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オパイン

索引 オパイン

パイン(Opine)は、アグロバクテリウム属の寄生細菌により作られ、植物のクラウンゴールや毛状根腫瘍で見られる低分子量化合物である。オパインの生合成は、細菌から植物のゲノムに挿入されたTiプラスミドの一部であるT-DNAと呼ばれる小さなDNAの断片を含む遺伝子にコードされる特異的な酵素によって触媒される。オパインは細菌により、重要な窒素源及びエネルギー源として用いられる。アグロバクテリウム属の各株は、各々のオパインを誘導し、異化することができる。これまで、少なくとも30種類のオパインが報告されている。 オピン合成の概要.

40 関係: 加水分解二枚貝マンノースノパリンマダコラクトンラクタムリコペンリシンワタ属ブドウプトレシンピルビン酸ドクササコニンジンダイズアミノ酸アミンアラビノースアルギニンアトロピンアグロバクテリウムアスパラギンイチジクオックスフォード英語辞典オクトピンカルス (植物)キノコキクグルコースケト酸スクロースタバコサッカロピン遺伝子腹足綱酵素Tiプラスミド毛状根培養

加水分解

加水分解(かすいぶんかい、hydrolysis)とは、反応物に水が反応し、分解生成物が得られる反応のことである。このとき水分子 (H2O) は、生成物の上で H(プロトン成分)と OH(水酸化物成分)とに分割して取り込まれる。反応形式に従った分類により、加水分解にはいろいろな種類の反応が含まれる。 化合物ABが極性を持ち、Aが陽性、Bが陰性であるとき、ABが水と反応するとAはOHと結合し、BはHと結合する形式の反応が一般的である。 加水分解の逆反応は脱水縮合である。.

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二枚貝

二枚貝(にまいがい、)は、軟体動物の一群である。分類階級としては二枚貝綱(にまいがいこう)。斧足類・斧足綱(ふそくるい/ふそくこう、)、弁鰓類・弁鰓綱(べんさいるい/べんさいこう、、)とも。 体の左右に1対2枚の貝殻をもつ。敵が来ると軟体部分を殻にひっこめ、閉殻筋(貝柱)で殻を閉じて身を守る。.

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マンノース

マンノース (mannose) は、アルドヘキソースに分類される単糖の一種である。.

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ノパリン

ノパリン(Nopaline)は、グルタミン酸とアルギニンの誘導体である化合物である。オパインの一種である。Tiプラスミドは、これらが生産するオピンの種類に基づいて、ノパリンプラスミド、オクトピンプラスミド、アグロピンプラスミドに分類される。これらのオピンは、アミノ酸とケト酸が縮合したものか、糖に由来するものである。オピンは炭素源や窒素源として用いられ、アグロバクテリウム属に分解される。.

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マダコ

側面から見たマダコ。 マダコ(真蛸、) は、タコ目・マダコ科に属するタコの一種。世界各地の熱帯・温帯海域に広く分布し、日本では一般にタコといえば本種を指すことが多い。.

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ラクトン

ε-カプロラクトン ラクトン (lactone) は、環状エステルのことで、同分子内のヒドロキシル基(-OH)とカルボキシル基(-COOH)が脱水縮合することにより生成する。炭素原子が2個以上、酸素原子が1個からなる複素環式化合物で、環を形成する酸素原子に隣接した炭素原子にカルボニル基(.

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ラクタム

ラクタム(lactam)は、カルボキシル基とアミノ基が脱水縮合した形を持って環を成している化合物の総称で、環の一部に-CO-NR-(Rは水素でもよい)を含む。語源はラクトンとアミドの合成。アミノカルボン酸の分子内環状アミド、と言い換えることもできる。 ε-カプロラクタムやラウロラクタムなどは、ナイロンの原料として重要な化合物である。ラクタムからナイロンを作るにはラクタムを開環重合によってポリアミドの形を取らせればよい。 環を構成する炭素数によってα-ラクタム(三員環)、β-ラクタム(四員環)、γ-ラクタム(五員環)、δ-ラクタム(六員環)、…、と呼ぶ。β-ラクタムは、β-ラクタム系抗生物質の主要構造として知られる。.

