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40 関係: 合成生物学、学問の一覧、宮野悟、工学、上田泰己、常田聡、一般システム理論、北野宏明、マイクロアレイ、マイクロソフトリサーチ、バイオパンク、バイオインフォマティクス、メタボロミクス、ユルゲン・クルツ、プロテオーム解析、フィジオーム、アーノルド・J・レビン、ウォルター・エルサッサー、オーミクス、ゲノミクス、システム免疫学、システム科学、タンパク質間相互作用、サーマス・サーモフィルス、冨田勝、出芽酵母、児玉龍彦、BioRxiv、理論生物学、生体工学、生物学、生物学に関する記事の一覧、生物物理学、相互作用、ExPASy、遺伝子オントロジー、計算生物学、KEGG、機能ゲノミクス、数理工学。
合成生物学
合成生物学（ごうせいせいぶつがく、synthetic biology）は、生物学の幅広い研究領域を統合して生命をより全体論的に理解しようとする学問である。近年、科学と工学の融合が進むにつれ、新しい生命機能あるいは生命システムをデザインして組み立てる新しい学問分野も含むようになった。最近の合成生物学は必ずしも全体論的理解を深める目的があるわけではなく、作ることで生命への理解を深めるアプローチや、有用物質を生産するキメラの作製も重要なテーマとなっている。合成生物学は構成的生物学や構成生物学とも呼ばれている。.
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学問の一覧
学問の一覧（がくもんのいちらん）は、大学・大学院レベルで学ばれる学問分野を分類したものである。それぞれの分野には下位分野があり「（例）物理学→素粒子物理学」、この下位分野にはそれぞれ学術雑誌、学会があることが多い。 学問の分類には図書分類法のような分類法がなく、日本とアメリカ、ヨーロッパなど地域や教育機関ごとに差異がある。例えば法学を社会科学に含める場合もあればそうでない場合もある。 今日ますます各学問に分野横断的な傾向が強まるなかで、ある学問を単一の分野に分類することが困難な場合が多くなっている（学際研究）。.
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宮野悟
宮野 悟（みやの さとる、1954年12月5日 - ）は、日本の遺伝学者、情報科学者。専門は、システム生物学、バイオインフォマティクス。遺伝子ネットワーク探索研究の先駆者、がんゲノム研究の第一人者として知られる。 1977年九州大学理学部数学科卒、1979年同大学大学院理学研究科修士課程数学専攻修了、1979年同大学理学部助手、1985年同大博士号(理学)取得、Ph.D。「Hierarchy theorems in automata theory(オートマトン理論における階層定理)」 1987年九州大学理学部附属基礎情報研究施設助教授、1993年同研究施設教授を経て、1996年より東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター教授、東京大学大学院情報理工学系研究科教授。 2000年から2005年にかけて(2003年3月からの1年を除く)、東京大学医科学研究所 副所長。 2013年7月、日本人として初めて ISCB Fellow に選出。 2015年6月から、神奈川県立がんセンター総長を兼務（医師免許を持たない初の総長）。がん免疫療法の推進や遺伝子研究の強化に取り組んだが、2018年2月に辞任した。センターの放射線治療医の退職問題をめぐる混乱が背景にあるとされる。.
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工学
工学（こうがく、engineering）とは、.
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上田泰己
上田 泰己（うえだ ひろき、Hiroki R. Ueda、1975年（昭和50年）9月9日 - ）は、日本の生命科学者。東京大学博士（医学）。専門はシステム生物学・合成生物学で、概日時計などをテーマに生命の時間・空間・情報の解明に取り組む。マウスを透明化させる技術「CUBIC」を開発している。東京大学大学院医学系研究科教授。理化学研究所生命システム研究センター（QBiC）グループディレクター。 理化学研究所発生・再生科学総合研究センター (CDB) グループディレクター、「細胞を創る」研究会会長（平成21年度）、JSTさきがけ「細胞機能の構成的な理解と制御」研究領域総括（2011年-）などを歴任。日本イノベーター大賞・優秀賞（2004年）、東京テクノフォーラム21・ゴールドメダル（2005年）、文部科学大臣賞若手科学者賞（2006年）、日本IBM科学賞（2009年）、日本学術振興会賞（2011年）、塚原仲晃記念賞（2012年）、山崎貞一賞（2015年）などを受賞。.
