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InChI

索引 InChI

InChI(International Chemical Identifier)は、標準的かつ人間が読める方法で分子情報を提供し、またウェブ上でのデータベースからの情報の検索機能を提供する。元々、2000年から2005年にIUPACとNISTによって開発され、フォーマットとアルゴリズムは非営利であり、開発の継続は、IUPACも参画する非営利団体のInChI Trustにより、2010年までサポートされていた。現在の1.04版は、2011年9月にリリースされた。 1.04版の前までは、ソフトウェアはオープンソースのGNU Lesser General Public Licenseで無償で入手できたが、現在は、IUPAC-InChI Trust Licenseと呼ばれる固有のライセンスとなっている。.

32 関係: 同位体互変異性区切り文字マルクーシュ構造ワイルドカード (情報処理)データベース分子アメリカ国立標準技術研究所アスコルビン酸エタノールオープンソースクムレン国際純正・応用化学連合CAS登録番号ChemSpider立体化学芳香族炭化水素重合体英語GNU Lesser General Public LicenseIA-32IUPAC命名法Microsoft WindowsMolecular Query LanguagePDBPubChemSMILES記法Unix系X64構造式エディタ混合物有機金属化学

同位体

同位体(どういたい、isotope;アイソトープ)とは、同一原子番号を持つものの中性子数(質量数 A - 原子番号 Z)が異なる核種の関係をいう。この場合、同位元素とも呼ばれる。歴史的な事情により核種の概念そのものとして用いられる場合も多い。 同位体は、放射能を持つ放射性同位体 (radioisotope) とそうではない安定同位体 (stable isotope) の2種類に分類される。.

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互変異性

互変異性(ごへんいせい、tautomerism)は互変異性体(ごへんいせいたい、tautomer)を生じる現象である。互変異性体とは、それらの異性体同士が互いに変換する異性化の速度が速く、どちらの異性体も共存する平衡状態に達しうるものを指す。異性化の速度や平衡比は温度やpH、液相か固相か、また溶液の場合には溶媒の種類によっても変化する。平衡に達するのが数時間から数日の場合でも互変異性と呼ぶことが多い。 互変異性と共鳴は表現は良く似ているもののまったく別の概念である。互変異性は化学反応であり、 の表現で、2つの異なる化学種AとBが存在して、相互に変換されるのを表しているのに対し、共鳴は量子力学的な電子の配置の重ね合わせを表しており、 の表現で、ある物質の真の構造がAとBの中間的な構造(共鳴混成体)であることを表している。 互変異性はその異性化反応の形式からプロトン互変異性、核内互変異性、原子価互変異性、環鎖互変異性といくつかに分類される。代表的なものにケト-エノール異性がある。これはプロトン互変異性の一種である。.

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区切り文字

区切り文字(delimiter、デリミタ)は、プレーンテキストやデータストリーム中の独立した領域の境界を特定するために入れられる文字である。例えば、コンマ区切りの文字列において、コンマ は各フィールドの境界を表す「フィールド区切り文字」の役割をしている。 区切り文字は、データストリームで境界を指定する方法の1つである。別の方法として、各フィールドの先頭にフィールド長を記述する方法もある describing the method in Hollerith notation under the Fortran programming language.

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マルクーシュ構造

マルクーシュ構造の例(R・R´・R´´として許されるものを選択肢として挙げる) マルクーシュ構造またはマーカッシュ構造(Markush structure)は、似たような構造を持つ化合物の集合を示すために用いられる、化学式を用いたシンボルである。化学の分野の他、特許請求の範囲でも用いられる。特許請求の範囲では、化学式によらず選択肢のみを用いた方式も含めて「マルクーシュ・クレーム」と呼ばれる。 化合物の記述において、マルクーシュ構造を用いることで、特許保有者は、有効性を持つ多くの化合物の構造を競合相手から隠すために、意図的に曖昧にしておくことができる一方で、広い範囲の化合物を特許請求することができる。 Category:分子構造 Category:知的財産権.