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リコペン

リコペン (リコピン、lycopene) は、カロテンの1種で、鮮やかな赤色を呈す有機化合物である。.

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リシン

リシン()はα-アミノ酸のひとつで側鎖に 4-アミノブチル基を持つ。リジンと表記あるいは音読する場合もある。ソディウム。 しかし、分野によってはソディウムを使うように、分野ごとに何が標準的な発音や読みかは異なります。 正しい読みという概念は妄想なのでこの部分をコメントアウトします。 (ただし、リジンはドイツ語読みであるため、現在ではリシンと表記および音読するのが正しい) --> タンパク質構成アミノ酸で、必須アミノ酸である。略号は Lys あるいは K である。側鎖にアミノ基を持つことから、塩基性アミノ酸に分類される。リシンは、クエン酸回路に取り込まれてエネルギーを生み出すケト原性アミノ酸である。.

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ワタ属

ワタ属(Gossypium spp.、cotton plant)は、アオイ科の属の一つ。約40種の多年草からなる。世界各地の熱帯または亜熱帯地域が原産。子房が発達して形成される朔果 (boll) の内部の種子表面からは白い綿毛が生じ、これを繊維として利用するため栽培される。この繊維は綿(木綿)として利用される。 また、繊維を採取した後の種子から取られた綿実油は、食用油として利用される。油の絞りかすにはポリフェノールのゴシポールが含まれており、有毒であるが、中国では男性用の経口避妊薬として用いられている。.

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ブドウ

ブドウ(葡萄、英名 "Grape"、学名 Vitis spp.)は、ブドウ科 (Vitaceae) のつる性落葉低木である。また、その果実のこと。.

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プトレシン

プトレシン (putrescine, putrescin, putrescene) はアミンの一種で、腐肉の臭いの成分である。 カダベリンに類似した性質を持つ。これらは共に、生きている、または死んだ生物中に存在するアミノ酸が分解することによって生成する。 健常な細胞中でもオルニチン脱炭酸酵素によって少量合成されている。プトレシンは最も単純なポリアミンの1つであり、ポリアミンは細胞分裂に必須な増殖因子であるとされている。 他に腐臭を持つ化合物としてメタンチオールや酪酸がある。.

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ピルビン酸

ピルビン酸(ピルビンさん、Pyruvic acid)は有機化合物の一種で、示性式が CH3COCOOH と表されるカルボン酸である。IUPAC命名法では 2-オキソプロパン酸 (2-oxopropanoic acid) と表される。α-ケトプロピオン酸 (α-ketopropionic acid) あるいは焦性ブドウ酸 (pyroracemic acid) とも呼ばれる。水、エタノール、エーテルなど、さまざまな極性溶媒や無極性溶媒と任意な比率で混和する。酢酸に似た酸味臭を示す。2位のカルボニル基を還元すると乳酸となる。 生体内では解糖系による糖の酸化で生成する。 ピルビン酸デヒドロゲナーゼ複合体の作用により補酵素Aと結合するとアセチルCoAとなり、クエン酸回路や脂肪酸合成系に組み込まれる。 また、グルタミン酸からアミノ基を転移されるとアラニンになる。.

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ドクササコ

ドクササコ(毒笹子、学名: Paralepistopsis acromelalga)は担子菌門のハラタケ綱 ハラタケ目に属し、キシメジ科のParalepistopsis属に分類される 毒キノコの一種である。.

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ニンジン

ニンジンの根 ニンジン(人参、学名:Daucus carota subsp.

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ダイズ

大豆の花 大豆(学名 )は、マメ科の一年草。完熟種子は主に搾油の原料となり、脱脂後の絞り粕(大豆粕)は飼料として利用されている。食用にもなり特に東アジアでは様々な利用形態が発達している。未成熟の種子を枝豆と呼ぶ。.