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常田聡
常田 聡（つねだ さとし、1965年(昭和40年)10月 - ）は、日本の工学者。早稲田大学理工学術院教授、環境保全センター所長。東京大学博士（工学）。専攻は化学工学、生物工学、環境工学。 タンパク質を高速高精度で分離精製する膜や、微生物を用いた排水処理、脱窒技術、リン回収技術等で成果を挙げており、排水処理技術ではトップクラスの研究室を自負している。 近年は先端生命医科学センターに細胞機能工学研究室を構え、医・理・工融合研究に関する幅広い研究テーマを手掛けている。実学的研究を志向し、東京女子医科大学、理化学研究所、産業技術総合研究所、等、多くの外部機関と共同研究を行っている。 著名な関係者として、学生として在籍した小保方晴子や、共同研究者の浦川秀敏がいる。.
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一般システム理論
一般システム理論（general system theory）は、現象のマクロな挙動を直接的にモデル化して扱う手法の体系のことである。1950年代に提唱者のルートヴィヒ・フォン・ベルタランフィを中心として、アナトール・ラポポート、ケネス・E・ボールディング、ウィリアム・ロス・アシュビー、マーガレット・ミード、グレゴリー・ベイトソンらが集まった「メイシー会議」で初めて正式な学術分野として承認された。 19世紀までの近代科学では、原子1つ1つの挙動の寄せ集めで全ての現象を説明可能とする要素還元主義が一般的(つまりは全ての現象が線型という扱い)であり、非線型な現象を形而上学的な概念である「全体性」として説明してきた。しかし、一般システム理論の提唱により、全体性も科学的に説明可能となり、複雑系や自己組織化現象等、非線型な現象まで科学的にモデル化し、理解できるようになった。また、一般システム理論は、分野を跨いで同型な議論を再利用できるようにし、科学的な議論の効率化にも大きく貢献した。 一般システム理論が学術分野として承認されたことで、線型な現象のみを扱う近代科学(特に要素還元主義)の時代が完全に終焉を迎えたと共に、非線型な現象の機構を解明して利用する現代科学の時代が始まった。以降の時代には(特に1960年代以降は)、システム的なアプローチを取らなければ設計が不可能な、非線形性を前提とした高度な自動制御機構(オートメーション,コンピュータシステム等)が次々と実用化され、高度な自動制御機構を前提とする現代社会を形成して行った。.
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北野宏明
北野 宏明（きたの ひろあき、1961年 - ）は科学者。国際基督教大学卒業。ソニー株式会社執行役員コーポレート・エグゼクティブ、ソニーコンピュータサイエンス研究所代表取締役社長兼所長。沖縄科学技術大学院大学教授、工学博士（京都大学）。.
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マイクロアレイ
マイクロアレイ（Microarray）とは、検査・実験の対象物を多数（たとえば千個以上）固定化しておき、これに対して一度に検査・実験を行うための材料または技術を指す総称である。 特に生物学・医学・薬学の方面で、20世紀末から核酸を対象とするDNAマイクロアレイを中心として開発が進み、利用されるようになってきた。 アレイ（Array）とは整列・並べたものの意味であり、数が少ない場合（数百個以下）にはマクロアレイ（Macroarray）と呼ぶこともある。 マイクロアレイの特長は多数の対象を一度に網羅的に扱える点にあり、これは特にバイオインフォマティクスやテイラーメイド医療（個人の体質に応じた医療）の要求を満たすものとして期待されている。具体的には次のようなものがある：.
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マイクロソフトリサーチ
マイクロソフトリサーチ（Microsoft Research、MSR）は、計算機科学に関するさまざまな研究を行う機関。リチャード・ラシッド博士がマイクロソフトに入社する条件として、同研究所の設立と、その独立性を約束させ、1991年9月に設立された。 名称からもわかるようにマイクロソフトの関連機関ではあるが、完全に独立した研究機関であり、そこで行われる研究内容については、たとえマイクロソフト本社の首脳陣であっても一切の口出しは出来ないことになっている。 世界でも最も有力な研究機関の一つである。現在、チューリング賞受賞者のアントニー・ホーア、フィールズ賞受賞者のマイケル・フリードマン、ウルフ賞受賞者のLászló Lovász、MacArthur Fellowship受賞者のJim Blinn（ジム・ブリン）、Dijkstra Prize受賞者のレスリー・ランポートらをはじめ、著名な物理学・計算機科学・数学の専門家たちが数多く参加している。 研究は大きく分けて11の分野にカテゴライズされている。.
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バイオパンク
バイオパンク（Biopunk, 「バイオテクノロジー」と「パンク」の混成語）はバイオテクノロジー（生物工学）に焦点をあてる、SFの二次的ジャンルである。サイバーパンクからの派生ではあるが、IT（情報技術）よりもむしろバイオテクノロジーの織り込みに焦点をあてている。バイオパンクは合成生物学と関わる。派生元はバイオハッカー、バイオテクノロジー系巨大企業、ヒトDNAを操る圧政的な政府機関というものを含んだサイバーパンクである。ほとんどはサイバーパンクの暗い雰囲気を踏まえつつ、一般にバイオパンクは遺伝子工学の暗黒面を吟味したり、バイオテクノロジーの低級な面を象徴したりする。.