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ワイルドカード (情報処理)

ンピュータなどの関連において、ワイルドカードは、検索などグロブの際に指定するパターンに使用する特殊文字の種類で、どんな対象文字、ないし文字列にもマッチするもののことである。カードゲームのワイルドカードに由来する呼称。 UNIXのシェルでは、「?」(疑問符)を任意の一文字、「*」(アスタリスク)を長さ0文字以上の任意の文字列にマッチするパターンとして、コマンドライン上で、存在するファイルの名前に対して展開される。 たとえば sales-201712.xlsx、sales-201801.txt、sales-201802.txt というファイルがある場合、 コマンドを入力すると、 のように展開されたうえで、vi プログラムが起動される。 MS-DOSやその衣鉢を継いだMicrosoft Windowsのシェルプログラム COMMAND.COM ではこのような展開を行わず、ワイルドカードはプログラムのプロセスにそのまま渡される。COMMAND.COM の内部コマンドにおける解釈では、ファイル名の途中で * があると、そこから拡張子のピリオドまでマッチをすっ飛ばし、全てマッチしたものとみなすので、FOO*BAR というパターンは FOO* と全く同じ意味である。また、REN *.TXT *.BAK といったようなコマンドに対しては的な挙動をする。 SQLの WHERE 句における LIKE predicate 中のパターンでは、長さ0文字以上の任意の文字列が「%」、任意の一文字が「_」である。 正規表現におけるクリーネ閉包とは似て非なるものであり混同してはいけない。.

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データベース

データベース(database, DB)とは、検索や蓄積が容易にできるよう整理された情報の集まり。 通常はコンピュータによって実現されたものを指すが、紙の住所録などをデータベースと呼ぶ場合もある。コンピュータを使用したデータベース・システムでは、データベース管理用のソフトウェアであるデータベース管理システムを使用する場合も多い。.

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分子

分子(ぶんし)とは、2つ以上の原子から構成される電荷的に中性な物質を指すIUPAC.

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アメリカ国立標準技術研究所

アメリカ国立標準技術研究所(アメリカこくりつひょうじゅんぎじゅつけんきゅうじょ、National Institute of Standards and Technology, NIST)は、アメリカ合衆国の国立の計量標準研究所であり、アメリカ合衆国商務省配下の技術部門であり非監督(non-regulatory )機関である。1901年から1988年までは国立標準局 (National Bureau of Standards, NBS) と称していた。その公式任務は次の通り。 2007会計年度(2006年10月1日-2007年9月30日)の予算は約8億4330万ドルだった。2009年の予算は9億9200万ドルだが、アメリカ復興・再投資法の一部として6億1000万ドルを別に受け取っている。2013年現在、NISTには約3000人の科学者、工学者、技術者がいる(他にサポートスタッフと運営部門)。また、国内企業や海外から約2700人の科学者、工学者を受け入れている。さらに国内約400ヶ所の提携機関で1300人の製造技術の専門家やスタッフが関わっている。NISTの出版している Handbook 44 は「計測機器についての仕様、許容誤差、他の技術的要件」を提供している。.

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アスコルビン酸

アスコルビン酸(アスコルビンさん、ascorbic acid)は、栄養素ビタミンC としてはたらく、ラクトン構造を持つ有機化合物の1種である。IUPAC命名法では、フランの誘導体と見なして、(R)-3,4-ジヒドロキシ-5-((S)-1,2-ジヒドロキシエチル)フラン-2(5H)-オンと表される。分子量は176.13 g/mol。光学活性化合物であり、ビタミンCとして知られるのはL体の方である。そのCAS登録番号は 。食品添加物の酸化防止剤として、広く使用される。.

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エタノール

タノール(ethanol)は、示性式 CHOH、又は、CHCHOH で表される、第一級アルコールに分類されるアルコール類の1種である。別名としてエチルアルコール(ethyl alcohol)やエチルハイドレート、また酒類の主成分であるため「酒精」とも呼ばれる。アルコール類の中で、最も身近に使われる物質の1つである。殺菌・消毒のほか、食品添加物、また揮発性が強く燃料としても用いられる。.

