シスチンとなる。略号は C や Cys。酸化型のシスチンと対比し、還元型であることを明らかにするために CySH と記されることもある。.
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ストレプトマイシン
トレプトマイシン（Streptomycin）は抗生物質のひとつである。最初に発見されたアミノグリコシド類であり、結核の治療に用いられた最初の抗生物質である。略してストマイともいう。放線菌の一種 Streptomyces griseus に由来する。 真正細菌（バクテリア）型リボソームのみに選択的で、それ以外の生物、例えば古細菌には効果がない。古細菌に近い祖先をもつと考えられる真核生物本体のリボソームも阻害を受けず、真正細菌のみを選択的に殺すことができる。ただし、ミトコンドリアリボソームは進化的に真正細菌に起源があり、ある程度影響を受ける。これが副作用の原因の一つになると考えられている。 なお、ストレプトマイシンは消化管からの吸収がよくないため経口では投与できず、筋肉注射を行わなければならない。 現在では、硫酸塩および誘導体のジヒドロストレプトマイシンが農薬の一種である殺菌剤として発売されている。.
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スピロヘータ
ピロヘータ（またはスピロケータ、spirochaetaまたはspirochete, spirochetis）とは、らせん状の形態をしたグラム陰性の真正細菌の一グループである。学名の由来は「コイル状の髪」を意味するギリシア語σπειροχαίτηをラテン語に音写したもので、古典ラテン語の発音では「スピーロカエタ」である。 他の典型的な細菌とは異なり、菌体の最外側にエンベロープと呼ばれる被膜構造を持ち、それが細胞体と鞭毛を覆っている。細胞壁が薄くて比較的柔軟であり、鞭毛の働きによって、菌体をくねらせたりコルク抜きのように回転しながら活発に運動する。 自然環境のいたるところに見られる常在菌の一種でもある。一部のスピロヘータはヒトに対して病原性を持つものがあり、梅毒、回帰熱、ライム病などの病原体がこれに該当する。またシロアリや木材食性のゴキブリの消化管に生息するスピロヘータは、腸内細菌として宿主が摂った難分解性の食物から栄養素を摂取したり、エネルギーを産生する役割にかかわっている可能性が指摘されている。.
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タンパク質
ミオグロビンの3D構造。αヘリックスをカラー化している。このタンパク質はX線回折によって初めてその構造が解明された。 タンパク質（タンパクしつ、蛋白質、 、 ）とは、20種類存在するL-アミノ酸が鎖状に多数連結（重合）してできた高分子化合物であり、生物の重要な構成成分のひとつである生化学辞典第2版、p.810 【タンパク質】。 構成するアミノ酸の数や種類、また結合の順序によって種類が異なり、分子量約4000前後のものから、数千万から億単位になるウイルスタンパク質まで多種類が存在する。連結したアミノ酸の個数が少ない場合にはペプチドと言い、これが直線状に連なったものはポリペプチドと呼ばれる武村(2011)、p.24-33、第一章 たんぱく質の性質、第二節 肉を食べることの意味ことが多いが、名称の使い分けを決める明確なアミノ酸の個数が決まっているわけではないようである。 タンパク質は、炭水化物、脂質とともに三大栄養素と呼ばれ、英語の各々の頭文字を取って「PFC」とも呼ばれる。タンパク質は身体をつくる役割も果たしている『見てわかる！栄養の図解事典』。.
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サルバルサン
ルバルサン (Salvarsan) は歴史的な梅毒治療薬のひとつ。名称は救世主を意味する "Salvator" と、ヒ素を意味する "arsenic" から取られており、ドイツのIG・ファルベン社の登録商標である。 ドイツのパウル・エールリヒと日本の秦佐八郎が合成した有機ヒ素化合物で、スピロヘータ感染症の特効薬。毒性を持つヒ素を含む化合物であり副作用が強いため、今日では医療用としては使用されない。.
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サーモデスルフォバクテリア門
ーモデスルフォバクテリア門(Thermodesulfobacteria)は、真正細菌の門である。好熱菌で、硫黄還元細菌である。.
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出芽
出芽（しゅつが, Budding）とは、生物が数を増やす方法の一つで、親の体のある部分から、子の体ができて、それが次第に大きくなって独立するやり方。植物の芽が伸びる様子に似ていることからその名がある。無性生殖の一つである。.
共生
共生（きょうせい、SymbiosisあるいはCommensal）とは、複数種の生物が相互関係を持ちながら同所的に生活する現象。共に生きること。 元の用字は共棲であるとする説もあるが、最新の研究では、共生は明治21年に三好学の論文で用いられていることが確認されており、共棲の用例より早い。確認されている範囲では、日本に初めてSymbiosisという概念を紹介した最初の研究者は三好学であるので、彼がこの訳を当てた可能性が高いともされる。日本では1922年に椎尾弁匡が仏教運動として共生運動を始め、共生が単なる生物学的な意味だけでなく、哲学的な意味を含む言葉になっていった。.
先カンブリア時代
先カンブリア時代（せんカンブリアじだい、Precambrian (age)）とは、地球が誕生した約46億年前以降、肉眼で見える大きさで硬い殻を持った生物の化石が初めて産出する5億4,200万年前以前の期間（約40億年）を指す地質時代であり、冥王代(Hadean)、始生代(Archeozoic)、原生代(Proterozoic)の三つに分け、これらの時代区分は生物の進化史を元にしている。 先カンブリア時代に関しては詳しいことがあまり分かっておらず、現在知られていることもほとんどはここ数十年で解明されてきたことである。 先カンブリア代 (Precambrian eon(s)) とも呼ばれる。また、古生代、中生代、新生代を表す顕生代に対して、隠生代 化石に乏しいことから陰生代と呼ぶ（池谷仙之・北里洋著『地球生物学 ー地球と生命の進化ー』）東京大学出版会 2004年 82ページ）(Cryptozoic eon(s)) と呼ぶ。まれに先カンブリア紀 (Precambrian period)と呼ばれることがあるが、紀は累代および代より小さい時代区分なので、これは正しくない。.
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光合成
光合成では水を分解して酸素を放出し、二酸化炭素から糖を合成する。 光合成の主な舞台は植物の葉である。 光合成（こうごうせい、Photosynthese、photosynthèse、拉、英: photosynthesis）は、主に植物や植物プランクトン、藻類など光合成色素をもつ生物が行う、光エネルギーを化学エネルギーに変換する生化学反応のことである。光合成生物は光エネルギーを使って水と空気中の二酸化炭素から炭水化物（糖類：例えばショ糖やデンプン）を合成している。また、光合成は水を分解する過程で生じた酸素を大気中に供給している。年間に地球上で固定される二酸化炭素は約1014kg、貯蔵されるエネルギーは1018kJと見積もられている『ヴォート生化学 第3版』 DONALDO VOET・JUDITH G.VOET 田宮信雄他訳 東京化学同人 2005.2.28。 「光合成」という名称を初めて使ったのはアメリカの植物学者チャールズ・バーネス（1893年）である『Newton 2008年4月号』 水谷仁 ニュートンプレス 2008.4.7。 ひかりごうせいとも呼ばれることが多い。かつては炭酸同化作用（たんさんどうかさよう）とも言ったが現在はあまり使われない。.
光化学反応
光化学反応（こうかがくはんのう、photochemical reaction, light‐dependent reaction）は、物質が光を吸収して化学反応を起こす現象であり、一般には、色素分子が光エネルギーを吸収し、励起された電子が飛び出し、物質の酸化還元を引き起こす。光合成における光化学反応では、特定のクロロフィル分子がこの反応を起こし、還元物質NADPHやATPの合成の源となる。酸素発生型光合成では光化学反応により水を電子供与体として用い、酸素を発生し（.