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バイオインフォマティクス
バイオインフォマティクス（英語：bioinformatics）または生命情報科学（せいめいじょうほうかがく）は、生命科学と情報科学の融合分野のひとつで、DNAやRNA、タンパク質の構造などの生命が持っている「情報」といえるものを情報科学や統計学などのアルゴリズムを用いて分析することで生命について解き明かしていく学問である。機械学習による遺伝子領域予測や、タンパク質構造予測、次世代シーケンサーを利用したゲノム解析など、大きな計算能力を要求される課題が多く存在するため、スーパーコンピュータの重要な応用領域の一つとして認識されている。 主な研究対象分野に、遺伝子予測、遺伝子機能予測、遺伝子分類、配列アラインメント、ゲノムアセンブリ、タンパク質構造アラインメント、タンパク質構造予測、遺伝子発現解析、タンパク質間相互作用の予測、進化のモデリングなどがある。 近年多くの生物を対象に実施されているゲノムプロジェクトによって大量の情報が得られる一方、それらの情報から生物学的な意味を抽出することが困難であることが広く認識されるようになり、バイオインフォマティクスの重要性が注目されている。 この一方遺伝子情報は核酸の配列というデジタル情報に近い性格を持っているために、コンピュータとの親和性が高いことが本分野の発展の理由になっている。 さらにマイクロアレイなどの網羅的な解析技術の発展に伴って、遺伝子発現のプロファイリング、クラスタリング、アノテーション（注釈）、大量のデータを視覚的に表現する手法などが重要になってきている。こういった個別の遺伝子、タンパク質の解析等から更に一歩進み、生命を遺伝子やタンパク質のネットワークとして捉え、その総体をシステムとして理解しようとするシステム生物学という分野もある。.
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メタボロミクス
メタボロミクス（Metabolomics）あるいはメタボローム解析（Metabolomic analysis）とは、細胞の活動によって生じる特異的な分子を網羅的に解析することである。メタボロームという語は、ある生物の持つ全ての代謝産物（メタボライト）を表す。伝令RNAの発現データやプロテオームの解析だけでは細胞で何が起こっているのか分からないが、メタボロームのプロファイルは細胞のある瞬間の生理を明らかにすることができる。システム生物学の目的の1つは、プロテオーム、トランスクリプトーム、メタボロームの情報を統合し、生体の完全な姿を描き出すことである。.
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ユルゲン・クルツ
ユルゲン・クルツ（Jürgen Kurths, 1953年3月11日 - ）はドイツの物理学者・数学者。 (PIK) 分野横断的研究部門長、フンボルト大学ベルリン教授、アバディーン大学・キングスカレッジの複雑系・数理生物学研究所において主任教授を務める。研究分野は主に非線形科学と複雑系、およびその地球科学、生理学、システム生物学と工学への応用である。特に非線形振動子の同期現象に関する研究で知られる。.
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プロテオーム解析
プロテオーム解析（Proteomic analysis）、またはプロテオミクス（Proteomics）とは、特に構造と機能を対象としたタンパク質の大規模な研究のことである。タンパク質は細胞の代謝経路の重要な構成要素として生物にとって必須の物質である。「プロテオミクス」という言葉は、遺伝子を網羅的に研究する「ゲノミクス」という言葉と、タンパク質を意味する英語「プロテイン」とを合わせて作られた造語である。ゲノムがある生物の持つ全ての遺伝子のセットを表すのに対して、プロテオームはある生物が持つ全てのタンパク質のセット、またはある細胞がある瞬間に発現している全てのタンパク質のセットを意味する。 プロテオミクスは、ゲノミクスの次にシステム生物学の中心になる学問分野だと考えられている。ゲノムがある生物の全ての細胞でほぼ均一なのに対して、プロテオームは細胞や時間ごとに異なっているため、プロテオミクスはゲノミクスよりもかなり複雑になる。同じ生物でも、異なった組織、異なった時間、異なった環境ではかなり異なったタンパク質発現をする。また、タンパク質自体が遺伝子と較べて遥かに多様であることもプロテオーム解析を難しくしている理由の一つである。例えば、ヒトには約25000個の遺伝子が知られているが、これらの遺伝子に由来するタンパク質は50万個を超えると見積もられている。このようなことが起きる原因は、選択的スプライシングやタンパク質の修飾、分解などである。 プロテオミクスはその生物についてゲノミクスよりも多くの情報を与えるため、科学者たちはこれにとても興味を抱いている。一つ目に、遺伝子の転写レベルからはタンパク質の発現レベルの非常に大まかな情報しか分からない。例え伝令RNAの作られる量が多くても、分解が早かったり翻訳が効率的に行われなかったりするとタンパク質の量は少なくなる。