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オープンソース

ープンソース (open source) とは、言葉通りのソースコードへのアクセスが開かれている(ソースコードが公開されている)ことを意味するのではなく、ソースコードを商用、非商用の目的を問わず利用、修正、頒布することを許し、それを利用する個人や団体の努力や利益を遮ることがないソフトウェア開発の手法を意味する。オープンソース・イニシアティブ は、「オープンソース」と名乗るための要件として「オープンソースの定義」を掲げている。.

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クムレン

ムレン とは有機化合物群のひとつで、IUPACの定義によれば3個もしくはそれ以上の集積二重結合を持つ不飽和炭素化合物の呼称。1,2,3-ブタトリエン (H2C.

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国際純正・応用化学連合

国際純正・応用化学連合(こくさいじゅんせい・おうようかがくれんごう、International Union of Pure and Applied Chemistry、IUPAC)は、各国の化学者を代表する国内組織の連合である国際科学会議の参加組織である。IUPACの事務局はノースカロライナ大学チャペルヒル校・デューク大学・ノースカロライナ州立大学が牽引するリサーチ・トライアングル・パーク(アメリカ合衆国ノースカロライナ州)にある。また、本部は、スイスのチューリッヒにある。。2012年8月1日現在の事務局長は、ジョン・ピーターソンが務めている。 IUPACは、1919年に国際応用化学協会(International Association of Chemical Societies)を引き継いで設立された。会員となる各国の組織は、各国の化学会や科学アカデミー、または化学者を代表するその他の組織である。54カ国の組織と3つの関連組織が参加している。IUPACの内部組織である命名法委員会は、元素や化合物の命名の標準(IUPAC命名法)として世界的な権威として認知されている。創設以来、IUPACは、各々の責任を持つ多くの異なる委員会によって運営されてきた retrieved 15 April 2010。これらの委員会は、命名法の標準化を含む多くのプロジェクトを走らせ retrieved 15 April 2010、化学を国際化する道を探し retrieved 15 April 2010、また出版活動を行っている retrieved 15 April 2010 retrieved 15 April 2010。 IUPACは、化学やその他の分野での命名法の標準化で知られているが、IUPACは、化学、生物学、物理学を含む多くの分野の出版物を発行している。これらの分野でIUPACが行った重要な仕事には、核酸塩基配列コード名の標準化や、環境科学者や化学者、物理学物のための本の出版、科学教育の改善の主導等である 9 July 2009. Retrieved on 17 February 2010. Retrieved 15 April 2010。また、最古の委員会の1つであるによる元素の原子量の標準化によっても知られている。.

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CAS登録番号

CAS登録番号(キャスとうろくばんごう、CAS registry number)とは、化学物質を特定するための番号である。CAS番号、CASナンバー、CAS RNとも呼ばれる。.

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ChemSpider

ChemSpiderは、王立化学会が持つフリーの化学データベースである。.

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立体化学

立体化学(りったいかがく、英語:stereochemistry)とは、分子の3次元的な構造のこと、あるいはそれを明らかにするための方法論や、それに由来する物性論などを含めた学問領域をいう。 化学物質の立体的な構造は、その物性に極めて大きな影響を及ぼす。したがって、立体化学は化学のなかでも最も基本的かつ重要な項目である。基本的な分野であるため、講義科目や教科書名で多用される用語である。.

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芳香族炭化水素

芳香族炭化水素(ほうこうぞくたんかすいそ、英語:aromatic hydrocarbons)あるいはアレーン (arene) は芳香族性を示す単環(MAH)あるいは複数の環(縮合環)から構成される炭化水素である。略号として AH が使用されることがある。芳香族炭化水素が置換基となった場合の呼称はアリール基 (aryl group) であり、Ar− と略される。具体的にはフェニル基、ナフチル基などがアリール基の代表例である。 芳香族化合物 (aromatic compounds) と同義に使用されることがあるが、広義の芳香族化合物には複素芳香族化合物も含まれる。 芳香族炭化水素は、一重結合と二重結合が交互に並び、電子が非局在化した6つの炭素原子から成る単環あるいは複数の平面環をユニットとして構成されている。最も構造が単純な芳香族炭化水素はベンゼンであり、ベンゼン環として知られている6つの炭素からなる環状化合物である。 その構造が不明であった遠い昔、強烈な臭気を持つものが多かったので、芳香族炭化水素はそのような名前がつけられた。.

