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GC含量

索引 GC含量

AT対とGC対。矢印は水素結合を指している。 GC含量(GC-content)は、DNA分子中の窒素塩基のうちグアニンとシトシンの割合である。また、この用語はDNA・RNAの特定の断片や、ゲノム全体に対しても用いられる。 AT対が2つの水素結合で結ばれているのに対し、GC対は3つの水素結合で結ばれている。GC含量の高いDNAは低いものよりも安定しているが、この安定性は水素結合によるものではなく、主にスタッキング相互作用によるものである。遺伝物質の高い耐熱性に関わらず、高いGC含量のDNAを含む細胞は自己融解を起こし、細胞の寿命自体は短い。高GC含量のDNAを持つ生物の頑健性のため、GC含量は温度適応に重要な役割を果たすと信じられてきたが、この仮説は反証された。しかし同じ研究で、高温と(rRNA・tRNAや他のncRNAのような)構造RNAのGC含量との間で強い相関が示された。近年初めて行われた、遺伝子を中心とした体系的な大規模相関分析によって、特定のゲノム部位についてのみGC含量と温度の間に相関が見られることが示された。 PCRでは、プライマーのGC含量から相補DNAのアニーリング温度が予測される。高いGC含量を持つプライマーは、高いアニーリング温度を持つことが示唆される。.

31 関係: ノカルディア科チオマルガリータ属チオバシラス属チオプロカ属チオスリックス属バクテロイデス属メチロコッカス属メタン菌ロドコッカス・エリスロポリスボルデテラ属パラコッカス属ピソウイルスデルキシア属デスルフロモナス属デスルフォネーマ属デスルフォバクテリウム属デスルフォコッカス属ファイトプラズマドクドニア・ドンヘンシスアルファプロテオバクテリア綱アセトバクター属シュードモナス・プチダシトロバクター属ステラ属真正細菌腸内細菌科MiRNATiプラスミド淋菌放線菌1番染色体 (ヒト)

ノカルディア科

ノカルディア科(Nocardiaceae)とは放線菌門放線菌綱における科の一つである。通性好気性、高GC含量、グラム陽性の真性細菌である。一部の種は南極で発見されている。ノカルディア科の細菌は球桿菌状、繊維状、あるいは稀に分解されて柵状の形態を示す。繊維状の種は真菌の菌糸のように枝分かれながら成長する。.

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チオマルガリータ属

チオスマルガリータ属はグラム陰性の非芽胞形成好気性のフィラメント状の桿菌。硫化水素を酸化して元素硫黄にする硫黄酸化菌の一種で、運動性はない。チオスリックス科に属し、基準種のチオマルガリータ・ナミビエンシスのみが知られている。2015年現在、原核生物のうちで最も細胞が大きく、肉眼で確認ができる場合もある。属名は硫黄の真珠を意味する。GC含量は42前後。 チオプロカ属に近縁で、ナミビアの海岸での酸素濃度の低い海域で発見されている。.

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チオバシラス属

チオバチルス属(-ぞく、Thiobacillus)とは、プロテオバクテリア門βプロテオバクテリア綱ヒドロゲノフィルス目ヒドロゲノフィルス科の真性細菌の属である。硫黄菌とも呼ばれる。名称は硫黄(thio)の桿菌(bacillus)に因む。 チオバチルス属はグラム陰性で非芽胞形成の好気性桿菌である。硫黄細菌の一種。GC比は51から68。現在、22の種 (分類学)が知られている。 硫化水素や硫黄、チオ硫酸イオンを酸化して硫酸を作り出す。また、カルビン回路の酵素を有し、二酸化炭素を還元して有機物を得ることができ、一部の種は菌体外の有機物を利用できない偏性独立栄養生物である。土壌や水中に広範に生息し一部の種は好酸性である。第一鉄イオンも利用可能なチオバチルス・フェロオキシダンスはバイオリーチングに利用されている。 プロテオバクテリア門の複数の綱の性質を持った菌がこの属に含まれていたが、遺伝子の分析により本属のほかにアシディフィリウム属、アシディチオバシラス属、スターケヤ属、チオモナス属、チオミクロスピラ属、パラコッカス属、ハロチオバシラス属及びサーミチオバシラス属に再分類された。.