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国際細菌命名規約
国際細菌命名規約（こくさいさいきんめいめいきやく International Code of Nomenclature of Bacteria）とは、国際原核生物分類命名委員会（International Committee on Systematics of Prokaryotes, ICSP、旧 国際細菌分類命名委員会）による、原核生物の学名を決める際の唯一の国際的な規範である。同様の任にある国際藻類・菌類・植物命名規約、国際動物命名規約とあわせて、生物の学名の基準となっている。現在の最新版は1990年改訂版。本規約が定めるのはあくまで学名の適切な用法であり、分類学的判断には一切関与しない。 この規約はすべての細菌と古細菌の種から綱までの学名に適用される。門以上の命名については規定しない。その他の微生物の命名について、菌類と藻類には国際藻類・菌類・植物命名規約が、原生動物には国際動物命名規約が適用される。ウイルスについては、将来ウイルス命名規約が制定されればそれに従う。 この規約では、種の名は属名+単一の種形容語の2語組合せである。すべてのタクソンの学名はラテン語として扱われる。属名は主格名詞、種形容語は属格名詞、形容詞、分詞などの属名を形容できるラテン語（あるいはラテン語化した外来語）でなければならず、動物や植物のように主格名詞を種形容語に使う事はできない。学名の表示は、本文の他の部分と区別できるように異なった字体（例えばイタリック体）にすることが望ましい。.
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球菌
球菌の顕微鏡像（黄色ブドウ球菌） 球菌（きゅうきん）とは、個々の細胞の形状が球形を示す原核生物（真正細菌および古細菌）のこと。桿菌、らせん菌と併せて、原核生物を形態によって分類するときに用いられる用語である。 ラテン語の「coccus（複数形はcocci）」は「（穀物などの）粒」あるいは「木の実」を表すギリシャ語「κόκκος」に由来している。.
硝化作用
素循環のモデル図硝化作用（しょうかさよう）はアンモニアから亜硝酸や硝酸を生ずる微生物による作用を指す。アンモニアを酸化し亜硝酸を生ずるアンモニア酸化細菌・アンモニア酸化古細菌、亜硝酸を酸化し硝酸を生ずる亜硝酸酸化細菌により反応が進む。これらの細菌は独立栄養細菌で、それぞれアンモニアの酸化、亜硝酸の酸化によりエネルギーを得る。有機成分の存在下ではほとんど増殖せず、死滅することもある。 土の中では、有機物に含まれる有機態窒素がアンモニアまで分解されるアンモニア化成、アンモニアから硝酸を生ずる硝酸化成が進み、作物に吸収される。 野菜など多く園芸作物はアンモニア態窒素より硝酸態窒素を好んで吸収する好硝酸性植物であるため、この反応はきわめて重要である。アンモニア濃度が高く、硝酸化成が進まない場合、アンモニア過剰障害が生じることがある。.
硝酸
硝酸（しょうさん、nitric acid）は窒素のオキソ酸で、化学式 HNO3 で表される。代表的な強酸の1つで、様々な金属と反応して塩を形成する。有機化合物のニトロ化に用いられる。硝酸は消防法第2条第7項及び別表第一第6類3号により危険物第6類に指定され、硝酸を 10 % 以上含有する溶液は医薬用外劇物にも指定されている。 濃硝酸に二酸化窒素、四酸化二窒素を溶かしたものは発煙硝酸、赤煙硝酸と呼ばれ、さらに強力な酸化力を持つ。その強力な酸化力を利用してロケットの酸化剤や推進剤として用いられる。.
硫化水素
硫化水素や二酸化硫黄を主成分とする火山性ガスを噴出する噴気孔（黒部立山・地獄谷） 硫化水素（りゅうかすいそ、hydrogen sulfide）は化学式 H2S をもつ硫黄と水素の無機化合物。無色の気体で、腐卵臭を持つ。空気に対する比重は1.1905である。.
硫黄
硫黄（いおう、sulfur, sulphur）は原子番号 16、原子量 32.1 の元素である。元素記号は S。酸素族元素の一つ。多くの同素体や結晶多形が存在し、融点、密度はそれぞれ異なる。沸点 444.674 ℃。大昔から自然界において存在が知られており、発見者は不明になっている。硫黄の英名 sulfur は、ラテン語で「燃える石」を意味する言葉に語源を持っている。.
硫黄細菌
硫黄細菌（いおうさいきん）とは、硫黄および無機硫黄化合物を酸化、または還元して得られたエネルギーで生活する細菌類の総称 ブリタニカ国際大百科事典。 真正細菌類のチオバクテリウム科に属するもので、チオバクテリアとも称するチオバクテリウム、チオバチルス、チオスピラなどが主な属である。 チオバクテリウムは海水にいるもの、一般の土壌にいるものなどがあり、桿菌で非運動性である。 チオバチルスは水中または土中におり、小さな桿菌で非運動性または一端に鞭毛を有して泳ぐ。 チオスピラはやや曲がった桿菌で、両端がややとがり、鞭毛をもって泳ぐ。 ベッギアトアは大きく、下水溝などに肉眼でも認められるような糸状体をつくる。 チオスリックスもまた糸状で、硫化水素の存在する水中に住み、細菌内に、硫黄粒を形成する。 硫化水素を酸化する反応式はH₂S＋1/20₂＝H₂O＋S＋176kJ。ベギアトアなど無色の硫黄細菌はこのとき発生するエネルギーで炭酸同化すなわち化学合成を行う。 上記のような化学合成生物である硫黄細菌のほかに、光合成細菌である緑色硫黄細菌・紅色硫黄細菌などを含めて硫黄細菌とよぶ場合もある。有色バクテリア中のクロロビウムは沼水に生育し、嫌気的に硫黄化合物を水素受容体として光合成する。紅色硫黄細菌はバクテリオクロロフィルを持ち、光合成を行う。.
秦佐八郎
佐八郎（はた さはちろう、1873年3月23日 - 1938年11月22日）は島根県美濃郡都茂村（現益田市）出身の細菌学者。学位は医学博士。当時難病であった梅毒の特効薬サルヴァルサン(砒素化合物製剤606号)をドイツのパウル・エールリヒ（1908年ノーベル生理学・医学賞受賞）と共に開発し、多くの患者を救ったことで知られる。 生前、1911年にノーベル化学賞と1912年・1913年にノーベル生理学・医学賞の候補に挙がっていたものの、受賞を逸している。.
窒素
素（ちっそ、nitrogen、nitrogenium）は原子番号 7 の元素。元素記号は N。原子量は 14.007。空気の約78.08 %を占めるほか、アミノ酸をはじめとする多くの生体物質中に含まれており、地球のほぼすべての生物にとって必須の元素である。 一般に「窒素」という場合は、窒素の単体である窒素分子（窒素ガス、N2）を指すことが多い。窒素分子は常温では無味無臭の気体として安定した形で存在する。また、液化した窒素分子（液体窒素）は冷却剤としてよく使用されるが、液体窒素温度 (-195.8 ℃, 77 K) から液化する。.
窒素固定
素固定（ちっそこてい）とは、空気中に多量に存在する安定な（不活性）窒素分子を、反応性の高い他の窒素化合物（アンモニア、硝酸塩、二酸化窒素など）に変換するプロセスをいう。 自然界での窒素固定は、いくつかの真正細菌（細菌、放線菌、藍藻、ある種の嫌気性細菌など）と一部の古細菌（メタン菌など）によって行われる。これらの微生物には、種特異的に他の植物や、動物（シロアリなど）と共生関係を形成しているものもある。また、雷の放電や紫外線や内燃機関での燃焼により、窒素ガスの酸化によって窒素酸化物が生成され、これらが雨水に溶けることで、土壌に固定される。 また、アンモニア合成を代表として人工的に窒素分子を他の窒素化合物に変換する手法も幾つか開発されており、工業的に非常に重要な位置を占めている。.