二つ目に、多くのタンパク質は翻訳後修飾を受け、その活性にも影響を受ける。例えば、リン酸化を受けるまで活性状態にならないタンパク質もある。三つ目に、選択的スプライシングや選択的翻訳後修飾により、1つの遺伝子が1つ以上のタンパク質を作り出すことがある。四つ目に、多くのタンパク質は他のタンパク質やRNAと複合体を形成し、機能を発揮することがある。 タンパク質は生物の生命活動の中心的な役割を果たすため、プロテオミクスは、ある種の病気を示すなど生体指標の道具として使える。 ヒトゲノム計画の大まかなドラフトが公表されると、多くの科学者は遺伝子とタンパク質がどのように他のタンパク質を作り出しているのかを探求するようになった。ヒトゲノム計画で明らかとなった驚くべきことの一つは、タンパク質をコードしている遺伝子の数がヒトの持つタンパク質の数と較べて遥かに少ないことである。ヒトは、200万個もの未知のタンパク質を持つ可能性すらある。このようなタンパク質の多様性は、選択的スプライシングと翻訳後修飾がもたらしていると考えられている。この矛盾はタンパク質の多様性はゲノム解析だけでは分からず、プロテオーム解析が細胞や組織を理解する上で有効な手段となりうることを示唆している。 ヒトの持つ全てのタンパク質をカタログ化するために、タンパク質の機能と相互作用が調べられている。国際的な研究の調整はヒトプロテオーム機構（HUPO）が行っている。.
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フィジオーム
フィジオーム (Physiome)とは、ラテン語で自然あるいは生命を意味するphysioと、総体あるいは全体を意味するomeをつなげた造語で、ゲノム（Genome）が遺伝子（Gene）の総体を意味し、プロテオーム（Proteome）が蛋白質（Protein）の総体を意味するように、生命あるいは生体の生理機能の総体を意味する。 ある生物個体のフィジオームは、その個体の生理的状態と機能的振舞いを記述するものである。ここで、個体の生理的状態とは、その個体を構成する物質の物理化学的状態をゲノムから、蛋白質、細胞内器官、細胞、組織、臓器、個体に至る各空間スケールにおいて表すものである。また、機能的振舞いとは、生理的状態の経時変化の様子（ダイナミクス）とその生物情報論的意義である。.
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アーノルド・J・レビン
アーノルド・J・レビン（Arnold J. Levine, 1939年7月30日 - ）は、アメリカ合衆国の分子生物学者。プリンストン高等研究所教授（システム生物学）。腫瘍抑制タンパク質p53の発見で知られる。 ニューヨーク・ブルックリン区出身。1961年ニューヨーク州立大学ビンガムトン校卒業。1966年ペンシルベニア大学大学院で生物学の博士号を取得後、カリフォルニア工科大学でポスドクとなる。 1968年プリンストン大学助教授、1976年同教授を経て、1979年にストーニーブルック医科大学で微生物学部長となり、1984年にプリンストン大学に戻った。 1998年ロックフェラー大学総長に就任、2004年から現職を務めている。.
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ウォルター・エルサッサー
ウォルター・エルサッサー（Walter Maurice Elsasser、1904年3月20日-1991年10月14日）は、マンハイム出身のドイツ系ユダヤ人の物理学者で、「ダイナモ理論の父」と呼ばれる。 ダイナモ理論で知られるようになるずっと前のゲッティンゲンにいた1920年代に、彼は電子の波動性を検証する実験を提案した。この提案は後に同僚のマックス・ボルンを通してイギリスの物理学者に伝えられた。これによってデヴィソン-ガーマーの実験の結果を説明し、ジョージ・パジェット・トムソンは後にノーベル物理学賞を受賞した。 ユダヤ系のためにナチスに追われて、パリで働いていた（後にアメリカ合衆国に移住）。 1935年には、エルサッサーは放射性重元素核中の陽子と中性子の結合エネルギーを計算した。エルサッサーが最初に考案したこの公式を用いた研究によって、ユージン・ウィグナー、マリア・ゲッパート・メイヤー、ヨハネス・ハンス・イェンゼンの3人は1963年度のノーベル物理学賞を受賞した。エルサッサーは自身は、2度ノーベル賞にノミネートされたが、受賞はならなかった。 1946年から1947年にかけて、エルサッサーは、は地球の電磁場は液体核の渦電流に由来するという理論の概略を示した論文を公表した。この理論は、戦中の1941年頃にUS Signal Corpsで働いていた余暇の時間に考えていた理論を発展させたものだった。 晩年は、今日システム生物学と呼ばれるようになった学問に興味を持ち、Journal of Theoretical Biology誌に一連の論文を投稿した。この分野に関するエルサッサーの最終的な見解は、1987年及び死後の1998年に出版された著書Reflections on a Theory of Organismsから見ることができる。1991年にメリーランド州ボルチモアで死去した。.