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アミノ酸

リシンの構造式。最も構造が単純なアミノ酸 トリプトファンの構造式。最も構造が複雑なアミノ酸の1つ。 アミノ酸(アミノさん、amino acid)とは、広義には(特に化学の分野では)、アミノ基とカルボキシル基の両方の官能基を持つ有機化合物の総称である。一方、狭義には(特に生化学の分野やその他より一般的な場合には)、生体のタンパク質の構成ユニットとなる「α-アミノ酸」を指す。分子生物学など、生体分子をあつかう生命科学分野においては、遺伝暗号表に含まれるプロリン(イミノ酸に分類される)を、便宜上アミノ酸に含めることが多い。 タンパク質を構成するアミノ酸のうち、動物が体内で合成できないアミノ酸を、その種にとっての必須アミノ酸と呼ぶ。必須アミノ酸は動物種によって異なる。.

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アミン

アミン(amine)とは、アンモニアの水素原子を炭化水素基または芳香族原子団で置換した化合物の総称である。 置換した数が1つであれば第一級アミン、2つであれば第二級アミン、3つであれば第三級アミンという。また、アルキル基が第三級アミンに結合して第四級アンモニウムカチオンとなる。一方アンモニアもアミンに属する。 塩基、配位子として広く利用される。.

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アラビノース

アラビノース (arabinose, Ara) は、五炭糖及びアルドースに分類される糖の一種である。 他の単糖とは異なり、自然界にD体よりもL体の方が多いという特徴を持つ。キシロース主鎖にα1,3結合したアラビノキシランの構成成分としてカラマツやイネ科植物等に多く含まれるほか、ペクチンにも含まれている。 L-アラビノースは、植物の細胞壁を構成するヘミセルロース などに豊富に存在し、米や小麦などの穀類の繊維質に特に多く存在する。 またアラビノース同士がα1,5結合し、アラビアガム、シュガービートパルプなどの成分であるアラビナンを構成している。 砂糖の50%程度の甘味を持ち、小腸で吸収されにくく、α-グルコシダーゼの活性を抑えるためグルコースの吸収を抑える作用があり、血糖値の上昇を抑制する作用がある。味噌、パン、ビール、緑茶、紅茶などにアラビノースが少量含まれている。D-キシロースにもL-アラビノースと同様の活性が認められる、檜作進、Journal of Applied Glycoscience, Vol.46 (1999) No.2。アラビノースはダイエットに利用されている。.

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アルギニン

アルギニン (arginine) は天然に存在するアミノ酸のひとつ。2-アミノ-5-グアニジノペンタン酸(2-アミノ-5-グアニジノ吉草酸)のこと。略号は R あるいは Arg。示性式 H2NC(.

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アトロピン

アトロピン(Atropine)は、ヒヨスチアミンのラセミ体であり、化学式 C17H23NO3、分子量 289.37 のアルカロイド。主にナス科の植物に含まれる。CAS登録番号は 51-55-8。トロパン骨格を有し、オルニチンより生合成される。.

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アグロバクテリウム

アグロバクテリウム (Agrobacterium) とはグラム陰性菌に属する土壌細菌であるリゾビウム属 (Rhizobium) の内、植物に対する病原性を持つものの総称。特にその中で根頭癌腫病に関連するAgrobacterium tumefaciens(Rhizobium radiobacterの異名)を指すことが多い。かつてアグロバクテリウム属という独立の属が与えられていたが、系統解析の結果多くはリゾビウム属に含まれることがわかり、その他も新設された (Ruegeria)、 (Pseudorhodobacter)、 (Stappia) に分類され、学名としては廃された。このため使用には注意が必要である。しかしながら、アグロバクテリウムという分類は便利なため、分野や用途によってはこの呼称も広く使われている。 アグロバクテリウムは、植物細胞に感染してDNAを送り込む(形質転換)性質があるため、植物のバイオテクノロジーでよく利用される。.