窒素固定菌
素循環のモデル図 ゲンゲの根粒 窒素固定菌とは真正細菌の一種で空気中の窒素を固定する。この作用を生物学的窒素固定といい、窒素固定を行う微生物をジアゾ栄養生物（diazotroph）という。.
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筋肉
'''骨格筋の構造''' 筋肉は複数の筋束からなる（中央上）。筋束は筋繊維（筋細胞）の集まりである（右上）。複数の筋原繊維が束ねられて筋繊維を形作る（右中央）。筋原繊維はアクチンタンパク質とミオシンタンパク質が入れ子状になった構造を取る（右下）。 Cardiac muscle） 筋肉（きんにく、羅: musculus; 独: Muskel; 仏, 英: muscle）は、動物の持つ組織のひとつで、収縮することにより力を発生させる、代表的な運動器官である生化学辞典第2版、p.357 【筋肉】。 動物の運動は、主として筋肉によってもたらされる。ただし、細部に於ける繊毛や鞭毛による運動等、若干の例外はある。 なお、筋肉が収縮することにより発生する力を筋力と呼び、これは収縮する筋肉の断面積に比例する。つまり筋力は、筋肉の太さに比例している。 また、食用に供する食肉は主に筋肉であり、脊髄動物の骨格筋は湿重量の約20%をタンパク質が占め、主にこれを栄養として摂取するために食される生化学辞典第2版、p.357 【筋（肉）タンパク質】。（ただし、食料品店で肉と表示されているものは筋肉だけでなく脂身（脂肪分の塊）も一緒になった状態で、タンパク質ばかりでなく、かなりの高脂肪の状態で販売されていることが多い。） 中医学では肌肉とも言われる。.
粘液細菌
粘液細菌（ねんえきさいきん、slime bacteria、Myxobacteria、Myxococcales、ミクソコックス目、ミクソコッカス目）は、土壌細菌のひとつで、多細胞的な行動を起こすグラム陰性の真正細菌である。 グラム陰性、好気従属栄養性。鞭毛は無く、滑走による移動能力がある。高度に社会的な性質を持ち、多数の細胞が協調して細菌、植物遺体を捕食する(不藤2013)。増殖は栄養状態が良い時は単純に二分裂で増えるが、飢餓・個体密度増加・光照射などの刺激があると1～100万もの菌が集合し、0.1～0.5mm程の子実体と粘液胞子を形成する。この子実体は種により色、形などの特徴がある。一旦子実体を形成すると数十年の保存が可能である。栄養状態が良くなると再び栄養細胞を放出して元に戻る。生育環境や生活環は細胞性粘菌に似たところがある。 代表的な種Myxococcus xanthusは比較的詳しく調べられている。いくつかの生理活性物質が発見されている。ゲノムサイズは軒並み900万bpを上回り、解析済みの原核生物の中では最大である。2013年に報告されたSorangium cellulosum So0157-2のゲノムサイズは1478万2125kbpと真核生物である出芽酵母（1200万bp）を上回っている。ORFは10,400箇所で出芽酵母の2倍近い。.
納豆
納豆（なっとう）は、大豆を納豆菌によって発酵させた日本の発酵食品。各種が存在するが、現在では一般的に「糸引き納豆」を指す伊藤寛記、 日本釀造協會雜誌 Vol.71 (1976) No.3 P.173-176, 。菓子の一種である甘納豆とは別物である。 骨にカルシウムを与えて強固にするビタミンK2などのビタミン類やミネラル（マグネシウムなど）、食物繊維、腸に良い乳酸菌、蛋白質が含有されている。骨にも良く、免疫力を高める健康食である。長寿国日本の長生きの秘訣として、各国の健康志向の高まりに伴い、国外でも臭いを弱めたものなども含めて人気を博している。.
細菌学
細菌学（さいきんがく、英語：bacteriology）とは、.
細胞壁
細胞壁（さいぼうへき）は、植物や菌類、細菌類の細胞にみられる構造。動物細胞には存在しない。細胞膜の外側に位置するために細胞外マトリクスの1つである。 細胞壁を形成する物質は、植物ではセルロースで、これはグルコース（ブドウ糖）がいくつもつながって出来ている糖鎖である。他にも、リグニンやペクチンのようなものもある。細胞壁は、二重構造（一次壁・二次壁）になっていて、たえず成長を繰り返している。細胞壁の主な役割は、防御（細胞膜から内側を守る）、改築・補強、物質補給、細胞間連絡、影響感知細胞である。また、細胞壁の分子間は微細ではない為、水・ナトリウムイオン・カリウムイオンなどを容易に通す。通常、植物細胞は緑色をしているが、木などは茶色をしている。これは、細胞壁がリグニンによって木化したためで、通常の細胞壁よりも硬い。.
細胞質
滑面小胞体 （9）ミトコンドリア （10）液胞 （11）'''細胞質''' （12）リソソーム （13）中心小体 細胞質（さいぼうしつ、cytoplasm）は、細胞の細胞膜で囲まれた部分である原形質のうち、細胞核以外の領域のことを指す。細胞質は細胞質基質の他、特に真核生物の細胞では様々な細胞小器官を含む。細胞小器官の多くは生体膜によって他の部分と隔てられている。細胞質は生体内の様々な代謝や、細胞分裂などの細胞活動のほとんどが起こる場所である。細胞質基質を意図して誤用される場合も多い。 細胞質のうち、細胞小器官以外の部分を細胞質基質または細胞質ゲルという。細胞質基質は複雑な混合物であり、細胞骨格、溶解した分子、水分などからなり、細胞の体積の大きな部分を占めている。細胞質基質はゲルであり、繊維のネットワークが溶液中に散らばっている。この細孔状のネットワークと、タンパク質などの高分子の濃度の高さのため、細胞質基質の中では分子クラウディングと呼ばれる現象が起こり、理想溶液にはならない。このクラウディングの効果はまた細胞質基質内部の反応も変化させる。.
細胞膜
動物細胞の模式図図中の皮のように見えるものが'''細胞膜'''、(1) 核小体（仁）、(2) 細胞核、(3) リボソーム、(4) 小胞、(5) 粗面小胞体、(6) ゴルジ体、(7) 微小管、(8) 滑面小胞体、(9) ミトコンドリア、(10) 液胞、(11) 細胞質基質、(12) リソソーム、(13) 中心体 細胞膜（さいぼうまく、cell membrane）は、細胞の内外を隔てる生体膜。形質膜や、その英訳であるプラズマメンブレン(plasma membrane)とも呼ばれる。 細胞膜は細胞内外を単に隔てている静的な構造体ではなく、特異的なチャンネルによってイオンなどの低分子を透過させたり、受容体を介して細胞外からのシグナルを受け取る機能、細胞膜の一部を取り込んで細胞内に輸送する機能など、細胞にとって重要な機能を担っている。.
細胞性粘菌
細胞性粘菌（さいぼうせいねんきん）とは、変形菌と同様に、アメーバ状の生活と、菌類のような子実体を、その生活環の中に持っている微生物である。ただし、生活環のどの段階でも、単細胞かまたはそれが集合した形を取り、細胞の構造を失わない。“細胞性”といわれるのはそのためである。 これに類するものにはタマホコリカビ類とアクラシス類の二つがあり、かつては一つの分類群にまとめられた。しかし、分子系統学などの証拠から現在ではこれらは系統的に遠いものと判断され、独立させた。そのため分類群としての細胞性粘菌というくくりは認められていないが、今もこの語を聞くことは多いため、これについてここに説明する。右の分類表はあえて過去のものを示した。 これに属するキイロタマホコリカビが、モデル生物として、特に分化の研究材料として注目され、変形菌とは異なる分野で研究に利用されている。.