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オーミクス
ーミクス (omics) は、 「研究対象＋omics」という名称を持つ生物学の研究分野である。 例えば、名称の前半部分の研究対象が遺伝子 (gene) の場合は、ゲノミクス (genomics.
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ゲノミクス
ノミクス（英語：genomics、ジェノミクス、ゲノム学、ゲノム科学）とは、ゲノムと遺伝子について研究する生命科学の一分野。 ゲノミクスは1980年代に現れ、1990年代のゲノムプロジェクトの開始とともに発展した。初めて完全長のゲノムが解読されたのはバクテリオファージFX174 (5,368 kb) で1980年のことである。自由生活生物としてはインフルエンザ菌で1995年。以来、猛烈な速さでゲノム解読が進行している。ヒトゲノムのおおまかな配列はヒトゲノムプロジェクトによって2001年前半に解読されている。 ポストゲノムプロジェクトのゲノミクスとして、さまざまな生物種のゲノムを比較することで、進化の解明を試みる比較ゲノミクスや、RNAiなどによる遺伝子阻害から、全体論的な機構解明を行う機能ゲノミクスなどがある。ゲノミクスではバイオインフォマティクスや遺伝学、分子生物学をツールとして用いるとともに、システム生物学のツールとしても用いられる。またゲノミクスは医療の分野に新たな治療法を提供してきている（ファーマコゲノミクス）。食品（ニュートリゲノミクス）や農業の分野へも応用される。.
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システム免疫学
テム免疫学 (英語: systems immunology)はシステム生物学の傘下にある比較的新しい研究分野である。免疫系について、その要素や構成員が免疫機能の異なるシステム階層にどのように関わっているか研究することを目的とする。 免疫系はこれまで、その構成要素と機能に関する還元主義的手法が功を奏し、徹底的に解析されてきた。しかし免疫系が総体として機能する原理については、免疫系の個々の構成部分を分離してその性質を研究しても容易には予測できない。それはそうした原理が、これら無数の構成要素の相互作用に依存しかつ起因するからである。 システム免疫学とは免疫系の構造と機能の統一された理解のための、従来とは異なる研究手法を代表するものであり、複雑系理論、 ハイスループット技術、ならびに数学的・計算的手法に基いている。.
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システム科学
テム科学（英語：systems science.
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タンパク質間相互作用
P53遺伝子周辺のタンパク質間相互作用。http://www.ebi.ac.uk/intact/site/index.jsf IntActのデータを元にhttp://www.cytoscape.org Cytoscapeで可視化。辺の色は、実験手法の違いを表す。 タンパク質間相互作用（たんぱくしつかんそうごさよう、PPI; protein-protein interaction）とは、タンパク質分子間の相互作用である。具体的には、複数の異なるタンパク質分子が状態に応じて特異的複合体を形成する現象として捉えられる。 タンパク質には、単体で機能するタンパク質もあるが、多くのタンパク質は他のタンパク質や生体高分子と相互作用することでその機能を果たす(構造タンパク質、代謝に関わる酵素群、シグナル伝達に関わるタンパク質、転写因子など)。よって、タンパク質の機能を解明する上でタンパク質間相互作用は必要不可欠な情報である。 近年、プロテオーム解析(プロテオミクス)が進み、タンパク質間相互作用の検出も大規模に行われるようになってきた。これらの大規模なタンパク質間相互作用情報はインタラクトームの代表例であり、これらインタラクトームをネットワークとして捉えることにより、グラフ理論を用いた解析も行われている。.
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サーマス・サーモフィルス
ーマス・サーモフィルス(Thermus thermophilus)はグラム陰性の好気性真正細菌である。約75℃に至適生育温度をもち、高度好熱菌に分類される。また、遺伝子操作系が確立されているなどバイオテクノロジーにも応用範囲が広く、遺伝情報学やシステム生物学のモデル生物になっている。サーマス・サーモフィルスの株の中ではHB8株とHB27株が最も有名で、双方とも2004年にゲノムの全塩基配列の解読が完了している。サーマス・サーモフィルスは日本の伊豆の峰温泉にある噴気孔から最初に発見・単離された。.