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チオプロカ属

チオプロカ属はチオスリックス科に属する真正細菌で、グラム陰性の非芽胞形成偏性好気性のフィラメント状桿菌。硫化水素を酸化する硫黄酸化菌の一種で、GC含量は52。滑走細菌に分類され、かつてはサイトファーガ目に属するとみられていた。 基準種はチオプロカ・シュミドレイ。チオスリックス属やベギアトア属に近縁で、硫化水素が含まれる汚水や汚泥でみられる。菌体同士が末端でつながり放射状の集合体を形成し、目視で確認できる大きさのものもある。.

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チオスリックス属

チオスリックス属(チオトリクス属、チオスリクス属)はチオスリックス科の基準属で、グラム陰性の非芽胞形成偏性好気性のフィラメント状桿菌。硫化水素を酸化する硫黄酸化菌の一種で、GC含量は52。運動性はない。基準種はチオスリクス・ニベア。 チオプロカ属やベギアトア属に近縁で、硫化水素が含まれる汚水や汚泥でみられ、菌体同士が末端でつながり放射状の集合体を形成する。.

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バクテロイデス属

バクテロイデス属(genus Bacteroides)はバクテロイデス門バクテロイデス綱バクテロイデス目バクテロイデス科の真性細菌の属である。.

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メチロコッカス属

メチロコッカス属はメチロコッカス科の基準属でグラム陰性の非芽胞形成偏性好気性桿菌。一部の種は運動性を有する。I型メチル栄養細菌(メチロトローフ)に分類される。基準種はメチロコッカス・カプスラツス。属名はメチルの球菌を意味する。GC含量は62から64。 メタンの存在する水中などに生息する。メタンモノオキシゲナーゼを有し、リブロース一リン酸経路により、メタン及びメタノールを酸化してエネルギーを得ることができるが、炭素数が2を超える有機化合物は利用できない。また、窒素固定能力を有する。α-ケトグルタル酸脱水素酵素を持たないためクエン酸回路が不完全である。.

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メタン菌

''Methanosarcina barkeri'' メタン菌(メタンきん、Methanogen)とは嫌気条件でメタンを合成する古細菌の総称である。動物の消化器官や沼地、海底堆積物、地殻内に広く存在し、地球上で放出されるメタンの大半を合成している。分類上は全ての種が古細菌ユリアーキオータ門に属しているが、ユリアーキオータ門の中では様々な位置にメタン菌が現れており、起源は古いと推測される。35億年前の地層(石英中)から、生物由来と思われるメタンが発見されている。 メタン菌の特徴は嫌気環境における有機物分解の最終段階を担っており、偏性嫌気性菌とはいえ、他の古細菌(高度好塩菌や好熱菌など)とは異なり、他の菌と共生あるいは基質の競合の中に生育している。ウシの腸内(ルーメン)や、数は少ないものの人の結腸などにも存在し、比較的身近な場所に生息する生物として認知されている。また、汚泥や水質浄化における応用等も試みられている。 別名、メタン生成菌、メタン生成古細菌など。かつてはメタン生成細菌と呼ばれていたこともあったが、古細菌に分類されるに伴い現在はあまり使われない。.

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ロドコッカス・エリスロポリス

ドコッカス・エリスロポリス(Rhodococcus erythropolis)とは、ロドコッカス属のグラム陽性細菌の一種である。.

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ボルデテラ属

ボルデテラ属(百日咳菌、百日咳属、学名:)は、グラム陰性の鞭毛を有する非芽胞形成の好気性の球桿菌である。周鞭毛を持ち運動をするものがいる。アルカリゲネス科に属し、基準種は百日咳菌である。属名はジュール・ボルデに因み、ゲノムのGC含量は66から70%。 哺乳類や鳥類の呼吸器に寄生する。ヒトに対して病原性を持つ種も属しており、例えばやは百日咳を引き起こし、気管支敗血症菌は気管支炎などを引き起こす。増殖には有機窒素化合物や有機硫黄化合物を必要とする従属栄養生物である。平板培養にはボルデー・ジャング培地を使用する。.