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アスパラギン

アスパラギン(asparagine)は、アミノ酸のひとつで、2-アミノ-3-カルバモイルプロピオン酸のこと。示性式はNH2COCH2CH(COOH)NH2。略号はNあるいはAsn。アスパラガスからはじめて単離されたことによりこの名がついた。 中性極性側鎖アミノ酸に分類される。蛋白質構成アミノ酸のひとつで、非必須アミノ酸。グリコーゲン生産性を持つ。コドンはAAUまたはAACである。.

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イチジク

イチジク(無花果、映日果)は、クワ科イチジク属の落葉高木、またはその果実のことである。原産地はアラビア南部。不老長寿の果物とも呼ばれる。.

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オックスフォード英語辞典

ックスフォード英語辞典 (オックスフォードえいごじてん、Oxford English Dictionary) は、オックスフォード大学出版局が刊行する記述的英語辞典である。略称はOED。オックスフォード英語大辞典とも呼ばれる。世界中の多様な英語の用法を記述するだけでなく、英語の歴史的発展をも辿っており、学者や学術研究者に対して包括的な情報源を提供している。.

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オクトピン

トピン(Octopine)は、アルギニンとアラニンの誘導体である。オパインの中では最も早く発見された化合物である。1927年に初めて単離されたマダコ(Octopus octopodia)に因んで命名された。 オクトピンは、タコ、イタヤガイ、スジホシムシ等の無脊椎動物の筋肉組織内で、乳酸のアナログとしての機能を果たす。アグロバクテリウム属も生産し、植物のクラウンゴールの原因となる 。 オクトピンは、D-オクトピンデヒドロゲナーゼの作用によって、ピルビン酸とアルギニンから還元的縮合により生成される。この反応は可逆のため、ピルビン酸とアルギニンを再生することもできる。.

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カルス (植物)

タバコ (Nicotiana tabacum)'' のカルス(薄緑色の不定形部。モヤシ状の濃い緑色部は再分化個体) カルス(英語:callus)とは、固形培地上等で培養されている分化していない状態の植物細胞の塊。植物細胞の分化は何種類かの植物ホルモンの濃度比によって制御される。このことを利用して、カルスの作製・維持、植物個体への再分化を操作できる。.

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キノコ

野生のエノキタケ キノコ(茸、菌、蕈、Mushroom)とは、特定の菌類(Fungi)のうちで、比較的大型の(しばしば突起した)子実体(Fruiting body)あるいは、担子器果そのものをいう俗称である。またしばしば、キノコという言葉は特定の菌類の総称として扱われるが、本来は上述の通り構造物であり、菌類の分類のことではない。子実体を作らない菌類はカビである。植物とは明確に異なる。ここでいう「大型」に明確な基準はないが、肉眼で確認できる程度の大きさのものをキノコという場合が多い。食用、精神作用用にもされるが毒性を持つ種もある。語源的には、「木+の+子」と分析できる。 目に見える大きさになる子実体を持つ菌は、担子菌門 Basidiomycotaか子嚢菌門 Ascomycota に属するものが多い。日本では約300種が食用にされ、うち十数種が人為的にキノコ栽培されている。日本では既知の約2500種と2、3倍程度の未知種があるとされ、そのうちよく知られた毒キノコは約200種で、20種ほどは中毒者が多かったり死に至る猛毒がある。.

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キク

(菊)は、キク科キク属の植物。ここでは、狭義のキク(家菊(イエギク)、栽培菊(栽培ギク))について詳述する。野菊については「野菊」を参照のこと。 日本では日本で観賞用多年草植物として発展した品種群を和菊、西ヨーロッパで育種されて生まれた品種群を洋菊と呼ぶ。.