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冨田勝
冨田 勝（とみた まさる、1957年12月28日 - ）は、日本の生命科学者、計算機科学者。慶應義塾大学環境情報学部教授、慶應義塾大学医学部兼担教授、慶應義塾大学先端生命科学研究所所長。ヒューマン・メタボローム・テクノロジーズ（株）創業者・取締役。Ph.D.（情報科学）、工学博士、医学博士。父は作曲家の冨田勲。 言語処理や人工知能を専門としていたが、後に生命科学に転じ、細胞シミュレーションソフトウェアE-Cellや、CE-MSによる新規のメタボローム測定法等を発表。システムバイオロジー研究・メタボローム解析の分野で第一人者となった。 NHK教育テレビ『サイエンスアイ』のレギュラーコメンテーターを務めていた。カーネギーメロン大学准教授時代はアサヒスーパードライのテレビCMに出演していた。.
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出芽酵母
出芽酵母（しゅつがこうぼ, 英語: budding yeast）は出芽によって増える酵母の総称であるが、普通は Saccharomyces cerevisiae をさす。.
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児玉龍彦
児玉 龍彦（こだま たつひこ、1953年（昭和28年）3月22日 - ）は、日本の医学者、生物学者。東京大学アイソトープ総合センターセンター長兼東京大学先端科学技術研究センター教授 専門は、内科学、分子生物学、システム医学領域、血管システム分野。.
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BioRxiv
bioRxiv（バイオアーカイヴ）は2013年11月に開始された生物学のプレプリントリポジトリである。正式な表記はbioRχivで、χはエックスではなくギリシャ文字のχ（カイ）である。コールド・スプリング・ハーバー研究所 (Cold Spring Harbor Laboratory, CSHL) が運営している。プレプリントであるので、bioRχivが提供する論文は査読されていない。しかし基本的な選別と剽窃の判別は行われている。読者はプレプリント論文にコメントを付けることができる。.
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理論生物学
論生物学（りろんせいぶつがく、Theoretical Biology）は、生物の種々の側面に関して数理的な理論やモデルの構築をめざす生物学の一分野。.
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生体工学
生体工学（せいたいこうがく、英: bionics）は、科学的方法や自然界にあるシステムを応用して工学システムや最新テクノロジーの設計や研究を行う学問領域である。アメリカ空軍の医師が1958年に提唱した。「bionics」の語源は、ギリシア語の βίον（生命体）に接尾辞 -ic（-的、-の方法で）が付いたもので、「生命体的」を意味する。 近い概念として、生体模倣（英: Biomimetics，Biomimicry）がある。 生命体には進化的な圧力による高度な最適化があり、効率的であるため、これを人工物の構築に応用することが考えられた。古典的な例としてはハス科の植物の表面を研究することにより、撥水加工技術が生まれた（ロータス効果）。他にも、イルカの肌を模倣した船殻、コウモリの反響定位を模倣したソナー、レーダー、医用超音波画像などがある。 コンピュータの分野では、生体工学の研究から人工神経、ニューラルネットワーク、群知能などが生まれた。進化的計算も生体工学的な考え方が根底にあるが、In silico（コンピュータを用いて）進化のシミュレーションを行うことから生まれた考え方であり、自然界にはなかった最適化された手法が生み出されている。 イギリス バス大学の生体模倣技術の専門家ジュリアン・ヴィンセントによれば、「現在、生物学とテクノロジーの間でメカニズムが共有されている部分は10%にすぎない」とされている。.
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生物学
生物学（せいぶつがく、、biologia）とは、生命現象を研究する、自然科学の一分野である。 広義には医学や農学など応用科学・総合科学も含み、狭義には基礎科学（理学）の部分を指す。一般的には後者の意味で用いられることが多い。 類義語として生命科学や生物科学がある（後述の#「生物学」と「生命科学」参照）。.
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生物学に関する記事の一覧
---- 生物学に関する記事の一覧は、生物学と関係のある記事のリストである。ただし生物学者は生物学者の一覧で扱う。また生物の名前は生物学の研究材料としてある程度有名なもののみ加える。 このリストは必ずしも完全ではなく、本来ここにあるべきなのに載せられていないものや、ふさわしくないのに載せられているものがあれば、適時変更してほしい。また、Portal:生物学の新着項目で取り上げたものはいずれこのリストに追加される。 「⇒」はリダイレクトを、(aimai) は曖昧さ回避のページを示す。並べ方は例えば「バージェス動物群」なら「はしえすとうふつくん」となっている。 リンク先の更新を参照することで、このページからリンクしている記事に加えられた最近の変更を見ることが出来る。Portal:生物学、:Category:生物学も参照のこと。.