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パラコッカス属

パラコッカス属はロドバクター科の属の一つで、非運動性グラム陰性好気性非芽胞形成の球菌ないし桿菌。基準種はパラコッカス・デニトリフィカンス。細胞内にポリヒドロキシ酪酸の顆粒を蓄積する。名称は球菌のようなものを意味する。GC含量は64から67。 土壌や海水からみつかる。通性メチル栄養細菌で、多様な有機物を利用することができる。酸素がない状況下でも窒素酸化物を還元して呼吸が可能である。アスタキサンチンを生産するため、工業的に利用されることがある。また、40万Gを超える高い加速度下でも増殖を行うことが知られている。 Category:プロテオバクテリア門.

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ピソウイルス

ピソウイルス はウイルスの属の一つ。アメーバに感染する Pithovirus sibericum 1種のみを含む 。二本鎖DNAを持ち、巨大核質DNAウイルスに含まれる。2014年にシベリアの永久凍土から採取された、3万年前の氷床コアから発見された。.

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デルキシア属

デルキシア属はアルカリゲネス科に属するグラム陰性の非芽胞形成好気性桿菌。極鞭毛を有し運動する。基準種はデルキシア・グミモサで、属名はオランダの化学者ヘンリ・ジョルジュ・デルクスに因む。GC含量は69から73。 土壌や湖で発見され、窒素固定菌に分類される。カタラーゼは陰性。ブドウ糖、果糖及びマンニトールを利用する一方で水素と酸素を利用して二酸化炭素を還元し同化することができる化学合成無機力源栄養でもある。また、メタンやメタノールも利用できるメチル栄養細菌に分類される。 Category:プロテオバクテリア門.

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デスルフロモナス属

デスルフロモナス属はグラム陰性非芽胞形成偏性嫌気性化学合成桿菌。1本の側鞭毛を持つ。デスルフロモナス科の基準属で、基準種はデスルフロモナス・アセトキシダンス。GC含量は50から63。 元素硫黄を還元して硫化水素を生産する硫黄還元菌に分類される。この還元反応を利用して有機酸を酸化してエネルギーを得る。.

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デスルフォネーマ属

デスルフォネマ属はグラム陽性の非芽胞形成偏性嫌気性桿菌。繊維状に連なり、滑走する。名称は硫黄を還元する糸を意味する。GC含量は34から42。硫酸塩を硫化水素に還元する硫酸還元菌に分類される。基準種はデスルフォネマ・リミコラ。 硫酸塩を含む水中に生息する。デスルフォビリジンを有する種ともたない種がある。脂肪酸を完全に酸化する。また、アセチルCoA経路により二酸化炭素を固定化することもできる。.

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デスルフォバクテリウム属

デスルフォバクテリウム属はグラム陰性非芽胞形成中温性桿菌。硫酸還元菌に分類され、独立栄養が可能。GC含量は41から59。基準種はデスルフォバクテリウム・インドリカム。 有機酸を二酸化炭素まで酸化することができる完全酸化型で、海水中に生息している。 Category:プロテオバクテリア門.

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デスルフォコッカス属

デスルフォコッカス属はグラム陰性の非芽胞形成偏性嫌気性球菌。非運動性でGC含量は57。硫酸塩を硫化水素に還元する硫酸還元菌に分類される。基準種はデスルフォコッカス・ムルチボランス。 硫酸塩を含む水中に生息する。デスルフォビリジンを有し有機酸やアルコールを炭素源として利用して完全に酸化することができる。.

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ファイトプラズマ

ファイトプラズマ (Phytoplasma) とは、植物に寄生して病害を起こす一群の特殊な細菌である。以前はマイコプラズマ様微生物 (Mycoplasma-like organism: MLO) と呼ばれた。偏性細胞内寄生性で、植物の師部とある種の昆虫に寄生する。古くはウイルスと考えられていたが、1967年に土居養二らによりマイコプラズマに似た細菌として世界で初めて発見された。現在では1,000種以上の植物に感染する病原体として知られる。ヨコバイやウンカなど師管液を吸う昆虫によって媒介され、これら媒介昆虫の体内でも増殖する。.

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ドクドニア・ドンヘンシス

ドクドニア・ドンヘンシス(Dokdonia donghaensis)は、海洋環境を好む絶対好気性でグラム陰性の光栄養細菌の一種である(→形態とゲノム)。海水培地中で生育可能な温度幅は広い(→生育環境)。バイオフィルムを形成する能力を持つ。当該バイオフィルムは、テトラサイクリンなどの抗生物質に対する本バクテリアの耐性を向上させる(→代謝)。.