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紅色硫黄細菌
紅色硫黄細菌（こうしょくいおうさいきん）は光合成細菌の一群で、赤色ないし褐色を呈する紅色細菌のうち、硫黄などの無機物を電子供与体として用いるものの総称である。嫌気性ないし微好気性で、硫黄泉や停滞水などに見られる。植物や藻類の光合成では、電子供与体として水を使うので酸素が生じるが、紅色硫黄細菌では水ではなく硫化水素を使うため単体の硫黄粒が生じる。この硫黄粒はさらに酸化されて硫酸を生じることもある。 また、クロロフィルを持たない。 分類学上はガンマプロテオバクテリア綱クロマチウム目（Chromatiales）に所属させ、クロマチウム科とエクトチオロドスピラ科の2科に分類する。両者は内膜の構造に差があり、クロマチウム科では硫黄粒が細胞内に生じるのに対し、エクトチオロドスピラ科では細胞外に生じる。クロマチウム目にはもう1つハロチオバシラス科があるが、ここには光合成をしないHalothiobacillus属のみが含まれている。 たいていは鞭毛を持ち運動性があるが、ガス胞によって浮遊するもの、完全に運動性を持たないものもある。全ての紅色硫黄細菌は光合成独立栄養性であるが、光合成従属栄養、化学合成独立栄養、化学合成従属栄養で生育できる種もある。 紅色硫黄細菌は、一般に湖や硫黄泉などの硫化水素が蓄積した水環境の、光の当たる無酸素域に見出される。地球化学的または生物学的に生じた硫化水素が引き金となって紅色硫黄細菌による水の華が生じることもある。 紅色硫黄細菌が増殖するのに最も適した湖は、底層に密度の高い水（塩水など）、表層に密度の低い水（淡水など）が成層した部分循環湖と呼ばれるものである。もし充分な量の硫酸塩があれば、湖底の堆積物の中で硫化物が生じ、無酸素状態の底層水へと拡散してゆき、そこで紅色硫黄細菌が大増殖することで水の華が生じる。このときたいていは緑色光合成細菌も付随している。.
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線毛
線毛（せんもう）は、細菌の細胞外構造体で、タンパク質が重合して繊維状となるもので、鞭毛以外を指す。英語では pilus（複数形 pili）、または fimbria（複数形 fimbriae）という。通常、pilus と fimbria は区別しないで使用される。線毛は1950年代に走査型電子顕微鏡観察によって発見されたが、2つの研究グループがこれらの名称を別々に用いたことが、現代まで続いている。 線毛の主要なサブユニットタンパク質はピリン(pilin)またはフィンブリリン(fimbrillin)という（フィンブリンとは異なる）。性線毛(sex pili)、クラスI型線毛、IV型線毛など多数の種類が知られており、一つの細胞が複数種の線毛をもつことも多い。線毛は、細菌の鞭毛（らせん型の剛体で、根元で回転して推進力を与える）とは本質的に異なるが、その構造やはたらきは多種多様である。真核生物の繊毛ともまったく異なる。また、医学用語では、この繊毛を「線毛」と呼ぶので注意が必要である。.
真核生物
真核生物（しんかくせいぶつ、学名: 、英: Eukaryote）は、動物、植物、菌類、原生生物など、身体を構成する細胞の中に細胞核と呼ばれる細胞小器官を有する生物である。真核生物以外の生物は原核生物と呼ばれる。 生物を基本的な遺伝の仕組みや生化学的性質を元に分類する3ドメイン説では、古細菌（アーキア）ドメイン、真正細菌（バクテリア）ドメインと共に生物界を3分する。他の2つのドメインに比べ、非常に大型で形態的に多様性に富むという特徴を持つ。かつての5界説では、動物界、植物界、菌界、原生生物界の4界が真核生物に含まれる。.
結核菌
結核菌（けっかくきん、Mycobacterium tuberculosis、ヒト型結核菌）は、ヒトの結核の原因となる真正細菌。1882年、細菌学者ロベルト・コッホにより発見された。ヒトの病原菌としては、コッホの原則に基づいて病原性が証明された最初のものである。グラム陽性桿菌である抗酸菌の一種であり、細胞構造や培養のための条件など多くの点で他の一般的な細菌と異なる。特に、ミコール酸と呼ばれる特有の脂質に富んだ細胞壁を持つため消毒薬や乾燥に対して高い抵抗性を有する。保菌者の咳やくしゃみなどの飛沫、あるいはそれが乾燥したものを含むほこりなどから空気感染して、肺胞マクロファージの細胞内に感染し、肺結核をはじめとする各種の結核の原因となる。.
病原性
病原性（びょうげんせい, pathogenicity）とは、真正細菌やウイルスなどの病原体が、他の生物に感染して宿主に感染症を起こす性質・能力のこと。 伝統的な医学微生物学では「病原性がある」あるいは「病原性がない」という用法で用いられる二値的な概念で、「病原性が高い」「病原性が低い」という用法は誤りとされていた（この場合はビルレンスを用いる）。しかし現代では、一般社会のみならず微生物学の専門分野においても「高病原性」などの表現が用いられることがあり、ビルレンスとの使い分けは曖昧になりつつある。.
炭素
炭素（たんそ、、carbon）は、原子番号 6、原子量 12.01 の元素で、元素記号は C である。 非金属元素であり、周期表では第14族元素（炭素族元素）および第2周期元素に属する。単体・化合物両方において極めて多様な形状をとることができる。 炭素-炭素結合で有機物の基本骨格をつくり、全ての生物の構成材料となる。人体の乾燥重量の2/3は炭素である。これは蛋白質、脂質、炭水化物に含まれる原子の過半数が炭素であることによる。光合成や呼吸など生命活動全般で重要な役割を担う。また、石油・石炭・天然ガスなどのエネルギー・原料として、あるいは二酸化炭素やメタンによる地球温暖化問題など、人間の活動と密接に関わる元素である。 英語の carbon は、1787年にフランスの化学者ギトン・ド・モルボーが「木炭」を指すラテン語 carbo から名づけたフランス語の carbone が転じた。ドイツ語の Kohlenstoff も「炭の物質」を意味する。日本語の「炭素」という語は宇田川榕菴が著作『舎密開宗』にて用いたのがはじめとされる。.
炭疽菌
炭疽菌（たんそきん、Bacillus anthracis）は、炭疽（症）の病原体となる細菌。病気の原因になることが証明された最初の細菌であり、また弱毒性の菌を用いる弱毒生菌ワクチンが初めて開発された、細菌学上重要な細菌である。第二次世界大戦以降、生物兵器として各国の軍事機関に研究され、2001年にはアメリカ炭疽菌事件で殺人に利用された。.
生物の分類
生物の分類（せいぶつのぶんるい）では、生物を統一的に階級分類する方法を説明する。分類学、学名、:Category:分類学、ウィキスピーシーズも参照のこと。.
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生物学
生物学（せいぶつがく、、biologia）とは、生命現象を研究する、自然科学の一分野である。 広義には医学や農学など応用科学・総合科学も含み、狭義には基礎科学（理学）の部分を指す。一般的には後者の意味で用いられることが多い。 類義語として生命科学や生物科学がある（後述の#「生物学」と「生命科学」参照）。.
生物圏
アクアマリン：高）＞（茶色：低） 生物圏（せいぶつけん、）とは生物が存在する領域のこと。一般的には、生物が存在するその領域全体および含まれる構成要素（生物・非生物）の相互作用の総体を指す。より狭義の意味に用いて、その空間に含まれる生物（生物相・生物量・生物群集）のみを指すこともある。.