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生物物理学
生物物理学（biophysics）は、生命システムを物理学と物理化学を用いて理解しようと試みる学際科学である。生物物理学は、分子スケールから一個体、果ては生態系まで、全階層の生物学的組織を研究対象とする。生化学、ナノテクノロジー、生物工学、農学物理学、システム生物学と密接に関係し、研究領域を共有することが多い。 分子生物物理学は、生化学や生物物理学が扱う生物学の問題に取り組むが、問題解決に対して定量的なアプローチを取ることが常である。一細胞内におけるさまざまなシステム（RNA生合成、RNA生合成、タンパク質生合成など）の間に起こる相互作用の理解、およびこれら相互作用の調節機構の理解に挑戦する。そしてこれらの問題を解くために、多種多様な実験手法が用いられる。 蛍光イメージング、電子顕微鏡法、X線結晶構造解析、核磁気共鳴分光法（NMR）、原子間力顕微鏡法（AFM）を用いて、生物学的に重要な構造体の可視化を行うことが多い。構造体のコンフォメーション変化の計測には、二重偏光干渉測定法（DPI）や円偏向二色性分析法（CD）などの技術を用いることが多い。光学ハサミや原子間力顕微鏡を用いて分子を直接操作する技術も、力や距離がナノスケールで問題となる生命現象をモニターする時に利用される。分子生物物理学者によく見られる特徴として、複雑な生命現象を数々の相互作用単位から成るシステムとして捉えることが多く、このシステムは統計力学、熱力学、化学反応速度論の立場から理解することが可能であると考えることが多い。多岐にわたる諸分野からの知識や実験手法などを用いることで、個々の分子や複合体間に起こる相互作用、または構造体そのものを直接的に観察、モデル化、操作などを行うことが出来るようになった。 生物物理学は、構造生物学や酵素反応速度論といった分子細胞生物学的なテーマを扱うことが伝統的に多かったが、今日では研究対象となる分野が飛躍的に拡大しつつある。生物物理学では物理学、数学、統計学などから派生したモデルや実験手法を、組織や臓器、生物集団や生態系などさらに大きなシステムに応用することが、近年ではますます多くなっている。.
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相互作用
互作用（そうごさよう）、交互作用（こうごさよう）、相互交流（そうごこうりゅう）、インタラクションとは、 interaction、 Interaktion 等にあてられた訳語・音写語であり、原語では広義には二つ以上の存在が互いに影響を及ぼしあうことを指している。 ヨーロッパ系の言語では、interaction（英語・フランス語）、Interaktion（ドイツ語）などと表記され、同系統の言葉である。根本にある発想が同一であり、国境や分野を超えてその根本概念は共有されている。一方、日本語には、あくまで前述の語の訳語として登場し、「交互作用」「相互作用」「相互交流」などの様々な訳語、あるいは「インタラクション」などの音写語などもあり、用いられる分野ごとに様々な表記で用いられている。ただし、これらのいかなるの訳語・音写語があてられていようが、等しく重要な概念である。 ヨーロッパ圏の人が interaction という語を使う時、その語の他分野での用法なども多かれ少なかれ意識しながら使っていることは多い。一方、訳語というものは絶対的なものではなく、同一分野ですら時代とともに変化することがある。原著で同一の語で表記されているものが、訳語の選択によって概念の連続性が分断されてしまい歴史が読み取れなくなることは非常に不便であるし、訳語の異同によって分野ごとに細分化されては原著者の深い意図が汲み取れなくなる恐れもある。よって、これらを踏まえて本項ではヨーロッパ諸言語で interaction 系の語（派生語の interactive なども含む）で表記される概念についてまとめて扱うこととし、各分野における標準的な和訳と、その分野での具体的な用法や概念の展開について、広く解説することにする。.
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ExPASy
ExPASy(Expert Protein Analysis System)は、スイスバイオインフォマティクス研究所(SBI)の運営するバイオインフォマティクスのリソースのポータルである。生命科学の様々な領域の、多くのリソース、データベース、ソフトウェアツールを利用する広範で統合的なポータルである。科学者は、プロテオミクス、ゲノミクス、系統進化、システム生物学、集団遺伝学、トランスクリプトミクス等の様々な領域の広範なリソースにアクセスできるようになる。個々のリソース(データベース、ソフトウェアツール)は、SBIや協力研究機関の複数のグループにより、非集中的にホストされる。特に、1つのウェブポータルが、異なるグループが開発、運営する広範なリソースに対する共通のエントリーを提供する。ポータルは、選択された複数のリソースを横断する検索機能を果たしている。内部ではリソースの利用がモニターされている。このポータルは、専門家とその領域には詳しくない人の両方を対象としている。特に新しいウェブインターフェイスでは、ExPASyの初心者に対する視覚的なガイダンスを提供している。.