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アルファプロテオバクテリア綱

アルファプロテオバクテリア綱(Alphaproteobacteria)とは真性細菌のプロテオバクテリア門の綱の一つ 。綱内の細菌はすべて同じ祖先から派生したが、非常に多様で、共通の性質が殆どない場合が多い。グラム陰性であるが、細胞内寄生種はプロテオグリカンを持たず、したがってグラム染色試験での結果は陽性になることもある。.

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アセトバクター属

アセトバクター属(-ぞく、Acetobacter)とは、プロテオバクテリア門αプロテオバクテリア綱ロドスピリルム目酢酸菌科の真性細菌の属である。酢酸菌属とも呼ばれる。名称は酢(aceto)と桿菌(bacter)に因む。 アセトバクター属はグラム陰性の非芽胞形成偏性好気性桿菌である。周毛性鞭毛をもち運動性を示すものと、そうでないものがある。比較的酸に強く、pH5.0以下でも生育することが出来る。 現在、34の種 (分類学)と11の亜種が知られている。GC比は52から60。植物から発見されることが多い。かつてはグルコナセトバクター属(Gluconacetobacter属)やグルコノバクター属(Gluconobacter属)の一部を含んでいたが16SrRNAの分析や代謝特性の違いから分けられた。 アルコールを酸化してカルボン酸を生産し、特にエタノールを酸化して酢酸を生産する性質が知られている。この性質を用いた食酢の製造など、工業的に利用されている。他の代謝特性としてはクエン酸回路を有するため、酢酸や乳酸を二酸化炭素まで酸化することができる。酢を作るにあたってはこの能力は不利になるのでこの性質を持たない菌株が利用される。.

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シュードモナス・プチダ

ュードモナス・プチダ(Pseudomonas putida)はグラム陰性桿菌であり、腐生栄養性の土壌微生物である。分子遺伝学的分類手法が登場する前の形態学的分類手法に基づく狭義のシュードモナス属である。16S rRNA系統解析によりシュードモナス属の種がいくつかのグループに分類されたとき、P.

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シトロバクター属

トロバクター属はプロテオバクテリア門γプロテオバクテリア綱腸内細菌目腸内細菌科の真性細菌の属である。属名はクエン酸代謝能力を持つことに因む。11の種 (分類学)が知られている。無芽胞形成グラム陰性通性嫌気性桿菌である。運動性を有する。かつてCitrobacter diversusがこの属に含まれていたが、現在は除名されている。 GC比は50から52。グルコース、ラクトース、クエン酸、ムコン酸及び酒石酸を代謝でき、混合酸発酵を行う。一部はシアン化カリウム、硫化水素も利用できる。食物や糞、水中及び土壌中に存在し、日和見感染症の原因菌となる。.

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ステラ属

テラ属はグラム陰性の非芽胞形成偏性好気性有柄細菌。六つの突起を有し、属名はその形状に因みラテン語の星から採られた。酢酸菌科に属し、基準種はステラ・フモサ。GC含量は69.3から73.5。 主に土壌に生息する。酢酸菌の一種であるが、エタノールを酸化して酢酸を生産する能力がない。ピルビン酸、酢酸、リンゴ酸、乳酸、クエン酸、グルコン酸等を利用するが、ギ酸やプロピオン酸、吉草酸などはうまく利用できない。.

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真正細菌

真正細菌(しんせいさいきん、bacterium、複数形 bacteria バクテリア)あるいは単に細菌(さいきん)とは、分類学上のドメインの一つ、あるいはそこに含まれる生物のことである。sn-グリセロール3-リン酸の脂肪酸エステルより構成される細胞膜を持つ原核生物と定義される。古細菌ドメイン、真核生物ドメインとともに、全生物界を三分する。 真核生物と比較した場合、構造は非常に単純である。しかしながら、はるかに多様な代謝系や栄養要求性を示し、生息環境も生物圏と考えられる全ての環境に広がっている。その生物量は膨大である。腸内細菌や発酵細菌、あるいは病原細菌として人との関わりも深い。語源はギリシャ語の「小さな杖」(βακτήριον)に由来している。.