熱水噴出孔
熱水噴出孔（ねっすいふんしゅつこう、）は地熱で熱せられた水が噴出する割れ目である。数百度の熱水は、重金属や硫化水素を豊富に含む。熱水噴出孔がよく見られる場所は、火山活動が活発なところ、発散的プレート境界、海盆、ホットスポットである。 熱水噴出孔は地球上ではふんだんにみられるが、その理由は地質学的活動が活発であることと、表面に水が大量にあることである。陸上にある熱水噴出孔には温泉・噴気孔・間欠泉があるが、これらについては各項目を参照するとして、ここではおもに深海熱水噴出孔について述べる。 深海によく見られる熱水噴出孔周辺は、生物活動が活発であり、噴出する液体中に溶解した各種の化学物質を目当てにした複雑な生態系が成立している。有機物合成をする細菌や古細菌が食物連鎖の最底辺を支え、そのほかに化学合成細菌と共生したり環境中の化学合成細菌のバイオフィルムなどを摂食するジャイアントチューブワーム・二枚貝・エビなどがみられる。 地球外では木星の衛星エウロパでも熱水噴出孔の活動が活発であるとみられているほか、過去には火星面にも存在したと考えられている。.
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熱水鉱脈
熱水鉱脈（ねっすいこうみゃく）とは、高温の熱水が岩石の割れ目を通過する際に様々な元素が沈殿してできた鉱脈のこと。主に石英が主体の場合は「石英脈」とも呼ばれる。 熱水の浸透で岩石中の鉱物が変質したものは「熱水変質」と呼ばれ、珪酸が沈殿して岩石が硬質になったものは「珪化」、熱水中の元素が岩石内に鉱物を生成させたものは「鉱染」と呼ばれる。.
独立栄養生物
立栄養生物（どくりつえいようせいぶつ、autotroph）は、無機化合物（二酸化炭素、重炭酸塩など）だけを炭素源とし、無機化合物または光をエネルギー源として生育する生物をいう。食物連鎖では生産者に当たる。従属栄養生物（heterotroph）の逆。 独立栄養生物は、エネルギー源により2つに分けられる：.
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発酵
酵（はっこう。醱酵とも表記）.
DNA-DNA分子交雑法
DNA-DNA分子交雑法（DNA-DNAぶんしこうざつほう）とはDNA配列間の類似性を評価する分子生物学的手法である。この手法は2つのDNA鎖の塩基配列の相同性を定量的に評価することに使用される。主に生物の種 (分類学)間の遺伝的な隔たりを用いることに使用され、特に細菌と古細菌の分類で重要視される。 また、このように種間の遺伝的な距離を定量的に評価することは生物の分類における系統樹を作り上げるために有効なアプローチの一つとして挙げられ、鳥類の分類における、シブリー・アールキスト鳥類分類に用いられた。 別名DNA - DNAハイブリダイゼーション、DNA-DNAハイブリ、DNA-DNA交雑法など。.
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DNA複製
'''図1 DNA複製の模式図'''.青色の二本の帯が鋳型鎖(Template Strands)。2本が平行に並んでいる上部は二重らせん、斜めになって非平行になっている下部は二重らせんが解けて一本鎖となった領域である。上部と下部の境目が複製フォーク (Replication Fork) であり、二重らせん領域は時間とともに解けられていくので複製フォークは図の上側へと進行していく。下部の2本の一本鎖はそれぞれ異なる様式でDNAポリメラーゼ（DNA Polymerase、緑色）により複製され、上から見て5'から3'の左の鋳型鎖ではDNAポリメラーゼが複製フォークと同じ方向に進行し、一本のリーディング鎖 (Leading Strand) が合成される。上から見て3'から5'の右の鋳型鎖ではDNAポリメラーゼが複製フォークと逆の方向に進み、途切れ途切れにいくつもの岡崎フラグメント (Okazaki Fragments) が合成されていく。伸長が終わった岡崎フラグメントはDNAリガーゼ（DNA Ligase、ピンク）によりつなぎ合わせられ、ラギング鎖 (Lagging Strand) となる。 DNA複製（ディーエヌエイふくせい、DNA replication）は、細胞分裂における核分裂の前に、DNAが複製されてその数が2倍となる過程である。生物学ではしばしば複製 (replication) と略される。セントラルドグマの一員とされる。複製される一本鎖DNAを親鎖 (parent strand)、DNA複製によって新しく合成された一本鎖DNAを娘鎖 (daughter strand) という。また、DNA複製により生じた染色体の個々を姉妹染色分体 (sister chromatid) という。.
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芽胞
枯草菌の芽胞（芽胞染色法により染色されたもの。菌体緑色の部分が芽胞） 芽胞（がほう、spore）とは、一部の細菌が形づくる、極めて耐久性の高い細胞構造。胞子膜、皮層、芯部からなり、胞子膜の外側に外皮を持つものもある。芯部には、DNA、リボソーム、酵素、低分子化合物などが含まれており、半結晶状態になっている。以前は、（細菌の）胞子（ほうし、spore）、内生胞子（ないせいほうし、endospore）とも呼ばれていたが、真菌やシダ植物の胞子とは役割が異なるため、それらと区別するために、芽胞という名称で呼ばれるようになった。 芽胞を作る細菌は限られており、有芽胞菌あるいは芽胞形成菌として、細菌を分類する上での指標の一つにされている。有芽胞菌の中にはアンフィバシラス属、バシラス属、クロストリジウム属、スポロサルシナ属などが存在する。このうち、バシラス属とクロストリジウム属が、病原性や微生物の有効利用などの面から、ヒトに対する関わりが深く、代表的な有芽胞菌として取り上げられることが多い。 芽胞を作る能力を持った細菌が、栄養や温度などの環境が悪い状態に置かれたり、その細菌に対して毒性を示す化合物と接触したりすると、細菌細胞内部に芽胞が形成される。このとき、細菌の遺伝子が複製されてその片方は芽胞の中に分配される。芽胞は極めて高い耐久性を持っており、さらに環境が悪化して通常の細菌が死滅する状況に陥っても生き残ることが可能である。しかし、芽胞の状態では細菌は新たに分裂することはできず、その代謝も限られている。このため芽胞は耐久型、休眠型と呼ばれることがある。 生き残った芽胞が、再びその細菌の増殖に適した環境に置かれると、芽胞は発芽して、通常の増殖・代謝能を有する菌体が作られる。この通常の菌体を芽胞と対比して、栄養型、増殖型と呼ぶことがある。.
莢膜
莢膜（きょうまく、capsule）は、一部の真正細菌が持つ、細胞壁の外側に位置する被膜状の構造物。細菌が分泌したゲル状の粘質物が、細胞表面にほぼ均一な厚さで層を成したものである。白血球による食作用などの宿主の免疫機構によって排除されることを回避する役割を持ち、病原菌の病原性に関与している。.
鞭毛
鞭毛（べんもう、英:flagellum）は毛状の細胞小器官で、遊泳に必要な推進力を生み出す事が主な役目である。構造的に真核生物鞭毛と真正細菌鞭毛、古細菌鞭毛とに分けられる。.
遺伝的組換え
遺伝的組換え（いでんてきくみかえ）は、狭義には、生物自身が遺伝子をコードするDNA鎖を途中で組み変える現象を差す。英語のRecombinationに相当する言葉として用いられる。広義には人工的な遺伝子組み換えも遺伝的組換えと記述される。.
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菌糸
菌糸（きんし）とは、菌類の体を構成する、糸状の構造のことである。一般にいうカビやキノコなどは、主に菌糸が寄り集まったもので構成される。単細胞状態の菌類である酵母に対して、このように菌糸を形成した多細胞状態の菌類を糸状菌と総称することがある。また偽菌類や放線菌など、菌類以外の微生物にも菌糸を形成するものがある。.