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重合体

重合体(じゅうごうたい)またはポリマー(polymer)とは、複数のモノマー(単量体)が重合する(結合して鎖状や網状になる)ことによってできた化合物のこと。このため、一般的には高分子の有機化合物である。現在では、高分子と同義で用いられることが多くなっている。ポリマー(polymer)の poly- は接頭語で「たくさん」を意味する。 2種類以上の単量体からなる重合体のことを特に共重合体と言う。 身近なものとしては、繊維に用いられるナイロン、ポリ袋のポリエチレンなどの合成樹脂がある。また、生体内のタンパク質は、アミノ酸の重合体である。.

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英語

アメリカ英語とイギリス英語は特徴がある 英語(えいご、)は、イ・ヨーロッパ語族のゲルマン語派に属し、イギリス・イングランド地方を発祥とする言語である。.

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GNU Lesser General Public License

GNU Lesser General Public License(以前は、GNU Library General Public Licenseだった)または GNU LGPL、単にLGPLは、フリーソフトウェア財団(Free Software Foundation、以下FSFと略称)が公開しているコピーレフト型のフリーソフトウェアライセンスである。八田真行による日本語訳ではGNU 劣等一般公衆利用許諾書と呼称している。.

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IA-32

IA-32(アイエー32、Intel Architecture 32)は80386の開発の際に定義された、16ビットx86を32ビットに拡張した命令セットアーキテクチャである。.

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IUPAC命名法

IUPAC命名法(アイユーパックめいめいほう)は、IUPACが定める、化合物の体系名の命名法の全体を指す言葉。IUPAC命名法は、化学界における国際的な標準としての地位を確立している。 有機・無機化合物の命名法についての勧告は2冊の出版物としてまとめられ、英語ではそれぞれ「ブルー・ブック」「レッド・ブック」の愛称を持つ。 広義には、その他各種の定義集の一部として含まれる化合物の命名法を含む。IUPAPとの共同編集で、記号および物理量を扱った「グリーン・ブック」、その他化学における多数の専門用語を扱った「ゴールド・ブック」のほか、生化学(ホワイト・ブック;IUBMBとの共同編集)、分析化学(オレンジ・ブック)、高分子化学(パープル・ブック)、臨床化学(シルバー・ブック)があり、各分野の用語法の拠り所となっている。 これらの「カラー・ブック」について、IUPACはPure and Applied Chemistry誌上で、特定の状況に対応するための補足勧告を継続的に発表している。.

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Microsoft Windows

Microsoft Windows(マイクロソフト ウィンドウズ)は、マイクロソフトが開発・販売するオペレーティングシステム (OS) の製品群。グラフィカルユーザインタフェース (GUI)を採用している。.

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Molecular Query Language

Molecular Query Language(MQL)は、ケモインフォマティクスにおける検索の方法である。広く用いられているSMARTSと比べ、MQLでは原子やその結合の空間的、物理化学的な性質も記述することができる。さらに、”reduced feature”グラフとして知られる、原子を用いない記法に拡張できる。問い合わせ言語はJavaCCを用いたEBNFに基づいている。.

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PDB

PDB.

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PubChem

PubChemは、化学分子データベースの一つ。このシステムは、アメリカ国立衛生研究所(NIH)の下の国立医学図書館(NLM)の一部門である国立生物工学情報センター(NCBI)によって維持管理されている。ウェブユーザインタフェースを通して自由に接続する事ができ、数百万の化合物構造および記述のデータセットをFTP経由でダウンロードすることが可能である。PubChemに集積されているのは1000原子および1000結合より少ない小さな分子である。 アメリカ化学会(ACS)は、PubChemはChemical Abstractsと競合していると主張し、アメリカ合衆国議会に対してPubChemの運用の制限を求めている。80以上のデータベース供給元がPubChemの増大に寄与している。.