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腸内細菌科

腸内細菌科(ちょうないさいきんか、エンテロバクター科)とは、真正細菌の分類上の一グループ。グラム陰性の桿菌であり、通性嫌気性でブドウ糖を発酵して酸とガスを産生する。しばしば腸内細菌(動物の腸内に生育する細菌群)と混同されるが両者は別物である。腸内細菌科に属する細菌には、大腸菌や赤痢菌、サルモネラなど、ヒトや動物の腸内に生息したり(=腸内細菌の一種である)、腸管感染症の原因になるものが多いが、ペスト菌のように消化管ではなくリンパ節や肺に感染するものも含まれている。ヒトの腸内細菌のうち腸内細菌科は1%未満である。.

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MiRNA

miRNA (microRNA, マイクロRNA) は、ゲノム上にコードされ、多段階的な生成過程を経て最終的に20から25塩基長の微小RNAとなる機能性核酸である。 この鎖長の短いmiRNAは、機能性のncRNA (non-coding RNA, ノンコーディングRNA, 非コードRNA: タンパク質へ翻訳されないRNAの総称) に分類されており、ほかの遺伝子の発現を調節するという、生命現象において重要な役割を担っている。.

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Tiプラスミド

Tiプラスミドの構造 Tiプラスミド(Ti plasmid)または腫瘍誘発プラスミド(tumor inducing plasmid)は、アグロバクテリウム属のA.

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淋菌

淋菌(りんきん、Neisseria gonorrhoeae)はナイセリア属のグラム陰性双球菌である。ナイセリア属の菌は全部で11種類あり、その内病原性のものは、この淋菌と髄膜炎菌のみである。淋菌は淋病、角結膜炎、咽頭炎などの原因となる。 その他の9種類のナイセリア菌は全て口腔内に存在する常在菌(日本人の5〜10%に常在)である。粘膜から離れると数時間で感染性を失う国立感染症研究所 感染症情報センター。日光、乾燥や温度の変化、消毒剤で簡単に死滅するので、分離培養が必要な場合には検体の取り扱いに注意を要する。 1879年、アルベルト・ナイサーが発見してゴノコックス(Gonococcus)と命名したが、1885年にヴィルヘルム・ツォプフにより、ナイサーにちなみ命名された。.

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放線菌

放線菌(ほうせんきん、羅・英: Actinomycetes)は一般に、グラム陽性の真正細菌のうち、細胞が菌糸を形成して細長く増殖する形態的特徴を示すものを指していた。元来、菌糸が放射状に伸びるためこの名があるが、現在の放線菌の定義は16S rRNA遺伝子の塩基配列による分子系統学に基づいているため、桿菌や球菌も放線菌に含められるようになり、もはやこのグループを菌糸形成という形態で特徴づけることは困難である。 学名のActinobacteria(放線菌門)は、ギリシア語で光線、放射を意味するακτίς(アクティース)とバクテリアを合成したもの。また、放線菌類を意味する一般名詞Actinomyceteは、ακτίςに、菌類を意味する接尾語-mycetes(ミュケーテース、語源はギリシア語で菌を意味するμύκες(ミュケース))を合わせたものである。 ''Streptomyces''属など典型的な放線菌では空気中に気菌糸を伸ばし胞子を形成するので、肉眼的には糸状菌のように見える。多くは絶対好気性で土壌中に棲息するが、土壌以外にも様々な自然環境や動植物の病原菌としても棲息している。また病原放線菌として知られる''Actinomyces''属とその関連菌群などのように嫌気性を示す放線菌も一部存在する。放線菌のDNAはそのGC含量が高く(多くは70%前後)、それがこの菌群の大きな特徴である。 分類学的には下記に示す多くの属が放線菌綱に分類されるが、マイクロコッカス目(Order Micrococcales)の各属のように菌糸形態を示さないものは便宜的に放線菌として扱われないこともある。.

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1番染色体 (ヒト)

ヒト1番染色体(ひと いちばんせんしょくたい)は、ヒトゲノム中に23対ある染色体の内の一対。ヒト染色体の中で一番長く、約2億4895万個(≈249Mbp)の塩基対からなる。父と母から一本ずつ受け継ぎ、合計で二本もつ。ヒトDNA配列全体の約8%を構成する。.

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