菌類
菌類（きんるい）とは、一般にキノコ・カビ・酵母と呼ばれる生物の総称であり、菌界（学名：Regnum Fungi ）に属する生物を指す。外部の有機物を利用する従属栄養生物であり、分解酵素を分泌して細胞外で養分を消化し、細胞表面から摂取する。 元来、「菌」とは本項で示す生物群を表す語であったが、微生物学の発展に伴い「細菌」などにも派生的に流用されるようになったため、区別の観点から真菌類（しんきんるい）、真菌（しんきん）とも呼ばれる。.
顕微鏡
顕微鏡（けんびきょう）とは、光学的もしくは電子的な技術を用いることによって、微小な物体を視覚的に拡大し、肉眼で見える大きさにする装置である。単に顕微鏡というと、光学顕微鏡を指すことが多い。 光学顕微鏡は眼鏡屋のヤンセン父子によって発明された。その後、顕微鏡は科学の様々な分野でこれまで多大な貢献をしてきた。その中で様々な改良を受け、また新たな形式のものも作られ、現在も随所に使用されている。顕微鏡を使用する技術のことを顕微鏡法、検鏡法という。また、試料を顕微鏡で観察できる状態にしたものをプレパラートという。.
血液
血液 血液（けつえき、blood）は、動物の体内を巡る主要な体液で、全身の細胞に栄養分や酸素を運搬し、二酸化炭素や老廃物を運び出すための媒体である生化学辞典第2版、p.420 【血液】。.
骨格
格（こっかく、骨骼とも）とは、関節で結合した複数の骨および軟骨によって構成される構造のことを指すBogart & Ort (2011)、p.5、１．イントロダクション 体壁の構造 骨格。転じて、基本的な構造一般を言う表現に使われることもある。.
高度好塩菌
度好塩菌（こうどこうえんきん、ハロバクテリア）とは、ユリアーキオータ門ハロバクテリウム綱に属す古細菌の総称。いずれも増殖に高い塩化ナトリウム (NaCl) 濃度を要求する。高度好塩性古細菌、好塩性アーキアやハロアーキア (Haloarchaea) と呼ぶこともある。 しかしながら、近年属種の増加により、NaCl濃度が0.9 Mでも増殖可能な種の報告や、最適増殖NaCl濃度が2.0 M以下であるHaloferax volcanii、Halorubrum sodomense、Halorussus ruberなどが報告されている。 広義の高度好塩菌には、上記に加え、至適増殖NaCl濃度が2.5–5.2M（高度好塩性）の古細菌・真正細菌全てを含む。しかし、これらはいずれもメタン菌や光合成細菌（真正細菌）であり、系統関係上高度好塩菌には含まれず、発見種もわずかである。また近年、新たな系統群としてナノ好塩古細菌（Nanohaloarchaea）が報告された。詳細は好塩菌を参照。.
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藍藻
藍藻（らんそう、blue-green algae）は、藍色細菌（らんしょくさいきん、cyanobacteria）の旧名である。藍色細菌は、シアノバクテリア、ラン色細菌とも呼ばれる細菌の1群であり、光合成によって酸素を生み出す酸素発生型光合成細菌である。単細胞で浮遊するもの、少数細胞の集団を作るもの、糸状に細胞が並んだ構造を持つものなどがある。また、ネンジュモなどの一部のものは寒天質に包まれて肉眼的な集団を形成する。.
脂肪酸
脂肪酸（しぼうさん、Fatty acid）とは、長鎖炭化水素の1価のカルボン酸である。一般的に、炭素数2-4個のものを短鎖脂肪酸（低級脂肪酸）、5-12個のものを中鎖脂肪酸、12個以上のものを長鎖脂肪酸（高級脂肪酸）と呼ぶ。炭素数の区切りは諸説がある。脂肪酸は、一般式 CnHmCOOH で表せる。脂肪酸はグリセリンをエステル化して油脂を構成する。脂質の構成成分として利用される。 広義には油脂や蝋、脂質などの構成成分である有機酸を指すが、狭義には単に鎖状のモノカルボン酸を示す場合が多い。炭素数や二重結合数によって様々な呼称があり、鎖状のみならず分枝鎖を含む脂肪酸も見つかっている。また環状構造を持つ脂肪酸も見つかってきている。.
腸内細菌
腸内細菌（ちょうないさいきん）とは、ヒトや動物の腸の内部に生息している細菌のこと。ヒトでは約3万種類、100兆-1000兆個が生息し、1.5kg-2kgの重量になる。.
酸素
酸素（さんそ、oxygen）は原子番号8、原子量16.00の非金属元素である。元素記号は O。周期表では第16族元素（カルコゲン）および第2周期元素に属し、電気陰性度が大きいため反応性に富み、他のほとんどの元素と化合物（特に酸化物）を作る。標準状態では2個の酸素原子が二重結合した無味無臭無色透明の二原子分子である酸素分子 O として存在する。宇宙では水素、ヘリウムに次いで3番目に多くの質量を占めEmsley (2001).
英語
アメリカ英語とイギリス英語は特徴がある 英語（えいご、）は、イ・ヨーロッパ語族のゲルマン語派に属し、イギリス・イングランド地方を発祥とする言語である。.
電子伝達系
真核生物では、ミトコンドリアの電子伝達鎖は酸化的リン酸化の場となる。クエン酸回路で作られたNADHとコハク酸は酸化され、ATP合成酵素にエネルギーを与える。 電子伝達系（でんしでんたつけい、英: Electron transport chain）は、生物が好気呼吸を行う時に起こす複数の代謝系の最終段階の反応系である。別名水素伝達系、呼吸鎖などとも呼ばれる。水素伝達系という言葉は高校の教科改定で正式になくなった（ただ言葉として使っている人はいる）。.
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GC含量
AT対とGC対。矢印は水素結合を指している。 GC含量(GC-content)は、DNA分子中の窒素塩基のうちグアニンとシトシンの割合である。また、この用語はDNA・RNAの特定の断片や、ゲノム全体に対しても用いられる。 AT対が2つの水素結合で結ばれているのに対し、GC対は3つの水素結合で結ばれている。GC含量の高いDNAは低いものよりも安定しているが、この安定性は水素結合によるものではなく、主にスタッキング相互作用によるものである。遺伝物質の高い耐熱性に関わらず、高いGC含量のDNAを含む細胞は自己融解を起こし、細胞の寿命自体は短い。高GC含量のDNAを持つ生物の頑健性のため、GC含量は温度適応に重要な役割を果たすと信じられてきたが、この仮説は反証された。しかし同じ研究で、高温と（rRNA・tRNAや他のncRNAのような）構造RNAのGC含量との間で強い相関が示された。近年初めて行われた、遺伝子を中心とした体系的な大規模相関分析によって、特定のゲノム部位についてのみGC含量と温度の間に相関が見られることが示された。 PCRでは、プライマーのGC含量から相補DNAのアニーリング温度が予測される。高いGC含量を持つプライマーは、高いアニーリング温度を持つことが示唆される。.
N-アセチルムラミン酸
N-アセチルムラミン酸（N-Acetylmuramic acid、MurNAc、NAM）は、''N''-アセチルグルコサミンから誘導された単糖である。.