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グルコース

ルコース(glucose)は、分子式 C6H12O6を持つ単純な糖である。とも呼ばれる。グルコースは血糖として動物の血液中を循環している。糖は植物などに含まれる葉緑体において、太陽光からのエネルギーを使って水と二酸化炭素から光合成によって作られる。グルコースはのための最も重要なエネルギー源である。植物ではデンプン、動物ではグリコーゲンのようなポリマーとして貯蔵される。 グルコースは6個の炭素原子を含み、単糖の下位区分であるヘキソースに分類される。D-グルコースは16種類の立体異性体の一つである。D型異性体であるD-グルコースは、デキストロース(dextrose)とも呼ばれ、天然に広く存在するが、L-型異性体であるL-グルコースはそうではない。グルコースは乳糖や甘蔗糖、麦芽糖、セルロース、グリコーゲンなどといった炭水化物の加水分解によって得ることができる。グルコースは通常コーンスターチから商業的に製造されている。 グルコースは世界保健機関必須医薬品モデル・リストに入っている。Glucoseという名称は、甘いを意味するギリシア語γλυκός (glukós) 由来のフランス語から来ている。接尾辞の "-ose" は炭水化物を示す化学分類辞である。.

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ケト酸

ト酸(ケトさん、Keto acid)は、ケトン基とカルボキシル基を含む有機酸である。.

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スクロース

ース (sucrose)、またはショ糖(蔗糖、しょとう)は、糖の一種であり、砂糖の主成分である。.

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タバコ

タバコ(たばこ、煙草、)は、ナス科タバコ属の熱帯地方原産の植物佐竹元吉 監修『日本の有毒植物』 学研教育出版 2012年、ISBN 9784054052697 p.192.

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サッカロピン

ッカロピン(Saccharopine)は、リシンの代謝中間体の一つ。少数の下等真菌、高等真菌およびユーグレナ藻に存在するα-アミノアジピン酸経路ではリシンの前駆体である。哺乳類と高等植物ではリシンの分解中間体の一つで、リシンとα-ケトグルタル酸の縮合反応で生成する。.

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糖(とう)とは、多価アルコールの最初の酸化生成物であり、アルデヒド基 (−CHO) またはケトン基 (>C.

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遺伝子

遺伝子(いでんし)は、ほとんどの生物においてDNAを担体とし、その塩基配列にコードされる遺伝情報である。ただし、RNAウイルスではRNA配列にコードされている。.

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腹足綱

腹足綱(ふくそくこう、Gastropoda)は、軟体動物門に属する分類群の名称。軟体動物の中ではもっとも種類数が多い。本来は巻貝を持つが、貝殻を失った種も多い。.

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酵素

核酸塩基代謝に関与するプリンヌクレオシドフォスフォリラーゼの構造(リボン図)研究者は基質特異性を考察するときに酵素構造を抽象化したリボン図を利用する。 酵素(こうそ、enzyme)とは、生体で起こる化学反応に対して触媒として機能する分子である。酵素によって触媒される反応を“酵素的”反応という。このことについて酵素の構造や反応機構を研究する古典的な学問領域が、酵素学 (こうそがく、enzymology)である。.

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Tiプラスミド

Tiプラスミドの構造 Tiプラスミド(Ti plasmid)または腫瘍誘発プラスミド(tumor inducing plasmid)は、アグロバクテリウム属のA.

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毛状根培養

毛状根培養(もうじょうこんばいよう)は、植物の代謝過程の研究あるいは価値のある二次代謝産物を生産するために用いられるの一種である。しばしば植物遺伝子工学的手法を用いる。 発根 (root inducing) プラスミド(Riプラスミドとも呼ばれる)を含んでいる天然に存在する土壌細菌(現在の学名はRhizobium rhizogenes)は、植物の根に感染でき、細菌の食料源となるオパインの生産や異常な成長を植物に引き起こす。異常な根はホルモンが必要でないため人工培地中での培養が非常に容易であり、無限増殖能を有する新生物である。A.

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