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遺伝子オントロジー
遺伝子オントロジー（いでんしオントロジー、gene ontology、GO）とは、生物学的概念を記述するための、共通の語彙を策定しようとするプロジェクトである。 1990年代後半から、生物学における実験手法の革新（DNAシーケンサーやDNAマイクロアレイなど）や、バイオインフォマティクス的手法の発達により、様々な種の遺伝子関連情報がデータベース化されている。これらに蓄積された情報を有効に活用するためには、統一された語彙を用いて、機能情報などを記述する必要がある。統一された語彙を用いることで、異なった機関によって作成されたデータベース、更に異なった生物種のデータベース間で、データの結合や、横断比較を行うことが可能になる。データベースは無料で公開されている。.
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計算生物学
計算生物学（けいさんせいぶつがく、computational biology）は、生物学の問題の解決に計算機科学、応用数学、統計学の手法を応用する学際研究分野。下記のような生物学の下位領域が含まれる。;バイオインフォマティクス;計算生物モデリング;計算ゲノミクス;分子モデリング;システム生物学;タンパク質構造予測と構造ゲノミクス;計算生化学と計算生物物理学.
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KEGG
KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes："京都遺伝子ゲノム百科事典"の意味）はバイオインフォマティクス研究用のデータベース。遺伝子、タンパク質、また代謝やシグナル伝達などの分子間ネットワークに関する情報を統合したデータベースである。1995年に京都大学化学研究所の金久實教授らによるプロジェクトとして発足して整備が続けられ、ウェブ上で公開されている。 KEGGは、細胞レベルでの生命システムの機能に関する知識を、分子間相互作用ネットワーク（代謝、シグナル伝達、遺伝情報等）の二項関係に基づいた情報としてデータベース化し（PATHWAY）、これを中心に据えているのが特徴である。 さらに遺伝子カタログ情報（GENES）、既知のタンパク質間の配列相同性情報（SSDB）、機能的類似性情報（KO）、生体関連化学物質に関する情報（LIGAND）などに関する各データベースを統合し、単なるカタログ的データベースではなく、生命の設計図を構築するための知識ベースを目指している。 生物種としては、ヒトのほか動物・微生物を中心とした各種モデル生物が対象とされており、種による異同を調べたり、ネットワークの2要素の間で可能な経路を計算するなどが可能となっている。.
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機能ゲノミクス
機能ゲノミクス (Functional genomics)は、遺伝子（およびタンパク質）の機能と相互作用を理解することを目的に、ゲノムプロジェクトやトランスクリプトームプロジェクトによって見出された塩基配列などの膨大なデータの利用をこころみる、分子生物学の一分野である。ゲノミクスのDNA配列のゲノム情報や、構造などの静的な側面とは対照的に、機能ゲノミクスは、遺伝子の転写、翻訳、遺伝子発現およびタンパク質 - タンパク質相互作用の調節など動的な側面に焦点を当てる。機能ゲノミクスは、遺伝子、RNA転写、およびタンパク質産物のレベルでDNAの機能について研究をする。機能ゲノミクス研究の重要な特徴は、伝統的な「遺伝子ひとつずつ (gene by gene)」のアプローチではなく、一般的にハイスループット法を含み、ゲノムワイドなアプローチで研究にあたる。 DNAマイクロアレイ.
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数理工学
数理工学（すうりこうがく）は工学の一分野であり、世の中の諸現象、特に工学に関する現象を数理モデルとして捉え、それらに対して数学や物理を用いて理論上の解釈をあたえる学問である。特に数理工学では、古典的な数学の手法では説明できない現象に対し、新しい考え方を用いて解決方法を導き出そうとする。したがって数理工学においては複雑系科学に代表されるような最先端の応用数学についても研究されている。 数理工学の対象となる現象は必ずしも工学における現象とは限らず、数理モデルとして抽象化される現象はすべて対象であると言ってもよい。広義では「数学を工学に応用する」という姿勢を持つ学問はすべて数理工学とされる。 なお「数理工学」という言葉に相当する英語としては、定訳がない。下記に挙げてある研究・教育機関のホームページを見ても分かるように、いくつかの訳が考えられる。「数理工学」に相当すると考えられる英語には、applied mathematics and physics や mathematical engineering がある。.
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