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SMILES記法

SMILES記法(スマイルスきほう、)とは、分子の化学構造をASCII符号の英数字で文字列化した構造の曖昧性の無い表記方法である。SMILES文字列は多くの種類の分子エディタにおいてインポート可能で、二次元の図表あるいは三次元のモデルとして表示することができる。 SMILES表記は1980年代の終わりにDavid Weiningerにより開発され、その後に多数の人の手で変更あるいは拡張がなされてきた。中でもDaylight Chemical Information Systems社の貢献が大きい。他の線形な同様な表記法としてはWiswesser Line Notation (WLN), ROSDAL そして SLN (Tripos社)が挙げられる。.

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Unix系

複数のUnix系システム間の関連図 Unix系(ユニックスけい、ユニックスライク)とは、Unixに類似した振る舞いをするオペレーティングシステム (OS) を指す用語である。その判断基準や範囲には複数の議論がある。.

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X64

x64またはx86-64とは、x86アーキテクチャを64ビットに拡張した命令セットアーキテクチャ。 実際には、AMDが発表したAMD64命令セット、続けてインテルが採用したIntel 64命令セット(かつてIA-32eまたはEM64Tと呼ばれていた)などを含む、各社のAMD64互換命令セットの総称である。x86命令セットと互換性を持っていることから、広義にはx86にx64を含む場合がある。 なお、インテルはIntel 64の他にIA-64の名前で64ビット命令セットアーキテクチャを開発・展開しているが、これはx64命令セット、x86命令セットのいずれとも互換性がない。.

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構造式エディタ

構造式エディタ(こうぞうしきえでぃた、molecule editor)は分子構造を作図、編集するコンピュータープログラムである。 作図や化学データベースの検索式を書き表す為に、分子や化学反応の二次元(平面)表現を作成する際に使用される。また、分子構造モデルを構築するために立体構造を編集するエディタも存在し、それは通常、分子構造モデリング・ソフトウエアパッケージの部品として提供される。 多くの構造式エディタはエディタ特有のファイルフォーマットを使用しているが、大抵の場合は他の複数のファイルフォーマットのファイルフォーマットを読み書きできるようになっている。その中には分子をASCII文字列で表現するSMILES記法も含まれる場合がある。 平面あるいは立体構造式エディタが生成するファイルは分子構造ビュワーを使用して表示することも出来、 分子構造ビュワーはWebページ中の短いアプレット言語で実装することで分子構造を表示するものも存在する。.

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混合物

混合物(こんごうぶつ、mixture)とは、複数の種類のものが混じり合ってできたもののこと。化学的には複数の物質が混じり合ってできた物質のことであり、たとえば空気は窒素・酸素・アルゴン・二酸化炭素などの混合物である。化学物質の混合物であることを示す場合は、特に化学混合物 (chemical mixture) とも呼ぶ。 混合物の密度・融点・沸点などの物理的性質は、各成分の量比によって変化し、一定でない。一般に、混合物の融点は純物質の融点よりも低くなるため、物質の純度を簡単に確かめる方法として用いられる。 混合物を成分ごとに分離・精製し、純物質にする方法としては、ろ過・蒸留・抽出・昇華・再結晶・クロマトグラフィーなどの手法が状況に応じて用いられる。たとえば、「泥の混じった塩水」から純粋な水を得るためには、まずろ過によって泥を取り除き、蒸留によって水だけを取り出せばよい。.

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有機金属化学

有機金属化学(ゆうききんぞくかがく、英語:organometallic chemistry)とは金属と炭素との化学結合を含む化合物である有機金属化合物を研究する学問であり、有機金属化学は無機化学と有機化学とが融合した領域である。なお、類似の語である合成有機金属 (organic metal) の場合は、ポリアセチレンなど金属を含まないが電荷移動錯体を形成することで導電性を示す純粋な有機化合物を示し、有機金属化学の範疇外である。 有機金属化合物は「有機パラジウム化合物」のように頭に「有機-」を付けた形で呼ばれる。典型的な有機金属化合物にはクロロ(エトキシカルボニルメチル)亜鉛 (ClZnCH2C(.

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