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抗生物質
抗生物質（こうせいぶっしつ、antibiotics）とは「微生物が産生し、ほかの微生物の発育を阻害する物質」と定義される。広義には、「微生物が産生」したものを化学修飾したり人工的に合成された抗菌剤、腫瘍細胞のような「ほかの微生物」以外の細胞の増殖や機能を阻害する物質を含めることもある生化学辞典第2版、p.471【抗生物質】。通俗的に抗ウイルス薬と混同されることもあるが誤りである。 アレクサンダー・フレミングが1928年にアオカビから見付けたペニシリンが世界初の抗生物質である。ペニシリンの発見から実用化までの間には10年もの歳月を要したものの、いったん実用化されたのちはストレプトマイシンなどの抗生物質を用いた抗菌薬が次々と開発され、人類の医療に革命をもたらした。ペニシリンの開発は20世紀でもっとも偉大な発見のひとつで「奇跡の薬」と呼ばれることがあるのも、このことによる。 1990年頃には、天然由来の抗生物質は5,000〜6,000種類があると言われ、約70種類（微量成分を含めると約100種類）が実用に使われている。この他にも半合成抗生物質も80種が利用されている。 しかし乱用が指摘されており、抗生物質処方の50%以上は不適切であるとOECDは報告している。WHOやCDCはガイドラインを作成し、適切な利用を呼び掛けている。厚生労働省も2017年ガイドライン第1版を公開した。薬剤耐性菌を生む問題があり、感染症でもないのに使用することは戒められる。.
抗菌薬
抗菌薬（こうきんやく、Antibacterial drugs）とは、細菌の増殖を抑制したり殺したりする働きのある化学療法剤のこと。 細菌による感染症の治療に使用される医薬品である。また、抗菌石鹸などの家庭用品に含有しているトリクロサンやトリクロカルバンなどの合成抗菌剤も同様である。.
接合 (生物)
接合（せつごう）というのは、細胞間で生じる現象のひとつで、いわゆる有性生殖において重要な段階である。2つの細胞が互いに融合し、そこで核の融合などを生じる。生物群によって様々なやり方がある。 接合は、有性生殖における重要な段階であり、直接にはこのことを有性生殖と言う。具体的な内容は、生物群によって事なる部分がある。元来は真核生物について適用された語であり、その大部分では2つの細胞とその核の融合という、基本的に同じような形で行われる。しかし、真核生物でも繊毛虫においてはやや特殊な形態のものが古くから接合として知られ、そこでは2つの細胞は部分的に融合するだけで、互いの核の交換が行われる。また、細菌類においてもやや異なった様相の現象が接合と呼ばれている。 しかし、いずれの場合でも、他個体、あるいは他系統との間での遺伝子の交換が行われ、新たな組み合わせを生じるという点で、共通の意味を持つものと考えられ、有性生殖を構成する段階と考えられる。.
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枯草菌
枯草菌（こそうきん）は、土壌や植物に普遍的に存在し、反芻動物やヒトの胃腸管に存在するグラム陽性の カタラーゼ陽性の真正細菌である。学名はBacillus subtilisである。片仮名表記ではしばしばバチルス・サブティリス日本細菌学会用語委員会編『微生物学用語集 英和・和英』南山堂、2007かバシラス・サチリス日本細菌学会用語委員会編『英和・和英微生物学用語集』第3版、菜根出版、1985が使用される。.
栄養的分類
栄養的分類（えいようてきぶんるい）とは、生物（特に微生物）の増殖、生育条件による分類法であり、厳密な種の分類等には余り用いられないものの、網羅的な性質を簡易に理解するために用いられる。例えば、Escherichia coliという学名だけではいかなる性質の生物か示されていないが、Escherichia coliは化学合成従属栄養生物（化学エネルギーをエネルギー源として、炭素源として有機物を利用する、詳細は以下に述べる）である、と書けば直感的に理解できる。 栄養的分類のもっとも単純なものとしては、上記の例にも書いているが.
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桿菌
桿菌（かんきん、杆菌）とは、個々の細胞の形状が細長い棒状または円筒状を示す原核生物（（真正）細菌および古細菌）のこと。球菌、らせん菌と併せて、微生物を形態によって分類するときに用いられる慣用的な分類群である。.
水素
水素（すいそ、hydrogenium、hydrogène、hydrogen）は、原子番号 1 、原子量 1.00794の非金属元素である。元素記号は H。ただし、一般的には「水素」と言っても、水素の単体である水素分子（水素ガス） H を指していることが多い。 質量数が2（原子核が陽子1つと中性子1つ）の重水素（H）、質量数が3（原子核が陽子1つと中性子2つ）の三重水素（H）と区別して、質量数が1（原子核が陽子1つのみ）の普通の水素（H）を軽水素とも呼ぶ。.
水素細菌
水素細菌（すいそさいきん、Hydrogen-oxidizing bacteria）とは、遊離の水素を酸化し、その反応によって生じるエネルギーを利用して、炭酸同化を行う化学合成細菌の総称である。水素を生成する微生物（水素生産菌）と区別して水素酸化細菌、あるいはドイツ語で酸水素ガスを意味するKnallgasにちなんでKnallgas bacteriaとも呼ばれる。土壌や海洋などの自然環境中に存在する。Alcaligenes属やPseudomonas属、Bacillus属、あるいは好熱性のHydrogenobacter属など、多様な分類群に属する細菌が含まれる。.
消化器
消化器（しょうかき、digestive organ, digestive apparatus）とは、多細胞生物、特に動物において、食物を体内に摂取し、貯蔵と消化、消化された食物からの栄養素の吸収、不消化物の排泄、およびそれらを行うための運搬、といった働きを担う器官群の事生化学辞典第2版、p.649 【消化器官】。主要な器官は消化管（しょうかかん、alimentary canal, digestive tract）であり、これらの働きをコントロールする消化腺（しょうかせん）また付属腺（ふぞくせん）、歯や肝臓などの付属器（ふぞくき）も含まれる。これらの器官をまとめたシステムを消化器系（しょうかきけい、digestive system）という器官系として扱う。.
有機化合物
有機化合物（ゆうきかごうぶつ、organic compound）は、炭素を含む化合物の大部分をさす『岩波 理化学辞典』岩波書店。炭素原子が共有結合で結びついた骨格を持ち、分子間力によって集まることで液体や固体となっているため、沸点・融点が低いものが多い。 下記の歴史的背景から、炭素を含む化合物であっても、一酸化炭素、二酸化炭素、炭酸塩、青酸、シアン酸塩、チオシアン酸塩等の単純なものは例外的に無機化合物と分類し、有機化合物には含めない。例外は慣習的に決められたものであり『デジタル大辞泉』には、「炭素を含む化合物の総称。ただし、二酸化炭素・炭酸塩などの簡単な炭素化合物は習慣で無機化合物として扱うため含めない。」と書かれている。、現代では単なる「便宜上の区分」である。有機物質（ゆうきぶっしつ、organic substance『新英和大辞典』研究社）あるいは有機物（ゆうきぶつ、organic matter『新英和大辞典』研究社）とも呼ばれるあくまで別の単語であり、同一の概念ではない。。.
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海底
海底（かいてい）とは、海の底のことである。より厳密には、海中の地殻やその上層の地面を指す。 海の海水以下にある地面であれば水深の深い浅いに拠らず海底には違いないが、その様相は水深によって大きく異なる。潮汐により陸地になったり海底になったりする干潟を含めて、太陽光線が直接届く浅い海底では多様な生物が活発に活動・繁殖し、漁業や遊泳などで人間との関わりも深い。太陽光線が届かず水圧も増す海底では生物の種類や量が限られ、更に大深度な深海ともなると生物活動はかなり限定される。 深海調査の歴史は短く、まだ不明なことも多い。広大な大洋底の調査も進んでおらず、21世紀に入ってからも様々な発見が続いている。.
放線菌
放線菌（ほうせんきん、羅・英: Actinomycetes）は一般に、グラム陽性の真正細菌のうち、細胞が菌糸を形成して細長く増殖する形態的特徴を示すものを指していた。元来、菌糸が放射状に伸びるためこの名があるが、現在の放線菌の定義は16S rRNA遺伝子の塩基配列による分子系統学に基づいているため、桿菌や球菌も放線菌に含められるようになり、もはやこのグループを菌糸形成という形態で特徴づけることは困難である。 学名のActinobacteria（放線菌門）は、ギリシア語で光線、放射を意味するακτίς（アクティース）とバクテリアを合成したもの。また、放線菌類を意味する一般名詞Actinomyceteは、ακτίςに、菌類を意味する接尾語-mycetes（ミュケーテース、語源はギリシア語で菌を意味するμύκες（ミュケース））を合わせたものである。 ''Streptomyces''属など典型的な放線菌では空気中に気菌糸を伸ばし胞子を形成するので、肉眼的には糸状菌のように見える。多くは絶対好気性で土壌中に棲息するが、土壌以外にも様々な自然環境や動植物の病原菌としても棲息している。また病原放線菌として知られる''Actinomyces''属とその関連菌群などのように嫌気性を示す放線菌も一部存在する。放線菌のDNAはそのGC含量が高く（多くは70%前後）、それがこの菌群の大きな特徴である。 分類学的には下記に示す多くの属が放線菌綱に分類されるが、マイクロコッカス目（Order Micrococcales）の各属のように菌糸形態を示さないものは便宜的に放線菌として扱われないこともある。.
1676年
記載なし。
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16S rRNA系統解析
16S rRNA系統解析（16S rRNAけいとうかいせき）は、リボソームの小サブユニットのRNA塩基配列を基にした微生物の進化系統を明らかにする方法の一つである。真核生物の場合は18S rRNAなのでリボソーム小サブユニットRNA系統解析 ('S'mall 'S'ub 'U'nit-rRNA、SSU-rRNA) と呼ばれることもある。.
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17世紀
ルイ14世の世紀。フランスの権勢と威信を示すために王の命で壮麗なヴェルサイユ宮殿が建てられた。画像は宮殿の「鏡の間」。 スペインの没落。国王フェリペ4世の時代に「スペイン黄金時代」は最盛期を過ぎ国勢は傾いた。画像は国王夫妻とマルガリータ王女を取り巻く宮廷の女官たちを描いたディエゴ・ベラスケスの「ラス・メニーナス」。 ルネ・デカルト。「我思う故に我あり」で知られる『方法序説』が述べた合理主義哲学は世界の見方を大きく変えた。画像はデカルトとその庇護者であったスウェーデン女王クリスティナ。 プリンキピア』で万有引力と絶対空間・絶対時間を基盤とするニュートン力学を構築した。 オランダの黄金時代であり数多くの画家を輩出した。またこの絵にみられる実験や観察は医学に大きな発展をもたらした。 チューリップ・バブル。オスマン帝国からもたらされたチューリップはオランダで愛好され、その商取引はいつしか過熱し世界初のバブル経済を生み出した。画像は画家であり園芸家でもあったエマヌエル・スウェールツ『花譜(初版は1612年刊行)』の挿絵。 三十年戦争の終結のために開かれたミュンスターでの会議の様子。以後ヨーロッパの国際関係はヴェストファーレン体制と呼ばれる主権国家を軸とする体制へと移行する。 チャールズ1世の三面肖像画」。 ベルニーニの「聖テレジアの法悦」。 第二次ウィーン包囲。オスマン帝国と神聖ローマ帝国・ポーランド王国が激突する大規模な戦争となった。この敗北に続いてオスマン帝国はハンガリーを喪失し中央ヨーロッパでの優位は揺らぐことになる。 モスクワ総主教ニーコンの改革。この改革で奉神礼や祈祷の多くが変更され、反対した人々は「古儀式派」と呼ばれ弾圧された。画像はワシーリー・スリコフの歴史画「貴族夫人モローゾヴァ」で古儀式派の信仰を守り致命者（殉教者）となる貴族夫人を描いている。 スチェパン・ラージン。ロシアではロマノフ朝の成立とともに農民に対する統制が強化されたが、それに抵抗したドン・コサックの反乱を率いたのがスチェパン・ラージンである。画像はカスピ海を渡るラージンと一行を描いたワシーリー・スリコフの歴史画。 エスファハーンの栄華。サファヴィー朝のシャー・アッバース1世が造営したこの都市は「世界の半分（エスファハーン・ネスフェ・ジャハーン・アスト）」と讃えられた。画像はエスファハーンに建てられたシェイク・ロトフォラー・モスクの内部。 タージ・マハル。ムガル皇帝シャー・ジャハーンが絶世の美女と称えられた愛妃ムムターズ・マハルを偲んでアーグラに建てた白亜の霊廟。 アユタヤ朝の最盛期。タイでは中国・日本のみならずイギリスやオランダの貿易船も来訪し活況を呈した。画像はナーラーイ王のもとで交渉をするフランス人使節団（ロッブリーのプラ・ナーライ・ラーチャニーウエート宮殿遺跡記念碑）。 イエズス会の中国宣教。イエズス会宣教師は異文化に対する順応主義を採用し、中国の古典教養を尊重する漢人士大夫の支持を得た。画像は『幾何原本』に描かれたマテオ・リッチ（利瑪竇）と徐光啓。 ブーヴェの『康熙帝伝』でもその様子は窺える。画像は1699年に描かれた読書する40代の康熙帝の肖像。 紫禁城太和殿。明清交代の戦火で紫禁城の多くが焼亡したが、康熙帝の時代に再建がなされ現在もその姿をとどめている。 台湾の鄭成功。北京失陥後も「反清復明」を唱え、オランダ人を駆逐した台湾を根拠地に独立政権を打ち立てた。その母が日本人だったこともあり近松門左衛門の「国姓爺合戦」などを通じて日本人にも広く知られた。 江戸幕府の成立。徳川家康は関ヶ原の戦いで勝利して征夷大将軍となり、以後260年余にわたる幕府の基礎を固めた。画像は狩野探幽による「徳川家康像」（大阪城天守閣蔵）。 日光東照宮。徳川家康は死後に東照大権現の称号を贈られ日光に葬られた。続く三代将軍徳川家光の時代までに豪奢で絢爛な社殿が造営された。画像は「日暮御門」とも通称される東照宮の陽明門。 歌舞伎の誕生。1603年に京都北野社の勧進興業で行われた出雲阿国の「かぶき踊り」が端緒となり、男装の女性による奇抜な演目が一世を風靡した。画像は『歌舞伎図巻』下巻（名古屋徳川美術館蔵）に描かれた女歌舞伎の役者采女。 新興都市江戸。17世紀半ばには江戸は大坂や京都を凌ぐ人口を擁するまでとなった。画像は明暦の大火で焼失するまで威容を誇った江戸城天守閣が描かれた「江戸図屏風」（国立歴史民俗博物館蔵）。 海を渡る日本の陶磁器。明清交代で疲弊した中国の陶磁器産業に代わり、オランダ東インド会社を通じて日本から陶磁器が数多く輸出された。画像は1699年に着工されたベルリンのシャルロッテンブルク宮殿の「磁器の間」。 海賊の黄金時代。西インド諸島での貿易の高まりはカリブ海周辺に多くの海賊を生み出した。画像はハワード・パイルが描いた「カリブ海のバッカニーア」。 スペイン副王支配のリマ。リマはこの当時スペインの南米支配の拠点であり、カトリック教会によるウルトラバロックとも呼ばれる壮麗な教会建築が並んだ。画像は1656年の大地震で大破したのちに再建されたリマのサン・フランシスコ教会・修道院。 17世紀（じゅうしちせいき、じゅうななせいき）は、西暦1601年から西暦1700年までの100年間を指す世紀。.
1828年
記載なし。
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1859年
記載なし。
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1866年
記載なし。
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1910年
記載なし。
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1929年
記載なし。
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1930年
記載なし。
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1937年
記載なし。
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1956年
記載なし。
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1977年
記載なし。
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1990年
この項目では、国際的な視点に基づいた1990年について記載する。.
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